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白色念珠菌的克隆、纯化和特性
胸苷酸合酶 (TS) 已在多种生物体中得到鉴定，并且是癌症化疗中已证实的靶点 (25)。TS 应该是白色念珠菌（一种常见的真菌病原体）的良好化疗靶点，因为该酶的产物 dTMP 只能在酵母中从头合成；酵母缺乏胸苷激酶，并且胸腺嘧啶、胸苷和 dTMP 无法渗透 (6)。有效抑制酵母中的 TS 会导致死亡，因为这些生物体无法产生自己的 dTMP 或从环境中获取它。5-氟胞嘧啶可在体外和体内抑制白色念珠菌和几种其他真菌 (3)。此外，用 5-氟胞嘧啶 (9) 处理白色念珠菌会导致 5-氟-dUMP 积累并抑制 TS，因此表明该酶是真菌的化疗靶点。从体外靶酶表征中获得的信息有助于设计新的潜在化疗剂。大量纯酶的可用性促进了此类研究。由于白色念珠菌培养物中存在低水平的 TS，因此在大肠杆菌中克隆和过表达了白色念珠菌 TS。我们报告了通过功能补充缺乏 TS 的酿酒酵母菌株分离白色念珠菌 TS 基因。该基因的序列包括基因 5' 端约 400 个碱基对 (bp) 的 DNA 和一段较短的 3' 侧翼区，并使用 T7 表达载体在大肠杆菌中表达。制备了来自白色念珠菌和大肠杆菌的纯化酶，并检查了其特性，以确保在大肠杆菌中表达的克隆 TS 酶与白色念珠菌的天然 TS 酶相同。
Jaydeep P. Kulkarni研究兴趣：教育
T1。 研讨会，“有效机器学习硬件的模拟计算技术和电路”，《技术与电路》的VLSI研讨会，2020年6月T2。 “使用双向记忆延迟线进行节能边缘计算的全数字时域CNN发动机”硅实验室，奥斯汀，德克萨斯州，2019年11月，T3。 邀请了Talk，“使用RRAM和Selector作为技术辅助的高密度非挥发性SRAM”，IEEE非挥发记忆技术研讨会（NVMTS），北卡罗来纳州达勒姆，2019年10月，T4。 “使用双向内存延迟线进行节能边缘计算，北卡罗来纳州罗利市高通公司，2019年10月，T5。 主题演讲“高级CMO中的能源有效嵌入式记忆：趋势和前景”，VLSI设计与测试会议，印度技术研究院（IIT），印度印度印度印度印度，2019年7月，T6。 邀请谈话“高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI加速器的趋势和机遇”，印度理工学院（IIT）孟买，印度，2019年7月，T7。 “高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI加速器的趋势和机会”，印度班加罗尔的三星研发研究所，2019年7月，T8。 “高级CMO中的嵌入式记忆：趋势和前景”，印度高通班加罗尔，2019年7月T9。 “高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI加速器中的趋势和机遇”，印度班加罗尔，2019年7月，T10。 邀请演讲“高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI 中的趋势和机会T1。研讨会，“有效机器学习硬件的模拟计算技术和电路”，《技术与电路》的VLSI研讨会，2020年6月T2。“使用双向记忆延迟线进行节能边缘计算的全数字时域CNN发动机”硅实验室，奥斯汀，德克萨斯州，2019年11月，T3。邀请了Talk，“使用RRAM和Selector作为技术辅助的高密度非挥发性SRAM”，IEEE非挥发记忆技术研讨会（NVMTS），北卡罗来纳州达勒姆，2019年10月，T4。“使用双向内存延迟线进行节能边缘计算，北卡罗来纳州罗利市高通公司，2019年10月，T5。主题演讲“高级CMO中的能源有效嵌入式记忆：趋势和前景”，VLSI设计与测试会议，印度技术研究院（IIT），印度印度印度印度印度，2019年7月，T6。邀请谈话“高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI加速器的趋势和机遇”，印度理工学院（IIT）孟买，印度，2019年7月，T7。“高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI加速器的趋势和机会”，印度班加罗尔的三星研发研究所，2019年7月，T8。“高级CMO中的嵌入式记忆：趋势和前景”，印度高通班加罗尔，2019年7月T9。“高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI加速器中的趋势和机遇”，印度班加罗尔，2019年7月，T10。邀请演讲“高级CMO中的嵌入式记忆：ML/AI
第 8 章 A 节 准尉科和 AOC ...
