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DNA语言模型是全基因组变体效应的强大零拍预测指标
全基因组关联研究的扩展目录（GWAS）提供了各种物种的生物学知识，但是识别这些关联背后的因果变异仍然是一个重大挑战。实验验证既是劳动密集型又昂贵的验证，强调了需要准确，可扩展的计算方法来预测整个基因组遗传变异的影响。受到自然语言处理的最新进展的启发，对广泛的蛋白质序列数据库的无监督预训练已被证明是成功地提取与蛋白质有关的复杂信息的成功。这些模型展示了他们使用零拍方法在编码区域学习变异效应的能力。扩展了这一想法，我们在这里介绍了G Innomic P重新训练的N ETWORK（GPN），该模型旨在通过对基因组DNA的无监督预训练来学习全基因组变体效应。我们的模型还成功地学习了基因结构和DNA基序，而无需进行任何关注。为了证明其效用，我们在阿拉巴里亚山脉的不规则参考基因组中训练GPN，在铜管阶内进行了七个相关物种，并测试了其通过利用1001 Genomes genomes Project and Gensensed Datebase和G.Wasbase的拟南芥中遗传变异的功能影响的能力。没有，GPN的表现优于基于流行的保护评分，例如门类和PHASTCON。我们对拟南芥的预测可以可视化为UCSC基因组浏览器（https://genome.ucsc.edu/s/gbenegas/gbenegas/gpn-arabidopsis）中的序列徽标。我们提供代码（https://github.com/songlab-cal/gpn），以训练GPN的任何给定物种，仅使用其DNA序列，从而实现了整个基因组变异效应的零摄影预测。
激酶抑制剂VVBKI1与抗坏血酸过氧化物酶VVAPX1相互作用
摘要：由卵质病原体葡萄球菌引起的柔软霉菌是葡萄藤的毁灭性疾病。viticola分泌一系列RXLR效应子，以增强毒力。这些效应子之一PVRXLR131据报道与葡萄（Vitis Vinifera）BRI1激酶抑制剂（VVBKI1）相互作用。BKI1在尼古蒂亚纳·本塔米亚娜和拟南芥中保存。但是，VVBKI1在植物免疫中的作用尚不清楚。在这里，我们发现VVBKI1在葡萄藤和本塞米亚氏菌中的瞬时表达分别提高了对葡萄球菌和phytophthora capsici的耐药性。此外，VVBKI1在拟南芥中的异位表达可以增加其对由透明质球拟南芥引起的降低霉菌的抵抗力。进一步的实验表明，VVBKI1与细胞质抗坏血酸过氧化物酶VVAPX1（一种ROS扫除蛋白）相互作用。VVAPX1在葡萄和本塔米亚乳杆菌中的瞬时表达促进了其对葡萄球菌的耐药性和辣椒菌。此外，VVAPX1转基因拟南芥对拟南芥的抗性更具耐药性。此外，VVBKI1和VVAPX1转基因拟南芥均显示出抗坏血酸过氧化物酶活性的升高和疾病的增强。总而言之，我们的发现表明APX活性与对Oomycetes的抗性之间存在正相关，并且该调节网络在V. Vinifera，N。Benthamiana和A. thaliana中得到了保存。
偏执植物：免疫系统中的遗传冲突
Detlef Weigel是Max Planck生物学研究所Tübingen研究所的主任，是美国国家科学院和皇家学会的成员，也是许多科学奖项的获得者，例如最近的Novozymes奖。Detlef对科学界有广泛的服务记录，他是开放科学的强烈支持者。detlef是第一个利用自然遗传变异来理解环境如何影响植物发育的人之一。近年来，这项工作已经在进化和生态学的界面上结合了问题：野生植物如何适应气候变化，以及如何设法使病原体陷入困境？在这项研究中，他借鉴了十年前发起的协作努力的成果，以对1000多种天然A. thaliana菌株（1001基因组项目）进行测序。
调控油菜 PSII 修复循环的致死基因 BnaC06.FtsH1 的精细定位与鉴定
摘要：光系统Ⅱ是叶绿体的重要组成部分，其修复过程对缓解光抑制至关重要，对提高植物的抗逆性和光合效率具有重要意义。致死基因被广泛应用于基因编辑的效率检测和方法改进。本研究在油菜中发现了一个自然发生的致死突变体7-521Y，该突变体子叶黄化，受双隐性基因cyd1和cyd2控制。通过全基因组重测序和图位克隆相结合的方法，利用15 167个黄化个体将CYD1精细定位到29 kb的基因组区域上。通过对转基因进行共遗传分析和功能验证，确定BnaC06.FtsH1为目的基因；它编码一个丝状温度敏感蛋白H 1 (FtsH1)水解酶，能够降解拟南芥中受损的PSII D1。BnaC06.FtsH1在甘蓝型油菜的子叶、叶片和花中表达量较高，且定位于叶绿体中。此外，在7-521Y中，FtsH上游调控基因EngA的表达上调，D1的表达下调。FtsH1和FtsH5的双突变体在甘蓝型油菜中是致死的。通过系统发育分析发现，在芸苔属植物中FtsH5的丢失，剩下的FtsH1是PSII修复周期所必需的。CYD2可能是甘蓝型油菜A07染色体上FtsH1的同源基因。我们的研究为致死突变体提供了新的见解，其发现可能有助于提高油菜 PSII 修复周期的效率和生物量积累。
副教授Ceyhun Kayihan
