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设计酶具有基础和技术意义。实验定向进化仍然有很大的局限性,计算方法是一条补充途径。设计的酶应满足多个标准:稳定性、底物结合、过渡态结合。这种多目标设计在计算上具有挑战性。最近的两项研究使用自适应重要性抽样蒙特卡罗重新设计蛋白质以进行配体结合。通过首先平坦化载脂蛋白的能量景观,他们获得了结合状态的正设计和非结合状态的负设计。我们现在已将该方法扩展到设计一种酶以进行特定的过渡态结合,即其催化能力。我们考虑了甲硫氨酰-tRNA 合成酶 (MetRS),它将甲硫氨酸 (Met) 附着到其同源 tRNA 上,从而建立密码子身份。此前,MetRS 和其他合成酶已通过实验定向进化重新设计,以接受非规范氨基酸作为底物,从而导致遗传密码扩展。在这里,我们通过计算重新设计了 MetRS,使其能够结合多种配体:Met 类似物叠氮亮氨酸、甲硫氨酰腺苷酸 (MetAMP) 以及形成 MetAMP 生成过渡态的活化配体。通过设计计算恢复了已知具有叠氮亮氨酸活性的酶突变体,并对预测结合 MetAMP 的 17 种突变体进行了实验表征,发现它们均具有活性。预测具有低活化自由能的突变体在 MetAMP 生成中被发现具有活性,并且预测的反应速率与实验值非常吻合。我们建议本方法应成为计算酶设计的范例。
DNA模板链中的一个特定碱基三联体为5'Agt 3'。此序列对应于密码子:O3'UCA 5。问题22(2分)以下哪项是密码子不正确的?它永远不会代码多个氨基酸;它是遗传密码的基本单位;它代码甲硫氨酸停止;它可能与另一个密码子相同的氨基酸编码;或它由三个核苷酸组成。将mRNA转化为多肽的主要结构的准确性取决于:核糖体与mRNA的结合,反密码子与密码子的键,核糖体的A和P位点的形状,氨基酸与TRNA的附着;或以上所有选项。模板链以3'至5'的方向读取,而mRNA则以5'至3'方向读取。在mRNA中发现的相应密码子将是UCA。
主题教学时间教师单位1:化学债券的生物分子类型和意义;水的结构和特性; pH和缓冲区。碳水化合物:术语和分类;单糖;二糖;寡糖和多糖。脂质:定义和主要类别的存储和结构脂质;脂肪酸的结构和功能;必需脂肪酸;三酰基甘油结构,功能和特性;磷酸甘油三酸酯。蛋白质:氨基酸的结构;蛋白质结构的水平 - 原发性,二级,第三级和季度;蛋白质在植物中的生物学作用。核酸:氮基的结构;核苷酸的结构和功能;核酸类型; A,B,Z DNA的结构; RNA的类型; tRNA的结构。
pseudouridine(c)位点。9–13细胞内C形成是由一种称为假喹啉合酶的酶催化的。14假喹啉合酶可以分为两个主要家族:较大蛋白质中的独立假酮合酶和假喹啉合酶结构域。独立的假性合酶包括在细菌和细菌和酵母中发现的trua中的TRUA。在真核生物中,发现了几个假喹啉合酶结构域。胞核H/ACA盒小核仁核糖蛋白(SNORNPS)具有dyskerin(CBF5)成分,可在rRNA,SNRNA和雌激素酶RNA中催化假硫苷化。nop10是H/ACA snornps的另一个组成部分,它参与了伪苷活性。14
PLENARY and CONCURRENT SESSIONS Bioinformatics & Genomics Chromatin & Epigenetics Chemical Biology of RNA New Technologies Extracellular RNA Granules & Condensates High through-put discovery Interconnected RNA Processes Long Non-coding RNAs & Circular RNAs Origins of Life and evolution Regulatory RNAs in Bacteria & Archaea Ribosome Biogenesis & Modification Ribozymes & Riboswitches RNA & Cellular Immunity RNA & Disease RNA Modification & Editing RNA Nanotechnology RNA Structure, Folding & Modeling RNA Synthetic Biology & Systems Biology RNA Transport & Localization RNA Turnover RNPs: Biogenesis, Structure & Function Polyadenylation & 3′ end formation Small Non-coding RNAs in Eukaryotes Splicing Mechanism Splicing Regulation & Alternative用于治疗和诊断转录的靶向RNA靶向RNA:机理与生物学翻译机制翻译调节tRNA:处理和功能病毒RNAS
