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了解结核病的 tNGS 前景
抗菌基因座 异烟肼 katG 、furA-katG 启动子、mabA 、inhA 、mabA-inhA 启动子、oxyR-ahpC 启动子 利福平 rpoB 吡嗪酰胺 pncA 启动子 乙胺丁醇 embB 、embC-A 启动子 氟喹诺酮类 gyrA 、gyrB 链霉素 rrs、rpsL 卡那霉素 eis 启动子、rrs 阿米卡星 rrs 乙硫异烟胺 ethA
健康基因技术（HGT）TNGS解决方案与MGI的DNBSEQ平台兼容，可检测病原体和耐药性基因
Streptococcus Streptococcus Streptococcus constellatus Streptococcus intermedius Human Betaherpusvirus 7 Prevotella Loescheii Campylobacter spermo Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava Streptococcus yellow Prevotella Buccae Stenotrophomos Maltophoma Morganella Morganii Parvimonas Micro Schaalia Odontolytica Streptococcus Prevotella intermedia Prevotella intermediates Enterococcus Faecalis Porphyromonas gingivalis tiny Streptococcus tiny Streptococcus anginoidea Streptococcus mild melaninogenica Haemophilus influenzae Corynebacterium diphtheriae Klebsiella pneumoniae肺炎链球菌假单胞菌铜绿 div>Streptococcus Streptococcus Streptococcus constellatus Streptococcus intermedius Human Betaherpusvirus 7 Prevotella Loescheii Campylobacter spermo Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava Streptococcus yellow Prevotella Buccae Stenotrophomos Maltophoma Morganella Morganii Parvimonas Micro Schaalia Odontolytica Streptococcus Prevotella intermedia Prevotella intermediates Enterococcus Faecalis Porphyromonas gingivalis tiny Streptococcus tiny Streptococcus anginoidea Streptococcus mild melaninogenica Haemophilus influenzae Corynebacterium diphtheriae Klebsiella pneumoniae肺炎链球菌假单胞菌铜绿 div>
公共卫生行动
背景：结核分枝杆菌的表型药物敏感性测试 (pDST) 可能需要长达 8 周的时间，而常规分子检测只能识别有限的一组耐药突变。靶向下一代测序 (tNGS) 可快速预测全面耐药性，本研究旨在探索其在印度孟买公共卫生实验室内的操作可行性。方法：通过常规方法和 tNGS 对同意的 Xpert MTB 检测阳性患者肺部样本进行耐药性检测。研究团队成员的实验室运营和后勤实施经验如下。结果：在接受检测的所有患者中，70% (113/161) 没有既往结核病史或治疗史；然而，88.2%（n = 142）患有利福平耐药/耐多药结核病（RR/MDR-TB）。对于大多数药物，tNGS 和 pDST 的耐药性预测之间具有高度一致性，总体而言，tNGS 识别耐药性的准确性更高。tNGS 被整合并融入实验室工作流程；然而，分批样本导致结果周转时间显著延长，最快为 24 天。手动 DNA 提取会导致效率低下；因此进行了协议优化。需要技术专业知识来分析未知突变和解释报告模板。tNGS 每个样本的成本为 230 美元，而 pDST 为 119 美元。结论：在参考实验室中实施 tNGS 是可行的。它可以快速识别耐药性，应被视为 pDST 的潜在替代方案。
靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识
靶向二代测序在传染病应用与实践专家共识 中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会 通讯作者：王晖，北京大学人民医院检验科，北京 100044，Email：whuibj@163. com；曹斌，中日友好医院呼吸与危重症医学科，北京 100029，Email：caobin_ben@163.com 【摘要】靶向二代测序（tNGS）技术通过设计特异的引物或捕获探针来检测临床样本中的病原微生物及耐药基因，为传染病的诊断、治疗和监测提供依据。但目前tNGS和宏基因组二代测序（mNGS）的临床应用场景尚不明确，不同厂家的tNGS系统质量和结果差异很大。该技术的临床适应症、实验室流程、质量控制、性能验证和报告解释等都亟待制定共识和标准。为规范tNGS在传染病领域的应用与实践，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会的微生物学、传染病、呼吸道疾病、流行病学等领域的专家针对上述问题进行了探讨，撰写了tNGS在传染病领域应用与实践专家共识。
