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一个多功能的托管病毒衍生的纳米颗粒，其靶向癌细胞并内化为
随着合成生物学的努力变得更加雄心勃勃，活细胞中预定义功能的工程需要越来越准确的工具。此外，遗传构建体的表型性能的表征需要细致的测量和广泛的数据获取，以实现进食数学模型和沿设计构建测试生命周期的匹配预测。在这里，我们开发了一种遗传工具，可以简化高通量转座子插入测序（TNSEQ）：携带HIMAR1 Mariner Transposase System的PBLAM1-X质粒载体。这些质粒源自Mini-TN5转座子矢量PBAMD1-2，并按照标准欧洲矢量体系结构（SEVA）格式的模块化标准构建。为了展示它们的功能，我们分析了60个土壤假单胞菌putida kt2440克隆的测序结果。新的PBLAM1-X工具已经包含在最新的SEVA数据库版本中，在这里我们使用实验室自动化工作流程描述其性能。
用于高通量筛选的标准化转座子工具
随着合成生物学研究的规模越来越大，在活细胞中设计预定义功能需要越来越精确的工具。此外，遗传构建体表型性能的表征需要细致的测量和广泛的数据采集，以便在设计-构建-测试生命周期中为数学模型提供信息并匹配预测。在这里，我们开发了一种简化高通量转座子插入测序 (TnSeq) 的遗传工具：携带 Himar1 Mariner 转座酶系统的 pBLAM1-x 质粒载体。这些质粒源自 mini-Tn5 转座子载体 pBAMD1- 2，并按照标准欧洲载体结构 (SEVA) 格式的模块化标准构建。为了展示它们的功能，我们分析了 60 个土壤细菌 Pseudomonas putida KT2440 克隆的测序结果。新的 pBLAM1-x 工具已经包含在最新的 SEVA 数据库版本中，我们在这里使用实验室自动化工作流程描述了它的性能。
1个转座子以呈现相位的结果...
圣地亚哥，加利福尼亚州，2024年12月3日 - 一家生物技术公司Transposon Therapeutics开发了一个新颖的口服，口服治疗的平台，用于治疗神经退行性疾病和与衰老有关的疾病，包括阿尔茨海默氏病，包括阿尔茨海默氏病，包括其TPN-101 In amys and and and and the and and tpn and and and the and and and the and and and and and and scrip的结果（与六核苷酸重复膨胀有关的额颞痴呆（FTD）（C9ORF72基因（C9ORF72相关的ALS/FTD））将在第35届ALS/MND国际研讨会上介绍。研讨会将于2024年12月6日至8日在加拿大蒙特利尔举行。
1个转座子宣布了第2阶段的最终结果...
SAN DIEGO, California, July 24, 2024 – Transposon Therapeutics, a biotechnology company developing a platform of novel, orally administered therapies for the treatment of neurodegenerative and aging-related diseases, including Alzheimer's disease, today announced final results from its Phase 2 study of TPN-101 in patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and/or与C9ORF72基因（C9ORF72相关的ALS/FTD）中六核苷酸重复扩张有关的额颞痴呆（FTD）。这项研究的最终结果证实了TPN-101的出色安全性，并显示出对这些疾病患者的疾病调整作用的临床迹象，这些疾病与先前报道的进行性上核瘫痪（PSP）患者的安全性和治疗活性保持一致。这些发现与TPN-101通过阻止Line-1的活性来减少神经炎症和神经退行性，这是一种人类特异性的逆转转座子，在许多神经退行性疾病和衰老中不再充分抑制。
基因组网络动态重新布线的自发，条形码转座系统
