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靶向转录因子的小分子方法
转录因子活性失调是各种癌症类型的决定性特征。因此，长期以来，针对致癌转录依赖性一直被视为一种潜在的治疗方法。然而，由于转录因子的结构高度无序且缺乏明确的结合位点，它们历来被视为不可治疗的靶点。尽管如此，近年来人们对其药理抑制和破坏的兴趣并未减少。在这里，我们讨论了针对各种转录因子的新型小分子方法。具有不同作用机制的配体，例如抑制剂、分子胶降解剂和靶向蛋白水解的嵌合体，最近在临床前和临床上都取得了成功。我们回顾了这些策略如何克服针对转录因子所带来的挑战。
中央转录调节器控制光合生长和碳存储，以响应高光
碳捕获和生化存储是光合产量和生产力的主要驱动因素。为了阐明控制碳分配的机制，我们使用微藻作为简化的植物模型设计了一种光合光响应测试系统，用于遗传和代谢碳同化跟踪。在相同的picochlorum celeri物种的两个变体中，TG1和TG2阐明了代谢瓶颈部的两个变体之间的高光响应性光生理学和碳利用动力学的系统生物学映射，并使用机构13 C-Elfooxomics进行了中间体的传输速率。同时全局基因表达动力学显示，有73％的注释基因在一小时内响应，阐明了与植物中CCA1/LHY时钟基因密切相关的单数，二元响应的转录因子，TG2中表达有显着变化。表达TG2 CCA1/LHY基因的转基因P. celeri TG1细胞显示出15％的生长速率和25％的储存碳水化合物含量增加，从而支持单个转录因子的协调调节功能。
转录后模块化合成受体
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（本版本发布于2024年5月5日。; https：//doi.org/10.1101/2024.05.05.03.592453 doi：biorxiv preprint
新服务：人工智能转录
AI 驱动的转录技术正在彻底改变转录方式。它使用强大的 AI 语音识别，并在后台进行人工编辑，提供与最佳人类速记员相当的结果。该服务全天候可用，完全符合 AAA-ICDR 规则，因此您可以信赖它来处理最重要的会议。AI 驱动的转录目前仅与远程活动兼容。
DNA G-四链体是一种转录控制设备，可调节存储器
取决于基因表达的协调变化，特别是在内侧前额叶皮层的垂直区域（ILPFC； Martin等，2000； Bruel-Jungerman等，2007； Alberini，2009）。近年来，我们和其他人表明，此过程涉及转录机械和表观基因组机制之间的严格控制相互作用（Campbell和Wood，2019年）。DNA在细胞中比RNA，蛋白质或脂质更为持久，因此其调节的机制是理解行为适应的关键（Marshall和Bredy，2016年）。尽管长期以来与神经元的可塑性和记忆长期以来一直与DNA和组蛋白的修饰有关（Vanyushin，2006; Bredy等，2007; Vecsey等，2007; Wei等，2012;Grä虫，2014; li et al。这是因为DNA结构和功能之间的关系主要归因于右手双螺旋，
CRISPR 转录激活因子的特殊调节......
