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2022; 13(5): 1565-1572。doi: 10.7150/jca.65370 研究论文下一代测序揭示肺腺癌的年龄依赖性遗传基础
背景：超过 40% 的肺癌患者在 70 岁以上时才被确诊。然而，他们之间的基因组和临床特征仍然难以捉摸。在这里，我们进行了靶向捕获序列分析，以表征中国肺腺癌 (LUAD) 患者各年龄段的突变谱。患者和方法：2025 名 LUAD 患者分为三组：年轻（≤50 岁）（n=416，20.54%）、中年（51~69 岁）（n=1271，62.77%）和老年（≥70 岁）（n=338，16.69%）。使用 1,021 个基因组和 59 个基因组对组织样本进行测序。研究了 LUAD 患者的基因改变和肿瘤突变负荷 (TMB)。结果 ：20个基因的突变频率在老年组中显著高于青年组，其中14个基因突变以前没有被报道过，包括涉及细胞周期/凋亡信号转导（FAT1、FAT2）、DNA损伤修复（FANCA和FANCM）、染色质组蛋白修饰（KDM6A）、RTK/RAS/PI3K信号转导（FLT4和MTOR）、NOTCH信号转导（NOTCH1、NOTCH2和NOTCH4）以及其他信号通路或细胞调控因子（KEAP1、ASXL1、EPHB1和ABCB1）。6个以前报道的突变基因（RBM10、KRAS、LRP1B、CDKN2A和KMT2C/D）在老年组中的发生率也显著高于青年组。在临床可操作的突变位点中，KRAS突变在老年组中更为常见； MET 14号外显子跳跃和MET扩增均与高龄呈显著正相关；ALK、ROS1、RET和ERBB2 20号外显子插入等融合在老年组中较少见。此外，老年组的TMB水平高于青年组。结论：本研究揭示了青年和老年LUAD患者体细胞基因突变和TMB的差异，为今后针对老年患者的靶向治疗和免疫治疗提供优势。
神经内分泌肿瘤中精确医学的分子分析和目标可行性：现实世界数据
结果：在156名合格患者中有114例获得了MPS，其中包括12％的Net-G1、42％Net-G2、13％的Net-G3和35％的神经内分泌癌（NEC）。主要部位为肺/胸腺（40％），胰腺（19％），胃肠道（16％），头颈部（10％），未知（10％）和其他患者的同步转移（10％）。最常见的MA是：Men1（25％），PTEN（13％），TP53（11％）和TSC2（9％），NEC中的Neuroenocrine肿瘤（NET）和TP53（50％）和RB1（18％）在NEC中。这些MA分子靶标（ESCAT）分类的临床可行性的ESMO量表为：I（5％），III（20％），IV（23％），X（27％）；在48％的患者中确定了假定的可操作MA。中位TMB为5.7 mut/ mb，3 TMB> 10和1 MSI净。在26％的患者中发现没有MA。对19例患者（4 NEC，15净）进行了分子匹配的治疗：免疫疗法（n = 3），Tipifarnib（n = 1），Notchi（n = 1），EGFRI（N = 2），HER2I（n = 1）和Everolimus（n = 11）（n = 11）。总体而言，有67％的患者的临床益处定义为GMI超过1.3，疾病控制率为78％。
C-7 Cabozantinib治疗先前治疗的3级神经内分泌肿瘤（G3 NETS）的患者
结果11例（4名女性，7名男性），中位年龄61岁（范围40 - 79）符合纳入标准。七个患有胰腺原发性肿瘤；每个人都有十二指肠，小肠，直肠和未知小学的网。最初活检的KI-67中位数为15.5（范围0.89 - 55），在开始Cabozantinib之前，重复活检的51.4（范围23.4 - 97）为51.4（范围23.4 - 97）。九名患者完成了基因组研究，其中2例具有TMB> 200 m/Mb，可能是替莫唑胺诱导的高透气状态。九名患者具有先前的生长抑素类似物，有6例先前的PRRT，所有患者在开始Cabozantinib之前先前均有Captem。九名患者在卡博替尼之前接受了其他化学疗法（所有患者均具有伊立替康或奥沙利铂方案）。四名患者患有依维莫司和1名患者（TMB高）进行免疫疗法，没有反应。五名患者有客观反应，但没有一个随访的成像。九名患者进展，但有2名患者在开始治疗后不久死亡。中值MPFS为2.8个月（范围2.2 - 14），自卡博替尼开始日期的中位OS为24.5。两名患者不得不停止Cabozantinib的毒性，3例需要减少剂量。
肿瘤免疫微环境的表征（...