。17。CeyhunKayıhan，Emre Aksoy，Su Naz Mutlu（2023）硼毒性在拟南芥的转录水平上诱导硫酸盐转运蛋白。土耳其期刊植物学（如果：1.5），47：1-12（引用：1）。 16。 TürkölmezN，Karakaya M，Ekinci MH，Lucas SJ，Akkayaö，GülisekerM，Kayihan C，ÖzdenY. （2022）。 确定Fraser的光纳（Photinia X Fraseer）和内生细菌PGB_INVIT之间的分子相互作用。 植物细胞，组织和器官培养（如果：3），151：631-649（引用时间：1）。 15。 Emre Aksoy，KubilayYıldırım，Musa Kavas，CeyhunKayıhan，Bayram AliYerlıkaya，IrmakCalık，Ufuk Demirel，Ufuk Demirel，İlkaySevgen（2022）Crıspr/Caspr/Cas基于CASPR/CAS基于基于基因基因基因组的总指南。 分子生物学报告（如果：2.8），49：12151-12164（引用：2）。 14。 KayıhanC，ünalH，Yaprak O，Mutlu S，TunçM，YılmazI。 （2022）发现新的假定基因在WHOAT品种中未知的探针中具有过量的硼反应机制中具有作用。 F1000 Research，19-19（Scopus）。 13。 div>doğaSelinKayıhan，Emre Aksoy CeyhunKayıhan（2021）有毒硼反应性microRNA及其在敏感和倾向的小麦品种中的鉴定和表达谱。 土耳其农业与林业杂志（如果：2.5），45（4）：411-433（引用的时间：6）。 12。 CeyhunKayıhan（2021）诱导花青素生物合成和拟南芥中有毒硼反应性调节的转运。 土耳其期刊植物学（如果：1.5），45：181-191（引用：6）。土耳其期刊植物学（如果：1.5），47：1-12（引用：1）。16。TürkölmezN，Karakaya M，Ekinci MH，Lucas SJ，Akkayaö，GülisekerM，Kayihan C，ÖzdenY. （2022）。 确定Fraser的光纳（Photinia X Fraseer）和内生细菌PGB_INVIT之间的分子相互作用。 植物细胞，组织和器官培养（如果：3），151：631-649（引用时间：1）。 15。 Emre Aksoy，KubilayYıldırım，Musa Kavas，CeyhunKayıhan，Bayram AliYerlıkaya，IrmakCalık，Ufuk Demirel，Ufuk Demirel，İlkaySevgen（2022）Crıspr/Caspr/Cas基于CASPR/CAS基于基于基因基因基因组的总指南。 分子生物学报告（如果：2.8），49：12151-12164（引用：2）。 14。 KayıhanC，ünalH，Yaprak O，Mutlu S，TunçM，YılmazI。 （2022）发现新的假定基因在WHOAT品种中未知的探针中具有过量的硼反应机制中具有作用。 F1000 Research，19-19（Scopus）。 13。 div>doğaSelinKayıhan，Emre Aksoy CeyhunKayıhan（2021）有毒硼反应性microRNA及其在敏感和倾向的小麦品种中的鉴定和表达谱。 土耳其农业与林业杂志（如果：2.5），45（4）：411-433（引用的时间：6）。 12。 CeyhunKayıhan（2021）诱导花青素生物合成和拟南芥中有毒硼反应性调节的转运。 土耳其期刊植物学（如果：1.5），45：181-191（引用：6）。TürkölmezN，Karakaya M，Ekinci MH，Lucas SJ，Akkayaö，GülisekerM，Kayihan C，ÖzdenY.（2022）。确定Fraser的光纳（Photinia X Fraseer）和内生细菌PGB_INVIT之间的分子相互作用。植物细胞，组织和器官培养（如果：3），151：631-649（引用时间：1）。15。Emre Aksoy，KubilayYıldırım，Musa Kavas，CeyhunKayıhan，Bayram AliYerlıkaya，IrmakCalık，Ufuk Demirel，Ufuk Demirel，İlkaySevgen（2022）Crıspr/Caspr/Cas基于CASPR/CAS基于基于基因基因基因组的总指南。分子生物学报告（如果：2.8），49：12151-12164（引用：2）。14。KayıhanC，ünalH，Yaprak O，Mutlu S，TunçM，YılmazI。 （2022）发现新的假定基因在WHOAT品种中未知的探针中具有过量的硼反应机制中具有作用。 F1000 Research，19-19（Scopus）。 13。 div>doğaSelinKayıhan，Emre Aksoy CeyhunKayıhan（2021）有毒硼反应性microRNA及其在敏感和倾向的小麦品种中的鉴定和表达谱。 