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World File Search SystemTrizol
用Trizol 1提取DNA。每250 ml ...
6。DNA沉淀：去除整个水相，并为每个最初使用的Trizol添加300 ul的纯乙醇，并通过反转混合。将样品保持在15至30°C之间2-3分钟。和Sedimento DNA通过离心在冷藏离心机中的离心不超过2,000 g；
Eurofins基因组学样本提交指南
可用于分离DNA（例如Qiagen dneasy套件）。研究人员应选择满足其特定需求的协议。有机提取方法（例如苯酚或Trizol）不应用于纯化总DNA，因为它们可以抑制文库制备过程中使用的酶，因此增加了文库制备失败的风险。如果使用基于苯酚或Trizol的方法是不可避免的（例如，要获得高分子DNA），应保证这些化合物的总去除（这意味着需要在提取后需要额外的清理步骤）。•为了获得最佳结果，请使用已快速冷冻的新鲜样品或样品
TDRD3-NULL小鼠显示与神经发生和突触可塑性相关的转录后和行为障碍
在37°C，200 rpm时10分钟。RNA，并在冰上被5 µL冰冷1 N NaOH碎片碎片10分钟。用25 µl 1 M Tris-HCl（pH 6.8）中和后，将RNA再次用异丙醇沉淀。Biotin RNA被预洗的dynabeads™M-280链霉亲和蛋白珠（Invitrogen，＃11206D）富含，被高盐缓冲液，分别降水缓冲液，低盐缓冲液洗涤，然后用Trizol和Zymo rna Clean＆Compentor（Zymoresearch（Zymoresearch）（Zymoresearch）在珠子上提取。用20°C的100 µM VRA3 RNA适配器与1 µL的100 µM VRA 3 RNA连接过夜。然后将生物素RNA富集并再次提取。RNA通过RPPH（NEB，＃M0356）在5'端修饰，并通过T4 PNK（NEB，＃M0201L）进行了羟基修复。被Zymo RNA清洁和浓缩器提取后
Monarch Spin RNA 分离试剂盒（微型）T2110 手册
Monarch Spin RNA 分离试剂盒（微型）是一种全面的解决方案，可用于从各种生物样本（包括培养细胞、哺乳动物组织、微生物、植物、昆虫和血液）中保存样品、裂解细胞、去除 gDNA 和纯化总 RNA。使用此试剂盒还可以清理酶反应并纯化 TRIzol ® 提取样品中的 RNA。纯化的 RNA 具有高质量指标，A 260/280 和 A 260/230 比率通常 > 2.0，RNA 完整性得分高，残留 gDNA 极少。捕获的 RNA 大小范围从全长 rRNA 到完整的 miRNA。纯化的 RNA 适用于下游应用，例如 RT-qPCR、cDNA 合成、RNA-seq 和基于 RNA 杂交的技术。Monarch 试剂盒在设计时考虑到了可持续性，使用的塑料比市场上的其他试剂盒少得多。
Monarch Spin RNA 分离试剂盒（微型）T2110 手册
Monarch Spin RNA 分离试剂盒（微型）是一种全面的解决方案，可用于从各种生物样本（包括培养细胞、哺乳动物组织、微生物、植物、昆虫和血液）中保存样品、裂解细胞、去除 gDNA 和纯化总 RNA。使用此试剂盒还可以清理酶反应并纯化 TRIzol ® 提取样品中的 RNA。纯化的 RNA 具有高质量指标，A 260/280 和 A 260/230 比率通常 > 2.0，RNA 完整性得分高，残留 gDNA 极少。捕获的 RNA 大小范围从全长 rRNA 到完整的 miRNA。纯化的 RNA 适用于下游应用，例如 RT-qPCR、cDNA 合成、RNA-seq 和基于 RNA 杂交的技术。Monarch 试剂盒在设计时考虑到了可持续性，使用的塑料比市场上的其他试剂盒少得多。
君主自旋RNA隔离试剂盒（mini）T2110手册
