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特定突触基因集中的转录多样性区分了皮质神经元身份
从不同的角度描述了抽象的突触多样性，从释放的特定神经递质到其多样化的生物物理特性和蛋白质组谱。然而，在大脑中所有突触种群中，尚未系统地识别出跨性水平的突触多样性。为了量化和识别神经元细胞类型的特定突触特征，我们将Syngo（突触基因本体学）数据库与小鼠新皮层的单细胞RNA测序数据相结合。我们表明，单独具有与所有基因相同的功率的突触基因可以区分细胞类型。细胞类型的歧视能力并非在突触基因上平均分布，因为我们可以识别具有更大细胞类型的表达的功能类别和突触室。突触基因和特定的Syngo类别属于三种不同类型的基因模块：在所有细胞类型上的逐步表达，选定的细胞类型中的梯度表达以及细胞类别类别或特定于细胞类别的特征。此数据提供了对新皮层突触多样性的更深入的了解，并确定潜在标记，以选择性地识别特定神经元种群中的突触。
转录因子簇作为信息传输剂
解密基因如何解释细胞核内转录因子（TF）浓度的信息仍然是基因调节中的一个基本问题。最近的进步揭示了TF分子的异质分布，对精确解码浓度信号提出了挑战。使用荧光果蝇胚胎中荧光标记的TF双子体的高分辨率单细胞成像，我们表明双子体簇中的双聚体积累保留了母体双聚体梯度的空间信息。这些集群通过强度，大小和频率提供精确的空间提示。我们进一步发现，双子靶基因以增强子结合亲和力依赖性方式与这些簇共定位。我们的建模表明，聚类为全球核浓度提供了更快的传感机制，而不是通过简单增强子检测到的自由扩散的TF分子。
转录驱动的 DNA 超螺旋抵消了 H-NS-...
在所有活细胞中，基因组 DNA 都是通过与专用蛋白质相互作用和/或形成多聚螺旋而压缩的。在细菌中，DNA 压缩是动态实现的，与密集且不断变化的转录活性相协调。H-NS 是一种主要的细菌类核结构蛋白，由于其与 RNA 聚合酶的相互作用而特别受关注。H-NS：DNA 核蛋白丝抑制 RNA 聚合酶的转录起始。然而，H-NS 沉默的基因可以通过来自邻近区域的转录激活这一发现表明，延长的 RNA 聚合酶可以分解 H-NS：DNA 丝。在这项研究中，我们提供了证据表明转录诱导的反沉默不需要转录到达沉默基因；相反，它在远处发挥作用。通过在中间片段内引入 DNA 旋转酶结合位点可抑制反沉默，这表明长距离效应是由转录驱动的正 DNA 超螺旋向沉默基因扩散引起的。我们提出了一个模型，其中 H-NS：DNA 复合物在体内在负超螺旋 DNA 上形成，H-NS 桥接了多面体的两条臂。相邻转录产生的正超螺旋的旋转扩散将导致 H-NS 结合的负超螺旋多面体“展开”，从而破坏 H-NS 桥并释放 H-NS。
使用SEQ-DAP-SEQ识别植物转录因子DNA结合位点
5.2索引2 CaagcagaagagcggcataCgagat acatcg gtgactggagttc agacgtgtgtgtgtctcttccgatctccgatc 5.3索引3 caagcagcagaagacggcatacggcataCgctagagctagctcta gccta gccta gcctag gtgactggagttc agacggtgtgtgtgtgcttccgctcgtcggatcgcagtcgcgatc.4 index4 TGGTCA GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.5 Index 5 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CACTGT GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.6 Index 6 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT ATTGGC GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.7 Index 7 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GATCTG GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.8 Index 8 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT TCAAGT GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.9 Index 9 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CTGATC GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.10 Index 10 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGCTAGTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.11 Index 11 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GTAGCC GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.12索引12 caagcagaagacggcatacgagat tacaag gtgactggagttc agacgtgtgtgctttccgatc
发现神经元中的新型转录增强子...
