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全基因组的生物信息学分析甜蜜基因家族和Potentilla anserina中候选pasweet基因的表达验证
摘要：糖充当许多水果和蔬菜作物的主要能源。糖的生物合成和运输至关重要，尤其有助于生长和发育。甜蜜是一个重要的基因家族，在植物的生长，发育和适应各种类型的胁迫（生物和非生物）中起着至关重要的作用。尽管已经在许多植物物种中鉴定出甜蜜的基因，但在Potentilla Anserina中没有有关糖果的信息。在本研究中，我们进行了全面的基因组生物信息学分析，并确定了Potentilla anserina基因组中总共有23个候选PASWEET基因，这些基因在十个不同的染色体上随机分布。系统检查了这些基因的系统发育分析，染色体位置，基因结构，特定的顺式元素，蛋白质相互作用网络和生理特征。与拟南芥的系统发育关系的确定结果表明，这些Pasweet基因被分为四个进化枝（I，II，III和IV）。此外，通过定量的实时聚合酶链反应（QRT-PCR）验证，组织特异性基因表达验证，即鉴定出的Pasweets在各种组织（根，茎，叶子和花朵）中差异表达。主要是，有效地揭示了肿胀的pasweets（7、9和12）的相对折叠基因表达有效地表明，肿胀的块茎中的pasweet（7、9和12）在高度表达（300-，120倍和100倍）。在总体结果的基础上，建议PASWEETS（7、9和12）是参与P. anserina肿胀的块茎形成的候选基因。为了进一步阐明pasweets的功能（7、9和12），通过将它们插入烟草叶中，可以确认它们的亚细胞位置，并注意到这些基因存在于细胞膜上。在Crux中，我们推测我们的研究提供了一个有价值的理论基础，以进一步对PASWEET基因家族进行深入的功能分析及其在块茎发育中的作用，并进一步增强Potentilla Anserina的分子育种。
使用最佳点引导参数建议对帕金森病的丘脑底核深部脑刺激进行编程
深部脑刺激 (DBS) 是治疗晚期帕金森病的有效方法。然而，确定刺激参数（例如接触和电流幅度）需要反复试验，非常耗时。定向导线增加了更多的刺激选项，使这个过程更具挑战性，增加了神经科医生的工作量，也增加了患者的不适感。在这项研究中，开发了一种最佳点引导算法，可以自动建议刺激参数。这些建议与临床单极评论进行了回顾性比较。在我们中心，一组 24 名帕金森病患者在丘脑底核接受了双侧 DBS 植入。首先，使用开源工具箱 Lead-DBS 重建 DBS 导线。其次，将刚度降低的最佳点设置为编程所需的刺激目标。这个最佳点和激活组织体积的估计值用于建议 (i) 最佳导线水平、(ii) 最佳接触和 (iii) 每次接触完全治疗效果的效果阈值。为了评估这些最佳点引导建议，临床单极评论被视为基本事实。此外，最佳点引导的最佳导线水平和最佳接触建议与重建引导的建议进行了比较，后者考虑了导线相对于丘脑底核的位置。最后，开发了一个图形用户界面作为 Lead-DBS 的附加组件，可供公众使用。使用该界面，可以在几秒钟内生成导线所有接触的建议。建议最佳接触的准确性
crispr/cas9介导的甜罗勒候选敏感性基因obdmr6增强了霉菌的抗霉菌性
甜罗勒（Ocimum Basilicum）是一种经济上重要的同二倍二磷脂（2n = 4 x = 48）草药，其全球产量受到质感生物营养性卵菌造成的质状疾病的威胁，peronospora belbahrii。通过CRISPR/CAS9的易感性诱变产生抗病品种，目前是维持偏爱性状的最有前途的策略之一，同时提高疾病抗性。先前的研究已经确定了拟南芥DMR6（抑制霉菌6）是降低霉菌造成的冰淇淋病原体透明质透明质球拟南芥拟南芥所需的S基因。在这项研究中，在流行的甜蜜罗勒品种基因诺植物中鉴定出了DMR6的甜罗勒同源物DMR6，发现存在于基因组中具有高拷贝数，并且在变体中具有多态性。生成了一个或两个靶向OBDMR6变体保守区域的单个指南RNA（SGRNA）的CRISPR/CAS9构建体，并用于通过农业细菌介导的转化来转化Genoveser。56 T0线，并通过使用CRISPR编辑（ICE）软件的干扰来分析OBDMR6片段的Sanger测序色谱图检测到OBDMR6的突变。在靶向位点中包含突变的54条线中，13个indel百分比大于96％，表明OBDMR6几乎完整的敲除（KO）。