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克隆复合物398甲氧西林 - 耐药葡萄球菌...
meCA -MRSA通过PCR靶向SA-442物种特异性片段和MECA基因（6，7）。我们使用PCR（8，9），与LUKF/ LUKS-PV基因的隶属关系和存在。我们通过使用磁盘扩散方法对抗生素抗性进行了表型检测，并根据欧洲抗菌敏感性测试版本14.0（10）提供的指南来解释结果。我们使用核素体微生物DNA隔离试剂盒提取DNA（Machery-Nagel，https://www.mn-net.com）。图书馆的准备和全基因组排序被外包给Eurofins（德国体育馆），其中使用了Illumina Novaseq6000技术（https：// www.illumina.com）。读取质量质量并通过使用Shovill v1.0.4（https://github.com/tseemann/shovill）来从头组装，我们通过使用quard v5.0.2（https://quast.sourceforge.net）评估了组装质量。We performed typing by using MLSTFinder v2.0.9 and spaTyper (Genomic Epidemiology Cen- ter, http://www.genomicepidemiology.org) and identified resistance and virulence genes by using ResFinder 4.1 and VirulenceFinder v2.0.3 (Genomic Epidemiology Center) (identity >95%) and confirmed resistance genes通过使用卡3.2.9。（https：//card。mcmaster.ca）。我们通过使用bakta 1.9.1（https：//bakta.computational.bio）来表征转座TN 554的遗传环境。要比较主体，我们使用了国家生物技术信息中心（NCBI）BLASTN工具（https：// bast。ncbi.nlm.nih.gov）。，我们通过使用Roary以前出版的繁殖（6）（Roary v3.13.0，Gubbins v2.4.1和SNP-Dist v0.7.0; https：/https：//github.com）在所有CC398 PVL-Posistive rypseques tripseq：
通过耦合Cre-lox和CRISPR的细菌基因组编辑...
过去十年是微生物学的黄金时代，其标志是发现新型细菌数量的前所未有的增加。却获得对这些生物的生物学知识并没有跟上测序努力的步伐。要解锁这种遗传潜力，迫切需要通用（即特定于非物种的）基因工具盒。最近，我们开发了一种方法，称为底盘独立的重组酶 - 介绍的基因组工程（CARGAGE），从而使大型复杂基因簇的整合和表达直接直接进入多种细菌的染色体中。在这里，我们通过合并CRISPR-CAS9来扩展这项技术，从而允许多种细菌物种进行精确的基因组编辑。为此，我们开发了一个载有一个野生型和两个突变的LOX位点的着陆板，以通过旋转重组酶介导的盒式盒式磁带（RMCE）在两个位置整合外源DNA。第一个RMCE事件是整合Cas9和DNA修复蛋白基因的恢复，第二个RMCE事件使定制的SGRNA和修复模板可以集成。在此工作流程之后，我们在四个不同的γ-细菌特征中获得了精确的基因组编辑。我们还表明，插入的着陆垫和整个编辑机器可以在编辑后无稀有地删除。我们在这里报告了单个降落垫转座子的构建，并证明了其在多种物种之间的功能。降落垫和附件向量的模块化设计允许以类似方式设计和组装其他生物体的基因组编辑平台。我们认为，这种方法将大大扩展可容纳遗传操作的细菌清单，并提供了提高我们对微生物世界的理解的手段。
通过基因打靶和随后的单链退火介导的标记基因切除，在植物中对 miRNA 靶位进行精确的基因组编辑
