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内生微生物组促进农业可持续发展
编者按：众所周知，植物会与环境中存在的不同生物和非生物因子相互作用，形成有益的互利共生。在各种因子中，植物与微生物的相互作用是具有全球影响的重要相互作用之一。微生物与植物的地下（根际）、地上（叶际）和内部（内生菌）部分相互作用，这些相互作用在彼此的生存中发挥着不同的重要作用。在所有内生菌中，已知相互作用为其宿主带来更大的益处，尤其是在压力（生物和非生物）条件下。已知内生微生物会与地球上现存的每一种单株植物相互作用，它们存在于整个植物甚至种子中。各种微生物群，如古菌、细菌和真菌都被认为是内生菌。迄今为止，内生微生物群落已发现属于广古菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、嗜热奇球菌门、芽孢杆菌门、假单胞菌门、疣微菌门、子囊菌门、担子菌门和毛菌门的微生物种群。内生微生物通过各种机制保护植物，例如 N2 固定、铁载体产生、磷溶解、植物激素产生（生长素、细胞分裂素和赤霉素）、氨和氢氰酸产生。
DNA-DNA滑动摩擦和非平衡动力学在病毒基因组喷射和包装中的作用使用RNA
β-Mercaptoethanol PanReac-AppliChem A4338,0100 Sodium chloride (NaCl) PanReac-AppliChem 131659.1211 Tryptone Condalab 1612 Yeast Extract Condalab 1702 Bacteriological Agar Condalab 1800 Agarose D1 Medium EEO Condalab 8019 Liquid nitrogen n/a n/a Critical commercial assays NEBuilder® HiFi DNA Assembly Master Mix New England Biolabs E2621S Phusion TM High-fidelity DNA polymerase Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S DNA Clean & Concentrator TM -5 Zymo研究D4004Nucleospin®质粒DNA纯化机构 - 纳格尔740588.250 Ribolock RNase抑制剂（40 u/μl）Thermo Fisher Scientific EO0381恢复TM逆转录（TM）逆转录酶Thero Fisher Fisher Fisher Scientific EP0441 Therus prolainsir prolapers themophirs dna Polymsisriast dna Polymsiss dna Prolymasse：003 3.003.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003; 003 3.003 3.003 Nicotiana Benthamiana cas9（Bernabé-ortts等，2019）N/A寡核苷酸D2409 atttatattattAttCataCaatCaaAcc
改造海洋红嗜热菌中的类胡萝卜素生物合成途径以生产番茄红素
海洋红嗜热菌 (Rhodothermus marinus) 非常适合用于生物精炼，它是一种产生热稳定性酶的嗜氧嗜热菌，能够利用来自不同第二代和第三代生物质的多糖。这种细菌会产生有价值的化学物质，如类胡萝卜素。然而，天然的类胡萝卜素并不适用于工业生产，需要对海洋红嗜热菌进行基因改造才能生产出价值更高的类胡萝卜素。在这里，我们对类胡萝卜素生物合成基因簇进行了基因改造，产生了三种不同的突变体，最重要的是产生番茄红素的突变体 TK-3 (ΔtrpBΔpurAΔcruFcrtB::trpBcrtB T.thermophilus)。基因改造和随后对类胡萝卜素的结构分析有助于阐明海洋红嗜热菌中的类胡萝卜素生物合成途径。编码酶八氢番茄红素合酶 (CrtB) 和之前未鉴定的 10,20-水合酶 (CruF) 的核苷酸序列被发现融合在一起，并由 R. marinus 中的单个基因编码。仅删除基因的 cruF 部分不会产生活性 CrtB 酶。然而，通过删除整个基因并插入嗜热菌的 crtB 基因，获得了突变菌株，产生番茄红素作为唯一的类胡萝卜素。TK-3 产生的番茄红素定量为 0.49 g/kg CDW（细胞干重）。