在从三个独立的T0线中得出的T1分离种群中鉴定出了由ICE确定的几乎完全的OBDMR6 KO的三个代表性转基因游离线。使用扩增子深测序确认突变。与野生型植物相比，对上述T1系的T2种子进行了疾病测定法显示，Sporangia的产生减少了61-68％，通过定量PCR（QPCR）确定的相对病原体生物量减少了69-93％。 这项研究不仅产生了无基因的甜罗勒品种，具有改善的霉菌耐药性，而且还有助于我们对甜质p的分子相互作用的理解。 belbahrii。疾病测定法显示，Sporangia的产生减少了61-68％，通过定量PCR（QPCR）确定的相对病原体生物量减少了69-93％。这项研究不仅产生了无基因的甜罗勒品种，具有改善的霉菌耐药性，而且还有助于我们对甜质p的分子相互作用的理解。belbahrii。
堆肥茶对有机种植中甜玉米质量促进的影响
目的：旨在确定堆肥茶对不使用矿物肥料而产生的甜玉米质量参数的影响。研究方法：这项研究是在尼日利亚塔拉巴州立大学教学和研究农场进行的。这项研究中的肥料处理为500千克HA -1 NPK肥料（对照），每10升水堆肥茶，每20升水堆肥茶和1千克堆肥每30升水堆肥茶，在随机完整的块设计中排列，重复的thrice，每30升水堆肥茶。的发现：结果表明治疗对评估的甜玉米的物理，化学和感觉特征有显着影响（P≤0.05）。矿物质（NPK）肥料治疗给出了平均平均总溶糖含量（33.13 mg g -1），其次是每10升水堆肥茶（33.10 mg g -1），然后每20升每20升堆肥1 kg堆肥，然后是水堆肥茶（31.72 mg g -1）和30千克的糖含量（2 colpy composte）。 ）。然而，每10升水堆肥茶和矿物质（NPK）肥料处理的影响相同（p> 0.05）。研究局限性：报告没有限制。独创性/价值：本研究说明了每10升水堆肥茶浓度使用1千克堆肥的可能性，以产生良好的产量和质量，而没有矿物质肥料。
在当前和未来的气候场景下，预测全球潜在的Sweet Osmanthus（Osmanthus Fragrans）
抽象的Osmanthus Fragrans是一棵有价值的美化树，在全球范围内受到赞赏。但是，O的最佳环境条件。芬兰种植尚未详细研究，这阻碍了该植物的野生资源及其商业剥削的保存。应用最大熵模型来评估影响O的环境变量的重要性。Faprans分布。将来自O的629个全局分布点的数据组合在一起。Fragn，对气候变化对当前物种和未来的合适栖息地的地理分布的潜在影响做出了预测。结果表明o。Faprans更喜欢温暖而潮湿的生长环境。在当前气候条件下，o的潜在栖息地。Faprans主要位于大陆的东部沿海地区中等和低纬度地区。影响其分布的主要环境变量是最温暖的季度，温度季节性和最温暖季度的平均温度。分析表明，气候变化中当前趋势的延续将导致O的合适栖息地进一步降低。Faprans的增长，全球质心将转移到东南。这些发现提供了对气候变化对O的影响的见解。Faprans栖息地，并为该物种的野生资源保存和未来抗气候变化的品种提供了指导。
CRISPR/Cas9 gRNA-tRNA 阵列的开发及嫁接技术相结合以提高甜橙基因编辑效率
(c) 不同 PTG/Cas9 载体诱导的编辑效率。(d) PTG/Cas9 系统在安留甜橙中诱导的表型。(ef) 安留甜橙定点突变的 Sanger 测序。与 WT（野生型）相比，CsPDS 的 DNA 序列中显示的是核苷酸突变。绿色序列代表 gRNA，蓝色表示 PAM 位点。删除的核苷酸以黑点表示。插入的核苷酸以红色表示。(g) 用作嫁接接穗的转基因株系。(h) 嫁接砧木的准备。(ij) 将 V 形接穗嫁接到准备好的甜橙上
在连续下雨和干旱季节种植地瓜后，在沙质土声中的合成石灰和肥料-NPK效果
浸出和相关的低土壤生育能力是潮湿的热带地区粗纹理土壤中最重要的农业问题之一。这项研究评估了合成石灰和肥料 - 肥料组合对尼日利亚东南部沙质叶片的土壤物理化学生育能力在连续下雨天和干旱季节种植高密度覆盖地瓜后的土壤物理化学生育能力。治疗是在10 t·ha -1（limed）和0 t·ha -1（无石灰）时的CaO-88％在雨季中的应用，每个季节都有20 t·ha -1（pd 20）的家禽粪便（pd 20），NPK 15-15-15，15-15-15在0.40 t·ha -1在两个季节中没有肥料。土壤散装密度不受影响。土壤pH是在lim/肥料所致图中最高的（7.1-7.2），在对照图中最低（5.6）。