神经精神疾病越来越普遍。鉴于其复杂且多因素的发病机理，迫切需要有效且有针对性的疗法可以改善患者的生活质量。全基因组关联研究（GWASS）已经确定了各种遗传改变，这些改变有助于神经精神疾病的发展和发展，从轻度阅读障碍到更严重的疾病，例如精神分裂症。虽然成千上万的单核苷酸多态性（SNP）（SNP）与DNA中的单个核苷酸位置发生了变化 - 与神经系统疾病有关，但大多数位于基因组的非编码区域。尽管这些非编码区未编码蛋白质，但它们包含调节元素，例如增强子序列，在控制基因表达中起着至关重要的作用。增强子可以在长距离内调节基因活性，并且通常特定于细胞类型和发育阶段。尽管其重要性，但增强子的特征仍然很差，并且尚未完全了解其在神经系统发展和疾病中的精确功能。在一项新的研究中，奇巴大学高级学术研究与医学研究院医学研究所Masahito教授以及Karolinska Institutet，Sweden，Sweden和PelinSahlénnewlobleInstutter from fromniwleart Institute froment from Technology的Karolinska Institutet的Huddinge（MedH）的Juha Kere和Peter Swoboda教授以及彼得罗斯卡研究所（Karolinska Institutet）的彼得·斯沃博达（Peter Swoboda）博士。他们还研究了与神经元疾病有关的假定增强子与GWAS识别的基因座之间的关联。他们进行了一系列高级分析，以使用Luhmes细胞来识别和表征参与神经元分化的增强子，Luhmes细胞是源自人类胎儿中脑多巴胺能神经元的细胞系。该研究的主要作者Yoshihara博士很快就会发表在EMBO报告中，他说：“阐明与疾病相关的变体影响基因调节的方式可以揭示以前统一的参与神经元疾病的分子途径，并揭示了用于药物开发的新型治疗靶标。”研究人员使用了luhmes神经元前体细胞，这些细胞可以分化为与人脑衍生神经元具有高转录相似性的功能性神经元。他们采用了基因表达（CAGE）和天然伸长转录本（净）键的CAP分析，以识别和量化基因组宽水水平的启动子和增强子的活性。这些技术与靶向的染色体构象捕获（Capture Hi-C/HICAP）相结合，这是一种将远处增强子与其靶基因联系起来的高级测序方法。该分析确定了47,350个主动推定增强剂，其中65.6％是新颖的，并且证明了与帕金森氏病，精神分裂症，双相情感障碍和主要抑郁症相关的SNP富集。最后，他们在培养细胞中进行了体外测定，以验证启动子增强子相互作用。使用CRISPR-CAS9系统进行基因组编辑，他们激活了与神经元分化和疾病有关的基因的增强子和启动子。与他们的分析一致，增强子的激活导致靶基因的表达水平显着升高。
拟南芥转录因子结合位点与转录起始位点的语法
对TFBS间距配置的比较分析以及相对于体内TSS和体外实验条件的距离。tfs分为Y轴的家庭和类，颜色与PlantTF级超类3相对应。TSS以0 bp为中心，并均匀地定向右侧。每行右侧的数字表示分析中使用的样本数量。浅灰色颜色的行表示相应的TF家族缺乏数据。tfbss以与TSS相同的方向为方向而定，指向右侧的蓝色箭头表示，而相对于TSSS的TFBS朝着相反的方向表示的，用指向左侧的红色箭头表示。plindromic TFBS由紫色钻石表示。颜色的强度反映了平均z得分，固体颜色代表更高的分数和更透明的颜色代表得分较低。
转录移码导致蛋白质过敏
最初发表于：Thouvenot, Benoit；Roitel, Olivier；Tomasina, Julie；等人；Favrot, Claude (2020)。转录移码导致蛋白质过敏性。《临床研究杂志》，130(10):5477-5492。DOI：https://doi.org/10.1172/jci126275
转录Q3 2025 ...
