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自然界中端粒相关序列的分布
关于端粒区的结构，一个共同的主题正在出现。染色体末端带有多个串联重复的简单卫星状 DNA（2）。除了染色体末端的简单序列外，端粒附近的区域通常还带有长段中间重复 DNA（1、10、13、15、18、24）。在酿酒酵母中，染色体以 200 到 600 个碱基对的不规则序列 C1_3A 结束（17、23；图 1）。此外，在 DNA 末端附近发现了两个中间重复元素，称为 X 和 Y'（8、9）。Y' 是一个高度保守的元素，长度为 6.7 千碱基（kb）（8、9）。 X 是一种比 Y' 保守性更低的元件，大小范围为 0.3 至 3.75 kb，位于 Y' 的着丝粒附近（8, 9）。C1_3A 重复序列的内部序列以及 DNA 复制的推定起点（自主复制序列）与 X 和 Y' 相关（7, 21）。这些特性与端粒相关序列在复制、重组或端粒区域修复中发挥作用相一致。已经开发出凝胶系统，可以分离完整的酵母染色体 DNA 分子（4, 16）。已记录了菌株 YNN281、A364a、DCO4 和 AB972（5）中每条染色体在一个系统（正交场交替凝胶电泳 [OFAGE]）中的行为。通过改良的凝胶插入法 (16) (5) 从这些菌株中制备 DNA，并进行 OFAGE 处理。将 DNA 转移到硝酸纤维素上并与 X 和 Y' 特异性探针杂交 (20)（图 2）。通过琼脂糖凝胶分离 1.7 kb NcoI 片段，从 YRp12O (9) 制备 X 特异性探针。通过分离 1.7 kb BglII 片段，从 YRpl31b (9) 制备 Y' 特异性探针，该片段被亚克隆到 BamHI 消化的 M13 mpl8 中。从 pYtl03 (17) 切下 125 碱基对 HaeIII-MnlI 片段，其中包含 82 碱基对 C1_3A 重复序列。杂交探针来自据报道不含 C1_3A 重复序列的 X 和 Y' 区域。这一点已通过以下事实得到证实：源自 pYtl03 的真正的 C1_3A DNA 既不与 X 也不与 Y' 探针杂交。为探针选择的 X 区域在不同的 X 元素中是保守的 (8, 9)。表 1 中显示的数据是从 17 种不同的凝胶中汇编而来的，这些凝胶的切换间隔范围为 20 到 80 秒。每个菌株的 X 和 Y' 分布模式不同（图 2 和 3）。每个菌株中至少有三条最小染色体中有一条不与 Y' 探针杂交，在三个菌株中，五条最小染色体中的两条不与 Y' 探针杂交
将Sanger序列组装到参考
）在重叠群开始时放大残留物。将紧凑性设置为不紧凑的侧面面板，以便您可以看到每个读取的跟踪数据。单击侧面面板顶部的查找冲突按钮，或按Space键查找读数之间存在分歧的第一个位置；您也可以使用'，'和'。在冲突之间来回移动的密钥（见图7）。
全体形态序列的边界动力学，非...
我们考虑了全体形态映射的序列f n：u→u→u→n∈N，在正确的，简单地在复杂平面c的相互连接的子域之间，并证明了有关序列（f n（z））之间关系的结果，其中z是u和（f n（f n（ζζ））的内部点，位于U边界中。通常，映射f n并未在u的边界上定义，但是我们将引入f n的“径向扩展”，在许多情况下，对于谐波措施，在许多情况下，在许多情况下存在，在这种情况下 - 在这种情况下，我们说f n具有“完全径向扩展”到∂u；有关详细信息，请参见第2节。为简单起见，我们使用符号f n也参考了在这些边界点处的原始地图的扩展。
使用奴才序列对SARS-COV-2分析
我们将要使用的数据是武汉海鲜市场肺炎爆发的元文字小奴才数据集[Chan等，2020]。对疾病的病毒进行采样涉及从患者那里获得痰，喉咙或鼻咽拭子或支气管肺泡灌洗液（BALF）样品。因此，样品将包含来自非病毒源的RNA。该数据集是使用独立于序列的单播放扩增（SISPA）方案来制备的，以进行其他病毒序列富集。
通过 TALEN 和 CRISPR/... 破坏 miRNA 序列
摘要 微小RNA（miRNA）是真核生物中起作用的20-24个核苷酸（nt）小RNA。miRNA的长度和序列不仅与miRNA的生物发生有关，而且对下游生理过程（如ta-siRNA产生）也很重要。为了研究这些作用，在成熟的miRNA序列中产生小突变是有益的。我们使用TALEN（转录激活因子样效应核酸酶）和成簇的规则间隔短回文重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白9（Cas9）在成熟miRNA序列中引入可遗传的碱基对突变。对于水稻，TALEN构建体针对五种不同的成熟miRNA序列构建，并产生可遗传的突变。在产生的突变体中，mir390 突变体表现出茎尖分生组织 (SAM) 的严重缺陷，这是一种无茎表型，可以通过野生型 MIR390 来挽救。小 RNA 测序表明 mir390 中的两个碱基对缺失会严重干扰 miR390 的生物合成。在拟南芥中，CRISPR/Cas9 介导的 miR160* 链编辑证实了 miRNA 的不对称结构不是二次 siRNA 产生的必要决定因素。使用双向导 RNA 的 CRISPR/Cas9 成功生成了具有片段缺失的 mir160a 无效突变体，其效率高于单向导 RNA。Col-0 和 Ler 背景下 miR160a 突变体的表型严重程度之间的差异凸显了 miR160a 在不同生态型中的不同作用。总的来说，我们证明 TALEN 和 CRISPR/Cas9 均能有效地修改 miRNA 前体结构、破坏 miRNA 加工并产生 miRNA 无效突变植物。
基因序列可视化 - HAL lirmm
从 DNA 微阵列分析中获得的大量生物数据中提取知识的技术可以发现以前未知的知识。然而，这些技术通常会产生许多专家不易操作的结果。我们提出了一种工具，专门用于支持这些专家在提取过程后获取知识的过程中进行使用和利用。该工具基于 3 种可视化技术（云、太阳系和树形图），使生物学家能够捕获大量模式（有序的基因序列）。
研究孕早期开始的学生的研究序列
您必须遵循研究顺序，以确保您能够按时完成课程中的所有科目。主题产品可能会在会议开始之前改变；建议学生检查有关该主题数据库的最新信息。如果您对了解学习顺序有任何一般性询问，则可以致电+61 2 9266 1300与BAL Central联系。如果您对学习顺序有任何疑问，则可以联系您的学术课程董事。学术课程列表的董事可以在此处找到：https：//www.sydneybusinessschool.edu.au/student/student/student-resources/directors-of-academic-programs/