在细菌中，天然转座子动员可以驱动自适应基因组重排。在这里，我们以这种能力为基础，并开发了一个可诱导的，自传播的转座子平台，用于整个基因组诱变和细菌中基因网络的动态重新布线。我们首先使用该平台研究转座子功能对平行大肠杆菌种群进化对各种碳源利用和抗生素耐药性表型的影响。然后，我们开发了一个模块化，组合装配管道，用于用合成或内源基因调节元素（例如，诱导型启动子）以及DNA条形码的转座子功能化。我们可以在交替的碳源上进行平行的发展，并证明了诱导性，多基因表型的出现，并且可以持续地跟踪条形码的转座子的易于性，以识别基因网络的致病性重新旋转。这项工作建立了一个合成的转座子平台，可用于优化工业和治疗应用的菌株，例如，通过重新布置基因网络来改善各种原料的增长，并有助于解决有关已雕刻出了极端基因网络的动态过程的基本问题。
释放低CpG通行子转座子的潜在用于上级CAR-T细胞疗法
嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法改变了恶性肿瘤免疫疗法的景观，从根本上改变了传统的癌症治疗策略。然而，对T细胞转染的病毒载体的依赖构成了局限性，从而阻碍了这种有希望的治疗方法的更广泛应用。使用非病毒载体用于CAR-T细胞制备，在下一代疗法中已成为一种更通用和可持续的替代方法。转座元素（TES）是1940年代芭芭拉·麦克林托克（Barbara McClintock）在玉米中首先发现的（1）（1）的移动DNA序列，这些序列是由由反向末端重复序列（ITRS）和转座酶组成的基因片段组成的。该酶有助于转座子从其原始DNA位点切除，并将其整合到新的基因组位置。可以将其分为逆转座子，并切成两个主要类别的转座机制（2）。剪切的转座子需要对两种ITR的转座酶识别，以从其源中切除DNA转座子并将其整合到其他地方（3）。这种固有的插入DNA的能力使剪切的转座可以用于基因组操纵的强大工具（4-7）。
广泛的IS200/IS605转座子家族编码多样的可编程RNA引导的核酶
ISCB蛋白是在IS200/IS605转座子的不同家族中编码的推定核酸酶，可能是RNA引导的核酸内切酶Cas9的祖先，但是ISCB的功能及其与任何RNA的相互作用仍然没有特征。使用进化分析，RNA测序和生化实验，我们从IS200/IS605转座子中重建了CRISPR-CAS9系统的演变。我们发现ISCB使用单个非编码RNA进行双链DNA的RNA引导的切割，并且可以利用人类细胞中的基因组编辑。我们还展示了TNPB的RNA引导的核酸酶活性，另一种IS200/IS605转座子编码的蛋白质以及Cas12核酸内切核酸酶的祖先。这项工作揭示了一类广泛的转座子编码的RNA引导的核酸酶，我们将其命名为Omega（强制性移动元件 - 引导活动），具有强大的生物技术发展潜力。t
无脊椎动物免疫，自然移植免疫，体细胞和生殖细胞寄生虫以及转座子防御
摘要：虽然脊椎动物免疫系统由先天和适应性分支组成，但无脊椎动物只有先天的免疫力。此功能使它们成为研究先天免疫的细胞和分子机制的理想模型系统，而没有适应性免疫的互惠干扰。尽管无脊椎动物的免疫在进化上是较老的，并且是脊椎动物免疫的先兆，但它远非简单。尽管缺乏淋巴细胞和功能性免疫球蛋白，但无脊椎动物免疫系统具有许多复杂的机制和特征，例如长期免疫记忆，几十年来，它仅归因于适应性免疫。在这篇综述中，我们描述了无脊椎动物免疫的细胞和分子方面，包括先天记忆的表观遗传基础，免疫的跨代遗传，针对入侵转座子的遗传免疫，自我识别机制，自然识别机制，自然移植以及生物/躯体细胞/躯体细胞寄生虫。
基因组用纳米孔测序精确地确定脊椎动物中的全球和盆地DNA甲基化
基因组浏览定义为低通序的覆盖范围低于0.05倍，通常用于线粒体基因组恢复和物种鉴定。长阅读的纳米孔测序仪可以同时阅读DNA序列和甲基化，并且可以多重样品进行低成本基因组练习。在这里，我将纳米孔测序作为全球DNA甲基化和转座子评估的高度精确平台。仅覆盖0.001×或30 MB的读数，精度为1％。生物学和技术复制可验证高精度。浏览40种脊椎动物物种揭示了与全基因组亚硫酸盐测序一致的全球甲基化模式，平均地图率> 97％。基因组大小与全局DNA甲基化直接相关，解释了其39％的方差。只能以0.0001倍的覆盖范围或3 MB的读数来获得小鼠和灵长类动物中的精确正弦和线转座子甲基化。样品多路复用，现场可移植性和该仪器的低价合并，使基因组掠过DNA甲基化成为一种可访问的方法，用于从生态学到流行病学和低资源组的表观遗传评估。