有关C-Tetraamp的技术信息
名称：环状四腺苷单磷酸盐，钠盐Syn。：环状四核酸 / C-A4 / CA 4描述：C-Tetraamp是一种环状核苷酸，其中四个5'-AMP单元通过3'-5'磷酸二酯键相互连接以形成环状结构。特性：发现环状寡磷酸盐（例如C-tetraamp）是与许多原核生物中与侵入性遗传元件相关的III型CRISPR-CAS相关检测和降解的新型细菌第二信使。在识别和结合侵入性靶RNA后，III型干扰络合物的CAS10亚基会产生环状寡腺苷酸盐，进而充当CSM6核糖核酸的变构激活剂，从而降解了入侵者衍生的RNA转录物。建议循环寡核苷酸的大小取决于存在的III型CRISPR-CAS系统，其中c-tetraamp是Thermus Thermophilus中主要的信号分子（根据Kazlauskiene等人的所有数据，（2017）和Niewoehner等。（2017））。规格：结晶或冻干的钠盐。请记住，由于冻干形式对湿度的敏感性，该化合物的相等浓度可能会不同。该化合物甚至可以收缩至小体积液滴。通常，产品位于管的圆锥形底部。微摩尔量通过紫外线以max确定。纯度：典型分析要大于95％（HPLC / UV / 259 nm）。该产品不是无菌的，尚未对内毒素进行测试。打开管子时，请确保在盖子内不会丢失任何物质。溶解度：C-Tetraamp可溶于水和水缓冲液（≥8mm，尚未确定限制）。请仔细，最好使用超声波或涡流来实现总和混合。稳定性和存储：C-Tetraamp在室温下具有足够的稳定性，并且在处理或发货期间不需要特殊护理。尽管如此，我们建议该化合物应在冰箱中存储，在较长的储存周期中，最好以冷冻干燥的形式存储。
TAQ-B DNA聚合酶
蛋白质的来源：一种重组大肠杆菌菌株，携带来自嗜热有机体Thermus aquaticus YT-1的TAQ DNA聚合酶基因。单位定义：1个单位定义为将在75°C的30分钟内将10 nmol的DNTP纳入酸 - 不溶性材料的酶。分子量：93,910 Daltons质量控制分析：使用2倍连续稀释方法测量单位活动。在1X反应缓冲液中制成酶的稀释液，并将其添加到含有小腿胸腺DNA，25 mM TAPS（pH 9.3），50 mM KCl，2.0mm MGCL2，1 mM DTT，3H-DTTP和100 µm DNTP的50 µL反应中。 在75°C下孵育10分钟，浸入冰上，并使用Sambrook和Russell的方法进行分析（Molecular Cloning，V3，2001，pp。 A8.25-A8.26）。 蛋白浓度（OD 280）由OD 280吸光度确定。 通过浓缩和稀释酶溶液的SDS-PAGE评估物理纯度，然后进行银色染色检测。 通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。 单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定，在37°C下孵育4小时4小时。 双链外切核酸酶在50 µL反应中确定，该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。 双链核酸内切酶在50 µL反应中确定，该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。在1X反应缓冲液中制成酶的稀释液，并将其添加到含有小腿胸腺DNA，25 mM TAPS（pH 9.3），50 mM KCl，2.0mm MGCL2，1 mM DTT，3H-DTTP和100 µm DNTP的50 µL反应中。在75°C下孵育10分钟，浸入冰上，并使用Sambrook和Russell的方法进行分析（Molecular Cloning，V3，2001，pp。A8.25-A8.26）。蛋白浓度（OD 280）由OD 280吸光度确定。物理纯度，然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。单链核酸酶在含有放射性标记的单链DNA底物的50 µL反应中确定，在37°C下孵育4小时4小时。双链外切核酸酶在50 µL反应中确定，该反应含有放射性标记的双链DNA底物和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。双链核酸内切酶在50 µL反应中确定，该反应含有0.5 µg质粒DNA和10 µL的酶溶液在37°C下孵育4小时。
