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M.Sravan Kumar1，lokineni Yuktha 2，N.esther 2，P.Charitha 2（2024）。利用机器学习的高级软件质量预测
氮固定微生物的应用在植物营养中表现出了益处。 div>这项研究旨在评估氮固定微生物对玉米培养的影响（Zea Mays L.）。 div>在实验中，使用了三个重复的随机完整块设计（DBCA）。 div>应用的处理为：T1 -Paenibacillus polymyxa 2 L Ha -1； T2 -P。polymyxa 3 L ha -1; T3 -P。Polymyxa 4 L Ha -1; T4- pegotobacter Chroococcum 2 L ha -1; T5 -a。 T6 -A。Chrococcum 4 L ha -1; T7 -P。Polymyxa + A. Chroococcum 2 L ha -1; T8 -P。polymyxa + A. Chroococcum 3 L ha -1; T9 -P。Polymyxa + A. Chroococcum 4 L ha -1和T10-对照（无应用）。 div>评估的变量为：植物高度，茎直径和插入蛋白的插入。 div>结果表明，在农作物的播种（DDS）后55天，高度为182.01 cm的玉米植物的良好生长以及使用T9 -P. polymyxa + A. A. A. ChroCocum治疗获得了20.14 mm茎的直径。 div>此外，对于同样的处理，COB的插入也为120 cm。 div>
CRISPR-CAS9编辑和转录组的联合单细胞分析揭示了广泛的脱靶事件及其对基因表达的影响
具有CRISPR-CAS9的基因组工程中的长期障碍一直无法衡量Cas9编辑结果及其在单细胞分辨率下的功能效应。在这里，我们提出了Superb-Seq，这是一种利用T7原位转录和单细胞RNA测序的新技术，以共同测量靶向靶标Cas9编辑及其对基因表达的影响。我们在10,000 k562细胞上进行了高级seq，靶向了四个用七个引导RNA的染色质重塑基因。Superb-Seq在所有七个目标站点和其他36个非目标位点上确定了11,891个编辑事件。尽管选择了七个指南的高特异性，但其中有六个导致靶向脱靶编辑，频率从0.03％到18.6％的细胞范围不等。在USP9X的第一个内含子中，明显的脱靶编辑破坏了该基因的表达和超过150个下游基因。总而言之，由于罕见和常见的编辑事件的结合，CAS9非目标是普遍存在的，主要发生在靶向基因的内含子内，并且可以对基因表达产生广泛的影响。Superb-Seq使用现成的套件，标准设备，并且不需要病毒，这将使全基因组CRISPR屏幕能够在不同的细胞类型中以及与临床相关的指南的功能表征。
2020；8：30-36。doi：10.7150/jgen.43928 研究论文利用 Cas13a 进行可编程 CRISPR 干扰，实现蚊子基因沉默
在 CRISPR-Cas 系统中，Cas13a 是一种 RNA 引导的 RNA 核酸酶，专门靶向单链 RNA。我们开发了一种 Cas13a 介导的 CRISPR 干扰工具，以靶向 mRNA 来实现蚊子的基因沉默。通过胸内注射将表达 Cas13a 的质粒递送给蚊子，递送后至少 10 天仍可检测到 Cas13a 转录本。使用 T7 RNA 聚合酶在体外合成靶向特异性 crRNA。Cas13a 质粒和靶向 crRNA 可以通过胸内注射一起递送，或者可以先提供 Cas13a 构建体，然后在适当的时候提供靶向 crRNA。在两种蚊子中测试了该机制。在冈比亚按蚊中，卵黄蛋白基因被 Cas13a/Vg-crRNA 沉默，同时伴有产卵量显著下降。在埃及伊蚊中，COPI 基因的 α 和 δ 亚基被 Cas13a/crRNA 沉默，导致死亡和中肠脆弱，重现了之前报道的表型。当提供目标 crRNA 混合物时，可以同时实现基因共沉默。研究中未观察到非目标转录本的可检测的附带切割。除了 dsRNA 或 siRNA 介导的 RNA 干扰外，可编程的 CRISPR 干扰方法提供了一种在蚊子中敲除基因的替代方法。
CRISPR-CAS9编辑和转录组的联合单细胞分析揭示了广泛的脱靶事件及其对基因表达的影响
