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DNA交响曲：一种表示基因组序列的新方法
摘要 - 来自生物种类的基因组序列可以以“基因组signation”为图形表示。此表示形式提供了有关K-MER大小不同的寡核苷酸频率的信息。此外，基因组序列也可以由音频信号表示，通过将每种寡核苷酸或蛋白质转换为一定范围的音频频率获得。尽管音频表示策略提供了一个有趣的结果，但它们仅使用部分基因组序列。至今不存在考虑完整基因组序列的方法。这项工作通过使用一组完整的基因组序列组成多相信号，提出了一种用于基因组音频表示的新方法。此处通过第一次提取每个序列的基因组特征来描述此方法。然后，为了获得音频信号，通过将每个值标准化为可听见的频谱，将二维基因组特征转化为一维序列。最后，每个信号取决于序列的数量，在不同的通道上播放以生成多形轨道。实验结果和音频分析表明，所描述的方法从原始序列中保留了主要模式和基因组结构。
使用GREP查找并计算...
简介：GREP是一种命令行工具，用于搜索特定的字符字符串。它为您提供包含您要寻找的字符串的文件中的行。它可以将结果打印到屏幕上或将其保存在新文件中。- 查看底漆序列并将其保存到新文件中：grep -s'taaacttcagggtgaccaaaaaaaaatca'query_file.file.fasta> output1.fasta此命令在文件query_file.fasta中查找所涉及的序列，并将其保存到uptum1.fasta中。GREP中的-s选项用于抑制有关不存在或不可读取文件的错误消息。当您将-s与GREP一起使用时，它会默默地忽略这些错误，而不是显示它们。- 将先前的线与查询行伸入一个新文件中：添加“ -b 1”使您可以将上一行带有包含所讨论的字符串的行。这对于获取FASTA文件的DNA序列和标题线很有用。grep -b 1 -s'taaacttcaggggggggggtgaccaaaaaaatca'query_file.fasta> output1.fasta -fasta -fasta -cousting with Grep：GREP也可以用于计数。例如：grep -c'taaacttcaggggggtgaccaaaaaaaatca'infile.fasta计数其中有多少个这些序列字符串出现在infile.fasta中。- 搜索多种模式：您还可以使用GREP在同一命令中找到作为一组模式。GREP将打印包含您指定的任何模式中的任何一种的行。为此，将其运行如下：三个（OR）的任何一个：GREP'tatter1 | pattern2 | pattern3'fileName所有三个模式（和）grep'tatter 1'fileName | GREP'pattern2'| grep'pattern3' - 在或示例中| |它代表或示例中或示例中，它将输出从一个命令传输到另一个命令。
表S1。定量实时PCR的底漆序列 实施工作记忆操作的基础神经系统 nodose神经节发育的分子表征揭示了小鼠中新型的phox2b+神经胶质祖细胞
表S1。 定量实时PCR的引物序列表S1。定量实时PCR的引物序列
构建狨猴大脑中的预测听觉序列层次
摘要 我们的大脑不断对感官输入做出预测，并将其与实际输入进行比较，通过大脑区域的层次结构传播预测误差，随后更新对世界的内部预测。然而，预测编码的基本特征、层次深度的概念及其神经机制仍未得到充分探索。在这里，我们结合功能性磁共振成像 (fMRI) 和高密度全脑皮层电图 (ECoG)，在听觉局部-全局范式中研究了狨猴的预测听觉处理的层次深度，其中刺激的时间规律被设计为两个层次。预测误差和预测更新被视为对听觉不匹配和遗漏的神经反应。使用 fMRI，我们确定了听觉通路上的层级梯度：中脑和感觉区域代表局部、较短时间尺度的预测处理，随后是联想听觉区域，而前颞叶和前额叶区域代表整体、较长时间尺度的序列处理。互补的 ECoG 记录证实了皮质表面区域的激活，并进一步区分了预测误差和更新信号，它们分别通过假定的自下而上的 γ 和自上而下的 β 振荡传输。此外，由于输入缺失而引起的遗漏反应仅反映了层级预测编码框架所特有的两个预测信号水平，证明了听觉、颞叶和前额叶区域自上而下的层级预测过程。因此，我们的研究结果支持分层预测编码框架，并概述了如何使用神经网络和时空动态来表示和安排狨猴大脑中听觉序列的分层结构。
Zseeker：一种用于基因组序列中Z-DNA检测的优化算法