mtap del定义为两拷贝损失。体细胞改变（ALTS），从IHC，TMB和MSI的基因表达模式，PD-L1预测的免疫细胞浸润。融合，以避免任何潜在的偏见。卡方/Fisher的精确测试或Kruskal-Wallis检验用于评估统计显着性（p <0.05，Q <0.05，用于用于多次测试的错误发现率校正）。
晚期癌症患者的全面基因组分析和治疗意义：一家学术医院的经验
摘要：下一代测序 (NGS) 可用于检测肿瘤特异性基因组改变。这项回顾性单中心研究旨在评估广泛的 NGS 面板在识别可操作改变和为晚期癌症患者启动匹配的靶向治疗中的应用。我们使用基础医学检测 (FoundationOne ® CDx) 分析了 464 例晚期癌症患者实体瘤活检中的基因组改变。使用纪念斯隆凯特琳精准肿瘤学知识库 (OncoKB) 分类确定治疗意义。FoundationOne ® CDx 成功应用于 464/521 名患者 (89%)。最常见的改变基因是 TP53 (61%)、KRAS (20%)、CDKN2A (20%)、TERT (16%) 和 APC (16%)。在成功分析肿瘤突变负荷 (TMB) 的 419 名患者中，43 名患者表现出高 TMB（≥ 10 个突变/兆碱基）。在 126 名具有可操作目标的患者中，40 名患者接受了匹配治疗（32%），其中 17 名患者在临床试验中接受治疗。这项研究表明，NGS 在学术中心的应用是可行的，并且提高了可操作改变的检测率，并识别出无论肿瘤组织学如何都适合接受靶向治疗或免疫治疗的患者。早期转诊进行 NGS、纳入临床（篮子）试验以及开发新的靶向药物等策略对于提高匹配治疗率是必不可少的。
泛肿瘤生物标志物检测的影响
a 发现指在任何肿瘤类型中首次发现。b 可操作性基于对该生物标志物定义的疗法的首次肿瘤不可知论批准。BRAF，v-raf 鼠肉瘤病毒致癌基因同源物 B1；CCA，胆管癌；CRC，结直肠癌；dMMR，缺陷错配修复；FDA，美国食品药品监督管理局；MSI，微卫星不稳定性；NTRK，神经营养酪氨酸受体激酶；RET，ret 原癌基因；TMB，肿瘤突变负担。
oncokdm lite：从肿瘤学实践中的VCF文件提高TSO500数据解释精度
最初，使用整个基因组和整个外显子组测序测量TMB以具有足够的功率（意味着碱测序）。尽管如此，这些技术的成本效益不足以用于临床常规。2019年初推出的来自Illumina的TSO500面板是能够实现这些目标的最先进的商业面板。但是，实验室可以很容易地标准化湿实验室，生物信息分析以从一个分析中获得最大的准确信息，这种复杂的面板可能需要复杂的策略，并且必须在临床前进行验证。
将个性化药物带到新的水平
BostonGene achieves the most comprehensive overview of a tumor through whole exome (WES) and transcriptome (RNAseq) sequencing to detect genomic alterations such as fusions, single nucleotide variants (SNV), indels, copy number alterations (CNA), tumor mutational burden (TMB), microsatellite instability (MSI), fusions, frameshifts,超过20,000个基因的重排和表达水平。Bostongene肿瘤肖像™测试结合了精确的数据处理和专有算法，以生成易于理解的肿瘤示意图，即分子功能肖像*。
精准肿瘤学中组织无关疗法的演变前景
缩写：BRAF V600E，BRAF 蛋白 600 位上缬氨酸 (V) 取代为谷氨酸 (E)；CI，置信区间；dMMR，错配修复缺陷；Her2，人类表皮生长因子受体 2；IHC，免疫组织化学；MSI-H，微卫星不稳定性高；mut/Mb，每兆碱基突变数；NGS，下一代测序；PD-1，程序性死亡 1；r/r，复发/难治；TMB-H，肿瘤突变负担高；TRK，酪氨酸受体激酶。
第 7 潜艇师军官人才管理委员会...
- SECNAV 行业巡演 (SNTWI) – 每年 1-2 1120 名额。被选中参加该计划的军官将在特定公司进行为期一年的实习（选项列在 TMB FAQ 表上），然后根据职业时间安排进行 12-24 个月的使用巡演。军官们将能够利用他们在行业巡演中学到的知识，并利用这些经验不仅提高自己的领导能力，还将这些经验带到潜艇部队。海军管理办公室将于 2023 年初宣布 23-24 财年的该计划，军官们应该预计在 2023 年 7 月/8 月转入他们的行业巡演。董事会将为该计划选出潜艇部队的候选人。