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TNG348
TNG348是旨在靶向乳腺癌和卵巢肿瘤中BRCA1/2MUT脆弱性的酶USP1的选择性且有效的抑制剂。在这里，我们介绍了TNG348的生化，机械和体外和体内表征，这是一种口服，变构和高度有效的USP1抑制剂。治疗后，TNG348会导致乳房和卵巢细胞系中具有BRCA1/2突变的生存力丧失。细胞系列面板分析表明，TNG348的活性超出了具有同源重组缺陷（HRD）的BRCA1/2MUT模型，这是与USP1抑制感性相关的附加特征。我们表明，TNG348通过与PARPI和TNG348不同的途径诱导细胞死亡，当与第一代或第二代Parpi结合使用时表现出强大的协同作用。此外，TNG348在BRCA1/2MUT和HRD+异种移植模型以及获得的PARPI耐药模型中结合使用PARPI，表现出强烈的肿瘤生长抑制作用。我们计划在BRCA1/2突变体或HRD+ HRD+肿瘤的患者中评估TNG348作为单一试剂，并与PARP1I结合使用，这些患者天真的PARPI且先前的PARPI治疗史。
Adam Yaari 公正的体外和体内药物锚筛网鉴定了MTAP-DEL中MTA合件PRMT5抑制剂的抗性和敏化机制 stearoyl-COA去饱和酶是SMAD4缺陷癌症中的合成致命靶标 发现TNG908：选择性，大脑渗透物，MTA MTA合件PRMT5抑制剂在MTAP中有效...
结果：〜20K药物和目标的学习机制捕获了关键的功能关系。将平台应用于高度选择性的USP1抑制剂TNG348，我们确定了和验证的细胞机制，解释了整个肺癌细胞系和PDX模型的药物反应变化> 50％。响应映射可以开发预测性生物标志物逻辑和潜在合理组合。
4月8日星期一新闻稿
Lausanne, Switzerland – April 4 th , 2024 – Debiopharm ( www.debiopharm.com ), a privately-owned, Swiss-based biopharmaceutical company aiming to establish tomorrow's standard-of-care to cure cancer and infectious diseases, today announced preclinical data releases for two of their compounds inhibiting the DNA-damage response (DDR) of cancer cells, including Debio 0123 [选择性WEE1抑制剂]和Debio 0432 [选择性USP1抑制剂]在加利福尼亚州圣地亚哥举行的2024年度美国癌症研究协会（AACR）峰会上。
罗氏集团研发管线
RG6330 divarasib 单药治疗 + 联合治疗 实体瘤 RG6344 BRAF 抑制剂 (3) 实体瘤 RG6411 - 实体瘤 RG6440 抗潜伏 TGF- β1 (SOF10) 实体瘤 RG6457 WRN 共价抑制剂 实体瘤 RG6468 - 实体瘤 RG6524 DLL3 三特异性实体瘤 RG6537 AR 降解剂 mCRPC RG6538 1 P-BCMA-ALLO1 血红素肿瘤 RG6540 1 P-CD19 x CD20 - ALLO1 血红素肿瘤 RG6596 2 HER2 TKI HER2+ BC RG6614 USP1 抑制剂 实体瘤 RG6648 5 cMET ADC 实体瘤 RG7827 FAP-4-1BBL 联合治疗 实体瘤 RG7828 Lunsumio 单药治疗 +组合血红素肿瘤RGXXXX**CDK4/2i (RGT-419B) (HR+)乳腺癌
TNG348 海报 ENA 2023Final
