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CRISPR 介导的 TGFBR2 敲除使人类卵巢癌肿瘤浸润淋巴细胞对 TGF-β 信号产生抗性
摘要 背景 卵巢癌 (OvCa) 患者 T 细胞浸润升高与生存率提高之间的相关性表明内源性肿瘤浸润淋巴细胞 (TIL) 具有一定程度的抗肿瘤活性，可用于 OvCa 免疫治疗。我们之前优化了一种体外 OvCa TIL 扩增用于过继细胞疗法的方案，该方案目前正在我们机构的临床试验中进行测试 (NCT03610490)。在此成功的基础上，我们开始对 OvCa TIL 进行基因改造，以克服肿瘤微环境中存在的关键免疫抑制因素。在这里，我们介绍了在患者来源的 OvCa TIL 中 CRISPR/Cas9 介导的 TGF-β 受体 2 (TGFBR2) 敲除的临床前优化。方法 从四名患者手术切除的肿瘤样本中生成 OvCa TIL，并进行 CRISPR/Cas9 介导的 TGFBR2 敲除，然后进行快速扩增方案。全面评估了 TGFBR2 定向 gRNA 的 TGFBR2 敲除效率和脱靶活性。此外，还测定了 TGFBR2 敲除对 TIL 扩增、功能和下游信号传导的影响。结果在四个独立的 OvCa TIL 样本中测试的 5 个 gRNA 实现了从 59±6% 到 100%±0% 的 TGFBR2 敲除效率。TGFBR2 敲除的 TIL 对免疫抑制 TGF-β 信号传导具有抗性，表现为缺乏 SMAD 磷酸化、缺乏对 TGF-β 刺激的整体转录变化、在有和没有 TGF-β 的情况下促炎细胞因子的分泌同样强烈、并且在存在 TGF-β 的情况下细胞毒性增强。CRISPR 修饰本身不会改变 OvCa TIL 的体外扩增效率、免疫表型或 TCR 克隆多样性。对于临床转化而言，重要的是，对 CRISPR 脱靶效应的全面分析表明，我们前两个靶向 TGFBR2 的 gRNA 没有脱靶活性的证据。结论 CRISPR/Cas9 介导的基因敲除在患者来源的 OvCa TIL 中是可行且有效的，可使用临床可扩展的方法。我们实现了高效且特异性的 TGFBR2 敲除，产生了一种扩增的 OvCa TIL 产品，该产品对免疫抑制剂具有抗性
癌细胞疗法的不断变化的景观：临床试验和现实世界数据
补充方法：数据集和分析肿瘤学临床试验中细胞疗法的数据是从GlobalData的试验数据库中收集的，随后由CRI IO研究所（CRI）基于CRI IO分析的定义对不同的免疫疗法类型和药物目标信息进行了策划。数据截止是2024年3月。自身免疫性疾病中的细胞治疗试验来自GlobalData的试验数据库，其截止日期为2024年。Cell therapies were classified into 9 main modalities based on the cell type and mechanisms of action being leveraged: (1) CAR-T cells, (2) Other T cells, (3) Cell-based Cancer Vaccines, (4) CAR-NK cells, (5) Other NK cells, (6) Bacteria, (7) Stem cells, (8) Other cell types and (9) Undisclosed cell therapy type.“其他T细胞”类别已进一步分为这些资产的可用信息的子类别：GAMA/DELTA TCR T细胞，TCR T细胞，肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和其他/未指定的T细胞。按身体位置/系统按身体位置/系统进行分类：https：//www.cancer.gov/types/by-body-location real-world数据是从IQVIA前专用数据库中获得的“ CAR T-Cell Monitor”（Car t-cell Monitor）（中心Insights insights and Insights insights insights insights insights and corseiral Insignss）。该数据库提供了有关从参考肿瘤学家到管理这些疗法的高级治疗中心的患者旅程的见解。这项全球联合研究提供了有关沿该连续体的关键接触点的定量数据。美国数据来源是季度主要研究（治疗模块：n = 51个肿瘤学家，参考模块：n = 100个肿瘤学家）和公开可用的数据（销售，定价，中心）。在补充图12中，Q4 2023调查数据与https://doi.org/10.10.10.10.1038/d41573-022-00095-1中提出的Q4 2021调查结果进行了比较，这些调查结果是通过IQVIA使用可比方法收集的。2014年至2023年之间有关肿瘤学细胞疗法交易的数据是从2024年1月截至2024年1月的IQVIA专有数据库“ IQVIA Pharma Deals”获得的。分析，表和图形表示是通过使用Tableau进行的，除了补充图12、13和14中的表格和图形表示，这些图12、13和14是用功率点生成的。
