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系统生物学在计算机临床试验中的虚拟患者的完整人群
动机：基于模型的药理药物，治疗策略或医疗设备的安全和效率评估的方法（在Silico临床试验中，ISCT）旨在减少所需的实验，减少动物和人类测试的时间和成本，并启用精确药物。不幸的是，在存在非识别模型的情况下（例如，反应网络），参数估计不足以产生虚拟患者（VPS）的完整种群，即人群保证显示了整个模型行为（表型），从而确保了试验的代表性。结果：我们介绍了基于统计模型驱动的全球搜索的方法和软件，从人类生理学（不可证明的）定量模型开始，人类生理学（加上药物PK/PD）以及从专家那里引起的合适的生物学和医学知识，其行为能够由均匀的模型来构成，以使PATCHISE的范围内的模型具有依据，从而使PATCHISE的范围既有范围均可构成。 标准。这使得对人口规模的全部粒度控制能够在ISCT，危险的代表性中使用，同时避免行为过度代表。我们通过产生4 830 264 VPS的人口分别分为7个水平（在行为不同的粒状性上），并评估了对86的医学训练的医学训练，我们通过产生4 830 264 vps的人口来证明我们的下丘脑下丘脑 - 垂体 - 基达轴的有效性，并评估了其对86型饲养的医学训练，并评估了狗的医学培训，并评估了posecterive timpective timent的饲养。洛桑。可用性和实施。数据集分别由我们的VPS覆盖，在平均归一化的绝对误差为15％，20％和35％（后者的90％的数据集涵盖20％的误差范围内）。我们的开源软件可从https://bitbucket.org/mclab/vipgenerator联系：tmancini@di.uniroma1.it补充信息：可在Bioinformatics Online获得补充数据。
在STX2A-PE15-P4A8嵌合蛋白的硅硅分析中，作为癌症治疗的新型免疫毒素
今天的摘要，诸如使用免疫毒素的靶向疗法增加了靶向特定抗原或受体在肿瘤细胞表面上。成纤维细胞生长因子诱导14（FN14）是一种细胞因子受体，涉及几种细胞间信号通路，并且可以在癌细胞表面高度表达。由于furin蛋白酶在一步中出现了假单胞菌毒素A（PE）的酶结构域的裂解，因此我们将类似志贺毒素的2a（STX2A）的酶亚基与结构域II和PE的一部分PE融合在一起，以增加STX的毒性。然后，我们将抗FN14单克隆抗体（P4A8）的FV片段融合到STX2A-PE15，并评估了STX2A-PE15-P4A8嵌合蛋白作为新的免疫毒素候选者。在计算机分析中表明，STX2A-PE15-P4A8是一种稳定的嵌合蛋白，对FN14受体具有高亲和力。尽管，STX2A-PE15-P4A8可以与B细胞受体结合，但由主要的组织相容性复合物II（MHC-II）薄弱地提出。因此，它可能具有一些免疫原性。根据我们的内部研究，我们预测STX2A-PE15-P4A8可以是癌症免疫疗法的良好候选者。
在参与卵泡淋巴瘤发病机理的基因和分子途径的计算机分析中
1。中国Shaanxi省Xian Jiotong University，Shaanxi Province，Xian Jiotong大学医学校园。 2。 药学院，伊拉克Ahl Al Bayt University Kerbala。 3。 伊朗医学科学大学医学院医学院Hazrat-e Rasool综合医院内科学系，伊朗，伊朗。 4。 生物技术系生物科学技术学院，伊斯法汉大学，伊斯法罕，伊朗。 5。 输血研究中心，伊朗输血组织（IBTO），伊朗德黑兰的输血医学研究与教育研究所。 6。 盟军医学科学学院重症监护护理的讲师，伊拉姆伊拉姆医学科学大学Ayatollah Taleghani医院，伊拉姆，伊拉姆，伊拉姆医学科学院。 