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破坏平衡：可改变的风险因素如何促进阿尔茨海默氏病的发展
摘要：海洋生物地球化学模型描述了海洋的循环，其物理特性及其生物地球化学特性及其在耦合微分方程的帮助下进行转化。这些方程式的数值近似值允许模拟从数年到几个世纪以来，在现实的全球或区域空间域中，海洋状态的动态演变。我们解释了模型构建的过程以及不同模型类型的主要特征，优势和缺点，范围从最简单的营养素 - 潮流 - 浮游生物 - Zooplankton-detritus或NPZD模型到用于接地系统模型和气候预测的复杂生物地球化学模型。我们描述了模型数据中常用的模型数据比较的指标，以及如何通过参数优化或状态估计来了解模型，这是两种主要数据同化方法。示例说明了如何将这些模型用于各种实际应用，从碳会计，海洋酸化和海洋去氧化到观察系统设计。访问点提供了使读者能够以传统的形式进行生物地球化学建模，并在代码示例上进行了全面的公开模型和观察数据集列表。我们为模型归档中的最佳实践提出了建议，最后讨论了模型的当前局限性以及预期的未来发展和挑战。
加州大学圣地亚哥分校
图1.燃烧后碳捕获和储存示意图。突出显示有助于提高灵活性的组件。在烟气排放策略下，烟气可以通过烟气排放通道直接排放到大气中。在溶剂储存策略下，增加浓/贫溶剂储罐用于溶剂储存。在溶剂储存与附加再生耦合策略下，除了额外的浓/贫溶剂储罐外，再生设施（包括汽提塔、冷凝器和压缩机）的尺寸过大，以加速再生过程。
加州大学伯克利分校 - 电子奖学金
摘要 本文试图将区域发展置于现代资源基础理论的背景下。企业选址或搬迁不是为了利用普遍性，而是为了利用区域能力的适当差异，本文讨论了这些能力在增强或削弱企业竞争力方面的性质，强调了企业和市场的集体学习和隐性知识的关键作用。学习过程本质上是互动的，通常具有不确定性。大多数新知识都与解决问题有关，通常是在反复试验的基础上获得的，因此通常是逐步获得的。解决问题的互动过程既包含编码元素，也包含隐性元素，其中一方的需求成为另一方行动的驱动力。事实上，我们认为，在编码知识在全球范围内传播速度比以往任何时候都快的时代，隐性、空间流动性更低的知识形式作为维持竞争优势的基础变得越来越重要。区域能力可以看作是现有人力和物力资源、区域内历经时间而建立的结构以及区域特定制度禀赋的组合，这些禀赋是由前几轮知识创造所形成的。通过体现对特定活动类别有用的知识，制度禀赋强化了区域依赖性。
UC Santa Cruz
1基因组学研究所，加利福尼亚大学圣克鲁斯分校，圣克鲁斯，加利福尼亚州95060，2活细胞生物技术发现实验室，加利福尼亚大学圣克鲁斯大学，圣克鲁斯分校，加利福尼亚州圣克鲁斯，加利福尼亚州95060，3生物分类工程系，加利福尼亚州圣克鲁斯，加利福尼亚州圣克鲁斯，加利福尼亚州圣克鲁斯，加利福尼亚州圣克鲁斯，加利福尼亚州圣克鲁斯，45060年，加利福尼亚州。克鲁兹，加利福尼亚州95060，5电气和计算机工程系，加利福尼亚大学圣克鲁斯分校，圣克鲁斯分校，加利福尼亚州圣克鲁斯，加利福尼亚州95060，6加利福尼亚大学圣克鲁斯分校，加利福尼亚州圣克鲁斯分校，加利福尼亚州圣克鲁斯分校，加利福尼亚州95060，7科学软件工程中心，西部，西西斯，西弗罗士，西弗里士，西弗里士郡，苏尼斯州，西弗罗斯金。弗朗西斯科，加利福尼亚州94117
加州大学圣地亚哥分校
碱基编辑器是一种基因组编辑工具，可通过对 DNA 中的核碱基进行化学修饰来实现位点特异性碱基转换。腺嘌呤碱基编辑器 (ABE) 利用腺苷脱氨酶将目标腺苷修饰为肌苷中间体，从而将 DNA 中的 A•T 转换为 G•C 碱基对。由于缺乏可以修饰 DNA 的天然腺苷脱氨酶，ABE 是从 tRNA 脱氨酶 TadA 进化而来的。之前利用由野生型 (wt) TadA 组成的 ABE 进行的实验未显示对 DNA 的可检测活性，因此需要定向进化以使该酶能够接受 DNA 作为底物。在这里，我们表明 wtTadA 可以在细菌和哺乳动物细胞中的 DNA 中进行碱基编辑，对 TAC 的序列基序有严格的要求。我们利用这一发现优化了报告基因检测，以检测低至 0.01% 的碱基编辑水平。最后，我们将该分析与完整 ABE：DNA 复合物的分子动力学模拟结合使用，以更好地了解突变 TadA 变体的序列识别如何随着它们积累突变而变化，从而更好地编辑 DNA 底物。
加州大学默塞德分校 - 电子奖学金