同源重组修复缺陷的肿瘤通常对针对 DNA 修复途径的药物敏感，包括 PARP 抑制剂 (PARPi) 和铂类药物。尽管 PARP1/2 抑制剂具有临床益处，且已获 FDA 批准用于治疗某些 BRCA 突变癌症，但许多患者的疾病控制并不完全并且产生了耐药性。PARP 抑制剂已被证明可与化疗和铂类药物产生协同作用，但由于毒性重叠，此类组合在临床上受到限制，这凸显了对新组合策略的需求。我们之前报告已鉴定出 USP1 可选择性杀死 BRCA1/2 突变癌细胞的靶点。TNG348 是一种口服、变构和强效的 USP1 (USP1i) 抑制剂。这里我们介绍了 TNG348 在多种 BRCA1/2 突变体和其他同源重组缺陷 (HRD) 肿瘤模型中的作用机制和临床前疗效，证明了其治疗潜力。在临床前模型中，当与针对 DNA 修复途径的药物（包括 PARP 抑制剂）结合时，TNG348 活性会进一步增强。在获得性 PARPi 耐药性的 PDX 模型中，TNG348 表现出与 PARPi 的强大组合活性，证明了 USP1i + PARPi 能够在获得性耐药的情况下恢复对 PARPi 的敏感性。有和没有 PARPi 或 USP1i 的基于 CRISPR 的药物锚定筛选表明，这种协同作用是由不重叠的作用机制驱动的。虽然对 USP1i 或 PARPi 的敏感性与 HRD 状态有关，但对 PARPi 而非 USP1i 的耐药性发生在屏蔽蛋白成分的敲除和其他先前报道的机制下。相比之下，通过敲除参与 PCNA 泛素化和跨损伤合成的基因，可以独特地获得对 USP1i 的抗性。总之，这些数据支持临床开发计划，以评估 TNG348 作为单一药物和与 PARP1i 联合用于 BRCA1/2 突变体和其他 HRD 肿瘤患者。
lig1失活选择性地抑制BRCA1突变细胞在体外和体内的生长
我们在11个BRCA1/2野生型和2个BRCA1突变癌细胞系中进行了CRISPR筛选，以识别与BRCA1突变合成致死的靶标。除了USP1，PARP1和POLQ外，我们还将DNA连接酶基因lig1确定为新的靶标，当被击倒后，会选择性地杀死BRCA1突变细胞。对乳腺癌和卵巢癌细胞系中Achilles数据库中BRCA突变的内部分析进一步验证了BRCA1突变细胞在LIG1上的超依赖性。使用CRISPRN，CRISPRI和RNAI对LIG1的单基因扰动证实了LIG1在BRCA1突变细胞系中失活的致命作用，但不能BRCA1/2野生型细胞系。可以通过与外源性野生型LIG1 cDNA相辅相成，证明遗传工具的目标性质可以挽救这种生存能力。使用可降解的DNA连接酶I融合蛋白，我们证明了DNA连接酶I蛋白水平与BRCA1突变细胞中的生存能力之间存在很强的相关性。酶上无活性的DNA连接酶I突变蛋白（LIG1 K568A）无法营救由内源性LIG1耗竭引起的生存力的损失，从而从小分子抑制剂的角度来支持该靶标的易生化性。使用BRCA1突变体MDA-MB-436衍生的肿瘤在体内复制这些数据，其中肿瘤生长在LIG1丢失后抑制了> 80％。
UMIBB：一种新的非参数贝叶斯方法提高了稳健性和灵敏度
基于 CRISPR 的功能基因组学筛选是识别合成致死癌症药物靶点的有力工具。目前分析汇集的 CRISPR 筛选的策略通常依赖于来自在两种实验条件下具有不同相对丰度的单个向导 RNA (sgRNA) 的信号。然而，传统方法通常容易受到由异常细胞克隆驱动的假阳性和假阴性的影响，因为 sgRNA 丰度不能解释由相同 sgRNA 的不同编辑结果导致的异质表型。为了克服这个问题，我们在每个 sgRNA 中添加了 DNA 条形码，以创建 CRISPR 文库的唯一分子标识符 (UMI)，并开发了一个配套的分析平台，以实现强大的工业规模 CRISPR 筛选。在这里，我们介绍了 UMIBB，一种用于分析 UMI-CRISPR 数据的新型非参数贝叶斯方法。与每个 sgRNA 的对照实验条件相比，具有标准化计数消耗或富集的 UMI 数量由 beta-二项分布建模。基因水平统计数据是通过将 sgRNA 水平后验概率的 z 分数与每个 sgRNA 中 UMI 的数量加权而得出的。这种方法最大限度地减少了异常细胞克隆对统计数据的影响，并优先考虑每个基因中多个 UMI 之间计数差异一致的基因。为了评估 UMIBB 的功效，我们在低覆盖率（200X）基因组规模负选择筛选上对其进行了基准测试，并与高覆盖率（1000X）筛选的结果进行了比较。这些筛选是在用曲美替尼或载体对照处理的 KRAS 突变癌细胞（A549）上进行的。尽管在较低覆盖率筛选中通常会观察到高噪音水平，但我们的方法能够发现 >85% 的曲美替尼已验证的致敏基因，并且与传统方法相比实现了最高的灵敏度。此外，我们将 UMIBB 应用于基因组规模的正向选择筛选，并成功确定了新基因（RAD18 和 UBE2K）是 BRCA1/2 突变细胞系中 USP1 依赖性的关键介质。我们的研究表明，UMIBB 对克隆异质性导致的假阳性具有很高的稳健性，并且更有可能识别真正的遗传相互作用。