增强子是其他基于DNA的过程的关键调节因子,因为它们以高度调节的方式产生核小体耗尽区域的独特能力。增强子通过RNA聚合酶III(POL III)调节TRNA基因的细胞类型特异性转录。他们还负责原点复制复合复合物(ORC)与DNA复制起源的结合,从而调节原点利用,复制时机和依赖复制的染色体断裂。此外,增强剂通过增加重组激活基因(RAG)重组酶对靶位点的访问以及通过产生由RAG2 PHD域识别的三甲基化组蛋白H3-K4的局部区域来调节V(d)J重组。因此,增强子代表了解码基因组的第一步,因此它们调节生物学过程,这些过程与RNA聚合酶II(POL II)转录不同,没有专用的调节蛋白。
CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) is a natural bacterial defense system against bacteriophage infection that has recently been harnessed for genome and tran- scriptome editing in a wide range of organisms based on the generation of double-strand DNA breaks (DSBs) and RNA cleavage (3, 24, 32, 47, 52, 58, 73, 76, 79, 91,127)。是根据工程II(CAS9)和VI型(CAS13)可编程核酸酶,DNA和RNA基础编辑,质量编辑以及CRISPR干扰/激活(CRISPRI/A)编辑(CRISPRI/A)编辑(CRISPRI/A)编辑,启用与基本疾病的校正和安装基本疾病的校正和安装,40个基本疾病的突变(30; 69–71、87、105、115、135),例如转录扰动(138)和表观遗传调节(94)。这些基于DNA的编辑器是通过没有DSB活性的死亡CAS9(DCAS9)或CAS9 Nickase(CAS9N)的融合而生成的,只有对胞嘧啶脱氨酶的活性(例如,APOBEC和C-TO-T编辑的APOBEC和辅助)或trans-FER RNA(TRNA)腺苷(TRNA)腺苷氨基氨基酶(例如,tada)(例如,tada)(37)(37)(37)(37)。RNA编辑系统是通过将DCAS13B/DCAS13D/DCAS13X融合而成的,没有RNA裂解活性与腺苷脱氨酶结构域(例如,ADAR2 DD用于A-TO-I编辑)或工程型胞质Deam-Inase Inase Insaine(例如,ADAR2DD)的87,C-TON 7,c-us-n.7,c.-ty 7,c c. 47,c. 47,c.-ty 7,c-ty 7,c-ty 7,c-us-c.-edy in 13,c-u-u--u-u-udy in 13,c-u-udy in 34,c-u-u--为了启用序列特异性基因组调节,DCAS蛋白还融合到多个基因调节效应子,例如逆转录酶(10),转录阻遏物和激活剂(40,101)和表观遗传性调节器(17,99)。
1。DNA代码中的基本序列是什么?2。每个氨基酸有多少个碱代码?3。该过程是什么过程,该过程从DNA到mRNA复制了代码?4。DNA和mRNA之间的关系是什么?5。哪种酶控制着转录?6。什么是外显子,什么是内含子?7。转录后修改是什么意思?8。蛋白质合成在哪里?9。mRNA如何离开核?10。写下DNA和RNA之间的两个结构差异。11。什么是氨基酸激活?12。什么决定了哪种氨基酸连接到tRNA分子上?13。什么是反密码子?14。密码子和反密码子上的碱基之间有什么关系?15。一次核糖体可以容纳多少个密码子?16。核糖体上的密码子和反登密码子如何连接?17。描述了DNA碱基序列如何确定