7。 伊朗AHVAZ AHVAZ JUNDISHAPUR医学院医学院内科学系，伊朗。 *通讯作者：Hadi Rezaeeyan，输血研究中心，伊朗Tehran的伊朗输血组织（IBTO）输血医学研究和教育研究所。 电子邮件：hadi.rezaeeyan@yahoo.com。 OrcID ID：0000-0002-9116-8719收到：2023年12月19日接受：2024年6月18日摘要背景：卵泡淋巴瘤（FL）是非霍奇金淋巴瘤的一种常见形式，其特征是源发任中心内的B-Cell生长异常。 研究表明，基因和分子途径在FL的发病机理中的作用。 但是，尚未确定发病机理的主要因素。中国Shaanxi省Xian Jiotong University，Shaanxi Province，Xian Jiotong大学医学校园。2。药学院，伊拉克Ahl Al Bayt University Kerbala。3。伊朗医学科学大学医学院医学院Hazrat-e Rasool综合医院内科学系，伊朗，伊朗。4。生物技术系生物科学技术学院，伊斯法汉大学，伊斯法罕，伊朗。5。输血研究中心，伊朗输血组织（IBTO），伊朗德黑兰的输血医学研究与教育研究所。6。盟军医学科学学院重症监护护理的讲师，伊拉姆伊拉姆医学科学大学Ayatollah Taleghani医院，伊拉姆，伊拉姆，伊拉姆医学科学院。7。伊朗AHVAZ AHVAZ JUNDISHAPUR医学院医学院内科学系，伊朗。 *通讯作者：Hadi Rezaeeyan，输血研究中心，伊朗Tehran的伊朗输血组织（IBTO）输血医学研究和教育研究所。 电子邮件：hadi.rezaeeyan@yahoo.com。 OrcID ID：0000-0002-9116-8719收到：2023年12月19日接受：2024年6月18日摘要背景：卵泡淋巴瘤（FL）是非霍奇金淋巴瘤的一种常见形式，其特征是源发任中心内的B-Cell生长异常。 研究表明，基因和分子途径在FL的发病机理中的作用。 但是，尚未确定发病机理的主要因素。伊朗AHVAZ AHVAZ JUNDISHAPUR医学院医学院内科学系，伊朗。*通讯作者：Hadi Rezaeeyan，输血研究中心，伊朗Tehran的伊朗输血组织（IBTO）输血医学研究和教育研究所。电子邮件：hadi.rezaeeyan@yahoo.com。OrcID ID：0000-0002-9116-8719收到：2023年12月19日接受：2024年6月18日摘要背景：卵泡淋巴瘤（FL）是非霍奇金淋巴瘤的一种常见形式，其特征是源发任中心内的B-Cell生长异常。研究表明，基因和分子途径在FL的发病机理中的作用。但是，尚未确定发病机理的主要因素。因此，在这项研究中，使用系统生物学方法评估了与FL发病机理相关的基因和分子途径。材料和方法：在这项研究（生物信息学分析）中，GSE32018数据库用于数据分析。该数据库是从基因表达综合（GEO）中提取的。该数据库的样本为36，其中包括正常样品和FL样品。为此，有23例FL，13例是健康的样本。蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）以显示DEG之间的相互作用。字符串软件用于此目的。关联。用于数据分析的标准包括对数折叠的变化大于一个和p <0.05。结果：评估和分析数据后，结果表明对照和FL样品之间确定了866 deg。在FL样品中有231例加强调节和635例下调病例。PPI网络和中心基因分析鉴定了7个集线基因，包括RPL37A，MRPS7，RPS14，RPS28，RPL34，RPL34，RPS20和RPS3。根据结果，HSA-MIR-191-5P与miRNA中的HUB基因相互作用最高，而KDM5A之间的相互作用最多。结论：识别基因和分子途径可以有效地设计治疗策略并防止FL细胞的增殖，从而增加患者的生存率。关键字：卵泡淋巴瘤；分子遗传学；生物信息学简介卵泡淋巴瘤（FL）是非霍奇金淋巴瘤的一种常见形式，其特征是生发中心内B细胞生长异常（1）。尽管在诊断和治疗FL方面取得了重大进展，但对于推动其开发的基本分子因素尚无全面研究
