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临床适用微环境分类器作为软组织肉瘤肿瘤缺氧生物标志物的技术开发和验证
背景：软组织肉瘤 (STS) 是罕见的异质性肿瘤，需要生物标志物来指导治疗。我们之前得出了一个预后肿瘤微环境分类器（24 基因缺氧特征）。在这里，我们开发/验证了一种用于临床应用的检测方法。方法：在 28 份前瞻性收集的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 活检样本中比较了靶向检测 (Taqman 低密度阵列、nanoString) 的技术性能。通过与临床样本中的 HIF- 1 α /CAIX 免疫组织化学 (IHC) 进行比较，对 nanoString 检测进行了生物学验证。曼彻斯特 (n = 165) 和 VORTEX III 期试验 (n = 203) 队列用于临床验证。主要结果是总生存期 (OS)。结果：两种检测均表现出极好的可重复性。 nanoString 检测在体外缺氧条件下检测到 24 个基因特征的上调，而在体内 CAIX 表达高的肿瘤中，16/24 个缺氧基因上调。在曼彻斯特队列（HR 3.05，95% CI 1.54 – 5.19，P = 0.0005）和 VORTEX 队列（HR 2.13，95% CI 1.19 – 3.77，P = 0.009）中，缺氧高肿瘤患者的 OS 较差。在合并队列中，缺氧高肿瘤患者的 OS 独立预后（HR 2.24，95% CI 1.42 – 3.53，P = 0.00096）并与较差的局部无复发生存期相关（HR 2.17，95% CI 1.01 – 4.68，P = 0.04）。结论：本研究全面验证了更适合 FFPE STS 活检的微环境分类。未来用途包括：(1) 选择高风险患者进行围手术期化疗；(2) 生物标志物驱动的缺氧靶向治疗试验。
o r i g i n a l r e s a a r c h修改技术接受模型（TAM）在
目的：本研究旨在分析载脂蛋白E（APOE）多态性与2型糖尿病（T2DM）的关联。患者和方法：在168名T2DM患者和449名非糖尿病对照受试者中确定了APOE基因型，来自西墨西哥州的普遍混合人群。根据体重指数（BMI）的正常体重（n = 186），超重（n = 138）和肥胖症（n = 125），根据体重指数（BMI）进行了非糖尿病患者。通过使用taqman等位基因歧视测定法，HOMA-IR胰岛素抵抗（IR）和生化化学分析，评估了APOE基因型。结果：在对照组中，BMI类别的血脂异常和IR的速率增加。观察到血脂血症患病率的较大变化是从正常体重（51.4％）到超重（76.6％），p <0.01。正常重量或肥胖的E4等位基因载体的总胆固醇和高胆固醇血症比非E4载体高。在T2DM患者中，E2载体的HOMA-IR值异常，而不是非E2载体（p = 0.002）。相比，T2DM患者与非糖尿病患者之间的E2E3基因型或E2等位基因赋予T2DM的较高风险（调整后OR = 2.36，95％CI 1.28–4.34，P = 0.006，P = 0.006和调整OR = 2.1，95％CL 1.20-3.79，P = 0.009，相应地）。结论：APOE E2等位基因与IR相关，而西墨西哥州普通混合人口的受试者的T2DM风险则与T2DM有关。关键词：ApoE，肥胖，血脂异常，营养过渡，肝病饮食，HOMA-IR
早期大脑发育过程中结节性硬化症中的 microRNA-34a 激活可能导致皮质发生受损
图 1 出生后早期发育过程中皮质结节中 miR-34a 表达增加。 (A、B) TaqMan RT-qPCR 分析：(A) 与尸检对照组织 (n = 27) 相比，结节性硬化症 (TSC) 患者 (n = 37) 切除的皮质结节中 miR-34a 表达较高 (中位 FC = 3.4，p < 0.001)； (B) 与年龄匹配的尸检对照组 (n = 13) 相比，0–4 岁 TSC 年龄组的 MiR-34a 较高 (FC =17.5, p < 0.001)，但在 4–12 岁 (n = 10 vs. n = 5) 和 >12 岁 (n = 8 vs. n = 9) 的 TSC 与年龄匹配的对照组之间没有显着差异；(C, D) MiR-34a-5p 原位杂交：婴儿 TSC 皮质 (8 个月大) 与尸检衍生的对照皮质 (9 个月大) 的灰质 (C) 和白质 (D) 相比；miR-34a 原位杂交信号 (IHS) 的双标记，以蓝色显示，NeuN (C，插图) 和 GFAP (D，插图)，以红色显示； (E, F) 双标记显示 miR-34a IHS 与 NeuN 在正常和畸形神经元（DN；E）中共定位，且与 GFAP 在巨细胞（GC；E、F）中共定位；*** p < 0.001；(A) 中的 Mann–Whitney 和 (B) 中的 Kruskal–Wallis 与 Dunn 的事后检验，中位数、误差线表示最小-最大范围。