土耳其农业与林业杂志（如果：2.5），45（4）：411-433（引用的时间：6）。 12。 CeyhunKayıhan（2021）诱导花青素生物合成和拟南芥中有毒硼反应性调节的转运。 土耳其期刊植物学（如果：1.5），45：181-191（引用：6）。KayıhanC，ünalH，Yaprak O，Mutlu S，TunçM，YılmazI。（2022）发现新的假定基因在WHOAT品种中未知的探针中具有过量的硼反应机制中具有作用。F1000 Research，19-19（Scopus）。13。div>doğaSelinKayıhan，Emre Aksoy CeyhunKayıhan（2021）有毒硼反应性microRNA及其在敏感和倾向的小麦品种中的鉴定和表达谱。土耳其农业与林业杂志（如果：2.5），45（4）：411-433（引用的时间：6）。 12。 CeyhunKayıhan（2021）诱导花青素生物合成和拟南芥中有毒硼反应性调节的转运。 土耳其期刊植物学（如果：1.5），45：181-191（引用：6）。土耳其农业与林业杂志（如果：2.5），45（4）：411-433（引用的时间：6）。12。CeyhunKayıhan（2021）诱导花青素生物合成和拟南芥中有毒硼反应性调节的转运。土耳其期刊植物学（如果：1.5），45：181-191（引用：6）。11。div>doğaselinkayıhan，ceyhunkayıhan，YeldaÖzdenCiftçi（2021）过表达冷热硝基还原酶基因的转基因烟草植物在低温下表现出了2,4-二硝基苯二苯二苯二酚的解毒率的增强；国际植物修复杂志（如果：3.2），23（1）：1-9（引用：3）。10。穆罕默德·哈米特·埃金西（Hamit Ekinci）； DoğaSelinKayıhan; CeyhunKayıhan，Yeldaözdençiftçi（2021）MicroRNA在冷冻保存后拟南芥的恢复速率中的作用。植物细胞，组织和器官培养（如果：2.7），144：281-293（引用时间：3）。9。Beal J，Farny N，Angelli T，Selvarajah V，Baldwin G，Taylor R，Gershater M，Kiga D，Marken J，Marken J，Sanchania V，Sison A，Sison A，Workman C，Igem Interlab研究贡献者（Ceyhun Kayihan）。可从光密度对细菌细胞计数的强大估计。Communications Biology，2020年； 3（512）（引用时间：91）。8。zeynep girgin ersoy，ceyhunkayıhan，sedef tunca gedik（2020）与乳酸乳杆菌N8相比，与谷胱甘肽和丙酮酸相比，使用谷胱甘肽和丙酮酸达到更高的尼生蛋白产量。巴西微生物学杂志（如果：2.47），51（3）：1247-1257（引用的时间：1）。7。div>doğaSelinKayıhan，CeyhunKayıhan，Yeldaözdençiftçi（2019）通过拟南芥的生物化学和分子水平的谷胱甘肽依赖性解毒途径调节硼毒性反应。土耳其植物学杂志（如果：1.09），43：749-757（引用的时间：5）。土耳其植物学杂志（如果：1.09），43：749-757（引用的时间：5）。
使用长阅读测序
图1。SAM-SEQ同时探测植物组织上的染色质访问性和DNA甲基化。a。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。 b。 链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。 centromeres被描述为灰色盒子。 拟南芥12-mer序列的 c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。 MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。 e。 链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。 f。 拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人 2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。b。链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。centromeres被描述为灰色盒子。c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。e。链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。f。拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。
CSIR-IICT展示了将干叶变成土壤的技术...