在干旱季节增强了增强的土壤有机物（SOM）。在两个种植季节中，PD 20和PD 10 +NPK 0.20（36-56 mg·Kg -1）的可用土壤比NPK 0.40和NO-肥料（7-11 56 mg·kg -1）高，而Ca 2+在limed/pd 20（3.59-5.09 cmol·kest中，Ca 2+是最高的） 0.20（0.89 cmol·kg -1）这两者都是类似地影响Mg 2+的治疗方法。明显的阳离子交换能力（CEC）在对照中最高。总体而言，lim增强了土壤pH和SOM，壁画增强了可用的P，而它们的组合增强了Ca 2+和/或Mg 2+。数据支持采用合成的石灰和家禽 - 分别提高SOM和P可利用性，或两种实践，或两种实践，用于在潮湿的热带环境中覆盖农作物的覆盖作物下，将土壤pH提高到增强阳离子的交换性。这种治疗诱导的土壤pH的影响主要对Ca 2+，但CEC也可能因环境湿度过度而受到破坏。关键词
四倍体甜罗勒（Ocimum basilicum L.）的基因组序列为高级基因组编辑和分子育种提供了工具
甜罗勒（Ocimum basilicum L.）是一种世界范围内种植的著名烹饪香草，但其用途不仅限于厨房，还可用于传统医学、化妆品和园艺。迄今为止，由于缺乏可用的参考基因组，先进的分子育种方法的应用受到了限制。我们提供了品种“Perrie”的甜罗勒基因组的草图，该品种是一种新鲜采摘的热那亚型罗勒。基因组测序表明，罗勒是一种四倍体生物，基因组大小为 2.13 Gbp，组装在 12,212 个支架中，其中 90% 以上的组装由 107 个支架组成。大约 76% 的基因组由重复元素组成，其中大多数是长末端重复序列。我们构建并注释了 62,067 个蛋白质编码基因，并确定了它们在不同植物组织中的表达。我们分析了目前已知的苯丙烷类挥发性物质的生物合成基因。我们证明了参考基因组对于在四倍体和基因冗余的背景下全面了解这一重要途径的必要性。在设计基于 CRISPR: Cas9 的基因组编辑研究时，完整的参考基因组对于克服这种冗余和避免脱靶至关重要。这项工作有望开发快速准确的育种工具，为农民提供更好的品种，为消费者提供更好的产品。
通过计算机设计 CRISPR/Cas9 引导 RNA 来敲除红薯 (Ipomoea batatas L.) 中的八氢番茄红素去饱和酶基因
摘要 本研究旨在设计计算机引导RNA（sgRNA），用于CRISPR/Cas9介导的红薯（Ipomoea batatas L.）八氢番茄红素脱氢酶（PDS）基因敲除。IbPDS基因编码区序列长1791个碱基对（bp），相当于572个氨基酸。将IbPDS基因的氨基酸序列与其他邻近植物物种的同源序列进行比较，结果显示，它与Ipomoea triloba和Ipomoea nil的PDS相似性很高，分别为98.60%和97.73%。 CRISPR RGEN Tools 为 IbPDS 基因提供了 113 个结果，筛选出 24 个，并选择了三个 sgRNA 序列用于设计基因编辑载体，它们是 sgRNA 1 (5'-AC- CTCATCAGTCACCCTGTCNGG-3')、sgRNA 2 (5'- CCTCCAGCAGCAGTATTGGTTGGTTTGNGG -3') 和 sgRNA 3 (5'- CTGAACTCTCCTGGTTGGTTGTTNGG -3')。所选 sgRNA 的预测二级结构为靶基因的基因编辑提供了有效的 sgRNA 结构。用于 CRISPR/Cas9 介导的 IbPDS 基因敲除的 PMH-Cas9- 3xsgRNA 载体是使用三个 sgRNA 序列和一个潮霉素抗性标记在计算机上设计的。
对替代品的形态和分子鉴定，在Tirupati区的甜橙色上引起叶子和水果斑点症状
摘要：在2023年和2024年8月的甜橙树上观察到叶子和水果的坏死斑。严重影响的叶子和水果表现出过早的下降。病原体是从这些斑点中分离出来的，并检查了其形态特征。在马铃薯葡萄糖琼脂（PDA）上培养的真菌菌落表现出灰黑菌丝体，分生孢子在带有横向和纵向隔sepa的链中排列，导致病原体将病原体鉴定为Alternaria替代品。内部转录的间隔物（ITS）和翻译伸长因子1-alpha（Tef-1alpha）区域的分子分析，真菌分离株进一步证实了其作为替代品的身份。通过分离的叶测定技术验证了选定分离株的致病性。据我们所知，这代表了Tirupati地区的第一个造成叶面和水果斑以及枯萎病的A.替代案例。