瘦素受体基因GLN223ARG多态性与代谢综合征患者胰岛素抵抗和高血糖的关联
简介：全球，代谢综合征的发生率有所增加。正在搜索该综合征的遗传标记。瘦素受体最近受到关注。多态性之一（GLN223ARG）可能与肥胖和胰岛素抵抗的发展有关。但是，关于这种多态性的研究结果仍然是模棱两可的。GLN223ARG多态性先前尚未在吉尔吉斯州人口中进行研究。因此，我们旨在研究凯尔吉斯人群中瘦素受体基因与代谢综合征成分的GLN223ARG多态性的可比性关联。材料和方法：237名年龄35-70岁的吉尔吉斯受试者被研究。获得了人体测量数据，葡萄糖，胰岛素，脂质光谱，瘦素。使用Taqman实时PCR评估GLN223ARG瘦素多态性的基因型。结果：基因型的分布如下：GLN223GLN 46.4％，GLN223ARG 40.1％，ARG223ARG 13.5％。在研究中，没有发现与腹部肥胖，动脉高血压，高甘油三酯血症或低密度胆固醇水平的关联。GLN223ARG和ARG223ARG基因型与胰岛素抵抗的关系（P <0.03）。GLN223ARG多态性与较高水平的血糖（5.54 vs. 5.39 mmol/L，p <0.05）和胰岛素血症（8.3 vs.7.1μIU/mL，P <0.05）有关。cor关系分析表明，ARG223等位基因的载体表现出胰岛素抵抗的风险（优势比（OR）= 1.83，95％CI：1.03–3.24; P <0.03）比GLN2223等位基因的载体更高。结论：瘦素受体基因的GLN223ARG多态性可能是吉尔吉斯种群中胰岛素抵抗性易感性的标志。需要进一步的研究来确认其他地区人群中的这些结果。
HIV-1 DNA测试在病毒血症患者中比HIV-1 RNA测试识别更多的耐药性
抗抗性相关的主要和次要突变与核OS（T）IDE和非核苷逆转录酶抑制剂（NRTIS和NNRTIS），蛋白酶抑制剂（PIS）和综合酶抑制剂（INIS）通过Sanger（现象GLES GRESSENSE gt insensense，Ontosense，Onagrive Biogence）鉴定如前所述[51]如前所述。从全血EDTA SAM PLE中提取基因组DNA后，进行HIV-1 POL区域的一式三份嵌套聚合酶链反应放大。放大器，然后在Illumina Miseq平台上进行2×150个基本配对末端测序。配对末端读数被连接在一起，并以密码子感知方式将读数与NL43 GenBank：KM390026.1参考序列对齐。质量指标已适当，以在所有位置进行终止对齐覆盖> 1000倍，并且在所有位置上> 30 phred评分。一种幼稚的贝叶斯分类模型用于单独评估apobecec诱导的g的证据。超级读数，并评估其余的读数的变异频率。报告阈值设定为10％，以最大程度地减少ApoBec诱导的超伪阳性的影响。对于在不太可能发生APOBEC诱导的变化的位置发生的耐药性突变，最小报告阈值为3％。基于基因型的抗病毒（ARV）易感性评估是使用专有的ALGO RITHM进行的，该ALGO RITHM合并了每种药物的临床试验数据，> 120 000次匹配的基因型 - 表型结果。病毒载荷测量发生在电阻测试前不超过5天或3天，并使用Cobas Ampliprep/Cobas Taqman HIV-1分析进行。
T7 DNA连接酶
蛋白质的来源：一种带有克隆的T7 DNA连接酶基因的重组大肠杆菌菌株。单位定义：1个单位定义为在30分钟内在23°C下在30分钟内将100 ng DNA片段的50％结合的T7 DNA连接酶的量。分子量：41.1 kDa质量控制分析：使用2倍连续稀释方法测量单位活动。稀释液，并添加到含有双链DNA片段和1倍快速连接缓冲液的20 µL反应中。在23°C（室温）下孵育30分钟，浸在冰上，并在用溴化乙锭染色的1％琼脂糖凝胶上进行分析。蛋白浓度（OD 280）由OD 280吸光度确定。物理纯度，然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定，在37°C下孵育4小时4小时。双链外切核酸酶在50 µL反应中确定，该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。双链核酸内切酶在50 µL反应中确定，该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。大肠杆菌16S rDNA的污染是使用5 µL r菌酸溶液的样品变性的样品，并在Taqman QPCR分析中筛选，以使用与16S rRNA locus相应的寡核苷酸引物，使用污染的大肠杆菌Genomic DNA。