抽象Z-DNA是一种替代的DNA的左手螺旋形式，具有锯齿形的主链，与右手规范的B-DNA螺旋不同。Z-DNA已与各种生物学过程有关，包括转录，复制和DNA修复，并可以诱导遗传不稳定性。交替的嘌呤和嘧啶的重复序列具有采用Z-DNA结构的潜力。Zseeker是一种开发的新型计算工具，用于准确检测基因组中潜在的Z-DNA形成序列，从而解决了先前方法的局限性。通过引入一种通过实验数据知情和验证的新方法，Zseeker可以很好地检测潜在的Z-DNA形成序列。同时构建了独立的Python软件包，又是可访问的Web界面，Zseeker允许用户通过可下载的可视化来输入基因组序列，调整检测参数并查看潜在的Z-DNA序列分布和Z分数。我们的Web平台提供了用于Z-DNA标识的无代码解决方案，重点是可访问性，用户友好性，速度和自定义性。通过提供有效的高通量分析和增强的检测准确性，Zseeker具有支持在理解Z-DNA在正常细胞功能，遗传不稳定性及其在人类疾病中的影响方面的作用方面的重大进步。可用性：Zseeker以GPL许可证作为多平台应用程序作为Python包发行，可在以下网址获得：https：//github.com/georgakopoulos-soares-soares-lab/zseeker。Zseeker的Web-Interface可在https://zseeker.netlify.app/上公开获得。关键字：Z-DNA，算法设计，搜索工具，Web接口
pycofits-评估RNA和蛋白质序列的健身景观
准确地预测突变对蛋白质和RNA稳定性和功能的影响是构成生物学的长期问题。实现此目标将对诸如蛋白质设计等大量应用有益（Coluzza 2017，Pucci等人。2022），遗传变异的解释（Gerasimavicius等人2020，Iqbal等。 2020）和抗生素耐药性（Woodford and Ellington 2007）。 通过下一代测序技术的发展，可以利用过去十年来提供的大量序列，以估计突变的EF效果。 的确，同源蛋白或RNA的多个SE验证比对（MSA）中的保守位点通常在功能或结构上重要的位点表征。 因此，这些位点的突变不能很好地耐受，并且在进化过程中通常被去除。2020，Iqbal等。2020）和抗生素耐药性（Woodford and Ellington 2007）。通过下一代测序技术的发展，可以利用过去十年来提供的大量序列，以估计突变的EF效果。的确，同源蛋白或RNA的多个SE验证比对（MSA）中的保守位点通常在功能或结构上重要的位点表征。因此，这些位点的突变不能很好地耐受，并且在进化过程中通常被去除。
类型标本和类型菌株的DNA序列
摘要。- 科学的名称允许人类和搜索引擎访问有关我们周围的生物多样性的知识，与DNA序列相关的名称在搜索和匹配识别过程中扮演着越来越多的角色。在这里，我们分析了国家生物技术信息中心（NCBI）的用户和策展人如何标记和策展序列，该序列是从命名自然型材料中得出的，这是提高长期运行中基于DNA的识别质量的唯一方法。对于原核生物，NCBI员工策划了18,281个基因组组件，并提高了原核生命名的质量。对于真菌，代表21,000多种物种的类型衍生序列对于真菌命名和识别至关重要。对于其余的真核生物而言，可识别为类型的序列的序列数量很小，仅代表739种节肢动物，1542个脊椎动物和125个胚胎。An increase in the production and curation of such sequences will come from (i) sequencing of types or topotypic specimens in museum collections, (ii) the March 2023 rule changes at the International Nucleotide Sequence Database Collaboration requiring more metadata for specimens, and (iii) efforts by data submitters to facilitate curation, including informing NCBI curators about a specimen's type status.我们说明了不同类型的data提交旅程，并提供了各种生物体的最佳实践示例。扩大DNA数据库中类型衍生的序列的数量，尤其是真核生物的序列，对于捕获，记录和保护生物多样性至关重要。[最佳实践示例；策划；数据提交； GenBank；博物馆学；命名类型；分类法。]
补充数据 1. 本研究中使用的质粒的 DNA 序列。
>pET15b 中带有 His 标签的 BipA TAATACGACTCACTATAGGGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCCCCTCTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAA GAAGGAGATATACC ATGGGCAGCAGCCATCATCATCATCACAGCAGCGGCCTGGTGCCGCGCGGCAGCCA T ATGATCGAAAAATTGCGTAATATCGCCATCATCGCGCACGTAGACCATGGTAAAACCACCCTGGTAGACAAG CTGCTCCAACAATCCGGTACGTTCGACTCTCGTGCCGAAACCCAAGAGCGCGTGATGGACTCCAACGATTTGG