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患者指南：与您的医生一起理解报告
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备，用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排，以及基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断，用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外，F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。
FoundationOne®CDx 报告指南
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备，用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排，以及基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断，用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外，F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。
研究论文：一种新的预后细胞焦亡相关基因特征与胶质瘤的氧化应激和免疫相关特征相关
胶质瘤是一种高度侵袭性和侵袭性的肿瘤，是脑癌中发病率最高的肿瘤。确定有效的预后和潜在的治疗靶点是必不可少的。细胞焦亡是一种程序性细胞死亡形式，其与胶质瘤的关系仍然不清楚。我们利用细胞焦亡相关基因构建并验证了胶质瘤的预后模型。使用“ limma ”包筛选出差异表达的细胞焦亡相关基因。基于 LASSO-Cox 回归，采用 CASP1、CASP3、CASP6、IL32、MKI67、MYD88、PRTN3、NOS1 和 VIM 等 9 个重要基因在 TCGA 队列中构建预后模型；并在 CGGA 队列中验证了结果。根据中位风险评分，将患者分为高危组和低危组，Kaplan-Meier曲线分析显示高危患者预后差于低危患者。两组患者在免疫细胞滤过和TMB评分方面存在差异，高危组的免疫检查点水平、TMB评分和免疫细胞滤过水平均较高。KEGG和GO分析提示免疫相关通路富集。此外，我们发现我们的标签中的基因与氧化应激相关通路强相关，且不同亚组的ssGSEA评分不同。一些小分子靶向模型中的基因，并验证了它们在不同风险组之间的药物敏感性。使用“Seurat”包处理 scRNA-seq 数据集 GSE138794，以评估特定细胞类型中风险基因的表达水平。最后，使用 si-RNA 构建体降低 U87 胶质瘤细胞系中的 MYD88 水平。细胞增殖受损，暴露于 LPS 时释放的焦亡相关细胞因子减少。总之，我们建立了一个焦亡相关基因模型，可准确将胶质瘤患者分为高风险组和低风险组。研究结果表明，该特征可能是胶质瘤的有效预后预测工具。
一种可扩展的高通量靶向下一代测序检测方法，用于对实体肿瘤进行全面的基因组分析
测序运行，从收到样本到报告的周转时间不到 7 天。结果表明，可扩展的检测方法可以准确且可重复地检测出 40ng DNA 中的小变异、拷贝数变异、微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)，以及 20ng RNA 中的多个基因融合，包括已知和未知的伴侣和剪接变体。对 717 个肿瘤样本和参考材料进行了测序，其中 96 个癌症相关基因存在已知变异，以评估检测性能。所有变异类别均能以一致且可报告的变异等位基因百分比可靠地检测到，总体准确度和精确度 > 99%。我们的结果表明，高通量 CGP 检测是一种准确的分子变异检测方法，支持肿瘤学的精准治疗。支持系统和可扩展的工作流程可以每周高效解释和及时报告数百个患者癌症基因组，并具有出色的分析性能。
小鼠脂肪酶成员n（lipn）elisa套件
此ELISA套件使用三明治 - elisa作为方法。该试剂盒中提供的微elisa带状板已与特异性脂肪酶构件N的抗体N.添加到适当的Micro-Elisa条板孔中，并将样品添加到特定抗体中。然后将特异性的辣根过氧化物酶（HRP）缀合的抗体n添加到每个微ELISA带状板中，并孵化。自由组件被冲走。将TMB基材解决方案添加到每个孔中。只有那些包含脂肪酶成员N和HRP共轭脂肪酶成员N抗体的井将呈蓝色，然后在添加停止溶液后变成黄色。光密度（OD）以450 nm的波长进行分光光度法测量。OD值与脂肪酶成员N的浓度成正比。您可以通过将样品的OD与标准曲线进行比较来计算样品中脂肪酶n的浓度。
未知主要起源癌的全面基因组分析：考虑库比斯科研究设计的回顾性分子分类
