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在表达 SOX2 的细胞中检测到古代人类内源性逆转录病毒的运动
摘要 人类内源性逆转录病毒 (HERV) 约占人类基因组的 8%。HERV 在早期胚胎中转录，在体细胞中表观遗传沉默，病理条件下除外。HERV-K 被认为可以保护胚胎免受外源性病毒感染。然而，体细胞中不受控制的 HERV-K 表达与多种疾病有关。在这里，我们表明 SOX2 对 HERV-K LTR5H 至关重要，它在维持干细胞多能性方面起着关键作用。在没有 Env 表达的情况下，HERV-K 在生产细胞内进行逆转录转座。此外，我们在表达 SOX2 的诱导多能干细胞的长期培养中发现了新的 HERV-K 整合位点。这些结果表明，HERV-K 对 SOX2 的严格依赖使得 HERV-K 能够在进化过程中保护早期胚胎，同时限制 HERV-K 逆转座对这些早期胚胎中宿主基因组完整性的潜在有害影响。
基因网络揭示了质量核心期间的干细胞状态收敛，并在多阶段皮肤致癌中发展为恶性肿瘤
在致癌过程中（11 - 13）。在小鼠中，已经鉴定出许多不同的干细胞标记，这些标记通过在上皮内重新室内隔室来促进体内平衡（14，15）。也已提出在正常皮肤中的某些干细胞在几种肿瘤类型（9，16）中充当癌症干细胞（CSC），以LGR5（17），LGR6（17），LGR6（18），Twist1（19），Sox2（Sox2（20）和Pitx1和Pitx1（21））。确定过渡期间出现的细胞塑性； 20
Pioneer Factor 改进了基于 CRISPR 的 C-To-G 和 C-To-T 碱基编辑
真核生物中的碱基编辑事件需要兼容的染色质环境，但关于染色质因子如何影响编辑效率或窗口的研究很少。通过设计与各种先驱因子融合的BE（碱基编辑器），作者发现SOX2显著提高了GBE和CBE的编辑效率。SoxN-GBE（SOX2-NH3-GBE）提高了原型间隔物整体胞嘧啶的编辑效率，而SoxM-GBE/CBE（SOX2-Middle-GBE/CBE）则能够在PAM-近端胞嘧啶处实现更高的碱基编辑。通过分离SOX2的功能域，构建了SadN-GBE（SOX2激活域-NH3-GBE）以获得更高的编辑效率，而SadM-CBE则具有更宽的编辑窗口。通过 DNase I 试验，还证明了编辑效率的提高很可能与 SAD 诱导染色质可及性有关。最后，使用 SadM-CBE 在原癌基因 MYC 中引入终止密码子，该位点以前很少被高效编辑。在这项工作中，通过融合先锋因子或其功能域构建了一类新的先锋 BE，它在真核生物中表现出更高的编辑效率或更宽的编辑窗口。
DNA结合重新分布激活域的集合和先锋因子Sox2各种病毒cas基因拮抗CRISPR免疫
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该预印本版的版权持有人于2023年6月24日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.06.24.545427 doi：biorxiv preprint
CRISPR/Cas9 介导的 ELANE 敲除可使原代造血干细胞和祖细胞以及诱导性多能干细胞中性粒细胞成熟
PRE CTGGGCTACACTGAGCACC TGACAGGTGGTGGCAATGCC OCT4 CCTCACTTCACTGCACTGTA CAGGTTTTCTTTCCCTAGCT SOX2 TTCACATGTCCCAGCACTACCAGA TCACATGTGTGAGAGGGGCAGTGTG C NANOG TCACACGGAGACTGTCTCTC GAACACAGTTCTGGTCTTCTG ABCG2 TACCTGTATAGTGTACTTCAT GGTCATGAGAAGTGTTGCTA chr12 位置 (24306644) TCTTCTTCAGGCTTTGCTTGCAGG GGTAGGAGTAGAAGGGTGGC OR2W4P GTGGGTTTCTCTGATCGTCCCA GGAAGAACTGTTCCTGGCTGC GPR107 CTGCCAAGCTGCTGTACTTCAA TCTTACGTGCTCCAAAGGCTGA BiP AGGACAAGAAGGAGGACGTGG GGTTGGAGGTGAGCTGGTTC Bcl-XL GGGTTCCCTTTCCTTCCATC AGTGGCCCCTAAATGGCTCT