o r i g i n a l r e s a r c h mir-100 rs1834306 a> g增加了南方中国儿童中赫希斯普伦病的风险
背景：Hirschsprung疾病（HSCR）是一种罕见的先天性胃肠道疾病，其特征是缺乏肠粘膜粘膜粘膜和肌层神经节细胞。最近，研究表明，miR-100调节神经元的生长，分化和凋亡，并影响了与HSCR相关途径的功能。显示miR-100 rs1834306 A> G多态性可改变对肿瘤的敏感性，但这种多态性与HSCR敏感性之间的关联仍然未知。方法：这是一项病例对照研究，其中包括来自中国南部的1470例HSCR病例和1473个对照。DNA由Taqman实时PCR进行基因分型。优势比（OR）和95％置信区间（CI）用作统计指标。Results: We found that miR-100 rs1834306 G allele and GG genotype significantly increased HSCR susceptibility (GG vs AA: adjusted OR=1.31, 95% CI=1.04–1.64, P =0.020; G vs A: adjusted OR=1.12, 95% CI=1.01–1.25, P =0.041; GG vs AA/AG:调整后= 1.30，95％CI = 1.07–1.59，p = 0.010）。在分层分析中，与具有AA/AG基因型的型号相比，MiR-100 rs100 rs1834306 GG基因型载体在所有临床亚型中都具有更高的HSCR风险，并且或随着HSCR促进的升高（SHSCR：SHSCR：调整或= 1.28，95％CI = 1.28，95％CI = 1.03-1.59-1.59，p = 0.0.0.0.0.0.0.0.0 cr = 0.029，provation; 95％CI = 1.06–2.07，p = 0.020；调整后= 2.12，95％CI = 1.22–3.69，p = 0.008）。结论：我们的发现表明，miR-100 rs1834306 A> g多态性与南方中国儿童的HSCR易感性增加有关。此外，miR-100 rs1834306 gg基因型在严重的HSCR中具有更大的遗传病原体。关键字：Hirschsprung病，miR-100，多态性，易感性
lambda exoniclease
X8030测定SDS纯度特异性活性DS核酸内切核蛋白酶DNA污染单位测试了N/A N/A N/A 1500 1500规格> 99％80,000 U/mg NOCONCONION <10份蛋白质来源：从大肠杆菌中纯化的大肠杆菌菌株过表达外生核酸内核酸内核酸酶源于bactreperepteriperophage lambda。单位定义：1个单位定义为在37°C下30分钟内从双链底物中产生10 nmol的酸性脱氧核糖核苷酸所需的酶量。分子量：25.9 kDa质量控制分析：使用2倍连续稀释法测量单位活动。稀释液，并将其添加到含有1.1 kb triTID的DNA片段的50 µL反应中，并加入1x lambda Exo反应缓冲液。在37°C下孵育10分钟，浸入冰上，并使用TCA-PECICTITITART方法进行分析。蛋白浓度（OD 280）由OD 280吸光度确定。物理纯度，然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。双链核酸内切酶在50 µL反应中确定，该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。大肠杆菌16S rDNA的污染是使用5 µL重复的酶溶液的重复样品，并在Taqman QPCR测定中筛选，以使用与16S RRNA locus相应的寡核苷酸引物，以存在污染的大肠杆菌基因组DNA。提供：25毫米Tris-HCl，50 mm NaCl，1 mm DTT，0.1 mm EDTA，50％甘油（25°C时pH 7.5）提供：10x lambda exo反应缓冲液（B8030）：670 mm glycine，25 mm mgcl 2（25 mm mgcl 2（pH 9.4）
靶向thor的免疫刺激作用-227 ...
