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shinybio -Heat：一个互动闪亮的应用程序，用于识别e.coli和b.subtilis中的表型驱动基因
1美国贝勒医学院分子和人类遗传学系，美国德克萨斯州休斯敦，美国2号，美国2定量和计算生物科学研究生课程，贝勒医学院，贝勒医学院，德克萨斯州休斯敦77030，美国3 Verna and Marrs McLean McLean McLean生物化学和分子生物学系，Baylor Biology of Medicine，Baylor Biology，Baylor Biologure，Baylor carry and Carry Inituce，HouSton，HouSton，TX 770030，TX 7700030美国德克萨斯州休斯敦市贝勒医学院，美国，美国，美国，美国，美国，贝勒医学院5计算和综合生物医学研究中心，美国德克萨斯州休斯敦贝勒医学院，美国德克萨斯州77030，美国 *通信地址。美国贝勒医学院分子和人类遗传学系，美国德克萨斯州休斯敦，美国，美国，美国，美国。 电子邮件：chen.wang@bcm.edu（C.W。） 和lichtarge@bcm.edu（O.L.） 副编辑：Russell Schwartz美国贝勒医学院分子和人类遗传学系，美国德克萨斯州休斯敦，美国，美国，美国，美国。电子邮件：chen.wang@bcm.edu（C.W。）和lichtarge@bcm.edu（O.L.）副编辑：Russell Schwartz
系统生物学 xOmicsShiny：用于跨组学数据分析和通路映射的 R Shiny 应用程序
摘要摘要：我们开发了 xOmicsShiny，这是一款功能丰富的 R Shiny 应用程序，它使生物学家能够全面探索跨实验和数据类型的组学数据集，重点是在通路层面揭示生物学见解。数据合并功能可确保灵活探索跨组学数据，例如转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学。通路映射功能涵盖广泛的数据库，包括 WikiPathways、Reactome 和 KEGG 通路。此外，xOmicsShiny 为日常组学数据分析提供了多种可视化选项和分析任务，即 PCA、火山图、维恩图、热图、WGCNA 和高级聚类分析。该应用程序使用可定制的模块来执行各种任务，生成交互式图表和可发布的图表。这种动态模块化设计克服了 R Shiny 工具加载缓慢的问题，并允许研究和开发人员社区轻松扩展它。可用性和实施：R Shiny 应用程序公开发布于：http://xOmicsShiny.bxgenomics.com 。研究人员可以将自己的数据上传到服务器或使用预加载的演示数据集。源代码在 MIT 许可下提供于 https://github.com/interactivereport/xOmicsShiny 以供本地安装。该应用程序的完整教程可在 https://interactivereport.github.io/xOmicsShiny/tutorial/docs/index.html 获得。联系方式：yuhenry.sun@biogen.com 或 baohong.zhang@biogen.com 补充数据：补充数据可在 bioRxiv 在线获得。
Factoshiny：使用 Shiny 应用程序从“FactoMineR”执行因子分析
Factoshiny 包 . ... 。 。 。 。 。 。 。 4 简洁。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 5 事实。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 6 FAMD 闪亮 . 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 7 HCPC 有光泽。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 8 MC 闪亮 . 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 10 艺术硕士闪亮。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 11
唾液厌氧菌的昼夜变化与儿童的严重牙齿龋齿相关，Shinya Nishide 1、2、3， *，Hirohisa Hongou 4，Toshihiro Yoshih