具有CRISPR-CAS9的基因组工程中的长期障碍一直无法衡量Cas9编辑结果及其在单细胞分辨率下的功能效应。在这里，我们提出了Superb-Seq，这是一种利用T7原位转录和单细胞RNA测序的新技术，以共同测量靶向靶标Cas9编辑及其对基因表达的影响。我们在10,000 k562细胞上进行了高级seq，靶向了四个用七个引导RNA的染色质重塑基因。Superb-Seq在所有七个目标站点和其他36个非目标位点上确定了11,891个编辑事件。尽管选择了七个指南的高特异性，但其中有六个导致靶向脱靶编辑，频率从0.03％到18.6％的细胞范围不等。在USP9X的第一个内含子中，明显的脱靶编辑破坏了该基因的表达和超过150个下游基因。总而言之，由于罕见和常见的编辑事件的结合，CAS9非目标是普遍存在的，主要发生在靶向基因的内含子内，并且可以对基因表达产生广泛的影响。Superb-Seq使用现成的套件，标准设备，并且不需要病毒，这将使全基因组CRISPR屏幕能够在不同的细胞类型中以及与临床相关的指南的功能表征。
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价格 B0202S—T4 DNA 连接酶反应缓冲液 29.00 美元 27.84 美元 M0319L—耐热 5' App DNA/RNA 连接酶 336.00 美元 322.56 美元 E2610L—5' DNA 腺苷酸化试剂盒 50 次反应 563.00 美元 540.48 美元 M0486L—模板转换 RT 酶混合物 236.00 美元 226.56 美元 E5520S—NEBuilder HiFi DNA 组装克隆试剂盒 212.00 美元 203.52 美元 M0271L—快速加载 Taq 2X 预混液 277.00 美元 265.92 美元 R0176S--DpnI 77.00 美元 73.92 美元 N4040S—M13mp18 单链 DNA 50.00 美元$48.00 M2401S—ET SSB $190.00 $182.40 C3019H—10-beta 感受态大肠杆菌 (H. Eff) $269.00 $258.24 R0507S--ApaLI $77.00 $73.92 E2610S--5' DNA 腺苷酸化试剂盒 10 次反应 $140.00 $134.40 M0251S—T7 RNA 聚合酶 $75.00 $72.00 R0630S--AsiSI $80.00 $76.80 M0492L—Q5 高保真 2X 预混液 $868.00 $833.28 R3133M—SpeI-HF $331.00 $317.76 C3040H—NEB 稳定感受态大肠杆菌 381.00 美元 365.76 美元 M0530S—Phusion 高保真 DNA 聚合酶 131.00 美元 125.76 美元 E5360S—NEBExpress 无细胞大肠杆菌蛋白质合成系统 244.00 美元 234.24 美元 E2621S—NEBuilder HiFi DNA 组装主混合物 180.00 美元 172.80 美元 您可以随时通过 stockroom@utexas.edu 联系我们，查看任何特定商品的价格。
CRISPR/Cas9 介导的 EZH2 敲除抑制了……
摘要：三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性极强的乳腺癌亚型，具有肿瘤内异质性的特点，与其他类型的乳腺癌相比，TNBC更易发生侵袭和转移。本研究旨在探讨腺病毒介导的成簇调控间隔短回文重复序列（CRISPR）/Cas9系统是否能够有效靶向TNBC细胞中的zeste增强子同源物2（EZH2），为CRISPR/Cas9系统用于乳腺癌的基因治疗奠定实验基础。本研究利用CRISPR/Cas9基因编辑工具在MDA-MB-231细胞中敲除EZH2，建立EZH2敲除（KO）组（EZH2-KO组），另设GFP敲除组（对照组）和空白组（Blank组）。通过T7 内切酶I（T7EI）酶切、mRNA检测及Western印迹实验验证载体构建及EZH2-KO成功。通过MTT、划痕实验、Transwell及体内肿瘤生物学实验检测基因编辑后MDA‑MB‑231细胞增殖及迁移能力的变化。mRNA及蛋白检测结果显示，EZH2‑KO组EZH2的mRNA及蛋白表达均明显下调。EZH2 mRNA及蛋白表达的差异在EZH2‑KO组中有所体现。
21世纪阿联酋大学的高级材料...