微生物学的完整NGS解决方案
病原体靶向测序（TNGS）是一种基于扩增子的测序，提供了快速且具有成本效益的解决方案，可快速筛选和鉴定常见或已知病原体。The tNGS workflow, powered by Complete Genomics' DNBSEQ-E25 sequencer with the AccuGen* Pathogen kits and software, enables the detection and quantification of 330 common pathogens (178 bacteria, 96 viruses, 56 fungi, and protozoans) and 150 drug-resistant genes from a variety of spec imens, including blood, swab, sputum, BAL, urine, CSF等。
脑脊液靶向测序快速鉴定耐药结核性脑膜炎
摘要 结核性脑膜炎 (TBM) 的死亡率仍然保持在 30% 左右，大多数死亡发生在开始治疗后的 2 个月内。耐药菌株的死亡率更高，因此及早发现耐药性 (DR) 至关重要。靶向下一代测序 (tNGS) 产生高读取深度，可以检测低频率的 DR 相关等位基因。我们将 Deeplex Myc-TB（一种 tNGS 检测）应用于 72 名经微生物学确诊的 TBM 成人的脑脊液 (CSF) 样本，并将其基因组药物敏感性预测与表型敏感性测试 (pDST) 和全基因组测序的综合参考标准以及临床结果进行了比较。Deeplex 在 24/72 (33.3%) 个 CSF 样本中检测到结核分枝杆菌复合体 DNA，并为 22/24 (91.7%) 生成了完整的 DR 报告。 Deeplex 生成的读取深度与 MTB/RIF Xpert 的半定量结果相关。在与一线 DR 相关的典型基因座上可以看到频率 <20% 的等位基因。忽略这些低频等位基因，Deeplex 与除吡嗪酰胺和链霉素以外所有药物的综合参考标准 100% 一致。三名患者在治疗 30 天后脑脊液培养呈阳性；参考测试和 Deeplex 在其中两名患者中鉴定出异烟肼耐药性，而 Deeplex 单独在一名患者中鉴定出低频利福平耐药等位基因。五名患者死亡，其中一名患者通过 pDST 鉴定出吡嗪酰胺耐药性。脑脊液 tNGS 可以快速准确地检测出耐药 TBM，但其应用仅限于细菌负荷较高的患者。对于细菌负荷较低的患者，需要开发诊断和耐药性检测的替代方法。
基于结核病测序的药物敏感性测试常见问题解答
基于结核病测序的药敏测试常见问题：全基因组测序和靶向下一代测序问：结核病药敏测试参考中心基于测序和表型方法的药敏测试算法是什么？答：结核病药敏测试 (DST) 参考中心 (TB DST RC) 依靠基于测序的 DST (sbDST)，使用全基因组测序 (WGS) 和靶向下一代测序 (tNGS) 来全面预测 MTBC 中的药物敏感性/耐药性。表型 DST (pDST) 使用 Bactec MGIT 系统执行，并且仍然是一种重要的参考方法，尽管它的周转时间通常比 sbDST 方法更长。在 TB DST RC，sbDST 和 pDST 并行进行（PZA 除外）。 sbDST 和 pDST 的结果在可用时会单独报告，但为了解决差异，会同时考虑这两种方法。提交纯培养物时，WGS-DST 是主要方法，而 tNGS-DST 可直接在处理过的样本和混合/非活性培养物上进行。为 DST 目的生成的 WGS 数据也可用于结核病基因分型；结核病 DST RC 生成的 WGS 数据与 CDC 的国家结核病监测系统共享（除非提交者选择退出）。对于提交的沉淀物，结核病 DST RC 将尝试分离纯培养物，如果成功，将进行 WGS-DST，并报告结果（除了直接在沉淀物上进行的 tNGS）。以下是结核病 DST RC 测试工作流程的高级概述：
引入新工具项目 (i NTP) 靶向下一代测序在药物依赖性检测中的应用
2022 年，icddr,b 开始使用 MiniSeq 测序系统（美国圣地亚哥 Illumina）和 Deeplex® Myc-TB 检测（法国里尔 GenoScreen），该检测可检测导致对 15 种抗结核药物产生耐药性的突变。到 2022 年 12 月，已对 icddr,b 的结核病筛查和治疗中心 (TBSTC)、国立胸科医院疾病研究所 (NIDCH) 和 Shaymoli 250 张床位的结核病医院登记的 310 名患者采集的痰液样本进行了 tNGS。同时，还使用固体（Löwenstein-Jensen）和液体培养（Bactec TM MGIT TM ）对样本进行表型药物敏感性测试 (pDST) 以及通过线探针测定（GenoType MTBDRplus 和 MTBDRsl）进行测试。
下一代测序的应用和未来
摘要：下一代测序（NGS）已改革了传染病管理，包括Covid-19。虽然实时聚合酶链反应（PCR）广泛用于病原体检测，但需要预定义的靶标。ngs提供了一种公正的方法，在没有先验知识的情况下同时检测多个病原体。尽管具有潜力，但NGS在临床环境中的实施仍面临高成本和技术复杂性等挑战。ngs平台，例如Illumina，Ion Torrent和Nanopore提供高通量测序，识别病原体和电阻标记。应用包括整个基因组测序（WGS），元基因组NGS（MNG）和靶向NGS（TNGS）。将NG与常规方法整合在一起可以改善诊断方法，但目前的证据是支持其广泛的临床用途。关键词：下一代测序（NGS），传染病管理，病原体检测，宏基因组测序，整个基因组测序（WGS），实验室诊断，分子诊断技术。版权所有©2024作者：这是根据Creative Commons Attribution 4.0国际许可（CC BY-NC 4.0）分发的开放访问文章，允许在任何非商业用途的媒介中使用，不受限制地使用，分发和再现，以提供原始作者和源头。i ntroduction