抽象背景：唾液分泌具有昼夜波动，唾液量会影响口腔细菌活性。在这项研究中，研究了唾液中厌氧菌数量的时间依赖性，例如链球菌突变（S. mutans），并检查了其对龋齿严重程度的影响。方法：这项研究是在日本大学医院进行的。二十个受试者（2-10岁），主要牙齿被要求在醒着在家中醒来后每1小时收集整个唾液。十八名受试者分别在胰蛋白种链球菌培养了收集的唾液，分别为胰蛋白种链球菌和总厌氧菌培养了胰蛋白酶酵母提取物 - 半胱氨酸蔗糖 - 巴西特拉蛋白（TYCSB）培养基和GIFU厌氧培养基（GAM）。还从病历中分析了严重的龋齿数量。结果：在GAM培养基中的菌落数量与一天中的唾液收集时间之间存在正相关。在TYCSB培养基中的菌落数量与收集时间之间没有明显的相关性。根据是否经历了纸浆治疗，将患者分组。仅在经验丰富的组中，在后来的几个小时内增加了葡萄糖和厌氧菌的菌落数量。结论：晚餐到睡前晚餐后，儿童口腔厌氧细菌的数量以时间依赖的方式波动，并在深夜较高。患有严重牙齿龋齿的儿童随着夜晚的发展而增加了叛变。
Nippon Shinyaku 与 Atsena Therapeutics 达成独家战略合作
日本京都和美国北卡罗来纳州达勒姆，2024 年 11 月 13 日——日本新药株式会社（Nippon Shinyaku；总部：京都；总裁，Toru Nakai）和 Atsena Therapeutics, Inc.（Atsena；总部：美国北卡罗来纳州达勒姆，首席执行官 (CEO)：Patrick Ritschel）已达成独家许可协议，在美国境内商业化 ATSN-101，并在日本境内开发和商业化 ATSN-101，以推进 Atsena 的同类首创、研究性基因疗法 ATSN-101，用于治疗由 GUCY2D（LCA1）双等位基因突变引起的莱伯先天性黑蒙。根据许可协议的条款，Nippon Shinyaku 将获得在美国和日本的独家商业权利，而 Atsena 将保留在世界其他地区的商业权利。 ATSN-101将由日本新药在美国的全资子公司NS Pharma, Inc.（美国新泽西州，总裁：Yukiteru Sugiyama）销售
闪亮的新事物（生成式人工智能政策）：
同样，我可能会使用人工智能作为教学助理。例如，我可能会生成示例，完善我的电子邮件和作业，并获得帮助来撰写反馈。我还想使用人工智能来协助评分，原因如下：（1）我可以更快地向您提供反馈；（2）人工智能比人类更善于忠实于指令。当人类遇到拼写和语法错误时，即使内容本身非常出色，他们也倾向于更加挑剔，相反，当一篇文章写得很漂亮但没有完全满足提示时，他们就不会那么挑剔。尽管有这两个优点，但人工智能提供的反馈几乎总是有缺陷的。作为你的导师，我仍然会阅读你的论文和人工智能生成的评论，并对其进行修改，以确保它们有意义并能帮助你提高。如果我这样做，我将遵循以下标准：
解决 ShinyHunters 的关键威胁
防止权限提升：Certes DPRM 采用以数据为中心的分段技术来保护 AD。通过独特的策略对每个数据流进行分段，创建独立的分段，从而防止未经授权的访问和网络内的横向移动。这确保即使攻击者获得初始访问权限，也无法提升或操纵敏感的 AD 数据。鉴于过去两年中 50% 的组织经历过涉及 Active Directory 入侵的网络攻击，这种保护至关重要。借助 DPRM，客户可以控制所有加密密钥，确保您不依赖服务提供商、云提供商或供应商的安全措施来保护数据。这确保只有客户才能控制对数据的访问，从而提供额外的安全保障。
Mina Therapeutics与Nippon Shinyaku的研究合作开发RNAA
- 合作包括基于早期临床前结果的许可协议选项，英国伦敦，2024年4月4日 - 小型激活RNA（RNAA）治疗学的先驱Mina Therapeutics，今天宣布了与Nippon Shinyaku Co.，Lippon Shinyaku; Nippon Shinyaku; kninyaku; kyte; kyte; kyte; ky; ky; ky; ky; ky;一家以创新驱动的日本制药公司为重点是高未满足医疗需求的疾病领域。合作将允许发现，RNAA治疗候选者的潜在开发和商业化目前尚无治疗选择。根据该协议，Mina Therapeutics将利用其专有RNAA算法和技术平台来识别和表征针对中枢神经系统罕见遗传疾病（CNS）的RNAA分子。Nippon Shinyaku还可以选择根据早期临床前结果进行进一步研究，开发和商业化药物候选者的独家许可。