A6 D1 D2 D6 E2 E4 E9 J1 J6 K9 P4 S8 T1 T6 T7 T8 T9 U1 U5 U9 V8 V9 X3 X4 X5 X6 Z1 Z2 Z3 1B 1E 1H 1Q 1R 1S 1T 1X 1Y 1Z 2B 2J 2K 2L 2U 2V 3C 3R 3Y 4P 4Q 4U 5C 5F 5G 5J 5L 5M 5N 5W 6D 6M 6P 6Q 6T 6Z 7G 7J 7Q 7Y 8J 8K 8L 8R ASI/ SI 定义 A1 区域支持单元 (RSE)（待批准）( ) A2 OH-58A/C 侦察机飞行员( ) A6妊娠产后体能训练 (P3T) 领导( ) B2 UH-60 飞行员( ) B3 UH-60M 飞行员( ) B4 UH-72A 飞行员( ) C3 CH-47F 飞行员( ) C8 AD 空域管理 (ADAM)/BDE AVN 分队 (BAE)( ) D1 反大规模杀伤性武器 (CWMD)( ) D2 军事骑兵( ) D4 传感器管理领导( ) D5 区域支援分队 (RSE)( (添加 2510) ) D5 区域支援分队 (RSE)( (添加 2410) ) D6 作战数据分析员（待定）（ ） D7 AH-64D 飞行员( ) D8 政府飞行代表( ) D9 AH-64E 飞行员( ) E1 UC-35 飞行员( ) E2 北极飞行员/操作员( ) E4 网络任务部队服务( ) E7 C-23 飞行员( ) E8 C-26 飞行员( ) E9 北极领导人( ) F3 RC-12D/G/H 飞行员( )
CRISPR Cas9 编辑多聚半乳糖醛酸酶 FaPG1 ...
硬度是草莓最重要的果实品质性状之一。这种软果实采后保质期在很大程度上受到硬度损失的限制，而细胞壁的分解起着重要作用。先前的研究表明，多聚半乳糖醛酸酶 FaPG1 在草莓软化过程中对果胶的重塑起着关键作用。在本研究中，使用农杆菌传递的 CRISPR/Cas9 系统生成了 FaPG1 敲除草莓植株。获得了 10 个独立品系 cv.“Chandler”，经 PCR 扩增和 T7 内切酶测定确定所有品系均已成功编辑。使用靶向深度测序分析了定向诱变插入和删除率。编辑序列的百分比从 47% 到几乎 100% 不等，其中 7 个选定品系的编辑序列百分比高于 95%。表型分析表明，在所分析的 8 个品系中，有 7 个品系产生的果实明显比对照更坚硬，硬度增加了 33% 到 70%。 FaPG1 编辑程度与果实硬度增加呈正相关。其他果实品质特征（如颜色、可溶性固体、可滴定酸度或花青素含量）的变化很小。编辑后的果实在采后软化率降低，蒸腾水分损失减少，受灰葡萄孢菌接种的损害较小。对四个潜在脱靶位点的分析未发现突变事件。总之，使用 CRISPR/Cas9 系统编辑 FaPG1 基因是提高草莓果实硬度和保质期的有效方法。
mgikit：用于MGI FASTQ文件的解密工具包
MGI Tech推出了一系列基于DNBSEQ技术的新NGS设备。对于不同类型的测序文库而言，这些序列据报道这些序列仪的准确性相似或精确度略低。但是，根据T7 Sequencer的情况，它们每天更具成本效益，并且每天达到约6 TB的数据。这些原因为MGI测序仪在基因组学领域中广泛使用铺平了道路，因此鼓励开发可以分析此类数据的软件。MGI序列器输出带有不同读取标题和文件命名的大型FastQ文件，而不是Illumina输出。单端的配对末端或正向读取（R1）的反向读取（R2）的末端是包含样本索引（i7和i5）和唯一分子标识符（UMI）的读取条形码。这些索引用于删除数据，即将读取分配给相应的样本。MGI Tech已将SplitBarcode工具1发布给Demultiplex MGI FastQ。但是，该工具无法识别数据中的UMIS，也没有解决不同标头和文件命名格式的问题，这些格式可以由Illumina基于Illumina的工具所需的问题。此外，它要求用户知道在读取条形码中找到索引的前期，并且不支持同一运行中的多个库。Mgikit用Rust编程语言写。可以在工具网页上获得综合文档和用户指南https：// sagc- bioinformatics.github.io/mgikit/。在此申请注释中，我们提供了一个软件套件的Mgikit，以消除MGI FASTQ数据，检测条形码模板并生成可以通过mgikikit-multiqc插件转换为html报告的反复材料和质量报告工具[1]。