计算机模拟和 ADME-T 预测苦杏仁苷作为结肠癌中抗 CDK-2 的抗癌剂
结直肠癌 (CRC) 是当今重大的公共卫生问题。化疗药物（包括 5-氟尿嘧啶、卡培他滨、阿霉素和紫杉醇）可有效阻止恶性细胞的发展。然而，这些药物会影响健康细胞并产生许多副作用。本研究采用计算分子对接方法和 ADME-T 分析来研究所选的草药抗癌化合物（苦杏仁苷）对抗结肠癌的作用。使用 Schrödinger Suite 对 CDK-2 蛋白进行分子对接分析。此外，使用 Protox III、pkCSM 和 SwissADME 网络服务器对苦杏仁苷进行 ADME-T 分析，以评估其物理化学、药代动力学和药效学特性。结果表明，苦杏仁苷对靶蛋白 CDK-2 具有最大结合亲和力（-10.92 kcal/mol）。 ADME-T 分析表明苦杏仁苷可能是治疗 CRC 的潜在化疗药物。苦杏仁苷口服时无致癌性和遗传毒性，且急性口服毒性低。这项研究将有助于科学界和社会寻找治疗 CRC 的有效药物。
在计算机药物屏幕中揭示了潜在的竞争MTHFR抑制剂临床重新利润
摘要MTHFR（甲基四氢叶酸还原酶）是一种参与单碳代谢的关键酶，这对于癌细胞的增殖至关重要。与此相一致，已发表的文献表明，MTHFR敲低导致多种类型的癌细胞生长受损。此外，较高的MTHFR表达水平与肝细胞癌，肾上腺皮质癌和低度神经胶质瘤的总体生存率较短有关，这使得将MTHFR抑制剂设计为可能的治疗选择。截至今天尚无MTHFR的竞争抑制剂。这项研究旨在使用硅药物筛查来鉴定潜在的竞争性MTHFR抑制剂候选者。在存在和不存在辅助因子的情况下，将共有30470个含有生物源性化合物，FDA批准的药物和临床试验中的分子与MTHFR的催化口袋筛选。结合能和ADMET分析表明，Vilanterol（B 2-肾上腺素激动剂），selexipag（前列环素受体激动剂）和Ramipril Diketopiperazine（ACE抑制剂）是MTHFR的潜在竞争抑制剂。分子动力学分析和使用这些化合物的MM-PBSA计算特别揭示了配体结合的285-290之间的氨基酸，并突出了Vilanterol作为MTHFR抑制的Stron-gest候选者。我们的结果可以指导新型MTHFR抑制化合物的发展，这可以灵感来自这里引起人们关注的药物。更重要的是，这些潜在的候选者可以在上述癌症的临床和临床研究中进行重新测试。
重新利用针对Covid-19的尖峰受体的药物进行治疗：一种计算机方法
摘要：新颖的SARS-COV2逐渐大流行的速度遍布全球。需要迫切需要治疗。最初，该病毒首先出现在中国武汉，后来在全球187个国家中出现。冠状病毒是人类呼吸道和神经系统疾病的原因。新型引起人畜共患病的冠状病毒是单链的RNA病毒。冠状病毒的外部结构由由糖蛋白组成的峰值蛋白组成，糖蛋白与人类感染时与ACE（血管紧张素转化酶）蛋白结合。在当前的研究中，使用生物信息学工具观察到了生物领域中已经使用的37种化合物。通过分子对接将重新利用的药物对接针对尖峰受体。从蛋白质数据库中检索配体结构和受体结构。补丁码头服务器是可用于对接过程的开放免费软件。结果包括加速和匹配特性的得分，显示了针对SARS-NCOV使用药物的可行性。用于可视化最终停靠产品，Pymol和Raswin软件。针对受体的每个配体的得分显示出针对COVID-19疾病的兼容性。
