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NEIL3 和 TOP2A 是食道癌的关键驱动因素......
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Top2a 通过 PRC2 和 H3K27me3 促进社会行为的发展
人们对社会性的胚胎发育了解甚少。我们筛选了 1120 种已知药物，发现胚胎抑制拓扑异构酶 II α (Top2a) 会导致斑马鱼出现持久的社会缺陷。在小鼠中，产前 Top2 抑制会导致社交互动和交流缺陷，而这些行为与自闭症的核心症状有关。斑马鱼 Top2a 突变导致一组基因下调，这些基因高度富含与人类自闭症相关的基因。Top2a 调节的和自闭症相关的基因组都具有多梳抑制复合物 2 (PRC2) 的结合位点，PRC2 是一种负责 H3K27 三甲基化 (H3K27me3) 的调节复合物。此外，这两个基因组都高度富含 H3K27me3。抑制 PRC2 成分 Ezh2 可挽救 Top2 抑制引起的社会缺陷。因此，Top2a 是进化保守途径的关键组成部分，该途径通过 PRC2 和 H3K27me3 促进社会行为的发展。
与疾病发展相关的乳腺癌生物标志物；一项基于计算机的研究
简介：乳腺癌 (BC) 是全球女性死亡的主要原因之一。通过与疾病发展相关的差异表达识别基因有助于我们更好地了解 BC 的分子机制。目的：我们的研究使用计算机模拟分析来识别可能引发 BC 发展的中心基因。材料和方法：在这项横断面计算机模拟研究中，我们在基因表达综合 (GEO) 数据库中确定了 GSE38959 和 GSE45827 为差异表达基因 (DEG)，调整后的 P < 0.05。在这两组中，在病例和正常 BC 样本中表达的 DEG 中均观察到 logFC ≥ 2 和 logFC ≤ -2。然后进行比较，使用 GEO2R 工具检测两个常见的 DEG 数据集。使用京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 和基因本体数据库阐明途径。然后使用 Cytoscape 和 Gephi 分析蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI)。最后进行 GEPIA 分析以验证目标基因。结果：使用 GEO，鉴定出 322 个常见 DEG 和 65 个中心基因作为 PPI。基于基因本体 (GO) 和 KEGG 通路分析，DEG 在与细胞分裂、染色体、着丝粒区域、微管结合和细胞周期相关的功能方面富集。通过 GEPIA 分析比较正常与肿瘤样本时，CDK1、CCNB1、TOP2A、CXCL12、IGF1 和 KIT 6 个基因的表达具有统计学意义。结论：本研究引入了六个高表达基因（CDK1、CCNB1、TOP2A、CXCL12、IGF1 和 KIT），可作为 BC 发展 (所有基因 P <0.05) 的生物标志物。需要进一步进行全面的体内实验研究来描述它们在 BC 中的作用。
医学®
摘要 为探讨COVID-19与白塞氏病（BD）关系的潜在作用，寻找相关的生物标志物。采用生物信息学方法下载COVID-19患者外周血单核细胞（PBMCs）和BD患者PBMCs的转录组数据，筛选COVID-19与BD之间的共同差异基因，进行基因本体（GO）和通路分析，构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，筛选枢纽基因并进行共表达分析。此外，还构建了基因-转录因子（TFs）-miRNA网络、基因-疾病网络和基因-药物网络，以深入了解两种疾病之间的相互作用。我们使用了GEO数据库（GSE152418、GSE198533）中的RNA测序数据集。通过交叉分析获得461个上调的共同差异基因和509个下调的共同差异基因，绘制PPI网络，并利用Cytohubba筛选出关联最强的15个基因作为枢纽基因（ACTB、BRCA1、RHOA、CCNB1、ASPM、CCNA2、TOP2A、PCNA、AURKA、KIF20A、MAD2L1、MCM4、BUB1、RFC4、CENPE）。筛选出具有统计学意义的枢纽基因，发现ACTB在BD和COVID-19中均处于低表达状态，ASPM、CCNA2、CCNB1、CENPE在BD中处于低表达状态，而在COVID-19中处于高表达状态。随后进行GO分析和通路分析，获得共同的通路和生物反应过程，提示BD与COVID-19之间存在共同的关联。基因-TFs-miRNA网络、基因-疾病网络和基因-药物网络也在两种疾病的相互作用中发挥重要作用。COVID-19和BD之间存在相互作用。ACTB、ASPM、CCNA2、CCNB1和CENPE是两种疾病的潜在生物标志物。
胶质瘤综合分子分析结果...
背景：神经胶质瘤是最常见的原发性脑肿瘤类型，其潜在的分子异质性导致不同的治疗反应。我们的回顾性研究旨在从大量神经胶质瘤患者中探究生物标志物，以确定具有治疗意义的改变。方法：采用多平台方法分析了 871 个神经胶质瘤肿瘤样本（79％ 为 WHO IV 级胶质母细胞瘤，GBM），包括测序、IHC、FISH/CISH 和甲基化检测，以研究可操作的生物标志物异常。对整个患者队列和患者分子亚组进行了回顾性数据分析。结果：在 871 个患者样本中发现 27 个基因发生突变。观察到神经胶质瘤中常见的 TP53（39%）、IDH1（22%）、PTEN（13%）和以前未报告的突变，包括 JAK3、SMO 和 ABL1。37% 的病例发生 2 个或更多基因的共同突变。 TP53 突变提示遗传不稳定性，且常与其他并发突变相关（p=0.0006）。IDH1 突变与 MGMT 启动子甲基化、TS、RRM1 和 TOP2A 低表达相关（p 从 <0.0001 到 0.0036），提示对替莫唑胺、氟嘧啶、吉西他滨和依托泊苷的反应不同。IDH1 突变也与 TP53 突变相关；而野生型 IDH1 与 PTEN 突变相关（p=0.0309），且与 EGFR 突变有一定关联（p=0.0543）。在将 GBM 与 II/III 级胶质瘤进行比较时，还观察到 IHC、FISH 和测序得出的不同生物标志物谱，提示 GBM 的生物学特性不同，因此治疗意义也不同。对 20 名 GBM 患者进行了治疗前后分析（正在进行比较分析）。结论：多平台分析显示，胶质瘤表现出高度的分子异质性。IDH1 突变可识别对治疗剂反应不同的患者的分子亚群；而 TP53 突变则表明遗传不稳定性增加。这些结果凸显了分析在考虑胶质瘤患者的治疗方案时的好处。背景