高效 CRISPR/Cas9/AAV 协议
1. 为了在小鼠 HSPC 中实现有效的同源重组 (HR) 事件，需要具有高编辑效率的特定单向导 RNA (sgRNA)。我们使用 CrispRGold 程序 ( https://crisprgold.mdc-berlin.de ) 来设计特定的 sgRNA 并预测潜在的脱靶 ( Chu et al., 2016a )。每个目标序列应设计几个特定的 sgRNA。必须通过使用 T7 内切酶 I 测定 ( Guschin et al., 2010 ) 测量错配的 DNA 异源双链体以及对至少 2 种主要血细胞类型（例如 B 细胞和 T 细胞）的 PCR 产物进行 Sanger 测序来验证所有 sgRNA 的编辑效率。可以从 IDT、Synthego 或其他供应商处订购化学修饰或未修饰形式的 sgRNA。 2. 供体模板的最佳设计对于小鼠 HSPC 中的高效 HR 至关重要。供体模板包括 5'、3' 同源臂和所需的修饰基因序列。同源臂的长度取决于目标序列的特异性，每个同源臂由 600 到 2000 bp 组成。AAV 基因组的包装能力是设计供体模板的一个限制，因为基于 AAV 的供体模板的最大长度不应超过 4.5kb。如果没有使用报告基因，则应通过引入可用于量化 HR 效率的沉默突变将限制性酶识别位点添加到修饰的基因序列中。3. 为了通过 PCR 扩增和测序量化目标位点中的 HR 和非同源末端连接 (NHEJ) 事件，必须在外部设计正向或反向引物，或两者
表征从污水感染沙门氏菌的临床菌株的kayfunavirus属的沙门氏菌噬菌体
在沙门氏菌中多药耐药性的出现，引起食物传播感染，是一个重大问题。在沙门氏菌中有超过2,600种血清射手，至关重要的是为每种血清的特定溶液确定特定溶液。噬菌体疗法是另一种治疗选择。在这项研究中，VB_SALP_792噬菌体是从污水中获得的，在13个经过测试的临床S.肠分离株中，有8个形成斑块。透射电子显微镜（TEM）检查显示出T7样形式。噬菌体的特征是食物来源中其稳定性，生命周期，抗生素和裂解能力。噬菌体在整个温度（-20至70°C），pH值（3-11）以及氯仿和乙醚中保持稳定。它还在0.0001至100的MOI范围内表现出裂解活性。生命周期表明，在3分钟内附着在宿主上的噬菌体中有95％，然后是5分钟的潜在时期，导致50 PFU/细胞爆发的大小。VB_SALP_792噬菌体基因组的DSDNA长度为37,281 bp，GC含量为51％。有42个编码序列（CD），有24个具有推定功能，没有抗性或毒力相关的基因。VB_SALP_792噬菌体显着降低了已建立的生物膜和蛋清中的细菌载荷。Thus, vB_SalP_792 phage can serve as an effective biocontrol agent for preventing Salmonella infections in food, and its potent lytic activity against the clinical isolates of S. enterica , sets out vB_SalP_792 phage as a successful candidate for future in vivo studies and therapeutical application against drug- resistant Salmonella infections.
