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UMIS 每日秀第三天
我很荣幸能在国际空中交通大会上发表演讲，此次大会的主题是“空中演进：塑造未来的城市空中交通”。城市空中交通是应对城市交通日益严峻的挑战（如拥堵和污染）的变革性一步。无人机 (UAV) 和电动垂直起降 (eVTOL) 飞机等尖端技术的融合，有可能重新定义我们城市的交通，使其更加可持续和高效。印度政府坚定不移地致力于促进创新和为城市空中交通打造强大的生态系统。在我们努力满足城市空中交通需求的过程中，区域空中连通性仍然是重中之重。
DNA在牛津纳米孔上的条形码：多路复用多达24 x 96孔板
本协议描述了用于测序标准COI标记的实验室协议（即DNA条形码），多路复用多达2,280个标本（24 x 96井板，每个板的一个阴性对照孔），以在牛津纳米孔技术上运行，in 10.4.1在占用量序列仪上流动细胞。所有索引都是通过PCR使用标记的引物来完成的，这意味着图书馆准备仅在单个管中进行，所有2,280个PCR均得到了合并。这是通过不对称索引来完成的，其中带有96个唯一分子标识符（UMIS）的正向引物提供了映射到96孔板的孔，而带有24 UMIS的反向引物则将其映射到板上。
UMIBB：一种新的非参数贝叶斯方法提高了稳健性和灵敏度
基于 CRISPR 的功能基因组学筛选是识别合成致死癌症药物靶点的有力工具。目前分析汇集的 CRISPR 筛选的策略通常依赖于来自在两种实验条件下具有不同相对丰度的单个向导 RNA (sgRNA) 的信号。然而，传统方法通常容易受到由异常细胞克隆驱动的假阳性和假阴性的影响，因为 sgRNA 丰度不能解释由相同 sgRNA 的不同编辑结果导致的异质表型。为了克服这个问题，我们在每个 sgRNA 中添加了 DNA 条形码，以创建 CRISPR 文库的唯一分子标识符 (UMI)，并开发了一个配套的分析平台，以实现强大的工业规模 CRISPR 筛选。在这里，我们介绍了 UMIBB，一种用于分析 UMI-CRISPR 数据的新型非参数贝叶斯方法。与每个 sgRNA 的对照实验条件相比，具有标准化计数消耗或富集的 UMI 数量由 beta-二项分布建模。基因水平统计数据是通过将 sgRNA 水平后验概率的 z 分数与每个 sgRNA 中 UMI 的数量加权而得出的。这种方法最大限度地减少了异常细胞克隆对统计数据的影响，并优先考虑每个基因中多个 UMI 之间计数差异一致的基因。为了评估 UMIBB 的功效，我们在低覆盖率（200X）基因组规模负选择筛选上对其进行了基准测试，并与高覆盖率（1000X）筛选的结果进行了比较。这些筛选是在用曲美替尼或载体对照处理的 KRAS 突变癌细胞（A549）上进行的。尽管在较低覆盖率筛选中通常会观察到高噪音水平，但我们的方法能够发现 >85% 的曲美替尼已验证的致敏基因，并且与传统方法相比实现了最高的灵敏度。此外，我们将 UMIBB 应用于基因组规模的正向选择筛选，并成功确定了新基因（RAD18 和 UBE2K）是 BRCA1/2 突变细胞系中 USP1 依赖性的关键介质。我们的研究表明，UMIBB 对克隆异质性导致的假阳性具有很高的稳健性，并且更有可能识别真正的遗传相互作用。
Quantum Science and Engineering的主人
2024年11月1日：Novaseq价格降低，包括。大幅减少10'000mio读取（200个周期）；与UMIS代替Smarter Pico v3的智能seq总pico；由于过时，价格上涨了3'GE v3.1（和cellplex）。添加totalSeq多路复用选项。新的Flex版本和价格调整；现在，inther inth在3个月内完成了2次运行的包装。
kapa-生物信息学分析纵向检测...
