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桑格生命树Hmw DNA碎片：li pacbio
该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效，DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是，高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA，可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段：Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3，以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取：自动化MagAttract v.2，自动化植物Magattract V.3，自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。
生命的桑格树碎片DNA清理：手动SPRI
使用sanger of Life of Life HMW DNA碎片剪切的DNA：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于PACBIO HIFI协议，使用0.6倍Ampure PB珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于LI PACBIO协议，使用1倍Ampure Pb珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：用于ULI PACBIO协议的G-Tube，使用0.6倍AMPURE PB珠与DNA体积的比例。为了允许执行QC并满足Sanger进行测序的内部需求，在步骤13中添加了49 µL的EB（3 µl为QC，45.4 µL用于测序），但是可以使用任何数量的EB缓冲液来洗脱剪切的DNA。
桑格生命之树HMW DNA碎片：Covaris g- ...
本协议描述了通过生命HMW DNA提取方案制备的样品中的HMW DNA的离心介导的HMW DNA片段化。该协议使用Covaris g-tube产生8–10 kb尺寸范围的片段。剪切的DNA适用于下游长读取测序，包括超低输入（ULI）库制备后的PACBIO测序。这个过程对于生命树计划中所有分类学组的DNA提取物非常有效。该协议的输出是剪切的DNA，可以使用手动或自动SPRI协议将其针对碎片的DNA清除。
桑格生命之树HMW DNA提取：手动magAttract
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA，不包括植物和真菌，用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用，因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
Sanger 生命之树 HMW DNA 碎片化：用于 PacBio HiFi 的 Diagenode Megaruptor®3
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效，DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而，具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本，以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA，可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation：Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio，以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction：Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
基于培养的和桑格测序方法，以发现新热带体育馆中叶子膜内生菌的多样性
基于培养和桑格的疗效的方法，以发现新热带体育馆内植物的多样性，巴拿马大学，自然科学学院，精确和技术学院，微生物学和寄生虫学系，巴拿马。 div>bethancourtita61@gmail.com https://orcid.org/0009-0006-6060-0640 Ariadna Bethancout，巴拿马大学，自然科学，精确和技术学院，精确和技术，微生物学和Parasitology，Panama。 div>ariadna.bethancourt@up.ac.pa https://orcid.org/0009-0009-6488-3264 lilisbethRodríguez-巴拿马大学，botany Spent，Botany Sletments，Panama，Panama Botany Sleotity，Panama，Panama。 div>lili_0990@outlook.es https://orcid.org/0000-0000-0002-4307-5956豪尔赫·门迪塔（Jorge Mendieta），巴拿马大学，自然科学学院，精确与技术学院，杂技，巴拿马植物学系。 div> mendi_ja@yahoo.es https://orcid.org/0009-0003-6576-5004 Armando A. Durant Archiboldlili_0990@outlook.es https://orcid.org/0000-0000-0002-4307-5956豪尔赫·门迪塔（Jorge Mendieta），巴拿马大学，自然科学学院，精确与技术学院，杂技，巴拿马植物学系。 div>mendi_ja@yahoo.es https://orcid.org/0009-0003-6576-5004 Armando A. Durant Archibold
小基因组的桑格方法。博士...
技术背后的概念相似。它将荧光核苷酸一一添加到DNA模板螺纹中，该螺纹在NGS和Sanger序列中生长DNA聚合酶（也称为二氧基或CAPS电泳序列）。由每个添加的核滴荧光标签定义。
sangerflow，一种基于桑格测序的生物信息学管道，用于害虫和病原体识别
为了在此处演示Sangerflow性能，我们使用了两个测试数据集，这些数据集由PCR Sanger测序前进和反向读取。首先，我们使用Geneious 6手动从前序列和反向序列中删除了模棱两可的核苷酸（表5），对它们排列，提取了共识序列，并最终使用Geneeious 6使用Web BlastN 16在NCBI数据库中搜索它们。然后，我们在同一数据集的FASTA文件上运行了Sangerflow管道，该数据集自动为每个示例提供了BLASTN输出（表6）。但是，由于sangerflow的输入和输出文件是FastA格式，因此对修剪序列没有可视化。最后，我们比较了sangerflow衍生的BLASTN输出与手动处理的输出（表7）。结果的比较证明了手动分析和桑格洛之间的一致性（表7）。
用户指南：Sanger排序
PCR “strip” tubes ....................................................................................................................... 9 PCR 96-well plates ..................................................................................................................... 9 PCR 384-well plates ................................................................................................................... 9 Examples for sample and primer submission ................................................................................. 9 DNA S AMPLE P REPARATION .............................................................................................................. 14 P RIMER P REPARATION ..................................................................................................................... 16
通用引物列表DNA Sanger测序
Cogentech S.R.L.福利公司的成员属于IFOM的管理和协调 - 分子肿瘤学基金会通过Adamello 16，20139年意大利米兰 - 股本€1,100,000 i.v.本地单位：C/O SICILIL S.C.P.A.的科学和技术公园-Z.I。 Palma I Block，V。Lancia，57-95121 Catania P. Iva，C。F。和在米兰公司，Monza，Brianza和Lodi的公司登记册中注册。 04641450962 -R.E.A. MI-1763886 www.cugentech.it |序列service@cogentech.it | ph。 +39 02 57430 3210/3207-Z.I。Palma I Block，V。Lancia，57-95121 Catania P. Iva，C。F。和在米兰公司，Monza，Brianza和Lodi的公司登记册中注册。 04641450962 -R.E.A.MI-1763886 www.cugentech.it |序列service@cogentech.it | ph。+39 02 57430 3210/3207