RNA 聚合酶 II 是 DNA 分叉进展的极性障碍
DNA 复制和转录同时发生在同一 DNA 模板上，导致复制体和 RNA 聚合酶之间不可避免地发生冲突。这些冲突会阻碍复制叉并威胁基因组稳定性。尽管许多研究表明正面冲突比同向冲突更有害，也更容易促进 R 环形成，但 RNA 聚合酶障碍极性的根本原因仍不清楚，这些 R 环的结构也只是推测。在这项工作中，我们使用一个简单的模型系统来解决这个复杂的问题，通过检查 Pol II 障碍到通过机械解压缩前进的 DNA 叉来模拟复制体的进展。我们发现，即使转录本大小最小，Pol II 也能更稳定地结合以抵抗正面配置中的移除，这表明 Pol II 障碍具有固有的极性。然而，具有长 RNA 转录本的延长 Pol II 在保留极性的同时成为更强大和持久的障碍，而 RNA-DNA 杂交的形成介导了这种增强。令人惊讶的是，我们发现当 Pol II 与 DNA 叉正面碰撞并回溯时，RNA-DNA 杂合体会在 Pol II 前方的滞后链上形成，形成拓扑锁，将 Pol II 困在叉上。TFIIS 通过切断 Pol II 与杂合体的连接来促进 RNA-DNA 杂合体的去除。我们进一步证明，当 Pol II 仍与 DNA 结合时，这种 RNA-DNA 杂合体可以通过 T7 DNA 聚合酶引发滞后链复制。我们的研究结果捕捉到了 Pol II 与 DNA 叉相互作用的基本特性，揭示了转录-复制冲突的重要意义。
1 LeishGEdit 工具箱的 Bar-seq 策略 2
LeishGEdit 引物设计流程为基因组中每个给定的 ORF 设计了总共六个引物序列，以实现 CRISPR-Cas9 基因编辑，从而允许用大量可用标签标记感兴趣基因的 N 端或 C 端，并删除 ORF 的两个等位基因（图 1B 和 C）。设计了两个 sgRNA 引物，一个靶向目标基因的 5'UTR，一个靶向 3'UTR。sgRNA 引物由 T7 RNAP 启动子序列、20 nt sgRNA 靶序列（用于在感兴趣的位点引入 DSB）和 20 nt 与 CRISPR-Cas9 主链序列的重叠组成，从而允许通过 PCR 生成 sgRNA 模板。需要一个包含整个 sgRNA 主链序列 [20] 的额外通用引物来扩增两个 sgRNA。四种引物专为 pPLOT 和 pT 质粒扩增而设计，可以以不同的组合使用 82 来产生供体 DNA。这些引物包括：上游正向引物 (#1)、83 上游反向引物 (#2)、下游正向引物 (#3) 和下游反向引物 (#4)。可以选择性地设计 84 额外引物，以允许使用从 pPOT 质粒模板扩增的供体 85 构建体进行 CRISPR-Cas9 介导的基因编辑 [21]。供体 DNA 引物包含紧邻 sgRNA 靶序列及其 PAM 位点的 30 nt HF 序列 86，以及与 pT、pPLOT 和 pPOT 质粒兼容的引物结合位点 87。虽然上游正向引物和下游 88 反向引物位置始终根据所选的 sgRNA 而变化，但上游反向引物 89 (#2) 和下游正向引物 (#4) 针对每个基因设计在相同的位置。90
基于壳聚糖的NPK纳米结构，用于降低合成NPK肥料并提高水稻生产力和营养指数
研究人员反复强调了我们如何迫切地减少大量氮肥的消耗，以支持农业生产力并保持可持续的生态系统。使用壳聚糖（CS）作为缓慢释放的载体被认为是降低合成肥料和提高作物生产率的潜在工具。因此，在随机完整的块设计中布置了两个现场实验，以研究七种治疗方法的影响，包括合成肥料和基于壳聚糖的NPK纳米结构（CH/NPS-NPK）的外源应用对生产率，生产力和营养特征的增长，生产率和营养特征的全球策略作物的2022222222年季节和2023年的2023年季节的营养特征。实验处理为：T1 =全建议合成NPK（推荐尿素，超磷酸，硫酸钾；对照治疗），T2 = 70％T1+ CH/ NPS-NPK 100 ppm，T3 = 70％，T1+ CH/ NPK 200 ppm的T1+ CH/ NPK 200 ppm，T5 = 70％PPM = 70％= 70％ppm，TPM的TPM， T1+ CH/NPS-NPK 100 ppm，T6 = T1+ CH/NPS-NPK 200 ppm的30％，T7 = T1+ CH/NPS-NPK的30％300 ppm。结果表明，T4（即推荐的NPK+ CH/NPS-NPK 300 ppm的70％）和T1（完全推荐的合成NPK）导致了与其他处理相比，水稻的最高和最显着的生长和最重要的大米特征以及营养谷物含量。因此，将70％的推荐NPK与CH/NPS-NPK 300 ppm结合在一起，作为一种外源应用，可以是将合成NPK肥料降低30％的明智选择，而在帕迪领域中，在应用完整推荐的NPK时，在不产生生长，产量特征或营养谷物方面会大幅下降，而不会产生大幅下降。