卵巢癌的战略组合疗法
3病理学系，李卡·谢兴医学院，香港大学，香港，通讯作者：Lydia Wt Cheung。L1-44，香港Sassoon Road 21实验室街区。 电话：852-39176908传真：852-28170857;电子邮件：lydiacwt@hku.hk摘要卵巢癌仍然是全球女性与妇科癌症有关的主要原因。 沮丧的存活率部分是由于标准化的脱毛手术和一线化学疗法后复发。 近年来，有针对性的疗法在内，包括抗血管生成剂或聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂代表了卵巢癌治疗中的突破。 随着更多的治疗剂通过对卵巢癌生物学的更深入了解，正在积极研究一系列组合治疗方法，以进一步改善该疾病的临床结果。 这些组合涉及DNA损害剂，靶向信号通路和免疫疗法的靶向疗法，同时靶向多个癌症途径或标志以诱导添加剂或协同的抗肿瘤活动。 在这里，我们回顾了临床前数据和正在进行的临床试验，以开发有效的组合疗法治疗卵巢癌。 这些新出现的治疗方式可能会重塑该疾病的治疗局势。L1-44，香港Sassoon Road 21实验室街区。电话：852-39176908传真：852-28170857;电子邮件：lydiacwt@hku.hk摘要卵巢癌仍然是全球女性与妇科癌症有关的主要原因。沮丧的存活率部分是由于标准化的脱毛手术和一线化学疗法后复发。近年来，有针对性的疗法在内，包括抗血管生成剂或聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂代表了卵巢癌治疗中的突破。随着更多的治疗剂通过对卵巢癌生物学的更深入了解，正在积极研究一系列组合治疗方法，以进一步改善该疾病的临床结果。这些组合涉及DNA损害剂，靶向信号通路和免疫疗法的靶向疗法，同时靶向多个癌症途径或标志以诱导添加剂或协同的抗肿瘤活动。在这里，我们回顾了临床前数据和正在进行的临床试验，以开发有效的组合疗法治疗卵巢癌。这些新出现的治疗方式可能会重塑该疾病的治疗局势。缩写：ACT，收养细胞转移； ATR，共济失调性远程和RAD3相关蛋白； CAR-T，嵌合抗原受体T； CHK1，检查点激酶1; Cho，中国仓鼠卵巢； CI，置信区间； CTLA-4，细胞毒性T-淋巴细胞抗原4; CXCR4，C-X-C趋化因子受体4型； DCR，疾病控制率； DOR，响应持续时间； EGFR，表皮生长因子受体； FA，Fanconi贫血； HDR，同源性DNA修复；人力资源，危险比； ICL，链间交叉链接； IL-2，白介素2; INF-γ，干扰素 - γ; MAPK，有丝分裂原激活的蛋白激酶； MDSC，髓样衍生的抑制细胞； MEK，有丝分裂原激活的蛋白激酶激酶； ORR，客观响应率； OS，整体生存； PARP，聚（ADP-核糖）聚合酶； PD-1，编程细胞死亡-1； PD-L1，编程死亡配体1； PDGFR，血小板衍生的生长因子受体； PDX，患者衍生的异种移植物； PFS，无进展的生存； PI3K，磷酸肌醇3-激酶； PLD，叶珠脂体阿霉素； PR，部分反应； RTK，受体酪氨酸激酶； SD，稳定疾病； TAA，肿瘤相关抗原（TAA）； TIL，肿瘤浸润淋巴细胞； TME，肿瘤微环境； Treg，调节性T细胞； VEGF，血管内皮生长因子； VEGFR，血管内皮生长因子受体
204 KSQ-004：SOCS1和Regnase-1的无偏成对发现是顶级CRISPR/CAS9双编辑组合，增强了对实体瘤的体内效力
背景CRISPR/CAS9基因编辑以增强T细胞产物细胞thera-therapies（ACT）的抗肿瘤活性（ACT）是一种有前途的方法，用于治疗实体瘤患者。我们开发了一种体内CRISPR^2筛选方法，并询问了顶部双重编辑组合，从而增强了T细胞抗肿瘤功能。我们发现，在T细胞靶标的所有可能的双编辑组合中，Regnase-1和SOCS1的失活导致体内抗肿瘤T细胞效能的最大增强。我们将这些发现应用于发现KSQ-004，这是一种Regnase-1/ SOCS1双重编辑的人CRISPR/ CAS9工程的TIL（ETIL）疗法，目前正在开发用于治疗的使用。我们生成了随机配对的CRISPR指南图书馆（CRISPR2），以先前的单基因免疫CRISPROMICS®屏幕为目标。