摘要 细胞转录本编码有关细胞身份和疾病状态的重要信息。响应 RNA 生物标志物激活 CRISPR 有可能以时空精度控制 CRISPR 活性。这将能够将 CRISPR 活性限制在表达目标 RNA 生物标志物的特定细胞类型，同时防止其他细胞中出现不必要的活性。在这里，我们提出了一个简单而具体的平台，用于通过工程化脓性链球菌 Cas9 单向导 RNA (sgRNA) 来调节响应 RNA 检测的 CRISPR 活性。sgRNA 被设计成折叠成复杂的二级结构，在基态下抑制其活性。工程化的 sgRNA 在识别互补 RNA 后被激活，从而使 Cas9 能够发挥其功能。我们的方法使 CRISPR 能够在 HEK293T 细胞和斑马鱼胚胎中响应 RNA 检测而激活。迭代 21 设计优化允许开发用于生成能够检测所选 RNA 序列的 sgRNA 22 的计算工具。机制研究表明，工程 23 sgRNA 在 RNA 检测过程中被切割，并且我们确定了受益于 24 化学修饰的关键位置，以提高工程 sgRNA 在体内的稳定性。我们的传感器为使用 CRISPR 26 激活来响应内源性 RNA 生物标志物开发新的研究和治疗应用开辟了新的机会。 27
推定的循环因子Znf143/ZFP143是必不可少的转录调节器，没有循环函数
远端基因座之间的相互作用，包括涉及增强子和启动子的相互作用，是哺乳动物基因调节的核心机制，但这些相互作用的蛋白质调节剂仍未确定。锌指转录因子Znf143/ZFP143被强烈牵涉到染色质相互作用的调节剂，在有或没有CTCF的情况下起作用。然而，Znf143/ZFP143在此过程中的作用及其功能，无论有或没有CTCF，都尚不清楚。在这里，我们使用双用途Degron/Imaging标签标记了CTCF和ZNF143/ZFP143，以组合其循环功能和彼此的效果。我们发现ZNF143/ZFP143在小鼠和人类细胞中没有一般循环功能，并且它在很大程度上独立于CTCF起作用。相反，ZNF143/ZFP143是具有极为稳定的染色质停留时间（> 20分钟）的必不可少且高度保守的转录因子，可调节线粒体和核糖体基因的重要子集。
转录因子凝结物的工程材料特性控制哺乳动物细胞和小鼠中的基因表达
和进一步经历了同性恋，导致多价相互作用和LLP的诱导。VP16被募集到CMV最小启动子提供的转录起始位点，并诱导报告基因表达。（b）调整转化因子冷凝物的材料特性。要修改凝结物材料特性，采用了两种策略：首先，通过将CRY2换成Cry2 Olig，从而增加了相互作用的价值，而Cry2 Olig构成了高阶寡聚物；其次，通过共转染编码融合到麦克里（可视化）和fus n和nLS的cry2 olig的结构来提高价值和浓度。与CRY2-EYFP-FUS N -VP16或CREY2 OLIG -EYFP-FUS N -VP16构建体（黄色和绿色数据点）共转染了编码CIBN-TER和基于TETO 4的SEAP报告基因。可选地，添加了编码Cry2 Olig -MCH -MCH -FUS n -nls的构造（以2：1的质粒量比为2：1相对于含VP16的构建体，红色和黑色数据点）。在进行FRAP分析之前，将细胞在黑暗中培养32小时。蓝光照明10分钟后（2.5 µmol m -²S-1）开始。 图像在液滴漂白之前直接显示出反应性核。比例尺= 5 µm。 图显示了根据n≥7凝结物回收曲线的非线性拟合计算出的移动部分的平均值和单个值（请参见右图）。 使用学生的t.test（*=p≤0.05; **** =p≤0.0001）进行成对比较。。图像在液滴漂白之前直接显示出反应性核。比例尺= 5 µm。图显示了根据n≥7凝结物回收曲线的非线性拟合计算出的移动部分的平均值和单个值（请参见右图）。使用学生的t.test（*=p≤0.05; **** =p≤0.0001）进行成对比较。
SARS-COV-2受体ACE2 ...
抽象血管紧张素转化酶2（ACE2）是严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-COV-2）的主要细胞进入受体。ACE2表达的诱导可以作为SARS-COV-2促进其传播的策略。然而，病毒感染后ACE2表达的调节机制在很大程度上尚不清楚。使用45个不同的荧光素酶报告器，在人肺上皮细胞的转录水平（HPAEPICS）的转录水平上，发现了转录因子SP1和HNF4α分别对ACE2的积极和负调节。SARS-COV-2感染增加了SP1的转录活性，同时抑制HNF4α的转录活性。由SARS-COV-2感染激活的PI3K/AKT信号通路是至关重要的调节节点，通过增强SP1磷酸化（其活性的标志）诱导ACE2表达，并减少了HNF4α的核定位。然而，秋水仙碱处理抑制了PI3K/AKT信号通路，从而抑制了ACE2表达。在感染SARS-COV-2的叙利亚仓鼠（中型Auratus）中，密霉素A或秋水仙碱对SP1的抑制导致病毒复制和组织损伤减少。总而言之，我们的研究发现了SP1在调节ACE2表达中的新功能，并将SP1鉴定为减少SARS-COV-2感染的潜在靶标。