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具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc
一种基于子宫内膜异位症患者的人类唾液样本
1索邦大学医院托管医院的妇产科和生殖医学系，法国75020，巴黎75020； yohann.dabi@gmail.com（y.d。）; cyril.touboul@gmail.com（c.t.）; Anne.puchar@aphp.fr（A.P。）; emile.darai@aphp.fr（E.D。）2临床研究小组（RCM）巴黎6：子宫内膜异位专家中心（C3E），索邦大学（RCM6 C3E SU），75020巴黎，法国，法国3癌症生物学和治疗学，Saint-Antoine Research Center（CRSA），Sorbonne University，Sorbonne University，Sorbonne Universiti 69003法国里昂； stephane@ziwig.com 5巴黎脑部ICM脑部ICM，索邦大学，Inserm U1127，CNRS UMR 7225，AP-HP-HP-HPITAL PITII piti piti piti-salpê-Salpê分类，75013 Paris，法国，法国； ludmila.jornea@icm-institte.org 6 Gentoyping和测序核心设施，Igenseq，大脑研究所和Marrowépinipini，ICM，iCm，h。piti piti piti-salpê-sallp sort，47-83 Boulevard de l'h h华pital pital，75013 Paris，75013 Paris，75013 Paris，france，France; delphine.boutiller@icm-institut.org *通信：sofifane.bendifallah@aphp.fr;这样的。： +33-1-56-01-73-18
SHSS服务模型概述
不列颠哥伦比亚省政府（卑诗省）正在向行业，土著人民，验证和验证机构以及环境非政府组织共享信息，以对CCSP草案中的监视和维护要求进行拟议的修订。本讨论文件是2023年9月16日至2023年12月14日在CCSP上的初次参与的后续行动，然后是2024年6月5日发布的“我们听到的报告”。本文是针对CCSP中常规（石油/天然气或盐水）储层的100年监测期内收到的评论的响应，并提供了多种选择，以确保卑诗省的碳固执。是永久的，与最佳实践保持一致，并且项目能够进行。
儿童创伤性脑损伤的神经系统后遗症
摘要简介：创伤性脑损伤 (TBI) 是指任何损害颅骨和/或大脑的损伤。在巴西，这种疾病是导致疾病的重要原因，导致高昂的医疗费用和长期的住院时间。关于儿童和青少年颅内创伤的讨论仍然很少。本研究旨在分析 2012 年至 2022 年巴西年轻人 TBI 的流行病学情况。我们利用 DATASUS 提供的信息，对这一时期 0 至 19 岁人群的颅内创伤进行了描述性和分析性研究。评估显示，住院人数为 247,116 人，死亡人数为 8,936 人，死亡率为 3.61%。辩论强调，由于治疗感染或清除脑内血肿所必需的手术和临床程序费用高昂，这个年龄段的年轻人的发病率和死亡率更高。出院后的治疗费用是一个很少被讨论的话题，尽管它与后遗症的治疗、新伤害的预防和专业的多学科监督有关。总之，年轻人中的 TBI 是一个具有重大社会意义的问题，会造成不良影响并造成大量死亡。因此，制定旨在减少这些创伤事故的预防策略至关重要。
使用1,3 -D iaminopane修饰的聚（丙烯腈-a丙烯酸-a差异），将强力霉素和甲米酸从液相隔离：等距，Ki
由于人类和动物的疾病治疗日常食用而导致的水生环境中药物残留物的抽象积累会导致长期影响。这项研究评估了基于聚合物的吸附剂，1,3-二氨基丙烷修饰的聚（丙烯腈 - 丙烯酸）（DAP-POLY（ACN/AA）），用于吸收多克塞环（DoxycyCycline（dox）（dox）和mefeanamic losic（mefa）的吸附剂。正如FTIR光谱和微分析结果所暗示的，聚（ACN/ AA）共聚物与DAP的化学修饰成功。SEM分析表明，与聚（ACN/AA）共聚物（133 nm）相比，修饰的共聚物具有较大的粒径，为156 nm。研究了吸附剂剂量，接触时间，pH和初始浓度对DOX和MEFA化合物吸附的影响。DIV> DOX和MEFA的动力学研究非常适合伪二级模型，化学吸附是速率控制的步骤。平衡等温线在以下顺序上具有适当性：Langmuir模型> Freundlich模型> Temkin模型。DOX和MEFA的最大吸附能力分别为210.4 mg/g和313.7 mg/g。出色的高吸附能力表明，DAP-修改的聚（ACN/ AA）共聚物是治疗吸附系统中DOX和MEFA轴承废水的潜在吸附剂。关键字：共聚物；强力霉素；等温；动力学药物；甲酸酸;聚（丙烯腈 - 丙烯酸）
研究文章通过林业碳固化：一种微分方程方法
通过林业进行的碳固化代表了一种有希望的方法，可以部分抵消驱动气候变化的人为温室气体排放。树生长自然从大气中去除二氧化碳，将其作为生物量储存。可持续管理的森林可以有效地充当碳汇。但是，确定最佳林业政策涉及平衡复杂的生态动态与经济限制。这项研究开发了微分方程模型，以定量捕获森林生长，木材收获和碳固算动力学。逻辑模型首先是为了模拟代表性树种的生物量积累。生命周期的生长模式跨越了成熟的阶段，并结合了气候效应。生物量水平与大气中的二氧化碳去除率成正比。通过纳入收获诱导的生物量减少来分析森林砍伐的影响。实施可持续性限制，以确保收获旋转的最小可行树密度。优化技术然后确定给定生态稳定考虑因素最大化经济回报的管理指南。目标是为旋转长度，播种密度以及允许的削减量提供定量见解，以维持气候变化缓解和商业需求。发现可以为基于科学的林业政策提供信息，以利用森林作为可持续的天然碳汇。
majiq-clin：一种新的工具，用于鉴定来自RNA-Seq Data