君主自旋RNA分离试剂盒（MINI）是一种综合解决方案，可用于保存样品，细胞裂解，去除GDNA，并从各种生物样品中纯化总RNA，包括培养的细胞，哺乳动物组织，微生物，植物，昆虫，昆虫和血液。使用此试剂盒也可以清理酶促反应和从Trizol®提取样品中纯化RNA。纯化的RNA具有高质量的指标，其260/280和260/230的比例通常> 2.0，高RNA完整性得分和最小的残留GDNA。捕获的RNA范围从全长RRNA到完整的miRNA。纯化的RNA适用于下游应用，例如RT-QPCR，cDNA合成，RNA-SEQ和基于RNA杂交技术。考虑到可持续性，君主套件的塑料使用量比市场上的其他套件要少得多。
川芎嗪通过p53依赖的线粒体途径诱导结肠癌细胞凋亡并使其细胞周期停滞于G0/G1期
浓度。DMEM培养基、0.25%胰蛋白酶（Gibco，美国）、胎牛血清（Every Green，中国）、青霉素和链霉素（Sigma-Aldrich，美国）、FITC Annexin V 凋亡检测试剂盒和 7-AAD（BD Biosciences，美国）、CCK-8（Dojindo，日本）、DAPI（Beyotime，中国）、TRIzol 试剂（Invitrogen，美国）、First Stand cDNA Synthesis Kit（Thermo Fisher Scientific，美国）和 UltraSYBR One-Step RT-qPCR Kit（Cwbio，中国）。所有引物均购自GeneScript（中国）。一抗p27(sc-71813)、CDK2(sc-53219)、Cyclin D1(sc-56302)、p53(sc-71819)、Bax(sc-20067)、Bcl-2(sc-56015)、cleaved PARP(sc-56196)和β-actin均购自Santa Cruz Biotechnology(美国)，cleaved caspase-3[9661]和cleaved caspase-9(9505和9509)购自Cell signaling Technology(美国)。p53抑制剂(PFT-α，s2929)购自Selleck Chemicals(美国)。
ARID1A参与胃癌的DNA双链断裂修复
使用Trizol试剂（Invitrogen，Carlsbad，CA，美国）提取总RNA。使用Prime-Script RT试剂试剂盒（完美的实时，日本Takara）合成互补的DNA（cDNA）。3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）用作内部对照基因，并使用2 – DDCT公式计算折叠诱导。使用SYBR Premix ex Taq进行定量实时PCR分析（日本Takara。Inc.目录编号DRR041A）（PCR协议：阶段1：早期讲述，重复：1;95℃30s阶段2：PCR反应，重复：40; 95℃5 s; 60℃30s阶段3：熔体曲线：熔体曲线：95℃15s; 60 s; 60 s; 60 s; 95 s; 95 s; 95 s;95℃15s）。使用了以下引物：ARID1A（F）5'-CTTCACTCAGTCAGCTCCCA-3'，arid1a（r）5'-GGTCACCCCACCCTCATCTCATACTCCTTT-3'，gapdh（f）5'-GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCTCTCTCTCTCTCCTGATCTCAACA-3'，and gapdh（R） 5'-GTTGCTGCCCAAATTCGTTGT-3'。GAPDH用作内源性对照。每次三份重复每个样本，并使用相对定量软件（Applied Biosystems）分析。
2024 年 CBER 科学研讨会海报摘要
