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原创文章 SOX11 的缺失和新生突变与具有 Cof-Siris 综合征特征的神经发育障碍有关
摘要 背景 SOX11 是一种转录因子，被认为在大脑发育中发挥作用。最近有报道称两例 Cofín - Siris 综合征患者出现 SOX11 突变，这表明 SOX11 与人类发育障碍有关。在这里，我们进一步研究 SOX11 变异在神经发育障碍中的作用。方法 我们使用基于阵列的比较基因组杂交和三外显子组测序来识别患有智力障碍的儿童，这些儿童的 SOX11 基因缺失或从头点突变会破坏 SOX11。使用体外基因表达报告系统评估 SOX11 突变的致病性。通过敲低 Sox11 表达在非洲爪蟾中进行了功能丧失实验。结果 我们确定了七个个体的 2p25 染色体缺失涉及 SOX11。三外显子组测序鉴定出三种新生 SOX11 变异体，两种错义（p.K50N；p.P120H）和一种无义（p.C29*）。利用体外基因表达系统评估错义突变的生物学后果。这些个体患有小头畸形、发育迟缓和与轻度 Cof - Siris 综合征相符的共同畸形特征。为了进一步研究 SOX11 的功能，我们敲除了非洲爪蟾中的直系同源基因。与对照组相比，变异体的头部尺寸显著减小。这表明 SOX11 功能丧失可能与小头畸形有关。结论因此，我们提出 SOX11 缺失或突变可能表现出 Cof - Siris 表型。
肿瘤学临床途径 - 地幔细胞淋巴瘤
诊断需要组织形态和免疫表型（IHC或流式细胞仪），包括CD3，CD20和细胞周期蛋白D1； Sox11 IHC和/或FING的T（11; 14）IGH :: CCND1也可以根据病理学家的判断来帮助诊断；出于预后的目的，还应进行KI-67 IHC（预后显着的30％临界值），以及用于TP53突变的分子测试DEL 17P（TP53）
成熟淋巴肿瘤的人工智能和分类
血液学家，遗传学家和临床医生就结合了临床特征，组织学特征，免疫表型和分子病理学分析的淋巴性肿瘤分类达成了多学科协议。The current classification includes the World Health Organization (WHO) Classification of tumours of haematopoietic and lymphoid tissues revised 4th edition, the International Consensus Classification (ICC) of mature lymphoid neoplasms (report from the Clinical Advisory Committee 2022), and the 5th edition of the proposed WHO Classification of haematolymphoid tumours (lymphoid neoplasms, WHO-HAEM5).本文修改了成熟淋巴肿瘤分类的最新进展。人工智能（AI）最近迅速发展，随着AI整合计算机科学和数据集以基于复杂的输入数据进行预测或分类，其在医学中的作用变得越来越重要。总结了先前的研究，据描述了几个机器学习和神经网络如何预测患者的预后，并分类成熟的B细胞肿瘤。In addition, new analysis predicted lymphoma subtypes using cell-of-origin markers that hematopathologists use in the clinical routine, including CD3, CD5 , CD19 , CD79A , MS4A1 ( CD20 ), MME ( CD10 ), BCL6 , IRF4 ( MUM-1 ), BCL2 , SOX11 , MNDA , and FCRL4 ( IRTA1 ).总而言之，尽管大多数类别在两种分类中都是相似的，但是在某些疾病的诊断标准上也存在概念上的差异和差异。预计AI将被纳入淋巴瘤分类为另一种生物信息学工具。
H3K4-H3K9组蛋白甲基化模式和肿瘤发育网络作为小儿高级神经胶质瘤中细胞命运决定的驱动因素
3 Oxford Immune Algorithmics, Reading, UK ABSTRACT This study employs systems medicine approaches, including complex networks and machine learning- driven discovery, to identify key biomarkers governing phenotypic plasticity in pediatric high-grade gliomas (pHGGs), namely, IDHWT glioblastoma and H3K27M diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG).通过整合单细胞转录组学和组蛋白质量细胞术数据，我们将这些侵略性肿瘤概念化为复杂的自适应生态系统，该系统由被劫持的oncofetal发育程序和病理吸引力动力学驱动。Our analysis predicts lineage-plasticity markers, including KDM5B (JARID1B), ARID5B, GATA2/6, WNT, TGFβ, NOTCH, CAMK2D, ATF3, DOCK7, FOXO1/3, FOXA2, ASCL4, PRDM9, METTL5/8, RAP1B, CD99, RLIM, TERF1, and LAPTM5, as drivers of细胞命运控制论。此外，我们确定了内源性生物电特征，包括Grik3，Grin3，Slc5a9，Nkain4和KCNJ4/6，是潜在的重编程靶标。此外，我们验证了先前发现的可塑性基因，例如PDGFRA，EGFR靶标，OLIG1/2，FXYD5/6，MTSSS1，SEZ6L，MTRN2L1和SOX11，证实了我们复杂系统方法的鲁棒性。此系统肿瘤学框架为精确医学提供了有前途的途径，通过指导由单细胞多摩学告知的组合疗法来优化患者的结果，并以PHGG表型可塑性为治疗性脆弱性。此外，我们的发现表明肿瘤表型可塑性（即过渡疗法）和PHGG生态系统中疾病的表观遗传重编程性能朝向稳定的，转分化的状态。因此，了解关键字：小儿神经胶质瘤；表型可塑性；癌症多组学；数据科学；系统医学；精度肿瘤学。引言小儿高级神经胶质瘤（PHGGS）代表致命疾病，没有任何精确诊断，有效的治疗或预防（Swanton等，2024）。这些侵略性肿瘤破坏了发育过程和组织稳态，导致形态发生，对治疗的抵抗力和免疫逃避（Senft等，2017; Jessa等，2019）。对其病理学的中心是表型可塑性 - 细胞在谱系身份之间适应响应微环境压力的能力。This plasticity arises from epigenetic dysregulation, such as oncohistone mutations like H3K27M (H3F3A) and driver mutations like TP53, ACVR1, etc., which destabilize chromatin structure, trapping cells in metastable, multipotent states and impairing their differentiation hierarchy (Shpargel et al., 2014; Paugh et al., 2011; Jessa et al., 2019）。实际上，这些塑料状态促进了肿瘤的进展和耐药性作为新兴行为，从而创造了不稳定的生态系统。