基因打靶 (GT) 能够使用供体 DNA 作为模板进行精确的基因组修饰（例如，引入碱基替换）。结合用于选择 GT 细胞的选择标记的干净切除，GT 有望成为一种标准的、普遍适用的碱基编辑系统。之前，我们展示了通过 piggyBac 转座子从水稻中 GT 修饰的位点进行标记切除。然而，piggyBac 介导的标记切除的局限性在于它只能识别 TTAA 序列。最近，我们提出了一种新颖的通用精确基因组编辑系统，该系统由 GT 和随后的单链退火 (SSA) 介导的标记切除组成，原则上不受靶序列的限制。在本研究中，我们将碱基替换引入了 OsCly1 基因的 microRNA miR172 靶位点，OsCly1 基因是参与闭花授粉开花的大麦 Cleistogamy1 基因的直系同源物。为确保有效的 SSA，GT 载体在选择标记的两端都含有 1.2 kb 的重叠序列。使用带有重叠序列的载体进行正负选择介导的 GT 的频率与使用不带重叠序列的 piggyBac 介导的标记切除载体的频率相当，在 T 0 代中，SSA 介导的标记切除频率计算为 ∼ 40%。这个频率被认为足以产生无标记细胞，尽管它低于使用 piggyBac 介导的标记切除的频率（接近 100%）。到目前为止，使用碱基编辑器和基于 CRISPR/Cas9 的 prime 编辑系统在目标基因的不连续多个碱基中引入精确替换已经相当困难。在这里，利用 GT 和我们的 SSA 介导的标记切除系统，我们成功地在 OsCly1 基因的 miR172 靶位点上不仅实现了单个碱基的精确替换，而且还实现了人工不连续的多个碱基的精确替换。
论文内容的摘要
[纸质评论摘要] 1。文章内容本文通过使用TOL2 transposon将导向RNA（GRNA）敲入基因组来建立了一种方便地创建条件敲除小鼠的方法。 2.纸质评论1）为研究目的而开创性和独创性，使用特定周期和组织特异性的条件敲除小鼠至关重要，以分析单个水平的基因功能。但是，传统的CRE/LOXP方法需要多种小鼠菌株的交配，这需要时间和精力。在此背景下，申请人结合了三个现有系统：转座系统，CRE/LOXP系统和CRISPR/CAS9系统，以建立一个系统，允许在短时间内更加方便地创建有条件的淘汰小鼠。这种观点值得认可。 2）社会意义从这项研究中获得的主要结果如下。 1。cag-creer小鼠和rosa-lsl-cas9敲入小鼠被体外受精，质粒和TOL2转座子mRNA，其在TOL2识别序列中夹在小鼠酪氨酸酶的GRNA之间的序列，将Tyr GRNA插入了Born Born Rece的6.3％-13.6％中。 2。当他对出生的小鼠施用他莫昔芬时，在某些情况下观察到头发颜色的变化有限。 3。在三只小鼠（TG1、2、3）中观察到缺失和插入3.1％，6.8％和7.5％的酪氨酸酶基因。 4。当F0雄性小鼠交配时，11.1％的F1小鼠显示GRNA盒传播。如上所述，申请人已经建立了一个系统，该系统允许在短时间内更方便，更简单地创建有条件的敲除小鼠。可以说这是一项有用的研究发现，可以加速个人水平的基因的功能分析。 3）在这项研究中，使用T7分析和深层测序分析了GRNA的基因组裂解，并使用PCR或Southern印迹分析了下一代小鼠中GRNA盒的传播。这种方法是在足够的分子生物学实验技术的支持下进行的，这表明申请人的知识和技术技能在研究方法上足够高，同时可以看出，这项研究是在非常谨慎的准备中进行的。
通过克隆和质粒介导的Blaoxa-48基因在法国南部的胸腔和质粒介导的传播中，在胸腔肿瘤单元中爆发了甲状腺苯甲酸的肠杆菌
碳青霉烯是广谱抗生素，在治疗由革兰氏阴性细菌引起的严重感染中起主要作用。碳青霉烯型肠杆菌科的全球传播正在成为一个公共卫生问题（Jamal等，2020）。肠杆菌科中碳青霉烯耐药性的升高主要是由于获得了碳青霉烯 - 氢化酶（Carbapenemases）（Tilahun等，2021）。编码碳青霉酶的基因可以掺入细菌染色体中，但主要位于移动元素上，例如在细菌菌株和物种之间可转移的质粒或转座子（San Millan，2018年）。因此，临床暴发通常很复杂，涉及克隆，质粒或转座子的基因传播的各种因素（Brehony等，2019）。碳青霉素型OXA-48首次出现在2000年代中期，此后在许多欧洲国家和世界各地都发现了（Hidalgo等，2019）。在法国，它是产生甲状腺素酶的肠杆菌科（CPE）中最常见的酶（Emeraud等，2020）。BLA OXA-48基因被认为源自环境Shewanella菌株的染色体（Tacão等，2018）。它在物种之间的快速传播是由于其在转座子中筑巢（TN 1999），该转座主要由含有/M型质粒携带（Shankar等，2020）。控制医院病房中的暴发是必要的，以限制多药耐药细菌的传播。CPE对患者的定殖可以干扰适当的护理。fmt是CPE定殖也可能影响癌症患者化学疗法的开始，因为它与接受诱导化疗的患者的存活率较低有关（Ballo等，2019）。因此，已经实施了一种恢复健康的肠道菌群并消除CPE储层（例如粪便菌群移植（FMT））的策略。
Burkholderia的差异遗传策略
