XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemUTR
提高了N1-甲基甲基苯胺丁碱的效力 -
抽象的RNA疫苗被先天免疫系统感知为非自我分子，并且平衡控制免疫激活和疫苗安全性和功效的控制仍然是一个挑战，尤其是对于自我扩增的RNA（SARNAS）而言。掺入修饰的核苷酸已被广泛用于温度RNA疫苗的免疫激活。然而，以前据报道，将修饰的核苷酸掺入sARNAS阻碍抗原表达的情况下。在这里，我们使用了委内瑞拉马脑炎病毒（VEEV）的衰减TC-83菌株的报道器复制子研究改良核苷酸掺入对转染细胞中SarnA复制能力的影响。与未修饰的SARNA相比，ψ和M 1ψ分子在RNA合成中显示出深刻的缺陷。 有趣的是，M 5 C修饰的RNA的RNA合成水平与未修饰的分子相似，将M 5 C定位为Sarna修饰的有前途的候选者。 为了克服RNA合成中ψ或M 1ψ的核苷酸掺入的影响，我们探索了两种替代方法：工程UTR序列和调谐聚合酶保真度。 我们的结果揭示了聚合酶保真度和SARNA扩增之间的先前未欣赏的联系。 总体而言，我们为具有高水平异源蛋白表达和潜在疫苗应用的SARNA设计提供了新的见解。 然而，与其他疫苗平台相比，MRNA疫苗技术面临RNA不稳定性，有效激活RNA转化的先天免疫反应，而限制RNA转换的先天免疫反应通常会导致副作用率更高。ψ和M 1ψ分子在RNA合成中显示出深刻的缺陷。有趣的是，M 5 C修饰的RNA的RNA合成水平与未修饰的分子相似，将M 5 C定位为Sarna修饰的有前途的候选者。为了克服RNA合成中ψ或M 1ψ的核苷酸掺入的影响，我们探索了两种替代方法：工程UTR序列和调谐聚合酶保真度。我们的结果揭示了聚合酶保真度和SARNA扩增之间的先前未欣赏的联系。总体而言，我们为具有高水平异源蛋白表达和潜在疫苗应用的SARNA设计提供了新的见解。然而，与其他疫苗平台相比，MRNA疫苗技术面临RNA不稳定性，有效激活RNA转化的先天免疫反应，而限制RNA转换的先天免疫反应通常会导致副作用率更高。基于RNA分子的引入疫苗和免疫疗法依赖于RNA作为信使（mRNA）的生物学作用，用于宿主细胞的蛋白质翻译，以实现天然有效载荷表达，包括翻译后修饰，多媒体蛋白质复合物的组装以及适当的运输到亚细胞位置。通过体外转录，与其他基于载体的平台和灭活病毒疫苗相比，通过体外转录的快速开发和简单的生产过程，以及可靠的有效性是基于RNA的疫苗开发平台的主要优势[1-3]。不同的策略旨在通过控制免疫激活或改善翻译来增加RNA分子递送后抗原表达的产率[1]。首先，在RNA合成模拟内源性mRNA分子后，在体外转录或酶上掺入1型或2个帽，限制了内在的免疫反应。第二，可以优化5'和3'未翻译区域（UTR），以提高转化效率和控制免疫反应。Third, incorporation of modified nucleotide analogues including 5-methylcytidine (m 5 C), N6-methyladenosine (m 6 A), 5-methyluridine (m 5 U), 2-thiouridine (s 2 U) or pseudouridine ( ψ ) is a commonly used strategy aimed at reducing the activation of the immune response in transfected cells [4].此外，ψ和N1-甲基丙啶（M1ψ）增加了修饰mRNA的平移能力[5]。也将采用不同的策略，例如编码感兴趣蛋白质或增加poly（a）尾巴长度的开放阅读框架（ORF）的密码子优化，也被用不同的结果应用。最后，基于自我扩增的RNA（SARNA）的疫苗设计提供了降低剂量需求的手段，这是由于SARNA在细胞细胞质中复制的能力，
食肉动物中发散乙型肝炎和C病毒同源物的自然共感染