图1：A：Majiq使用剪接图（由局部剪接变化（LSV）组成）量化剪接。LSV定义为一组进入或从参考外显子出发的连接。对于每个结，Majiq估计在（PSI或ψ）中剪接的百分比，这是一个连接用法的度量。b：Majiq-临床检测两种类型的异常值，离群LSV（OLSV）和私有LSV（PLSV）。OLSV是异常值，其中患者和对照之间的剪接图是相同的，但是PSI却不同。plsv是患者独有的剪接变体，在控制集中最小示例（用户定义，默认情况1）中包含。c：Majiq-Clin作为来自患者和对照组的输入RNA-seq数据以及GFF3注释。然后，Majiq-build为每个基因构建一个剪接图并进行混杂校正。PLSV。clin然后为每个患者创建组合剪接图和对照组，并使用majiq-drigant量化LSV。clin然后向临床医生输出候选LSV和基因列表，按类型（PLSV，OLSV）和ψ-GAP订购。d：与1、10、50个线程的运行时和内存使用情况比较。顶行：LeafCutterMD使用默认的BAM-to-gunc步骤（无与伦比）运行。中间行：与上面相同，但内部脚本添加到并行化叶cuttermd bam-to-gunc（虚线）。
法国晚期黑色素瘤序贯治疗策略在现实生活中的成本效益分析
1 Department of Biostatistics and Epidemiology, Gustave Roussy, Paris-Saclay University, 94800 Villejuif, France 2 Oncostat-U1018, Inserm, Paris-Saclay University, “Ligue Contre le Cancer” Labeled Team, 94800 Villejuif, France 3 Dermatology, Hospices Civils de Lyon Hospital, Cancer Research Center of Lyon, Claude Bernard University, 69100 Lyon, France 4 Department of Dermatology, Universit é de Paris, DMU ICARE, AP-HP H ô pital Saint Louis, 75010 Paris, France 5 INSERM U976 HIPI, Team 1, F-75010 Paris, France 6 CHRU Lille, INSERM, Lille University, U1189 Lille, France 7 Dermatology, Montpellier Hospital, 34000 Montpellier, France 8 Dermatology, Bordeaux Saint-Andr é医院，法国33000 Bordeaux，格林布尔医院9皮肤病学，38000法国格勒诺布尔10皮肤病学，Dijon医院，21000，法国Dijon，法国11尼斯医院，尼斯医院，尼斯，法国12皮肤病学200布雷斯特，法国14皮肤病学，援助，公共援助巴黎，巴黎，比卡特医院，法国75018，法国75018，15皮肤病学，阿米斯医院，法国80000，法国阿米恩斯16年皮肤病学，安妮科医院，安纳西医院，74370，法国74370法国17 Dermatology，Bordeaux Hosital，Borordeaux Hositally bord Quee vice vice。 18 皮肤科，巴黎公共医院援助，阿维森纳医院，75004 巴黎，法国 19 CLCC 雷恩欧仁侯爵，35000 雷恩，法国 20 皮肤科，贝桑松医院，25000 贝桑松，法国 21 皮肤科，La Timone 医院，13005 马赛，法国 22 皮肤科，南锡医院，54000 南锡，法国 23 皮肤科，尼姆医院，30900 尼姆，法国 24 皮肤科，雷恩医院，35033 雷恩，法国 25 皮肤科，南特医院，44200 南特，法国 26 GRADES 团队，巴黎-萨克雷大学，91400 萨克雷，法国 * 通讯地址：isabelle.borget@gustaveroussy.fr
genepi：用于整个基因组测序分析的GPU增强的下一代生物信息学管道
驱动了对高级计算基础架构进行分析这些大数据集的需求。这项工作的目的是引入一条创新的生物信息学管道，名为Genepi，以进行WGS简短配对读数的有效和精确分析。构建在具有模块化结构的NextFlow框架上，Genepi结合了GPU加速算法并支持多种工作流程配置。管道可自动从生物学WGS数据中提取生物学相关的见解，包括：与疾病相关的变体，例如单核苷酸变体（SNV），小插入或缺失（Indels），拷贝数变体（CNV）和结构变体（SVS）。针对高性能计算（HPC）环境进行了优化，它利用了工作 - 安排的提交，并行处理以及为每个分析步骤量身定制的资源分配。对合成数据集进行了测试，Genepi准确地识别了基因组变量，并且具有与最新工具相当的性能。这些功能使Genepi成为研究和临床环境中大规模分析的宝贵工具，这是朝着建立国家计算和技术医学中心的关键一步。
整个外显子和整个基因组测序（非...
筛查和评估个体的疾病时，当不符合快速整体外显子组测序（RWES），快速整个基因组测序（RWGS）或超增强整个基因组测序（URWGS）的使用时，尚未证实，并且不是医学上必不可少的。整个转录组测序和整个基因组光学映射被认为未经证实，并且由于疗效的证据不足而在医学上无需医学上。注意：癌症的评估已在标题为“分子肿瘤学伴侣诊断测试”，分子肿瘤学测试，用于血液学癌症诊断，预后和治疗决策的分子肿瘤学测试以及用于固体肿瘤癌症诊断，预后和治疗决策的分子肿瘤测试。此外，整个外显子和整个基因组测序的政策（非肿瘤条件）仅限于门诊环境中的基因检测或从住院环境出院时。医疗记录文件用于审查卫生服务的福利覆盖范围由成员特定的福利计划文件和可能需要特定服务覆盖的适用法律确定。可能需要医疗记录文件来评估成员是否符合承保范围的临床标准，但不能保证对所请求的服务的承保范围；请参阅标题为“医疗记录”文档的协议。