摘要Burkholderia越南语LMG10929和Paraburkholderia Kururiensis M130是细菌大米生长促进模型。除了这种常见的生态莱基外，伯克霍尔德属的物种也被发现为机会性人类病原体，而帕拉伯克霍顿物种大多是环境和植物构成的。在这项研究中，我们比较了越南芽孢杆菌和库里氏芽孢杆菌使用的遗传策略，以定居其共同宿主的两个亚种Oryza sativa subsp。japonica（cv。nipponbare）和O. sativa subsp。indica（cv。ir64）。我们使用了转座子插入突变库文库（TN-SEQ）的高吞吐量筛选来推断哪些遗传元件在接种后7天后在根表面定植期间具有最高的效果。总的来说，我们在越南芽孢杆菌中检测到的基因比库里林斯假发疟原虫的基因多两倍，其中包括促进植物防御能力的基因，这表明越南芽孢杆菌的不良反应比越南b。越南人比对kuriensisp。kuriensis的不利反应。对于这两种菌株，与japon-ica相比，在定植Indica水稻时，细菌耐性取决于较高的基因。宿主对细菌适应压力的这些分歧可能部分与品种氮同化的差异有关。我们检测到了两种细菌菌株中的根定植的功能，例如entner-doudoroff（ed）糖酵解。在特定方面的频率较低，较多的菌株中，我们检测到限制了根定植的功能，例如越南芽孢杆菌中的生物膜产生和库鲁里氏菌中的法定感应。通过TN-SEQ程序鉴定的基因参与是有助于根定植的，即ED途径，C-DI-GMP循环和钴胺素合成，通过定向的诱变和野生型（WT）菌株的竞争来验证。
鲍曼不动杆菌 ST374 的基因组见解揭示了广泛且不断增加的耐药组和病毒组
基于 WGS 的监测大大提高了追踪临床相关病原体多药耐药克隆的全球传播和出现的能力。在本研究中，我们对属于序列类型 ST374 的鲍曼不动杆菌 (菌株 Ac56) 进行了基因组表征和比较分析，该菌株于 1996 年首次在巴西分离。Ac56 的基因组分析预测了总共 5373 个基因，其中 3012 个基因在来自欧洲、亚洲、北美和南美国家的 ST374 鲍曼不动杆菌分离株的九个基因组中是相同的。GoeBURST 分析将 ST374 谱系分为克隆复合体 CC3（国际克隆 IC-III）。ST374 克隆的抗性基因组分析预测了与重金属和临床相关的 β-内酰胺类和氨基糖苷类抗生素耐药性相关的基因。在这方面，在两种密切相关的鲍曼不动杆菌菌株中，内在的 bla ADC 基因与插入序列 IS Aba1 相关；包括 Ac56 菌株，该基因可能与对美罗培南的中等敏感性相关。其他四种耐卡巴培南的鲍曼不动杆菌菌株携带 IS Aba1/bla OXA-23 基因阵列，该基因阵列与转座子 Tn 2008 或 AbaR4 型耐药岛中的 Tn 2006 相关。虽然 ST374 的鲍曼不动杆菌菌株大多数毒力基因是相同的，但来自泰国的三种分离株含有 KL49 荚膜基因座，该基因座先前在高毒力鲍曼不动杆菌 LAC-4 菌株中发现。对三十四种预测质粒的分析显示八个主要组，其中 GR-6（LN − 1）和 GR-2（LN − 2）占主导地位。所有菌株（包括最早的分离株 Ac56）都含有至少一个完整的原噬菌体，但未检测到任何 CRISPR 相关 (cas) 基因。总之，A. baumannii ST374 的基因组数据显示该谱系有潜力成为成功的克隆。
使用基因破坏陷阱方法的正向遗传筛选确定了斑马鱼心脏功能中与Grin2Bb相关的RNA转录本（GRIN2BBART）的新作用
基于LNCRNA的控制会影响心肌梗塞，冠状动脉疾病，肥大和肌肌肌肉营养不良等心脏病生理学。本研究使用基因破裂的转座子（GBT）来筛选斑马鱼（Danio rerio）进行插入诱变。我们确定了三个插入突变体，其中GBT捕获了心脏基因。成年活的GBT突变体之一患有心动过心（心律不齐）和心脏室肿大或肥大。我们将其命名为“ Bigheart。” Bigheart突变插入图中的Grin2Bb或N-甲基D-天冬氨酸受体（NMDAR2B）基因内含子2的反向取向。相邻cDNA末端分析的快速扩增表明，在grin2bb的内含子2中有一个新的插入位点转录本。对野生型斑马鱼心脏室的RNA测序的分析显示，在插入部位显示了可能的新转录本。由于此推定的lncRNA转录本满足了规范的特征，因此我们称此转录本GRIN2BB相关的RNA转录本（grin2bbart）。使用原位杂交，我们确定了心脏，中枢神经系统中的局部grin2bbart表达，以及发育中的胚胎和野生型成人斑马曲线中心和大动脉中的肌肉。Bigheart突变体降低了grin2bbart的表达。我们表明，Bigheart基因陷阱插入切除切除了心律不齐和心房肥大，并恢复了Grin2Bbart的表达。吗啡介导的grin2bbart的反义下调模仿Bigheart突变体的野生型斑马鱼胚胎胚胎；这表明Grin2Bbart与Bigheart相关。Western印迹分析突出显示心血管组织使用grin2bb作为钙渗透离子通道。对Bigheart突变体进行的钙成像实验表明心脏中的钙不当。Bigheart心脏转录组显示钙稳态，心脏重塑和收缩基因的差异表达。