crispr^2库具有超过1200个基因对的 crispr^2，在相关的合成性肿瘤模型中筛选在原代小鼠OT1和PMEL-TCR-TG-T细胞中。 然后在免疫疗法 - 饮食性B16F10转移性肺肿瘤模型中评估顶部双编辑组合。 在小鼠TIL模型中进一步评估了顶部组合的功效，其中从B16-OVA肿瘤中扩展了从B16-ova肿瘤进行扩展，并在体内进行了设计，并采用转移到肿瘤轴承宿主中以进行有效评估。 在CRISPR^2屏幕中测试的1200+组合的结果，Regnase-1/SOCS1组合在顶级双重编辑中排名，与对照组相比，这种组合增强了T细胞浸润到肿瘤> 3500倍。crispr^2，在相关的合成性肿瘤模型中筛选在原代小鼠OT1和PMEL-TCR-TG-T细胞中。然后在免疫疗法 - 饮食性B16F10转移性肺肿瘤模型中评估顶部双编辑组合。在小鼠TIL模型中进一步评估了顶部组合的功效，其中从B16-OVA肿瘤中扩展了从B16-ova肿瘤进行扩展，并在体内进行了设计，并采用转移到肿瘤轴承宿主中以进行有效评估。在CRISPR^2屏幕中测试的1200+组合的结果，Regnase-1/SOCS1组合在顶级双重编辑中排名，与对照组相比，这种组合增强了T细胞浸润到肿瘤> 3500倍。在检查点治疗难治性B16F10肺转移模型中进行的研究表明，Regnase-1/SOCS1双重编辑的PMEL-TCR-TG-TG-T细胞相对于对照组赋予了显着的SUR-VIAL益处，显着将动物中位数存活从21天延长至53天。进一步，regnase-1+SOCS1编辑的小鼠直到分离并从B16-ova肿瘤扩展并扩展，在将肿瘤重新灌注后完全控制了宿主，这表明该编辑组合通过这种编辑组合恢复了肿瘤经验丰富的蒂尔斯。将这些见解用于治疗用途，我们发现了KSQ-004，一种人类的Regnase-1/SOCS1双编辑CRISPR/CAS9设计的TIL（ETIL）。的方法来制造来自黑色素瘤和NSCLC肿瘤样品的KSQ-004，其依然表现出可靠的膨胀和可行性，可与未经编辑的对照截至，两种焦油的敲除超过90％。重要的是，KSQ-004在自体肿瘤刺激后产生升高的IFNγ，并在体外对肿瘤球体施加了更大的控制。结论我们使用了一种新型的CRISPR^2屏幕方法来识别Regnase-1/SOCS1作为肿瘤微环境中T细胞功能的顶级双编辑组合。，我们将这些发现转化为治疗用途，并发现了KSQ-004（一种设计的双重编辑的ETIL疗法，旨在提高抗肿瘤效力和针对实体瘤的持久性。
记忆的蛋白质组学和表型特征
背景是一种“活着的药物”的养育T细胞免疫疗法已为许多以前无法治疗的癌症带来了治疗方法，但是持久性和抗肿瘤功效通常是由于细胞分化在实现适当的细胞数量中所需的细胞扩展所需的细胞分化而造成的。将自然链接分化的扩展扩展可以为产生具有自我更新，持久性和增强效果能力的T细胞产品提供策略。细胞代谢重编程可以有助于保存T细胞干，并审问管理的代谢调节回路，而指导T细胞命运分化有可能导致发展有效的T细胞免疫疗法的有效代谢干预策略。方法我们首先确定了与T细胞耗尽抗相关并在上下文中共享的特定代谢途径，并通过将新型的计算框架应用于人类TIL中T细胞耗尽的单细胞代谢活动1分析人类TIL的转录组图谱，并将小鼠慢性感染模型和肿瘤模型（以人为鼻子的鼻子代理抗体抗体）的用尽来调整。然后，我们使用B16-OVA黑色素瘤小鼠模型和人HEPG2- NY-ESO-1肝肿瘤模型来评估用甘露糖补充甘露糖生产后采用的T细胞对肿瘤控制的影响。单细胞RNA-seq，Cut＆ - TAG，代谢组学和CRISPR-CAS9评估补充甘露糖对T细胞的影响。致谢这项工作得到了中国国家自然科学基金会（32270994 to G. L.，32300764 to H.C.），自然科学基金会结果对> 300,000个T细胞的单细胞代谢分析反应了21种癌症类型的300多名患者，这些癌症与慢性感染和肿瘤模型中的T细胞耗尽数据集的整体分析确定了耗尽的CD8 + T细胞的突出特征。相反，通过补充D-甘露糖的T细胞中甘露糖代谢的实验性增强增强了抗肿瘤活性，并且在体外和体内都有限制性的疲惫差异。从机理上讲，D-Man-Nose处理诱导细胞内代谢编程，从糖酵解中脱离糖酵解并增加了B-链氨酸蛋白蛋白的O-Glcnacylation，从而保留了TCF7表达和与干燥质量相关的开放式染色质，与分化相关的基因区域的封闭染色质相关的表观遗传标记。最后，甘露糖补充剂的体外扩张产生了T细胞产物，在体内表现出增殖和功能增强，从而提高了抗肿瘤功效。结论这些发现揭示了细胞中的甘露糖代替，作为CD8 + T细胞命运的生理调节剂，从分化中分离/扩张了增殖/扩张，并强调了癌症免疫疗法中MANNOSE调节的治疗潜力。进一步表明，在存在D-甘露糖的情况下扩大T细胞将是生成大量茎样T细胞产物的可行策略。