•阿联酋科学院院长Maamar Benkraouda教授•意大利米兰理工学院Giulio Cerullo教授•Yazan Al Momany先生，科学的Atté先生，意大利大使馆在阿布·达比，阿联酋主持人，Pliny Innocenzi 14:00-15:00-15:00-15:00午餐 + Sessions i Sessike + Sessions i Sessike i Sessike 2：环境应用的先进材料主持人：Ashraf Hasan -Teresa Gatti 15：00-15：25 T5：Carlo Cantalini- L'aquila University -carlo.cantalini@univaq.it 15：25-15：25-15：50 T6：Sulaiman al Zohair -Zohair -Zohair -iaeu，Uae -S.S. Alzuaiaiae.50：50：50： 16:15 T7: Teresa Gatti - Polytechnic of Turin - Teresa.gatti@polito.it 16:15 - 16:40 T8: Dinesh Shetty - Ku, UAE - Dinesh.shetty@ku.ac.Ae 16:40 - 16:55 Coffee Break Session 3: Advanced Materials for Biomedical Applications Moderators: Abdelouahid Samadi Samadi -Luigi Menduti 16：55-17：20 T9：Plinio Innocenzi-萨萨里大学 - pliny@uniss.it 17：20-17：45 T10：Luigi Meduti-米兰大学-Luigi.Meduti.Meduti@unimi@unimi@unimi.it 17:45-11：45-11 t11 t11：ali traboldi -nyi -nyi -nyi dy.nyi.dy.dy.bru dru druu dru.你。 -18：35 T12：Yaser Greish -UAEU，阿联酋 - Y.AFIFI@UAEU.AC.AE
使用简单的传染性克隆系统
基因型匹配的疫苗也提供了理想的保护，以防止新纽卡斯尔病毒病毒（NDV）基因型或变体引起的感染，即使在接种疫苗的鸡中也是如此。在这项研究中，我们使用一个简单可靠的感染性克隆平台报告了一种衰减和快速开发作为有效疫苗候选者的衰减和快速开发的方案。基于DHN3，一种基因型VII速度NDV分离株，通过表达基因组RNA，NDV蛋白NP，P和L的质粒的共转染来挽救重组RDHN3，而无需使用辅助病毒的T7聚合酶。随后，通过在DHN3 F蛋白中用氨基酸112至117的残基取代的菌株RDHN3-MF产生，并具有来自lasota菌株的相应序列。在细胞培养和鸡蛋中，RDHN3和RDHN3-MF在传播过程中均具有遗传稳定。通过确定EID 50，MDT和临床评估的进一步表征，证实了RDHN3具有速度和RDHN3-MF lentogentic。与灭活的RDHN3-MF的一周大的SPF小鸡相比，与商业lasota疫苗相比，抗DHN3抗体反应和对实时DHN3挑战的疫苗接种产生的抗DHN3抗体反应和更好的保护能力更高，提供了100％的保护和更早的病毒清除率。这种衰减的NDV分离株值得进一步发展为疫苗产品。
硅源对圆锥花种子质量的影响1
摘要：种子质量是物种繁殖的重要特征。在这种情况下，Cenostigma pyramidalis 对于恢复退化地区具有重要特性。然而，由于它生长在卡廷加，这种物种更容易受到植物病原体的感染。因此，在种植前后处理其种子以防止真菌的发生非常重要。这些替代方法之一是使用硅，它有助于提高活力和控制疾病。在这种情况下，目标是评估不同来源的硅在控制与 C. pyramidalis 种子相关的天然真菌及其生理质量方面的作用。实验在巴西帕拉伊巴联邦大学阿雷亚校区 II 的植物病理学实验室进行。种子在经过划痕处理以克服休眠后，用以下物质处理：T1 - 对照；T2 - Captana，T3 - Agrosilício plus®；T4 - Rocksil®；T5 - Sifol®； T6 - Chelal®；T7 - Bugram®。实验采用完全随机设计。对种子进行卫生、发芽和出苗测试。发芽和出苗测试中，每个处理使用 100 粒种子，重复 4 次，每次 25 粒种子；健康测试中，每个处理使用 10 次，每次 10 粒种子。所有硅源均能有效控制 C. pyramidalis 种子中的曲霉菌、枝孢菌和青霉菌。建议使用 Sifol® 进行处理，以控制真菌的发生率，而不会影响种子的生理质量。
高级基因组学研究协调员
关于SAGC南澳大利亚基因组学中心（SAGC）是一家多机构，国家基因组学和生物信息学设施，由南澳大利亚政府和澳大利亚Bioplatforms Australia（BPA）通过澳大利亚政府的国家政府国家合作研究基础设施基础设施策略（NCRIS）支持。SAGC已在该州巩固了基因组学和生物信息学专业知识，其中一组超过16个基因组学和生物信息学员工并排工作，以提供创新的基因组学和生物信息学解决方案，包括基因组学研究的所有领域，包括农业，医疗保健和生态学。SAGC由位于阿德莱德CBD的南澳大利亚健康与医学研究（SAHMRI）主持。其Flinders节点（节点）位于新的健康和医学研究大楼（HMRB）中，是Flinders Village Development的核心。此角色主要基于Flinders校园。自成立以来，该设施一直在为其用户提供尖端的基因组技术提供开创性。SAGC是澳大利亚唯一提供超高吞吐量MGI T7测序服务的基因组学设施。它还建立了用于空间转录组学的管道（例如stomics，Xenium，visium，cytassist），单细胞基因组学（例如10x基因组学，解析生物科学），简读测序（MGI和Illumina等平台）和长阅读测序（例如牛津纳米波尔）。SAGC也是澳大利亚的三个10X基因组参考站点之一，配备了完整的工具，可以利用其领先的技术进行空间转录组学和单细胞基因组学项目。