Q3 2025 Karooooo的财务业绩。 Karooooo Ltd (NASDAQ: KARO ) Q3 2025 Earnings Conference Call January 15, 2025 8:00 AM ET Company Participants Zak Calisto – Founder & Group CEO Paul Bieber – VP: Investor Relations and Strategic Finance Carmen Calisto – Group Chief Strategy and Marketing Officer Goy Hoeshin – Group Chief Financial Officer Conference Call Participants Paul Bieber Hello and welcome to Karooooo's Financial Year 2025年第三季度收入电话。 代表Karooooo，我们要感谢您今天加入我们。 我是Karoooo的投资者关系和战略金融副总裁Paul Bieber。 我们今天由创始人兼首席执行官扎克·卡利斯托（Zak Calisto）加入，首席财务官Hoeshin Goy兼首席战略和营销官Carmen Calisto。 在将电话交给卡门之前，我想提醒所有人，我们今天就业务，运营和财务绩效所做的一些陈述可能被认为是前瞻性的。 此类陈述基于当前的期望和假设。 它们受到许多风险和不确定性的约束。 实际结果可能有重大不同。 请参考我们的20-F表格中的安全港声明，包括风险因素以及我们昨天提交的6K。 我们没有义务更新任何前瞻性陈述。 在此通话中，我们将提出IFRS和非IFRS财务指标。 我们昨天向SEC提交的6K中包括了非IFR与IFRS措施的对帐。 这样，我想将电话交给卡门。Q3 2025 Karooooo的财务业绩。Karooooo Ltd (NASDAQ: KARO ) Q3 2025 Earnings Conference Call January 15, 2025 8:00 AM ET Company Participants Zak Calisto – Founder & Group CEO Paul Bieber – VP: Investor Relations and Strategic Finance Carmen Calisto – Group Chief Strategy and Marketing Officer Goy Hoeshin – Group Chief Financial Officer Conference Call Participants Paul Bieber Hello and welcome to Karooooo's Financial Year 2025年第三季度收入电话。代表Karooooo，我们要感谢您今天加入我们。我是Karoooo的投资者关系和战略金融副总裁Paul Bieber。我们今天由创始人兼首席执行官扎克·卡利斯托（Zak Calisto）加入，首席财务官Hoeshin Goy兼首席战略和营销官Carmen Calisto。在将电话交给卡门之前，我想提醒所有人，我们今天就业务，运营和财务绩效所做的一些陈述可能被认为是前瞻性的。此类陈述基于当前的期望和假设。它们受到许多风险和不确定性的约束。实际结果可能有重大不同。请参考我们的20-F表格中的安全港声明，包括风险因素以及我们昨天提交的6K。我们没有义务更新任何前瞻性陈述。在此通话中，我们将提出IFRS和非IFRS财务指标。我们昨天向SEC提交的6K中包括了非IFR与IFRS措施的对帐。这样，我想将电话交给卡门。卡门·卡利斯托（Carmen Calisto）领先的物理运营管理平台，重点是非洲，亚洲和欧洲，在今天的电话中，我们将审查Karooooo的运营单位：Cartrack和Karoooooo Logistics。对于那些新的Karooooo的人来说，Cartrack是我们的运营管理SaaS平台。墨盒大规模运行，并具有非常吸引人的财务状况。Cartrack的运营势头主要驱动了Karooooo的增长和强劲的财务业绩。迄今为止2025财年，墨盒订阅收入约为ZAR 30亿，同比增长15％或以美元计算同比增长20％。墨盒的一年营业利润率为30％。
Microsoft Word- Zebrafish心脏再生期间的胚胎心脏神经Crest转录子电路的重新激活。docx
在脊椎动物发育过程中，心脏主要来自中胚层，其心脏神经rest细胞的至关重要的贡献迁移到心脏并形成各种心血管衍生物。在此，通过将大量和单细胞RNA-seq与ATAC-Seq整合在一起，我们确定了由关键转录因子EGR1，SOX9A，TFAP2A和ETS1组成的迁移性心脏rest细胞的基因调节亚电路。值得注意的是，我们表明表达经典神经Crest基因SOX10的细胞对于成年斑马鱼的适当心脏再生至关重要。此外，在伤口边缘受伤后重新激活了迁移心脏rest基因亚电路的所有转录因子的表达。一起，我们的结果揭示了一个发展对于心脏神经克雷斯特命运确定至关重要的发育基因调节网络，在再生过程中重新激活了关键因素。
核仁应力诱导化合物会影响RNA聚合酶I转录机械的rDNA占用率
图1。Oxaliptin和BMH-21诱导含有UBF和POL I（RPA194）的核仁帽的早期形成。用顺铂（Cispt，10 µM），Oxaliptin（Oxpt，10 µM）或BMH-21（1 µM）处理90 m和3 h处理后的代表性U2OS细胞图像。细胞对（a）UBF（绿色）或（b）RPA194（红色）和DNA（DAPI，蓝色）免疫染色。白色箭头指示核仁帽。比例尺= 5 µm。