图2铃声肝炎病毒的基因组表征。（a）左，Ringtail Hepadnavirus（RTHBV）的基因组组织。右：上插入，前S1区域。人类乙型肝炎病毒（HBV）中的必要NTCP结合结构域被突出显示。点表示相同的氨基酸残基。右：较低的插入，比较翻译的前核心和N末端核心结构域。（b）铃声肝病毒（RTHV）的基因组组织。RTHV的结构蛋白颜色为绿色，而非结构性（NS）蛋白为蓝色。 与样本CO-09/924相比，RTHV样本CO-08/923之间的差异显示为黑线，而非同义替代品则显示为橙色三角形。 RTHV内部核糖体入口位点（IRES）和3'UTR的预测结构。 pk，pseudoknot。 （c）RTHBV与其他正腺病毒的成对核苷酸序列距离的比较。 序列距离使用SSE使用300的滑动窗口和80个核苷酸的步长计算。 LHB，大表面蛋白。 （d）RTHV与其他肝病病毒的成对氨基酸序列距离的比较。 序列距离使用SSE使用400个氨基酸的滑动窗口计算。RTHV的结构蛋白颜色为绿色，而非结构性（NS）蛋白为蓝色。与样本CO-09/924相比，RTHV样本CO-08/923之间的差异显示为黑线，而非同义替代品则显示为橙色三角形。RTHV内部核糖体入口位点（IRES）和3'UTR的预测结构。pk，pseudoknot。（c）RTHBV与其他正腺病毒的成对核苷酸序列距离的比较。序列距离使用SSE使用300的滑动窗口和80个核苷酸的步长计算。LHB，大表面蛋白。（d）RTHV与其他肝病病毒的成对氨基酸序列距离的比较。序列距离使用SSE使用400个氨基酸的滑动窗口计算。病毒缩写，名称（GenBank登录号）：RTHBV，Ringtail Hepadnavirus（MZ393519）； GSHV，松鼠肝炎病毒（K02715.1）； LFBHBV，长指的蝙蝠乙型肝炎病毒（JX941466）； RLBHBV，圆形蝙蝠乙型肝炎病毒（NC_024443）; TMBHBV，制造帐篷蝙蝠乙型肝炎病毒（NC_024445）； AGSHV，北极松鼠肝炎病毒（U29144）； TFOHBV，太极肝炎B病毒（MK620908）； DMHBV，家猫B病毒（MH307930）； HBV，乙型肝炎病毒（AP007263）； EQHBV，马乙型肝炎病毒（MT134279）； HCV，肝病毒C（M62321）；懒惰HV（MH844501）; NRHV1，Hepacivivirus G（KJ950938）;松鼠HV，肝病毒P（MG211815）； RTHV，Ringtail Hepaciviviarus（MZ393518）
通过调节与tau
摘要：阿尔茨海默氏病（AD），是记忆和认知功能恶化的最常见痴呆症，成为全球普遍威胁之一。tau高磷酸化是AD的主要危险因素之一。目前，对于这种疾病的临床前阶段，尚无有效的治疗方法或快速诊断方法。microRNA（miRNA）是小（20-25bp）非编码，双链RNA分子。它们主要通过与mRNA的3-utr结合，然后停止翻译，主要调节转录后基因表达。与使用阿尔茨海默氏病的其他生物标志物不同，miRNA在体液（如血清，组织和脑脊液）（CSF）等体液中稳定，并且广泛发现，并且一个miRNA可以调节多个基因。因此，它们可能被用作许多疾病在内的诊断或治疗生物标志物，包括阿尔茨海默氏病。当前，使用miRNA作为诊断和治疗的生物标志物的这一领域已迅速发展。为了检查miRNA和AD中潜力的机制和功能，本综述总结了当前的诊断和治疗技术，并比较了几种尤其是调节Tau毒性为可行的诊断生物标志物和治疗药物的微NimorNA。如果MiRNA作为生物标志物的前进，则可能检测到阿尔茨海默氏病的不同阶段并减少Tau高磷酸化。
四膜虫内的大核基因组景观……
收到日期：2023 年 9 月 4 日；接受日期：2023 年 12 月 19 日；发布日期：2024 年 1 月 11 日 作者隶属关系：1 法国穆利斯 CNRS 理论与实验生态站，UAR2029；2 英国伯明翰大学代谢与系统研究所。 *通讯作者：Delphine Legrand，delphine.legrand@sete.cnrs.fr 关键词：着丝粒进化；纤毛虫基因组学；大核多态性；程序性 DNA 消除。 缩写：CBS，染色体断裂序列；GO，基因本体；IES，内部消除序列；MAC 基因组，大核基因组；MDS，MAC 目标序列；MIC 基因组，微核基因组；NJ，邻接连接；UTR，非翻译区。 ‡现地址：英国伦敦帝国理工学院国家心肺研究所呼吸道感染健康保护研究组 §现地址：比利时迪彭贝克哈瑟尔特大学环境生物学环境科学中心。†这些作者对这项工作做出了同等贡献 数据声明：所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。本文的在线版本提供了两份补充材料。001175 © 2024 作者
新型自我扩增mRNA疫苗的免疫信息...