CSIR-IIIM查mu的研究结果基于以前的研究，该研究探讨了其他物种中ABC转运蛋白的结构和功能，例如水稻[3]和拟南芥[4]。大米的研究强调了ABCI亚科的动态性质及其在盐应激反应中的潜在作用[3]。同样，拟南芥中ABC蛋白的综合清单提供了对该蛋白质家族多样性的基本理解[4]。一起，这些研究帮助绘制了ABC转运蛋白的进化模式及其在不同植物谱系中的功能作用。
基因组编辑技术现状及其在植物育种中的应用
H. Sugaya、A. Toyoda、T. Itoh、N. Tsutsumi 等人。 （2019）通过 TALEN 介导的线粒体基因组编辑治愈细胞质雄性不育。纳特。植物 5：722–730。 Mok, YG, S. Hong, S.-J. Bae，S.-I. Cho 和 J.-S. Kim (2022) 针对植物叶绿体 DNA 进行 A 到 G 碱基编辑。纳特。植物 8：1378–1384。 Nakazato , I. , M. Okuno , H. Yamamoto , Y. Tamura , T. Itoh , T. Shikanai , H. Takanashi , N. Tsutsumi 和 S. Arimura ( 2021 ) 拟南芥质体基因组中的靶向碱基编辑。纳特。植物 7：906–913。
SBB-2024 PlantGen 学校 2024 - 会议 - ICG SB RAS
1. Zverintseva Karolina Mikhailovna，学生，伊尔库茨克国立生物科学大学，俄罗斯伊尔库茨克 “玉米线粒体质粒对核基因进化的影响” K. Zverintseva、I. Gorbenko 2. Borisenko Natalya Viktorovna，研究员，俄罗斯萨拉托夫联邦国家预算科学机构“FANTS South-East” “通过 RNA 沉默 gamma-kafirin 基因提高高粱种子储存蛋白的消化率：RNAi 遗传构建体在 cv. 突变体中的遗传和表达。 “进步及其混合体” NV Borisenko、LA Elkonin、TE Pylaev、S.Kh。 Sarsenova、V. Panin 3. Korzhenevskiy Maksim Anatolyevich，初级研究员，俄罗斯科学院卡累利阿研究中心林业研究所，俄罗斯彼得罗扎沃茨克 “不同木质部发生情景下卡累利阿桦树 (Betula pendula var. carelica) 树干组织中糖转运蛋白基因的差异表达” MA Korzhenevskiy、AK Pomeranets、OV Gorshkov、Yu.L. Moshchenskaya、NA Galibina 4. Vilis Polina Sergeevna，实验室研究助理，圣彼得堡国立大学，俄罗斯圣彼得堡“在从种子到幼苗的过渡阶段，对编码 ABA 依赖性转录因子 ABI3、ABI4 和 ABI5 基因启动子在 Pisum sativum L. 胚轴中甲基化模式的分析”P.S.维利斯，E.A.克里洛娃，E.K.赫列斯特金娜，S.S.梅德韦杰夫，G.N. Smolikova 5. Frankevich Tatyana Andreevna，实验室助理，ICG SB RAS，俄罗斯新西伯利亚“研究 GAUT1 和 GAUT7 基因敲除对拟南芥悬浮培养细胞聚集的影响”T.A.内华达州弗兰卡维奇佩尔米亚科娃，Yu.V.西多尔丘克，E.V.德伊内科