“我们为与Nippon Shinyaku的合作感到自豪和兴奋，后者将罕见的遗传疾病作为其令人印象深刻的研究和发展能力的一部分，''“我们的RNAA治疗平台在先前的研究中为其具有独特的临床益处，证明了其与其他遗传学方法具有重大益处的潜力。''该协议的财务条款未披露。这有可能治疗当前“不利”疾病。Nippon Shinyaku将向Mina支付与交付特征性RNAA分子相关的前期付款和开发里程碑，并支付了与产品进一步开发和商业化的独家期权费用，并在推出后与产品的进度和销售相称。Mina的RNAA平台已在迄今为止的120多名患者中得到了临床验证。普遍设计的平台有潜力解决任何基因的内源性作用机理，最终解决了有缺陷的基因的根本原因，并使人可以自我正确。此外，在基因水平上工作，RNAA药物具有恢复细胞自身生物学的能力。基于日本Shinyaku的经营理念，“帮助人们过着更健康，更快乐的生活”，我们的目标是成为社区信任的组织，通过创造独特的药物来为患者和患有疾病的家庭带来希望。请访问我们的网站（https：//www.nippon-shinyaku.co.jp/english/），以获取产品或详细信息。关于Mina Therapeutics Mina Therapeutics是小型激活RNA疗法的领导者。利用基因激活的先天机制，小型激活RNA疗法是一种革命性的新药物，可以恢复患者细胞的正常功能。我们正在推进新药的专有管道，最初关注癌症和遗传疾病，同时与领先的药物合作
检测山地毛的棉叶病毒抗性定量性状基因座和iCottonqtl一个新的R/Shiny应用，以简化遗传映射
1 1，北卡罗来纳州立大学，北卡罗莱纳州立大学，北卡罗来纳州27695，美国2作物和土壤科学系，北卡罗来纳州立大学，北卡罗来纳州罗利，北卡罗来纳州27695，美国3 USDA农业研究服务，基因和生物学家研究单位，Raleigh for for Raleigh for for Raleigh for for Raleigh，NC 276695，Instict，Instict，Instict，Instict，密西西比州立大学，斯塔克维尔，MS 39762，美国5植物基因组学和分子繁殖实验室，国家生物技术与遗传工程学院，巴基斯坦工程与应用科学研究所，（NIBGE-C，PIEAS，PIEAS） 2006年，澳大利亚7基因组科学与社会研究所，德克萨斯农工大学，大学站，德克萨斯州77843，美国8 USDA农业研究服务，基因组学和生物信息信息研究单元，斯通维尔，MS 38776，美国9 USDA农业研究服务，Crop Lricultural Research Service，Crop Genetics Research Nut，Crops Genetics Research Nut，Stoneville，Stoneville，Stoneville，Stoneville，MS 3877776，美国 * docentersence，美国 * docenteresces， amanda.hulse-kemp@usda.gov（A.M.H.-K。）; jodi.schef fler@usda.gov（J.A.S.）1，北卡罗来纳州立大学，北卡罗莱纳州立大学，北卡罗来纳州27695，美国2作物和土壤科学系，北卡罗来纳州立大学，北卡罗来纳州罗利，北卡罗来纳州27695，美国3 USDA农业研究服务，基因和生物学家研究单位，Raleigh for for Raleigh for for Raleigh for for Raleigh，NC 276695，Instict，Instict，Instict，Instict，密西西比州立大学，斯塔克维尔，MS 39762，美国5植物基因组学和分子繁殖实验室，国家生物技术与遗传工程学院，巴基斯坦工程与应用科学研究所，（NIBGE-C，PIEAS，PIEAS） 2006年，澳大利亚7基因组科学与社会研究所，德克萨斯农工大学，大学站，德克萨斯州77843，美国8 USDA农业研究服务，基因组学和生物信息信息研究单元，斯通维尔，MS 38776，美国9 USDA农业研究服务，Crop Lricultural Research Service，Crop Genetics Research Nut，Crops Genetics Research Nut，Stoneville，Stoneville，Stoneville，Stoneville，MS 3877776，美国 * docentersence，美国 * docenteresces， amanda.hulse-kemp@usda.gov（A.M.H.-K。）; jodi.schef fler@usda.gov（J.A.S.）