背景。未知原始起源（CUP）的癌占新诊断的晚期恶性肿瘤的2％ - 5％，并以化学疗法作为护理标准。Cupisco（NCT03498521）是一项正在进行的随机试验，该试验使用全面的基因组亲膜（CGP），将杯赛患者分配给基于基因组亲实现的靶向或免疫疗法治疗臂。，我们对CGP的杯子病例进行了重新观察分析，以确定有多少有资格进入实验性杯状臂的可能有资格。材料和方法。使用基于混合捕获的基础CDX分析（平均覆盖范围，> 600倍）分析了基础库数据库中基础科目数据库中的腺癌和未分化的杯子标本。确定了基因组改变，微卫星不稳定性（MSI），肿瘤突变负担（TMB），杂合性（GLOH）的基因组丧失（GLOH）和程序性死亡 - 结构1（PD-L1）阳性。
fgfr2b-in-in-gastric-canter-factsheet.pdf
缩写：AKT，蛋白激酶B； Cldn18.2，Claudin-18同工型2; ctDNA，循环肿瘤DNA； DKK-1，Dickkopf-1; DMMR，缺乏不匹配的维修； EBV，爱泼斯坦 - 巴尔病毒； EHR，电子健康记录； FGF，成纤维细胞生长因子； FGFR，FGF受体； FGFR2，FGF受体2; FGFR2B，FGFR2同工型IIIB; g/geJ，胃/胃管交界处； HER2，人表皮生长因子受体2； IHC，免疫组织化学； ITIM，免疫受体酪氨酸抑制基序； MAPK，有丝分裂原激活的蛋白激酶； MSI，微卫星不稳定性； MTOR，雷帕霉素的哺乳动物靶标； NTRK，神经营养酪氨酸受体激酶； PD-1，程序性细胞死亡蛋白1； PD-L1，程序性细胞死亡配体1; PI3K，磷酸肌醇3-激酶；拉斯，老鼠肉瘤； Tigit，T细胞免疫球蛋白和ITIM结构域； TMB，肿瘤突变负担；美国，美国； VEGFR-2，血管内皮生长因子受体2。
将基因组生物标志物结合起来指导非小细胞肺癌Joris van de haar 1,2,3，Joanne M. Mankor 4，Karlijn Hummelink 5
摘要◥目的：在非小细胞肺癌（NSCLC）中指导免疫检查点阻断（ICB）治疗的STK11，KEAP1和EGFR改变的临床值仍然有争议，因为一些拟议的抗药性生物标志物显示出耐用的ICB反应。这种疾病迫切需要更多特定的组合生物标志物方法。ExperimentalDesign: Todevelopacombinatorialbiomarkerstra- tegy with increased speci fi city for ICB unresponsiveness in NSCLC, we performed a comprehensive analysis of 254 patients with NSCLC treated with ligand programmed death-ligand 1 (PD-L1) blockade monotherapy, including a discovery cohort of 75 patients subjected to whole-genome sequencing (WGS), and独立的验证队列，由169名患者进行肿瘤非正式面板序列。在低（<10 muts / mb）或高（≥10cuts / mb）肿瘤突变负担（TMB）的背景下，评估了STK11 / KEAP1 / EGFR改变的特定级别的ICB反应性。
274 例胸腺上皮肿瘤的全面基因组分析揭示了致癌途径和预测生物标志物
摘要背景：胸腺恶性肿瘤是一类罕见的异质性胸部癌症，根据世界卫生组织的组织病理学分类，胸腺恶性肿瘤可分为胸腺瘤和胸腺癌。文献中关于这些肿瘤生物学的数据有限，绝大多数数据是使用早期疾病的手术标本获得的。同时，晚期难治性胸腺肿瘤的治疗目前依赖于化疗，疗效有限。晚期难治性肿瘤的综合基因组分析 (CGP) 将为创新治疗开辟一些机会。患者和方法：共纳入 90 名和 174 名连续的胸腺瘤或胸腺癌患者，对他们的复发性难治性肿瘤的福尔马林固定石蜡包埋标本进行了测序。使用杂交捕获、基于接头连接的文库对多达 315 个癌症相关基因加上 28 个癌症中经常重排的基因的 37 个内含子进行测序，平均覆盖深度为 >500 倍。结果：胸腺瘤的基因组改变频率低（平均 1.8/肿瘤）且 TMB 水平低。超过 10% 的病例中发现的基因组改变是 CDKN2A/B 和 TP53 基因。在一例无法切除的 III 期 B3 型胸腺瘤中发现 NTRK1 基因扩增。胸腺癌的改变频率明显较高，为 4.0/肿瘤（P < .0001）。在 CDKN2A、KIT 和 PTEN/PI3K/MTOR 通路中观察到临床相关的基因组改变。胸腺癌中 TMB 升高并不常见，仅 6% 的病例具有 ≥ 10 个突变/Mb。结论：我们的队列是迄今为止最大的队列，报告了晚期疾病背景下胸腺上皮肿瘤的 CGP。在 KIT 、 PI3K 、 CDKN2A/B 或 NTRK 基因中识别出临床相关的基因组变异为使用靶向药物的潜在精准医疗方法提供了强有力的理由。一部分胸腺癌显示出高肿瘤突变负担，这可能是免疫检查点抑制剂疗效的预测因素。关键词：胸腺瘤；胸腺癌；靶向治疗；化疗；免疫治疗。