申请人必须是 TWAS 研究基金(个人或团体)的先前获得者。 该基金必须包括两名 PI,提交一份联合申请。 一名首席研究员(PI)必须来自最不发达国家(LDC),另一名 PI 来自科学技术落后国家名单中的任何其他国家。 两名 PI 必须在两个不同的国家工作;要么都来自最不发达国家(LDC),要么一个来自最不发达国家,另一个来自科学技术落后国家名单中的其余国家。 申请的首席研究员必须是两名资深研究人员,他们是发展中国家的国民,拥有博士学位并在国际期刊上发表过文章。 该基金必须在科学技术落后国家(STLC)之一的大学或研究机构内运作,并应包括两名首席研究员,提交一份联合申请。
转录组关联研究 (TWAS) 已广泛用于整合转录组和遗传数据来研究复杂的人类疾病。在缺少转录组数据的测试数据集中,传统的两阶段 TWAS 方法首先通过创建加权和来估算基因表达,该加权和将 SNP 与其相应的顺式 eQTL 对参考转录组的影响聚合在一起。然后,传统 TWAS 方法采用线性回归模型来评估估算基因表达与测试表型之间的关联,从而假设顺式 eQTL SNP 对测试表型的影响是 eQTL 对参考转录组的估计影响的线性函数。为了提高 TWAS 对这一假设的稳健性,我们提出了一种新颖的方差分量 TWAS 程序 (VC-TWAS),该程序假设顺式 eQTL SNP 对表型的影响是随机的(方差与相应的参考顺式 eQTL 效应成比例)而不是固定的。 VC-TWAS 适用于连续和二分表型,以及个体层面和汇总层面的 GWAS 数据。使用模拟数据,我们表明 VC-TWAS 比基于两阶段负担检验的传统 TWAS 方法更强大,尤其是当 eQTL 遗传效应对测试表型不再是其 eQTL 遗传效应对参考转录组的线性函数时。我们进一步将 VC-TWAS 应用于个体层面(N = ~3.4K)和汇总层面(N = ~54K)的 GWAS 数据来研究阿尔茨海默病 (AD)。利用个体层面的数据,我们检测到了 13 个显著的风险基因,包括 6 个已知的 GWAS 风险基因,例如 TOMM40,而传统 TWAS 方法却遗漏了这些基因。利用汇总级数据,我们检测到 57 个仅考虑顺式 SNP 的显著风险基因和 71 个同时考虑顺式和反式 SNP 的显著风险基因,这也通过个体级 GWAS 数据验证了我们的发现。我们的 VC-TWAS 方法已在 TIGAR 工具中实现,供公众使用。
全基因组关联研究 (GWAS) 可以识别与性状相关的基因座,但识别致病基因可能是一个瓶颈,部分原因是连锁不平衡 (LD) 衰减缓慢。全转录组关联研究 (TWAS) 通过识别基因表达-表型关联或将基因表达数量性状基因座与 GWAS 结果整合来解决这一问题。在这里,我们使用自花授粉大豆 (Glycine max [L.] Merr.) 作为模型来评估 TWAS 在 LD 衰减缓慢的植物物种性状遗传解析中的应用。我们为大豆多样性面板生成了 RNA 测序数据,并识别了 29 286 个大豆基因的遗传表达调控。不同的 TWAS 解决方案受 LD 的影响较小,并且对表达源具有稳健性,可以识别与来自不同组织和发育阶段的性状相关的已知基因。通过 TWAS 鉴定出新的豆荚颜色基因 L2,并通过基因组编辑对其进行了功能验证。通过引入新的外显子比例特征,我们显著提高了由结构变异和可变剪接导致的表达变异的检测。因此,通过我们的 TWAS 方法鉴定出的基因表现出多种多样的因果变异,包括 SNP、插入或缺失、基因融合、拷贝数变异和可变剪接。使用这种方法,我们鉴定出与开花时间相关的基因,包括以前已知的基因和以前未与此特性关联的新基因,从而为 GWAS 的见解提供了补充。总之,这项研究支持将 TWAS 应用于 LD 衰减率较低的物种的候选基因鉴定。
对于来自加勒比国家的年轻科学家来说,近年来,加勒比海国家的气候破坏已经增加了阻碍可持续发展的挑战。基于科学的解决方案可以通过在诸如降低风险,良性农业和新作物品种,绿色能源,废物管理,蓝色经济,建模等领域来帮助建立韧性。加强科学技能和战略合作对于改善社区的生活至关重要。感谢意大利外交与国际合作部与OWSD合作的支持,将为来自加勒比国家的年轻科学家提供机会,有机会在意大利弗里利·威尼斯·韦内亚·吉利亚(Friuli Venezia venezia venezia venezia venezia Giulia of of Friuli venezia venezia giulia giaulia Giulia groun)的意大利机构中进行精选实验室的研究访问。持续三个月的研究访问旨在在联合国可持续发展目标(SDGS)的领域进行协作研究项目和/或培训实习。twas,世界科学院 - 发展中国家的科学发展 - www.twas.org-是一所全球科学院,位于意大利的特里斯特,致力于促进发展中国家的可持续繁荣的科学和工程学。twas代表了发展中国家最好的科学。其主要目的是促进南方可持续发展的科学能力和卓越能力。资格自1986年以来,TWA一直通过各种计划在很大程度上通过南南合作来支持发展中国家的科学家和机构。根据联合国教科文组织和意大利政府在TWA之间达成协议,联合国教科文组织进行了TWAS的管理和财务运营。
更好的黄油 - 这会使我的面糊更好。”因此,她买了一点黄油,比苦味的黄油更好,并且在面糊中烤了,面糊不苦'twas更好的贝蒂·博特(Betty Botter)买了一些更好的黄油。