动态强化学习揭示了奖励学习过程中战略的时间依赖性转变
人为时代的生物多样性损失危机需要研究非模型生物的新工具。大象既是一种濒危物种，又是研究复杂表型（例如大小，社会行为和寿命）等复杂表型的出色模型，但它们仍然严重研究。在这里，我们报告了通过化学媒体诱导和菌落选择的两个步骤，然后对大象转录因子Oct4，Sox2，Sox2，sox2，klf4，myc±nanog and Lin28a和MADENATION进行过度表达，然后通过化学媒体诱导和菌落选择过度表达了大象诱导的多能干细胞（EMIPSC）的第一个推导。自Shinya Yamanaka进行重新编程以来，已经报道了来自许多物种在内的许多物种的IPSC，包括功能灭绝的北部白鼻菌，但EMIPSC仍然难以捉摸。对于多种物种，与小鼠和人类（如小鼠和人类）相比，采用了重编程方案，但我们的EMIPSC方案几乎没有变化，但我们的EMIPSC方案需要更长的时间表和抑制TP53扩张基因，这些基因被认为可以在大象中赋予独特的癌症。IPSC解锁了探索细胞命运，细胞和组织发育，细胞疗法，药物筛查，疾病建模，癌症发展，配子发生及其他方面的巨大潜力，以进一步了解我们对这一标志性的巨型巨型。这项研究为遗传拯救和保护的晚期非模型生物细胞模型打开了新的边界。
大象诱导多能干细胞的推导
人为时代的生物多样性损失危机需要研究非模型生物的新工具。大象既是一种濒危物种，又是研究复杂表型（例如大小，社会行为和寿命）等复杂表型的出色模型，但它们仍然严重研究。在这里，我们报告了通过化学媒体诱导和菌落选择的两个步骤，然后对大象转录因子Oct4，Sox2，Sox2，sox2，klf4，myc±nanog and Lin28a和MADENATION进行过度表达，然后通过化学媒体诱导和菌落选择过度表达了大象诱导的多能干细胞（EMIPSC）的第一个推导。自Shinya Yamanaka进行重新编程以来，已经报道了来自许多物种在内的许多物种的IPSC，包括功能灭绝的北部白鼻菌，但EMIPSC仍然难以捉摸。对于多种物种，与小鼠和人类（如小鼠和人类）相比，采用了重编程方案，但我们的EMIPSC方案几乎没有变化，但我们的EMIPSC方案需要更长的时间表和抑制TP53扩张基因，这些基因被认为可以在大象中赋予独特的癌症。IPSC解锁了探索细胞命运，细胞和组织发育，细胞疗法，药物筛查，疾病建模，癌症发展，配子发生及其他方面的巨大潜力，以进一步了解我们对这一标志性的巨型巨型。这项研究为遗传拯救和保护的晚期非模型生物细胞模型打开了新的边界。
大象诱导多能干细胞的推导 大象诱导多能干细胞的推导 与深色小胶质细胞相关的综合应力反应促进了小胶质细胞脂肪形成，并有助于神经变性 RNA3DB：用于训练和基准的RNA结构预测的深度学习模型 sparta：... 的可解释功能分类
人为时代的生物多样性损失危机需要研究非模型生物的新工具。大象既是一种濒危物种，又是研究复杂表型（例如大小，社会行为和寿命）等复杂表型的出色模型，但它们仍然严重研究。在这里，我们报告了通过化学媒体诱导和菌落选择的两个步骤，然后对大象转录因子Oct4，Sox2，Sox2，sox2，klf4，myc±nanog and Lin28a和MADENATION进行过度表达，然后通过化学媒体诱导和菌落选择过度表达了大象诱导的多能干细胞（EMIPSC）的第一个推导。自Shinya Yamanaka进行重新编程以来，已经报道了来自许多物种在内的许多物种的IPSC，包括功能灭绝的北部白鼻菌，但EMIPSC仍然难以捉摸。对于多种物种，与小鼠和人类（如小鼠和人类）相比，采用了重编程方案，但我们的EMIPSC方案几乎没有变化，但我们的EMIPSC方案需要更长的时间表和抑制TP53扩张基因，这些基因被认为可以在大象中赋予独特的癌症。IPSC解锁了探索细胞命运，细胞和组织发育，细胞疗法，药物筛查，疾病建模，癌症发展，配子发生及其他方面的巨大潜力，以进一步了解我们对这一标志性的巨型巨型。这项研究为遗传拯救和保护的晚期非模型生物细胞模型打开了新的边界。
rnagen：一种基于生成对抗网络的模型，可生成靶蛋白的合成RNA序列