概述. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 从 BAM 中提取 UMI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 执行适配器修剪和质量过滤. . . . . . . . . . . . . . 9 从 FASTQ 文件中选择读取的子样本. . . . . . . . . . . 10 将读取映射到参考基因组. . . . . . . . . . . . . . . . . 10 将 UMI 信息添加到 BAM 中的读取. . . . . . . . . . . . . 11 识别和分组来自同一源分子的读取. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 将共识读取映射到参考基因组. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 注释变体. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 VCF 到表格. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 纵向突变分析. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 生成背景面板和阻止列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 计数光学重复. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...
揭示CRISPR/ ... div>的精确维修动态
图1。UMI-DSBSEQ定量单分子测序DSB和修复产品在番茄中的三个靶标。a）时间课的收集：叶肉细胞原生质体是从2-3周大的M82 Solanum Lycopersicum的幼苗中分离出来的。重复的样品在72小时内为72个时间点中的每一个中的每一个制备了200,000个原生质体。CRISPR RNP由PEG介导的转换引入。在提取RNP引入和DNA后，在0、6、12、24、36、48和72小时将样品冷冻。b）UMI-DSBSEQ目标设计：特定于目标序列的引物，与SGRNA目标序列两侧的限制酶位点结合，以创建完整分子（WT或Indel）的可用端，以连接适配器。c）UMI-DSB文库制备：从时间探索收集中提取DNA，其中包含WT（1），未经修复的DSB（2）和包含Indels（3）的完整分子，在体外受到限制，限制了确定目标切割位点的限制酶。通过填充和a添加的最终修复后，由P7 Illumina流量细胞序列和包含i7索引和9BP唯一分子标识符（UMIS）组成的Y形适配器（UMIS）与未经修复的DSB和受限端相连。通过连接介导的PCR进行的靶标特异性扩增，其中一个引物与适配器序列相同，并包含P7 Illumina Tail（橙色）和一个针对靶序列（蓝色）的引物（橙色），带有P5 Illumina Tail（红色）。这会导致SPCAS9切位点和底漆之间的DSB的单端扩增。红色X表示DSB的未捕获端。
U212CD 潜艇扫雷器 - Exail
独特的防区外方法 - 降低风险并优化船员和船舶安全 Exail 通过提供独特的防区外方法在推动传统战争界限方面发挥着重要作用，使海军能够保护船员和船舶，使他们远离雷区。同时，这些无与伦比的海上水雷对抗 (MMCM) 解决方案通过并行任务提高了水雷作战的效率和速度——可以同时发射和管理多架无人机以同时覆盖多个区域，从而节省大量时间和资源。Exail 利用在海军无人机领域 80 年的专业知识，提供定制工具箱 UMIS™，包括空中、水面和水下自主和遥控车辆。根据海军的实时任务需求，无人机可以承载各种有效载荷。
细胞和空间转录组
使用CellRanger软件套件（v6.1.1）处理测序读数，该读数将读取与人类参考基因组（版本：refdata-Gex-Gex-Gex-Gex-Gex-Gex-grech38-2020-A）保持一致，并最终产生了基因 - barcode Matrix。为了进行质量控制，然后将矩阵导入到r软件包seurat（v4.3.0）中。12为了消除由于随机噪声而识别的基因，排除了少于三个细胞的计数的基因。为了消除次优质的细胞，使用标准（例如基因数量，独特的分子识别剂计数（UMIS），核糖体基因的比例以及线粒体基因的比例）进行过滤。表S2中提供了应用于每个样品的阈值。为了进一步去除双子体，如果通过scrublet（v0.2.3）13> .3预测的双重分数，则将细胞排除在外。
使用QIASEQ珠子用于图书馆大小选择和清理
QIASEQ靶向DNA Pro面板可以简化样本到Insight®，靶向下一代测序（NGS）。目标富集技术通过使用户能够对特定的感兴趣区域（ROI）进行测序（而不是整个基因组）来增强DNA NG，从而有效地增加了测序深度和样本吞吐量，同时最小化了成本。QIASEQ靶向DNA Pro面板通过将独特的分子指数（UMI）纳入单个基因或ROI特异性的，基于引物的靶向富集过程中，利用高度优化的反应化学来克服偏见/伪像。通过结扎和目标富集步骤在酶促清理中更换珠子清理，QIASEQ靶向DNA Pro面板可以更有效，快速，一致，自动化 - 友好的工作流程。