摘要 本研究探讨了利用全基因组关联研究(GWAS)策略加速作物抗性性状改良的现状和未来前景。随着高通量测序技术和生物信息学的快速发展,GWAS已成为将DNA变异与重要作物性状联系起来的有力工具。本研究特别强调了整合多组学数据的策略,以及基于GWAS结果的精准育种和基因编辑技术的应用,为作物抗性性状的改良提供了新的方向和策略。此外,转录组关联研究(TWAS)等方法的出现为识别与复杂性状相关的基因提供了强有力的工具,表明未来人们对基因组调控和遗传调控基因的理解将更加全面。这些进展不仅推动了作物遗传改良的科学研究,也为作物生产和食品安全的可持续发展提供了坚实的科学基础。 关键词 全基因组关联研究(GWAS);高通量测序技术;生物信息学;作物抗性性状;转录组关联研究(TWAS)
Yahya E. Choonara 教授 I BPharm;MPharm;PhD;MASSAf;MPS;TWAS(药学) 药剂学个人教授 主席和主任 I 药学和药理学 主任和首席研究员 I WADDP I http://www.wits.ac.za/waddp 威特沃特斯兰德大学 I 健康科学学院 7 York Road, Parktown, 2193, 约翰内斯堡, 南非 W: http://www.wits.ac.za/therapeuticsciences/pharmacy--pharmacology
4 5 1 遵义医科大学附属口腔医院口腔颌面外科,贵州省遵义市。7 2 遵义医科大学口腔医学院、口腔医院,贵州省遵义市。8 3 遵义医药高等专科学校信息技术网络管理中心,贵州省遵义市。10 11 # 这些作者对本文贡献相同。12 ‡ 这些作者对本文贡献相同。13 * 通讯作者:宋庆高 (814641639@qq.com)14 15 摘要16 目前,慢性牙周炎 (CP) 的治疗仍面临挑战。本研究旨在利用孟德尔随机化(MR)方法在可用药物基因组中鉴定出治疗慢性牙周炎的新药物靶点。在本研究中,基于 4479 个药物基因靶点列表,在血液表达数量性状位点(eQTL)中选择了重叠基因,然后对其进行双样本 MR(TSMR),并使用来自 CP 的全基因组关联研究(GWAS)数据验证了融合转录组关联研究(TWAS),以确认与 CP 遗传相关的药物基因,并使用基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)分析和共定位测试多重效应。最后,对确定的药物靶点进行表型组关联研究(PheWAS)。我们应用SMR、TSMR、Fusion TWAS和一系列共定位方式来评估可用药靶点与CP之间的遗传关联。综上所述,金属蛋白酶25(MMP25)被认为是最有前途的药物靶点,此外,我们对TNFRSF18、CDC25B、STK10和ACVR2B也抱有一定信心。最后,PheWAS-MR结果显示,应用MMP25抑制剂的可能副作用包括外耳炎以及一些代谢紊乱等。综上所述,我们利用TSMR、Fusion TWAS、SMR和共定位等一系列方法确定了五个潜在的CP药物靶点,其中MMP25通过了所有测试。这一发现为未来CP药物开发提供了学术基础,并在一定程度上缩短了药物开发时间和经济成本。关键词:慢性牙周炎,全基因组孟德尔随机化,靶基因。
3. 两个已经缩小不平等差距并可由联合国成员国扩大以造福国家框架的机构是发展中国家妇女科学组织 (OWSD) 和世界科学院 (TWAS)。OWSD 通过吸收和提升女性进入科学学科来解决科学、技术、工程和数学 (STEM) 领域的性别和地域差异,特别是针对发展中国家的女性。这有助于平衡传统上由男性主导的 STEM 领域的性别代表性。该组织倡导支持女性在 STEM 领域包容和进步的政策和做法,提高人们对女性在这些领域面临的独特挑战的认识。TWAS 致力于通过促进科学进步、建设研究能力、促进国际合作、倡导科学政策、支持性别平等和认可科学卓越来缩小不平等差距。这种综合方法有助于创建一个更具包容性和公平性的全球科学界。例如,这些说明了减少不平等差距的各种方法。通过研究和借鉴这些成功模式,联合国成员国可以制定促进包容、公平和社会正义的国家框架。此外,各国之间的合作和知识共享可以进一步扩大这些努力,以创造一个更加公平的全球社会。谢谢。一分钟:人工智能具有解决和减少差距和不平等的巨大潜力,但它需要一种深思熟虑的、合乎道德的方法来确保其利益得到公平分配,并且不会无意中加剧现有的差距。强有力的治理、多元化利益相关者的参与和持续的监测对于发挥人工智能的社会公益潜力至关重要。
解读非编码遗传变异的功能效应是人类遗传学的一项基本挑战。传统方法,如全基因组关联研究 (GWAS)、全转录组关联研究 (TWAS) 和数量性状位点 (QTL) 研究,受到隐藏的分子水平机制的限制,因此很难揭示复杂性状的遗传基础。下一代测序 (NGS) 技术的出现使得人们能够在各种细胞类型和组织中获得特定环境的全基因组测量,包括基因表达、染色质可及性、表观遗传标记和转录因子结合位点,为直接从 DNA 序列解码遗传变异效应铺平了道路。从头预测功能效应对于增强我们对转录调控及其破坏的理解至关重要,而这些破坏是由与人类疾病和特征相关的大量非编码遗传变异引起的。本综述系统概述了遗传变异效应预测的最新模型和算法,包括传统的基于序列的模型、深度学习模型和尖端的基础模型。它深入探讨了持续的挑战和未来方向,并深入介绍了该领域的当代发展。