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程序和清单 - 使用Nanobind套件从DNA Genotek Oragene设备中收集的唾液中提取纳米宾HMW DNA
初始版本2024年10月1日仅研究使用。不适用于诊断程序。©2024加利福尼亚州的太平洋生物科学（“ PACBIO”）。保留所有权利。本文档中的信息如有更改，恕不另行通知。PACBIO对本文档中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知，条款，条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。太平洋生物科学，PACBIO徽标，PACBIO，Circulomics，Omniome，Smrt，Smrt，Smrtbell，Iso-Seq，Sequel，sequel，Nanobind，sbb，sbb，sbb，revio，onso，apton，apton，kinnex，peretarget和sprq是Pacbio的商标。
动植物科学在HIFI测序
所有样品吞吐量均为使用1个SMRT Cymist的VEGA系统的VEGA系统的估计值，使用1 SMRT细胞的SPRQ化学。覆盖范围可能会根据样本质量，图书馆质量和片段长度而有所不同。当前可用的SMRTBELL®适配器索引板96A-96D总共包含384个SMRTBELL条形码适配器。微生物从头组装假定的微生物为2 GB的总基因组大小为每个样品30倍。单细胞转录组学在Revio系统上的每个库中≥8000万次读取，在VEGA系统上的每个库中约有500-6亿个读取。全长RNA测序假设Revio Sprq的总读数为60m，而Vega的30m读取，无论有何plexity。Amplicon测序假设电影时间为1-5 kb的12小时电影时间，24小时的电影时间为5+ kb，每个样本> 50倍。目标富集假设每个样品> 50倍。
MAS-SEQ，用于10倍单小区3'
10倍单细胞3'多路复用阵列测序（mas-seq）的Mas-Seq是一种方法，其中将cDNA片段串成长度测序库（图1）1。Mas-Seq大大增加了PACBIO测序仪上RNA测序的吞吐量，并提供了同工型级分辨率。基因组学和生物信息学共享资源（G＆BSR）现在使用PACBIO MAS-SEQ提供库的准备和测序服务，用于10倍单细胞3'Kit（PACBIO PN：102-659-600）。在G＆BSR进行的一项试点研究中，使用PACBIO MAS-SEQ制备了八个独特的样品，用于10倍单细胞3'试剂盒。最初，使用10倍基因组铬制备cDNA下一个宝石单细胞3ʹ试剂盒v3.1（10x基因组学PN：1000121/1000128），每个样品的目标恢复10,000个细胞。MAS-Seq库并测序。使用专用工作流程通过SMRT链接处理数据。
交叉
单分子实时 (SMRT) DNA 测序技术 (Pacific Biosciences) 生成的长读段是高质量叶绿体 (1, 2) 和线粒体基因组序列组装的起点之一。栽培的葡萄树 Vitis vinifera 极易受到病原体的感染。抗性品种如种间杂交品种‘Börner’ (V. riparia GM183 [母株] V. cinerea Arnold [花粉供体]) 被用作培育优良葡萄品种的砧木。我们从 SMRT 读段中组装并注释了‘Börner’的叶绿体 (cp_Boe) 和线粒体 (mt_Boe) 基因组序列。除非另有说明，所有生物信息学工具均采用默认参数。从品种“Börner”的幼叶中提取基因组 DNA（3），并在 Sequel I 测序仪（1Mv3 SMRT 细胞、结合试剂盒 v3.0、测序化学 v3.0，均来自 PacBio）上进行测序。通过 BLASTN（BLAST 2.7.1）搜索（4）筛选质体或线粒体序列（RefSeq 版本 91），筛选出潜在的质体或线粒体读段。使用的标准如下：读段长度，500 个核苷酸（nt）以上；同一性，70% 以上；查询覆盖率，30% 以上。 292,574 个潜在质体读段（共 2,715,983,671 nt；N50，12,829 nt）和 426,918 个潜在线粒体读段（3,928,350,102 nt；N50，12,624 nt）分别用 Canu v1.7（5）进行组装。每个最长的重叠群都与 V. vinifera 的叶绿体（6）或线粒体（7）基因组序列具有高度相似性。随后，使用 Bandage（8）确认组装正确。手动修剪环状基因组中重叠的末端序列，并将起始序列与葡萄参考序列比对。用 Arrow（SMRT Link 版本 5.1.0.26412）对组装体进行三次完善。最后一轮精炼将起始点移至序列的相反位置。为了帮助注释，根据制造商的说明，使用 peqGOLD 植物 RNA 试剂盒 (Peqlab) 从“Börner”组织中提取 RNA。根据 TruSeq RNA 样品制备 v2 指南，从 1,000 ng 总 RNA 制备索引 Illumina 测序文库。将得到的转录组测序 (RNA-Seq) 文库以等摩尔量汇集，并在 HiSeq 1500 仪器上以 2 100-nt 双端格式进行测序。cp_Boe (161,008 bp；GC 含量，37.4%) 和 mt_Boe (755,068 bp；GC 含量，44.3%) 使用 Web 服务 GeSeq v1.66 进行注释（cp_Boe 的具体设置：
puretarget：无扩增的工作流程，用于短串联重复扩展的遗传和表观遗传分析
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SMRTBELL®清理珠-85 ml
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onso dna库准备套件
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碎片dna库准备套件
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掌握 AAV 设计并克服生产挑战
仅供研究使用。不可用于诊断程序。© 2023 Pacific Biosciences of California, Inc.（“PacBio”）。保留所有权利。本文件中的信息如有更改，恕不另行通知。PacBio 对本文件中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知、条款、条件和/或使用限制可能与您使用 PacBio 产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的 PacBio 销售条款和条件以及 pacb.com/license 上的适用许可条款。Pacific Biosciences、PacBio 徽标、PacBio、Circulomics、Omniome、SMRT、SMRTbell、Iso-Seq、Sequel、Nanobind、SBB、Revio 和 Onso 是 PacBio 的商标。