AGAAAGAGCGTGGGATTACCATCCTCGCGAAAAACACCGCTATCAAATGGAATGATTACCGTATCAACATCGT TGATACCCCGGGGCACGCCGACTTCGGTGGTGAAGTTGAACGTGTAATGTCCATGGTAGACTCAGTGCTGCTG GTGGTTGACGCATTTGACGGCCCGATGCCGCAAACGCGCTTCGTAACCAAAAAAGCGTTTGCTTACGGCCTGA AGCCGATTGTTGTTATCAACAAAGTTGACCGCCCTGGCGCGCGTCCTGATTGGGTTGTGGATCAGGTATTCGA TCTGTTCGTTAACCTCGACGCGACCGACGAGCAGCTGGACTTCCCGATCGTTTACGCTTCTGCGCTGAACGGT ATCGCGGGTCTGGACCACGAAGATATGGCGGAAGACATGACCCCGCTGTACCAGGCGATTGTTGACCACGTTC CTGCGCCGGACGTTGACCTTGACGGTCCGTTCCAGATGCAGATTTCTCAGCTCGATTACAACAGCTATGTTGG CGTTATCGGCATTGGCCGCATCAAGCGCGGTAAAGTGAAGCCGAACCAGCAGGTCACTATCATCGATAGCGAA GGCAAAACCCGCAACGCGAAAGTCGGTAAAGTGCTGGGCCACCTCGGTCTGGAACGTATCGAAACCGATCTGG CGGAAGCTGGCGATATCGTTGCGATCACGGGCCTTGGCGAACTGAACATTTCTGACACCGTTTGCGACACGCA AAACGTTGAAGCGCTGCCGGCACTCTCCGTTGATGAGCCGACCGTTTCTATGTTCTTCTGCGTTAACACCTCG CCGTTCTGCGGTAAAGAAGGTAAGTTCGTAACGTCTCGTCAGATCCTGGATCGTCTGAACAAAGAACTGGTAC ACAACGTTGCGCTGCGCGTAGAAGAAACCGAAGACGCCGATGCGTTCCGCGTTTCTGGTCGTGGCGAACTGCA CCTGTCTGTTCTGATCGAAAACATGCGTCGTGAAGGTTTCGAACTGGCGGTATCCCGTCCGAAAGTTATCTTC CGTGAAATCGACGGTCGTAAACAAGAGCCGTATGAAAACGTGACTCTGGACGTTGAAGAACAGCATCAGGGTT CTGTAATGCAGGCGCTGGGCGAACGTAAAGGCGACCTGAAAAACATGAATCCAGACGGTAAAGGCCGCGTACG TCTCGACTACGTGATCCCAAGCCGTGGTCTGATTGGCTTCCGTTCTGAGTTCATGACCATGACTTCCGGTACT GGTCTGCTGTACTCCACCTTCAGCCACTACGACGACGTACGTCCGGGTGAAGTGGTCAGCGTCAGAACGGCG TACTGATCTCTAACGGTCAGGGTAAAGCGGTCGCGTTCGCGCTGTTCGGTCTGCAGGATCGCGGTAAGCTGTT CCTCGGTCACGGTGCAGAAGTTTACGAAGGTCAGATTATCGGTATTCATAGCCGCTCTAACGACCTGACTGTA修改
克隆，表征和表达的大肠杆菌中的CpG DNA甲基酶的基因中的大肠杆菌中的克隆，表征和表达。菌株MQ1（M SSSI） 一种用于检测蛋白质的酵母交配选择方案 快速板法，用于筛选透明质酸酶和软骨素硫酸硫酸酶 - 生产微生物 schizosacchomyces pombe突变体在细胞壁中有缺陷的孤立和表征（1-3）1-d-葡聚糖 数学模型用于研究遗传变异的限制性核酸内切酶 在体外向海马的层特异性纤维投影形成 回顾文章的DNA复制和损坏检查点和减数分裂细胞周期控制，并在酵母中进行酵母 DNA依赖性腺病毒基因A ... 的转录 核酸研究 kilodalton核帽结合蛋白
噬菌体FD，FL和OX174是已知的最小病毒之一。它们属于具有单链圆形DNA作为其遗传物质（1-4）的一组良好特征的副觉。他们的DNA的分子量约为2 x 106，仅包含有限数量的基因。fd和fl是丝状噬菌体，在血清学和遗传上相关。ox174是一个显然与丝状噬菌体无关的球形噬菌体。dev> deNhardt和Marvin（5）通过DNA-DNA杂交进行了表明，尽管这两种类型的噬菌体（即丝状和球形）在每种类型的DNA之间没有检测可检测的同源性，尽管在每种类型内部都有很高的同源性。最近，已经推出了一种相对较快的分馏和序列大嘧啶寡核苷酸的技术。已经确定了9-20个基碱残基的FD DNA中长嘧啶裂纹的序列（6）。在本报告中，提出了来自FL和OX174 DNA的大嘧啶产物的序列。将这些序列与先前从FD DNA获得的序列进行了比较。