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结合谱系追踪和 scRNA-seq 揭示......
摘要 在哺乳动物发育过程中，左心室和右心室分别来自被称为第一和第二心脏区的早期心脏祖细胞群。虽然这些群体已在非人类模型系统中得到广泛研究，但由于获取原肠胚期人类胚胎的伦理和技术限制，它们的鉴定和体内人体组织研究受到限制。人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 因其已证实能够分化成所有胚胎胚层的能力而成为模拟早期人类胚胎发生的一种令人兴奋的替代方案。在这里，我们描述了 TBX5/MYL2 谱系追踪报告系统的开发，该系统允许识别 FHF 祖细胞及其后代，包括左心室心肌细胞。此外，我们使用基于寡核苷酸的样本多路复用的单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)，在两个独立的 iPSC 系中广泛分析了 12 个时间点的分化 hiPSC。令人惊讶的是，我们的报告系统和 scRNA-seq 分析显示，使用基于小分子 Wnt 的 2D 分化方案，FHF 分化占主导地位。我们将这些数据与现有的小鼠和 3D 心脏类器官 scRNA-seq 数据进行了比较，并证实了我们 hiPSC 衍生的后代中左心室心肌细胞 (>90%) 占主导地位。总之，我们的工作为科学界提供了一种强大的新遗传谱系追踪方法以及正在经历心脏分化的 hiPSC 的单细胞转录组图谱。
SEQ创新经济基金申请表
成功申请人聘用或雇用的与管理拟议基础设施建设直接相关的人员（例如，获批项目的项目经理的工资），但不包括行政职责和管理费用。 • 购买、安装和/或调试固定厂房和设备所需的费用 • 与承认州和澳大利亚政府资助相关的所有费用
NIDAP上的CCBR单细胞RNA-SEQ工作流程
•用条形码凝胶珠划分的细胞•cDNA末端的细胞条形码和唯一分子标识符（UMI）•〜2000的中位基因平均检测到每个细胞的平均测序读数〜50,000个平均测序读数•基因级数数据
心脏的细胞RNA-seq揭示了细胞间交流...
抽象的心肌纤维化是糖尿病引起的心肌病的特征病理学。因此，对心脏异质性和细胞间相互作用的深入研究可以帮助阐明糖尿病心肌纤维化的发病机理，并确定治疗该疾病的治疗靶标。在这项研究中，我们研究了小型触发/链霉菌素诱导的单细胞分辨率的小鼠心脏心脏心脏心脏纤维化的细胞间通信驱动因素。间膜和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络揭示了配体 - 受体相互作用的关键变化，例如PDGF（S）–pDGFRA和EFEMP1 – EGFR，在促进熟悉熟悉的启发型熟悉熟悉的过程中，促进了熟练的启发，以促进锻炼的发展。 PDGFRA轴的特定抑制作用可以显着改善糖尿病心肌纤维化。 我们还鉴定了与病理外基质基质重塑相关的表型不同的HRC HI和HI成纤维细胞亚群，其中发现HRC HI成纤维细胞在糖尿病条件下是最有成熟的。 最后，我们验证了ITGB1中心基因介导的HRC HI成纤维细胞中糖尿病性心肌纤维化的细胞间通信驱动因素，并通过AAV9介导的ITGB1敲低糖尿病小鼠心脏确认了结果。 总而言之，心脏细胞图提供了对糖尿病心肌纤维化过程中参与病理细胞外基质重塑的细胞间通信驱动因素的新见解。间膜和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络揭示了配体 - 受体相互作用的关键变化，例如PDGF（S）–pDGFRA和EFEMP1 – EGFR，在促进熟悉熟悉的启发型熟悉熟悉的过程中，促进了熟练的启发，以促进锻炼的发展。 PDGFRA轴的特定抑制作用可以显着改善糖尿病心肌纤维化。我们还鉴定了与病理外基质基质重塑相关的表型不同的HRC HI和HI成纤维细胞亚群，其中发现HRC HI成纤维细胞在糖尿病条件下是最有成熟的。最后，我们验证了ITGB1中心基因介导的HRC HI成纤维细胞中糖尿病性心肌纤维化的细胞间通信驱动因素，并通过AAV9介导的ITGB1敲低糖尿病小鼠心脏确认了结果。总而言之，心脏细胞图提供了对糖尿病心肌纤维化过程中参与病理细胞外基质重塑的细胞间通信驱动因素的新见解。
通过诱导seq