硕士论文推进 CAR-T 细胞免疫疗法 Magnani 实验室苏黎世大学医院和大学肿瘤医学和血液学系
硕士论文 推进 CAR T 细胞免疫疗法 Magnani 实验室 苏黎世大学医院和苏黎世大学肿瘤医学和血液学系 目标：我们旨在通过非病毒工程改造下一代嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞来推进癌症免疫疗法。 在过去十年中，利用免疫系统彻底改变了治疗血液肿瘤和实体肿瘤的治疗选择。具体而言，嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞采用人工受体改造，该受体可以识别肿瘤细胞表达的抗原，从而无需 MHC 限制性识别。CAR 分子是在实验室中设计的，通过将单克隆抗体衍生的胞外结构域与提供共刺激分子的胞内结构域融合。该技术在侵袭性肿瘤患者中显示出与 CAR T 细胞扩增和多年持久性相关的显著临床效果，导致过去 6 年中有 6 种产品获得批准。尽管血液系统恶性肿瘤的治疗反应率很高，但肿瘤负担高且曾接受过多种治疗的患者通常不会产生反应。在某些情况下，由于 CAR T 细胞无法提供免疫监视或出现抗原阴性复发，因此所获得的反应不会持续很长时间。因此，将具有不同功能的 CAR 武器结合起来变得越来越紧迫，即多靶向 CAR 分子、提高 CAR T 细胞效力和降低对肿瘤微环境的脆弱性的策略以及安全开关。为了避免使用病毒载体（这需要复杂的基础设施和 CAR T 细胞生产链中的训练有素的人员），我们还在研究非病毒工程。特别是，睡美人转座子可以实现稳定的基因表达和增加 DNA 货物插入，从而可以设计更复杂的转基因盒。我们的目标是设计具有更高效力的下一代 CAR T 细胞，能够应对免疫抑制微环境并防止复发。
LMU-CSC奖学金候选人的开放位置
项目描述：人类微生物组从根本上与人类健康和疾病有关。一个方面是，病原体可以隐藏在健康人的微生物中，如果他们得到改变，可能会引起疾病。在这方面的一个主要例子是金黄色葡萄球菌。侵略性病原体在1/3人口的前鼻孔中定居，每年造成与感染相关的死亡> 1.000.000> 1.000.000。金黄色葡萄球菌形成的位移人类微生物组是防止感染的有前途的策略。我们对使金黄色葡萄球菌殖民某些人的个人的原因缺乏核心理解，但已知微生物组的组成很重要。在我们的实验室中，我们拥有代表健康和金黄色葡萄球菌感染的微生物组的广泛应变收集。我们评估无害微生物组成员与鉴定预防病原体定植的益生菌共生的病原体之间相互作用的分子机制。在这个项目中，我们将使用数百种鼻分离株，并使用自动化系统研究它们对病原体生长和生理的影响。将使用转座子突变库以及转录组和代谢组学方法来鉴定与金黄色葡萄球菌促进协作/竞争的遗传特征，然后研究分子和生化水平。最后，使用具有人源化微生物组的无菌动物模型在体内将在体内测试菌株的能力。鼻气质通过限制铁载体的可用性来减少金黄色葡萄球菌的增殖。（2021）。参考文献：1）Zhao，Y.，Bitzer，A.，Power，J.J.，Belikova，D.，Salazar，B.O。T.，Adolf，L。A.，Gerlach，D.L.，Krismer，B。，＆Heilbronner，S。（2024）。isme J. https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae123 2）Heilbronner，S.，Krismer，B.，Brotz-Oesterhelt，H。，H。，＆Peschel，＆Peschel，A。细菌素的微生物组作用。nat rev microbiol。https://doi.org/10.1038/s41579-021-00569-W 3）Adolf，L。A.和Heilbronner，S。（2022）。 细菌物种之间的营养相互作用定植人类鼻腔：当前的知识和未来前景。 代谢物，12（6）。 https://doi.org/10.3390/metabo12060489https://doi.org/10.1038/s41579-021-00569-W 3）Adolf，L。A.和Heilbronner，S。（2022）。细菌物种之间的营养相互作用定植人类鼻腔：当前的知识和未来前景。代谢物，12（6）。https://doi.org/10.3390/metabo12060489