评估 RNA 提取和 Illumina NGS 文库制备方法以从不同样本基质中检测病毒 RNA Sayma Afroj 1、Aaron Scholl 1、Binsheng Gong 2、Bingjie Li 1、Joshua Xu 2 和 Sandip De 1 * 1 美国食品药品管理局治疗产品办公室细胞治疗和人体组织办公室细胞治疗部 2 司肿瘤疫苗和生物技术处，10903 New Hampshire Avenue，Silver Spring，MD，20993；2 美国食品药品管理局国家毒理学研究中心生物信息学和生物统计学部 3900 NCTR Rd Jefferson，AR 72079。目标：当前的病原体和外来因子检测试验面临局限性，例如对某些病原体的特异性和灵敏度降低，这对 HCT/Ps 的安全使用提出了挑战。该项目旨在评估各种 RNA 提取和 NGS 文库制备方法，以实现对病原体和外来因子的快速、广泛、灵敏和特异性检测。方法：我们使用三种研究设计来评估 RNA 提取方法：将寨卡病毒 (ZIKV) 注入幼稚细胞、使用持续感染 ZIKV 的细胞系以及将持续感染的 ZIKV 细胞注入白膜样本。使用五种方法提取 RNA，并使用 qRT-PCR 对 ZIKV 进行定量分析。为了评估 RNA 文库制备方法，我们将病毒组 HEV RR.1 和 BEI-NR-59622（包含 PCV1、Reo、FeLV、RSV、EBV）注入 U937 细胞，提取总 RNA，并使用各种商业试剂盒和组合构建文库。这些文库在 Illumina NovaSeq 6000 平台上进行测序。正在分析 NGS 数据以确定病毒基因组图谱、基因组覆盖率和映射读取的百分比。结果与结论：总体而言，硅胶柱纯化的 TRIzol 提取被证明是提取病毒 RNA 的最佳方法。正如预期的那样，我们观察到不同的 NGS 文库制备方法之间存在显著差异。rRNA 耗竭有效减少了 NGS 文库中的人类 rRNA。正在进行进一步的数据分析，以研究各种文库制备方法对参考病毒 RNA 产生的 NGS 读数总数的影响。简明语言摘要：有效的病毒核酸提取和文库制备方法对于使用 NGS 技术从细胞和组织中检测不定病毒以及确保细胞和组织治疗的安全性至关重要。我们的研究评估了几种 RNA 提取方法，并观察到测试方法中病毒 RNA 提取效率的差异。总体而言，硅胶柱纯化的 TRIzol 是跨测试样本基质检测病毒最灵敏的方法。正如预期的那样，我们观察到不同的 NGS 文库制备方法之间存在显著差异。正在进行进一步的数据分析，以研究各种文库制备方法对参考病毒 RNA 产生的 NGS 读数总数的影响。
通过表达伊维菌素对MDBK细胞系诱导的DNA损伤反应基因的表达评估遗传毒性效应
伊维菌素（IVM）是一种抗寄生虫药物，用于治疗寄生虫。它已在人类中用于治疗肠道强质虫病和尾cer虫病，目前，研究人员正在研究其治疗冠状病毒SARS-COV-2的潜力。由于其广泛的活性，IVM过度使用了动物，这引起了研究人员研究其毒性作用的兴趣。由于过度使用IVM，已经报道了动物的细胞毒性和毒性作用。因此，本研究旨在通过检查DNA损伤响应基因的表达（OGG1）的表达来评估IVM对Madin-Darby-Bovine-Kidney（MDBK）细胞系的细胞毒性和遗传毒性作用。使用测定法（MTT 3-（4,5-二甲基噻唑-2-基）-2,5-二苯基四唑溴化物）测试IVM的细胞毒性，而使用彗星分析以及微核测定法对基因毒性进行了评估。此外，在使用Trizol方法从MDBK细胞系中提取RNA后，通过QRT-PCR测量了DNA大坝反应基因（OGG1）的基因表达，并通过反向转移酶PCR将RNA转化为cDNA。在实验过程中，以不同剂量的IVM（即25％，50％，75％）以及LC50/2，LC50和LC50 * 2进行测量细胞活力百分比。观察到，随着IVM浓度的增加，OGG1的基因表达增加。确定IVM对MDBK细胞系具有细胞毒性和遗传毒性作用。进一步，建议应进行与分子水平和其他模型生物的毒性作用有关的研究，以打击其危险效应。