图2：与替代性DSB测序技术相比，诱导seq表现出无与伦比的灵敏度和动态范围。（a）诱导seq同时检测高度复发的诱导DSB和低级内源性DSB，并以高分辨率。基因组浏览器视图（IgV）诱导seq读取映射到HEK293T细胞的10MB部分，随后与限制性核酸内核酸内切酶Hindiii进行原位裂解。（顶部面板）高度复发性酶诱导的断裂表示在低分辨率（10MB，0-1000读物）时的绝大多数读数。（底部面板）高分辨率视图（粉红色的亮点，500kb，0-20读取）显示出未处理样品中存在的低水平的单源性断裂，以及在复发性印度诱导的突破（绿色亮点）中。（b）诱导seq读取的映射在Hindiii目标位点显示了断裂两侧的单核苷酸断裂映射的精度。（c）对经过治疗和对照样品的每个细胞测量的断裂定量。诱导seq在样品之间的3个数量级上定量检测到每个细胞的断裂。（d和e）通过酶Hindiii和ecorv检测体外裂解限制位点时诱导seq和dsbapture之间的比较。（d）使用诱导seq映射到测序和对齐基因组的读取和对齐基因组的比例更大。（e）使用少800倍的细胞，诱导seq鉴定了与DSBCAPTURE确定的ECORV（93.7％）相似的Hindiii限制位点（92.7％）。（f）使用诱导seq的诱导DSB检测的动态范围。除了在印度内目标序列（AAGCTT）上鉴定出的断裂外，还确定了多个1BP和2BP不匹配靶向位点。诱导seq测得的诱导的休息事件，跨越了8个数量级，从在印度内靶标地点确定的约1.5亿次断裂到最少频繁的脱离目标的5个断裂。（g）在检测ASISI诱导的活细胞中诱导的疾病，DSBCAPTURE和BLISS之间的比较。将测序的读取数（顶部面板）与每个实验（底部面板）识别的ASISI位点的数量进行了比较。诱导seq使用比DSBCAPTUE少的40倍读数检测到最大数量的ASISI位点，而读取的读数比Bliss少23倍。
NEXTFLEX® 快速 DNA 测序试剂盒 2.0 (1 ng
NEXTFLEX® Rapid DNA-Seq Kit 2.0 专为约 3 小时构建 DNA 文库而设计，包含 1 ng – 1 µg 碎片 DNA。此试剂盒不推荐用于 FFPE 样本。该试剂盒可用于使用 Illumina® 和 Element® 平台为单端或双端测序准备多路复用文库。此外，多达 1536 个独特适配器条形码的可用性有助于实现高通量应用。如果执行定量测序应用（如检测低频变异或罕见体细胞突变），请考虑使用我们的 NEXTFLEX® UDI-UMI 条形码。
单细胞RNA-SEQ分析揭示了BHLHE40驱动Pro
抽象的客观先天免疫在胰腺导管腺癌（PDAC）中起着重要作用，作为非T细胞富集的肿瘤。中性粒细胞是先天免疫系统的主要参与者。在这里，我们旨在探索PDAC中嗜中性粒细胞的异质性和促肿瘤机制。Design We analysed single-cell transcriptomes of peripheral blood polymorphonuclear leucocytes (PMNs) and tumour-infiltrating immune cells from five patients with PDAC, and performed immunofluorescence/ immunohistochemistry staining, multi-omics analysis and in vitro experiments to validate the discoveries of bioinformatics analysis.结果探索了肿瘤相关嗜中性粒细胞（TAN）的异质性的结果表明，与预后不良，炎症亚群（TAN-2）相关的终末分化了肿瘤的亚群（TAN-1），炎症亚群（TAN-2），这是一种过渡性的过渡阶段，这些阶段刚刚迁移到肿瘤的微观群（TAN-STERIMED STERMATIENT）竞争（TAN-3）和sumportuntim profestratient profestration profestration propperting（TAN-3） （tan-4）。糖酵解特征沿中性粒细胞过渡轨迹上调，而TAN-1则具有过度激活的糖酵解活性。TAN的糖酵解开关通过转录组学，蛋白质组学和代谢组学分析的综合多词方法验证。通过LDHA过表达通过中性粒细胞样分化的HL-60（DHL-60）细胞激活糖酵解活性。促肿瘤和免疫抑制功能。的机理研究表明，BHLHE40在低氧下游和内质网应激下游是中性粒细胞对TAN-1表型的极化的关键调节剂，并且通过染色体素免疫原蛋白免疫原化鉴定证明了tan-1标记基因上BHLHE40的直接转录调节。重要的是，PDAC组织的免疫组织化学分析揭示了BHLHE40 +中性粒细胞的不利预后值。结论本研究揭示的晒黑棕褐色的动态特性将有助于推进针对先天免疫力的PDAC治疗。
ATAC -SEQ分析-BARC
1。预先对准质量控制2。对齐读与基因组3。分配后过滤4。分配后质量控制5。峰（可访问区域）调用6。评估以FRIP评分（与CHIP-SEQ相同）7。峰值的黑名单过滤（与chip-seq相同）
诱导seq：下一代风险评估的新工具
图1。通过音量调查的非负矩阵分解（VRNMF）提取的最佳组件数量。评估了从5到20的一系列组件，确定15个成分是提取的最佳数字。在这15个组件中，14通过反射测试，对应于9个基础过程。图2。提取成分的反射矩阵显示了组件光谱与反向补体光谱之间的相关性。具有与自身反向补体相关的频谱的组件对称。频谱与另一个成分的反向补体相关的组件被描述为一对不对称组件。图3。组件的完整频谱12。频谱显示了1024 5bp序列中每个序列对签名的整体轮廓的贡献。图4。相对于复制启动的位点，组件2和5的平均信号。组件2和5的强度相对于复制启动的位点显示了增加。