超嗜热漆酶的表征及酶工程改造以提高其在离子液体中的活性
离子液体 (IL) 是室温下熔融的有机盐，可用于多种用途。许多 IL，例如 1-乙基-3-甲基咪唑乙酸盐 ([C 2 C 1 Im][OAc])，已被证明可以在预处理过程中从生物质中去除大量复杂的生物聚合物木质素。通过生物途径（例如酶）来增值木质素很有前景，但受到许多用于预处理的 IL 生物相容性低的限制。热稳定酶的发现和酶工程技术的应用已经产生了能够承受高浓度 IL 的生物催化剂。将木质素从废品转化为增值化学品对于未来纤维素生物精炼厂的成功至关重要。为此，我们在水性 [C 2 C 1 Im][OAc] 中筛选了超嗜热菌（嗜热菌）的木质素分解酶漆酶的活性。尽管该漆酶具有嗜热性（T opt > 90 ◦ C），但仅在 2% (w/v) [C 2 C 1 Im][OAc] 中观察到明显的活性损失（> 50%）。动力学研究表明，IL 可以与游离酶和酶-底物复合物结合。对接模拟表明阳离子倾向于与靠近活性位点的区域结合。然后，我们采用合理的设计策略来提高漆酶在 [C 2 C 1 Im][OAc] 中的活性。共进行了 8 次单氨基酸突变；然而，与野生型相比，突变体在 [C 2 C 1 Im][OAc] 中的活性没有显著提高。该研究结果揭示了酶-IL相互作用的复杂性质以及设计生物木质素增值策略时面临的挑战。
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生活的来源。细胞的化学组成。从世界加速到细胞世界的通道。通用共享（Luca）。氧光合物。微生物的发现。<2> van Leuwenhoek。显微镜技术人员。。这一代人，弗朗西斯和路易斯·巴斯特。罗伯特·科赫（Robert Koch）。M.W.北京和S. Wingruf。代谢。<2>微生物的营养分类。自身萎缩，杂交，趋化性和光营养。Procasy细胞。forma和细胞的大小。细胞膜：研究，组成和功能。<潜水>细胞。阳性和负克之间的差异。单击拱门。<2> S. S.内部兄弟细胞的兄弟：核苷，包含兵，gassoes，外观海峡：章节和粘液。鞭毛，比尔和比尔。locanism机制。Motity将标志带动。滑动的移动性。趋化和其他税收。调整。Susone;游戏；令人不安的。<2>细胞奶油蛋白酶。世代的青少年。组。微生物生长：总数，有益，动态性。<2>微生物生长结合：Physic Mezi，Carore（Acuplaves），辐射，门膜，化学剂。环境对生长的影响。symptrofits。温度，pH，渗透性，氧气。环境 - 栖息地。<划分主要的陆生栖息地。表面和生物膜。生物之间的相互作用。 法定人数。 共同主义。 地衣。 rizobi和豆类。 微生物和昆虫之间的共生。 隆隆。 <细菌的神圣多样性。 物种的概念。 系统发育树。 蓝细菌； proteobacteria：Alphaproteoobacteri，beta-专业，gamaprotateobacteri，deltapotateobacteria，epsilonprotateobacteri，zetaptaptateobacteria;肌细菌； Tennericutes；企业；细菌特征；衣原体； plancomycetes; verrucomicrobia; Thermotogae;热硫杆菌； aquificae; Deinococcus-Thermus;酸性杆菌；硝基螺旋体。 <纪念者的多样性。 <考古学家的神圣特征。 euryarcheota; thaumarcheota; Nanoarcheota; Koraecheota； crenarcheota; Lokiarcheota。 真核细胞。 真核细胞的进化，内共生理论；继发性内膜；真核细胞：核，线粒体，氢化体，叶绿体，内质网，高尔基体，溶酶体，过氧化物酶体，细胞骨骼。 植物细胞。 细胞分裂成真核生物。 转向多细胞世界的真核微生物的主要群体。生物之间的相互作用。法定人数。共同主义。地衣。 rizobi和豆类。 