抽象背景靶向thorium-227结合物（TTC）是一类新兴的靶向α疗法（TATS）。他们独特的作用方式（MOA）是诱导困难的待命簇DNA双链断裂。到目前为止，它们对免疫系统的影响在很大程度上尚不清楚。在这里，我们在体外和体内进行了单层疗法和体内的体外和体内的免疫刺激作用，并结合了免疫检查点的抑制剂，在免疫术中的抑制剂中，在免疫机构中。方法，用编码MSLN（HMSLN）的人类基因转染鼠细胞系MC38，以实现非反应性MSLN-TTC的结合。在人类癌细胞系和MC38-HMSLN细胞上研究了MSLN-TTC的免疫刺激作用。在体内研究了MSLN-TTC的功效和MOA作为单一疗法或与抗PD-L1结合使用MC38-HMSLN肿瘤肿瘤的免疫能力C57BL/6小鼠。实验，以研究潜在的免疫刺激作用。进行了CD8 + T细胞的体内耗竭以及对RAG2/IL2RG双基因敲除C57BL/6小鼠的研究，以研究免疫细胞对MSLN-TTC功效的重要性。结果MSLN-TTC处理诱导的DNA感应途径转录本（IL-6，CCL20，CXCL10和干扰素基因（STING）相关基因）在RNASEQ分析确定的体外中的刺激剂。在蛋白质水平上证实了包括磷酸化激活在内的结果。与危险相关的分子模式分子并联上调，导致树突状细胞（DC）在体外激活。MSLN-TTC显示出强烈的抗肿瘤活性（T：C 0.38，p <0.05）作为表达MC38 MC38肿瘤的免疫能力小鼠的单一药物。将MSLN-TTC与抗PD-L1结合起来，进一步增强了功效（T：C 0.08，P <0.001），这证明了无肿瘤存活的动物数量增加。MSLN-TTC单药治疗引起CD103 + CDC1 DC的迁移和CD8 +
末端脱氧核苷酸转移酶（TDT）
大肠杆菌DNA污染单位测试了N/A N/A 200 200 200 200 200个规范> 99％27,400 U/mg <5.0％释放<1.0％<1.0％释放no conversion <10拷贝蛋白质的来源：大肠杆菌菌株，一种带有来自calf thymus的calf thymus的大肠杆菌菌株，该菌株具有N-Calf thymus，该基因具有N-Calf Thymus，该基因具有N-末端式纤维质质质质质量。单位定义：1个单位定义为在37°C下1小时内将1 nmol DTTPS转换为酸不溶性材料所需的聚合酶量。分子量：82.6 KDA质量控制分析：使用2倍连续稀释方法测量单位活动。在1X反应缓冲液中制成酶的稀释液，并将其添加到50 µL含有寡做DT 20 MER DNA，1X反应缓冲液，0.25 mM COCL 2 3 H-DTTP和100 µM DTTP的反应中。在37°C下孵育10分钟，浸入冰上，并使用Sambrook和Russell的方法进行分析（3）。蛋白浓度（OD 280）由OD 280吸光度确定。物理纯度，然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定，在37°C下孵育4小时4小时。双链外切核酸酶在50 µL反应中确定，该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。双链核酸内切酶在50 µL反应中确定，该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。大肠杆菌16S rDNA的污染是使用5 µL重复的酶溶液的重复样品，并在Taqman QPCR测定中筛选，以使用与16S RRNA locus相应的寡核苷酸引物，以存在污染的大肠杆菌基因组DNA。