摘要。RNA-蛋白结合在调节蛋白质活性中通过影响定位和稳定性起着重要作用。 虽然蛋白质通常是通过小分子或其他蛋白质靶向的，但易于设计和合成小的RNA是一个相当尚未开发和有希望的场所。 问题是缺乏产生与某些蛋白质可能结合的RNA分子的方法。 在此，我们提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，该方法学会生成具有天然RNA样性能（例如二级结构和自由能）的短RNA序列。 使用优化技术，我们对这些序列进行微调以使它们与靶蛋白结合。 我们使用文献中的RNA-蛋白结合预测模型来指导模型。 我们表明，即使没有针对靶蛋白的专门训练的可用指南模型，我们也可以使用针对相似蛋白质的模型，例如来自同一家族的蛋白质，可以成功地生成与靶蛋白的结合RNA分子。 使用这种方法，我们使用了针对其相对的模型（SOX10，SOX14和SOX8）量身定制的PIRNA，并量身定制为SOX2蛋白结合，并在体外实验验证了我们生成的Top-2分子我们生成的Top-2分子特异性结合了SOX2。RNA-蛋白结合在调节蛋白质活性中通过影响定位和稳定性起着重要作用。虽然蛋白质通常是通过小分子或其他蛋白质靶向的，但易于设计和合成小的RNA是一个相当尚未开发和有希望的场所。问题是缺乏产生与某些蛋白质可能结合的RNA分子的方法。在此，我们提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，该方法学会生成具有天然RNA样性能（例如二级结构和自由能）的短RNA序列。使用优化技术，我们对这些序列进行微调以使它们与靶蛋白结合。我们使用文献中的RNA-蛋白结合预测模型来指导模型。我们表明，即使没有针对靶蛋白的专门训练的可用指南模型，我们也可以使用针对相似蛋白质的模型，例如来自同一家族的蛋白质，可以成功地生成与靶蛋白的结合RNA分子。使用这种方法，我们使用了针对其相对的模型（SOX10，SOX14和SOX8）量身定制的PIRNA，并量身定制为SOX2蛋白结合，并在体外实验验证了我们生成的Top-2分子我们生成的Top-2分子特异性结合了SOX2。
神经rest和儿子：神经rest细胞和雪旺细胞前体在发育和腺体胚胎发生中的作用
神经rest是一群多能迁移细胞的种群，在神经术期间从神经板的边界分离，并分化成成人生物体中各种器官的细胞（图1；表1）（他，1868年）。根据新的头部假设，正是神经波峰和表皮姿势的外观导致了弦脉的多样化和广泛分布（Gans and Northcutt，1983; Martik and Bronner，2021年）。神经rest细胞经历上皮 - 间质转变的阶段，并开始迁移到身体的远处。NCC与日益增长的神经以及转录特征的变化（SNAI1，SOX9/ 10，FOXD3，PAX3，PAX3和其他NCCS； SOX10，SOX2，SOX2，NRG1）的接触，SOX10，SOX2，NRG1，NRG1，NRG1），结果是Schwann细胞前体的形成，其发展依赖于AXT的迁移，并依赖于AXT的迁移。取决于其起源和定向迁移的位置，整个神经rest细胞（NCC）的种群可以分为几组：颅，树干，心脏和迷走NCCS（Achilleos and Trainor，2012年）。在哺乳动物中，颅NCC会产生颌骨和内耳的软骨和骨结构（Couly等，1998; Freyer等，2011）。此外，该细胞种群产生了牙齿的牙本质，额骨过程的骨骼以及颅神经的周围神经元和神经胶质（Leitevre，1978; Chai et al。，2000;Méndez-Maldez-Maldez-Maldonado et al。，2020）。颅内NCC还分化为The skeletogenic potential of the cranial neural crest has been extensively studied and documented from vertebrates, although cells of the trunk neural crest may also contribute to skeletal components in some animals like the contribution of NCCs to the differentiation of the plastron bones (abdominal carapace bones) of the turtle Trachemys scripta ( Cebra- Thomas et al., 2007 ).