微生物和昆虫之间的共生。 隆隆。 <细菌的神圣多样性。 物种的概念。 系统发育树。 蓝细菌； proteobacteria：Alphaproteoobacteri，beta-专业，gamaprotateobacteri，deltapotateobacteria，epsilonprotateobacteri，zetaptaptateobacteria;肌细菌； Tennericutes；企业；细菌特征；衣原体； plancomycetes; verrucomicrobia; Thermotogae;热硫杆菌； aquificae; Deinococcus-Thermus;酸性杆菌；硝基螺旋体。 <纪念者的多样性。 <考古学家的神圣特征。 euryarcheota; thaumarcheota; Nanoarcheota; Koraecheota； crenarcheota; Lokiarcheota。 真核细胞。 真核细胞的进化，内共生理论；继发性内膜；真核细胞：核，线粒体，氢化体，叶绿体，内质网，高尔基体，溶酶体，过氧化物酶体，细胞骨骼。 植物细胞。 细胞分裂成真核生物。 转向多细胞世界的真核微生物的主要群体。地衣。 rizobi和豆类。 微生物和昆虫之间的共生。 隆隆。 <细菌的神圣多样性。 物种的概念。 系统发育树。 蓝细菌； proteobacteria：Alphaproteoobacteri，beta-专业，gamaprotateobacteri，deltapotateobacteria，epsilonprotateobacteri，zetaptaptateobacteria;肌细菌； Tennericutes；企业；细菌特征；衣原体； plancomycetes; verrucomicrobia; Thermotogae;热硫杆菌； aquificae; Deinococcus-Thermus;酸性杆菌；硝基螺旋体。 <纪念者的多样性。 <考古学家的神圣特征。 euryarcheota; thaumarcheota; Nanoarcheota; Koraecheota； crenarcheota; Lokiarcheota。 真核细胞。 真核细胞的进化，内共生理论；继发性内膜；真核细胞：核，线粒体，氢化体，叶绿体，内质网，高尔基体，溶酶体，过氧化物酶体，细胞骨骼。 植物细胞。 细胞分裂成真核生物。 转向多细胞世界的真核微生物的主要群体。地衣。rizobi和豆类。微生物和昆虫之间的共生。隆隆。<细菌的神圣多样性。物种的概念。系统发育树。蓝细菌； proteobacteria：Alphaproteoobacteri，beta-专业，gamaprotateobacteri，deltapotateobacteria，epsilonprotateobacteri，zetaptaptateobacteria;肌细菌； Tennericutes；企业；细菌特征；衣原体； plancomycetes; verrucomicrobia; Thermotogae;热硫杆菌； aquificae; Deinococcus-Thermus;酸性杆菌；硝基螺旋体。<纪念者的多样性。<考古学家的神圣特征。euryarcheota; thaumarcheota; Nanoarcheota; Koraecheota； crenarcheota; Lokiarcheota。真核细胞。真核细胞的进化，内共生理论；继发性内膜；真核细胞：核，线粒体，氢化体，叶绿体，内质网，高尔基体，溶酶体，过氧化物酶体，细胞骨骼。植物细胞。细胞分裂成真核生物。 转向多细胞世界的真核微生物的主要群体。细胞分裂成真核生物。转向多细胞世界的真核微生物的主要群体。转向多细胞世界的真核微生物的主要群体。excavata：外载体，帕拉巴西利亚，运动质体，euglenoidaa；肺泡：Ciliati，Dinoflagellata，Apicomplexa； Heteroconti/stramenopili：Diatomee，Oomycota，Golden藻类，棕色藻类；里扎里亚：氯拉拉赫氏菌科，有孔虫，放射性虫； Amoebozoa;蘑菇：Microsportidia，Chytridiomycota，Mucoromycota，Glomeromycota，ascomycota，basidomycota;古细菌；红藻；绿藻。