在果蝇硅二氧化硅患者模型中揭示了结直肠癌的最佳组合疗法
图2。堆栈条形图的细胞命运倾向（ISC），肠和基础隔室，肠细胞（EBS）和肠细胞（EC）（ECS）中的肠道干细胞（ISC）表示。（a）ISC - apical细胞采用九种不同的细胞命运，而在三个环境条件下仍然没有表征。在正常条件下，观察到挤压的最高倾向，然后按顺序进行细胞凋亡，增殖和EB命运。在压力的情况下，最高的倾向是挤出，其次是EB命运和增殖。在癌症中，最高的倾向是多层的倾向，其次是细胞凋亡和挤压。（b）ISC – Basal采用九种不同的细胞命运，在正常条件下，EE命运的倾向最高，在癌症情况下，在压力条件下凋亡，而在癌症，多层和凋亡的倾向上显示出最高的倾向。（c）EB中的七个细胞命运，在正常情况下挤出，压力凋亡和癌症多层的倾向最高。（d）EC中的五个细胞命运，在正常，压力和癌症条件下，DPP产生的倾向最高。
从肿瘤灌注到药物输送以及计算机癌症模型的临床转化
a 塞浦路斯大学机械与制造工程系，尼科西亚，塞浦路斯 b 伦敦大学学院计算机科学系医学图像计算中心，伦敦，英国 c 伦敦大学学院医学物理与生物医学工程系，伦敦，英国
通过计算机模拟方法研究 12 种黄酮类化合物作为阿尔茨海默氏症抑制剂的潜力
神经退行性疾病 (NDD) 是一种与年龄相关的疾病，其特征是大脑功能逐渐衰退。这种疾病影响了全球 8% 以上的成年人口，主要是阿尔茨海默病 (AD)。目前，NDD 治疗旨在缓解现有症状，因此迫切需要有效的药物。黄酮类化合物具有显著的药理特性，可用作神经保护剂。本研究旨在通过抑制乙酰胆碱酯酶 (AChE) 和单胺氧化酶 B (MAO-B) 受体来确定黄酮类化合物对抗 AD 的活性。该方法利用 AutoDockTools 4.2.6 程序进行分子对接研究。使用 SwissADME 进行药理特性分析，同时在 pkCSM 网络服务器中检查药代动力学和毒性。结果表明，α-香树脂醇和松脂醇分别是最有潜力的 AChE 和 MAO-B 抑制剂。化合物具有较低的能量结合值、抑制常数和与配体天然氨基酸残基的高相似性百分比。物理化学和药代动力学特性分析表明，这两种化合物可被人体接受且无毒性。这项研究表明，化合物α-香树脂醇和松脂醇可能成为治疗剂，主要作用是抑制AD进展中的AChE和MAO-B。
用于人类基因中 CRISPRa sgRNA 设计的网络工具的计算机性能分析
血管生成基因过表达已成为众多血管再生基因治疗项目的主要策略。然而，大多数项目在临床试验中都失败了。CRISPRa 技术以最高的效率和安全性在 sgRNA 的识别基础上提高基因过表达水平。CRISPick 和 CHOP CHOP 是用于预测 sgRNA 的最广泛使用的 Web 工具。我们的研究目的是分析这两个平台对于涉及不同人类参考基因组（GRCH 37 和 GRCH 38）的血管生成基因（VEGFA、KDR、EPO、HIF-1A、HGF、FGF、PGF、FGF1）的 sgRNA 设计的性能。从不同方面分析了这两个工具提出的排名前 20 的 sgRNA。与 sgRNA 结合位点相关的 DNA 曲率没有发现显著差异，但使用 CRISPick 时，sgRNA 预测的靶向效率显著更高。此外，同一平台在 EPO、EGF、HIF-1A、PGF 和 HGF 中的平均排名变化较大，而在 KDR、FGF-1 和 VEGFA 中未达到统计显著性。不同平台之间排名位置的重排分析也不同。CRISPick 被证明在与更完整的基因组相关的最佳 sgRNA 建立方面更准确，而 CHOP CHOP 显示出更窄的分类重排。2022 由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。