1 佛罗伦萨大学地球科学系，Via G. La Pira 4, 50121 Florence, Italy； laura.chiarantini@unifi.it (L.C.); pilario.costagliola@unifi.it (P.C.)2 CNR-IGG, Via G. La Pira 4, 50121 佛罗伦萨, 意大利; pierfrancolattanzi@gmail.com（PL); guia.morelli@igg.cnr.it（总经理）3 佛罗伦萨大学生物系，Via G. La Pira 4, 50121 Florence, Italy； renato.benesperi@unifi.it 4 加州大学默塞德分校，5200 Lake Road, Merced, CA 95343, USA； mbeutel@ucmerced.edu 5 佛罗伦萨大学电子显微镜和微量分析服务中心 (M.E.M.A)，Via G. Capponi 3r, 50121 Florence, Italy 6 卡利亚里大学化学和地质科学系，S.S. 554 crossroads for Sestu, 09042 蒙塞拉托 (CA), 意大利; dmedas@unica.it * 通讯：valentina.rimondi@unifi.it；电话: +39-055-2757506
加州大学圣地亚哥分校
碱基编辑器 (BE) 是一种基因组编辑剂，可高效、特异地安装点突变。由于 BE 依赖于尿嘧啶和肌苷 DNA 损伤中间体（而不是双链 DNA 断裂或 DSB），因此有人推测 BE 依赖于比 DSB 依赖型基因组编辑方法更普遍的 DNA 修复途径，而 DSB 依赖型基因组编辑方法需要仅在细胞周期的某些阶段活跃的过程。我们在此报告了使用细胞同步实验对碱基编辑的细胞周期依赖性进行的首次系统研究。我们发现，切口酶衍生的 BE（在尿嘧啶或肌苷碱基对面引入 DNA 骨架切口）独立于细胞周期发挥作用，而非切口 BE 高度依赖于 S 期（DNA 合成期）。我们发现，胞嘧啶碱基编辑过程中 G1（生长期）的同步会导致 C • G 到 A • T“副产物”引入率显著增加，这可用于发现精确 C • G 到 A • T 碱基编辑的新策略。我们观察到 DNA 损伤修复途径的内源表达水平足以将碱基编辑中间体加工成所需的编辑结果，并且碱基编辑过程不会显著扰乱转录水平。总体而言，我们的研究提供了机制数据，证明了切口酶衍生的 BE 在整个细胞周期内进行基因组编辑的稳健性。
加州大学圣地亚哥分校
基因组资源联盟（简称“联盟”）由 7 个知识库项目共同努力而成：酵母菌基因组数据库、WormBase、FlyBase、小鼠基因组数据库、斑马鱼信息网络、大鼠基因组数据库和基因本体资源。联盟致力于提供多种益处：为这些项目服务的各个社区提供更好的服务；为所有生物医学研究人员、生物信息学家、临床医生和学生提供统一的数据视图；以及提供更可持续的基础设施。联盟已统一了跨生物体数据，以提供基因功能、基因表达和人类疾病相关性的有用比较视图。比较视图的基础是直系同源关系的共享调用和通用本体的使用。关键的数据类型是等位基因和变异、基于基因本体注释的基因功能、表型、与人类疾病的关联、基因表达、蛋白质-蛋白质和遗传相互作用以及参与途径。信息呈现在统一的基因页面上，便于轻松总结所涵盖的 7 种生物（芽殖酵母、线虫秀丽隐杆线虫、果蝇、家鼠、斑马鱼、褐家鼠和人类）中每种基因的信息。统一的知识可在 alliancegenome.org 门户网站上免费获取，以可下载文件和 API 的形式提供。我们希望其他现有和新兴知识库能够加入这一努力，提供每个知识库目前提供的有用数据和功能的统一。
劳伦斯·伯克利国家实验室
调整大脑MRI数据分析中的全球度量与保留全球措施一直是一个长期存在的问题，并且可能对皮质的基因组研究具有重要意义。调整全球措施可确保关注区域的结果不会被总体上大的大脑大小混淆。但是，当总体措施相关时，对全球群体进行调整可能会丢弃重要信号。我们表明，在基因组研究中保留与全球脑测量的调整会影响基因发现，尤其是对额叶 - 顶质皮层的发现。了解与其他物种相比，了解有助于人类大脑中扩展的关联区域的遗传因素，例如前额叶皮层，可以帮助提供对更高人类认知及其独特发展的机械洞察力。
圣地亚哥UC
背景和目的：大约1/3的青年在屏幕媒体活动（SMA）中花费了四个多小时。这项研究利用纵向脑成像和中介分析来检查SMA，脑模式和内在化问题之间的关系。方法：分析了通过质量控制的青少年脑认知发展（ABCD）参与者的数据（ABCD）参与者（N 5 5,166; 2,385个女孩）。关节和个体变异解释（JIVE）识别221个大脑特征（即表面积，厚度或皮质和皮质下灰质的差异）之间的大脑共发育模式（即基线和两年填充数据之间）。广义的线性混合效应模型研究了基线SMA，结构共同发展以及两年随访的内部化和外部化精神病理学之间的关联。结果：基线的SMA与第2年的内在心理病理学有关（β¼0：020;se¼0：008;p¼0：014）和结构共同开发模式（β¼0：015;se¼0：¼0：007;p¼0：p¼0：029），在该模式的范围内，该模式的变化率是灰色的。双侧上部额叶，中间额叶，下壁和下颞区的灰色体积和/或皮质厚度度量比其他区域的颞下区域更相似。该组件部分介导了基线SMA与未来内部化问题之间的关系（间接效应5 0.020，p -value 5 0.043，比例介导：2.24％）。讨论和结论：在9 - 10年内，SMA的青年参与度更高，两年后统计学上预测了更高的内在化水平。该关联是由皮质脑电路介导的，尽管效应尺寸相对较小。发现可能有助于描述有助于内在行为的过程，并帮助确定面临更大风险的个人。