我们基于S和NSP3蛋白的衍生物开发了创新的自我扩增mRNA（SA − MRNA）疫苗，这些疫苗被认为是对人宿主细胞的至关重要的。我们与KK和GPGPG接头合并了B细胞，主要的组织相容性复合物（MHC）I和II表位。我们还结合了5 cap序列，kozak序列，复制酶序列，3ʹ /5ʹuttr和poly a尾巴内疫苗结构中的尾巴。随后将疫苗结构停靠，并用TLR7分子运行分子动力学模拟。As the results of immune response simulation, the immune response was accelerated drastically up to >10‑fold for immunoglobulin, interferon‑ γ , interleukin‑2, immunoglobulin M (IgM) + immunoglobulin G (IgG) isotype, IgM isotype, and IgG1 isotype in secondary and tertiary dose, whereas natural killer第一次剂量后，细胞，巨噬细胞和树突状细胞显示出相对较高的浓度。作为我们的发现，IgM + IgG，IgG1 + IgG2和IgM水平（由SA -MRNA疫苗诱导）随后发生了3次，在第25天和50天增加了两倍，然后在第70-150天后下降。但是，150-350天的范围在20,000–21,000之间。
果蝇中转录起始位点的注释
引入尽管居住在具有高重复密度的域中，但果蝇Melanogaster muller f元素基因还是在与正念基因相同的定量范围内表达（Riddle等人。2012）。比较Muller F和D元素基因的转录起始位点（TSS）附近的基序的类型和分布可以帮助阐明使Muller F元素基因在异性域中起作用的因素。主题分析的第一步是产生TSS的高质量注释，以定义搜索保守基序的区域。TSS的比较注释比编码区域的注释更具挑战性，因为5'和3'未翻译区域（UTR）的发展比编码区域更快，并且提供了支持注释的外部证据较少。例如，大多数基因查找器仅预测编码区域，而RNA-seq读取覆盖率数据通常没有提供足够的证据来推断TSS的精确位置。因此，与编码区域的注释相比，TSS的注释具有更高的不确定性程度。在某些情况下，我们可能只能定义一个可以找到TSS的基因组区域。本演练将说明使用D. biarmipes muller f element Project contig35 [8月。 2013（GEP/DOT）组件]。
bsgatlas：统一的枯草芽孢杆菌基因组和转录组注释图集，具有增强的信息访问
2020年7月29日收到； 2021年1月11日接受；于2021年2月4日出版：作者隶属关系：1个非编码RNA技术与健康中心，哥本哈根大学兽医和动物科学系，1871年，丹麦Frederiksberg，哥本哈根大学； 2荷兰荷兰癌症研究所的致癌基因组学司，荷兰阿姆斯特丹1066； 3哥本哈根大学生物学系计算和RNA生物学部分，丹麦哥本哈根1165；丹麦的Bagsværd4 Novozymes。*通信：Jan Gorodkin，Gorodkin@rth。DK关键字：B。uttilis;基因组注释；非编码和结构化RNA；操纵子。缩写：Asrna，反义RNA； CD，编码序列；去，基因本体论； GRNA，导向RNA； Ji，Jaccard索引； ncRNA，非编码RNA； SRNA，小RNA； TMRNA，转移Messenger RNA； TSS，转录开始站点； TTS，转录终止位点； TU，转录单元； UTR，未翻译区域。†目前地址：英国索尔福德大学科学，工程与环境学院。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用四个补充表和九个补充数据。000524©2021作者
用于溶媒梭菌基因组和转录组工程的合成生物学工具
梭菌属菌株用于生产各种增值产品，包括燃料和化学品。任何商业上可行的生产工艺的开发都需要菌株和发酵工艺开发策略的结合。梭菌属的菌株开发可以通过随机诱变和靶向基因改造方法实现。然而，由于缺乏有效的基因组和转录组工程工具，通过靶向基因改造方法对梭菌属的菌株进行改良具有挑战性。最近，已经开发出各种合成生物学工具来促进产溶剂梭菌的菌株工程。在这篇综述中，我们整合了产溶剂梭菌基因组和转录组工程工具箱开发的最新进展。在这里，我们回顾了采用移动 II 组内含子、pyrE 等位基因交换和 CRISPR/Cas9 的基因组工程工具及其在梭菌属菌株开发中的应用。接下来，在梭菌菌株工程的背景下，还讨论了转录组工程工具，例如非翻译区 (UTR) 工程和合成 sRNA 技术。应用任何这些讨论的技术都将促进梭菌的代谢工程，以开发具有所需功能属性的改良菌株。这可能导致开发出一种经济可行的丁醇生产工艺，提高滴度、产量和生产率。
可用的EST-SSR标记的功能特性... div>
摘要。源自的简单序列重复标记（EST-SSR）是研究遗传多样性，系统发育，进化，比较基因组学，QTL分析和基于基因关联的重要工具。我们已经搜索了用于苏格兰松树的已知EST-SSR（Pinus sylvestris l。）- 世界上主要的森林物种之一。然后，在102个EST-SSR中，有91个建议用于苏格兰松树研究，并与Pinus taeda L.的参考基因组以及Sylvestris的可用基因进行了对齐。通过保守域分析（CDD），基因本体学注释的已知同源物的功能分析以及KEGG途径分析，通过保守的域分析（CDD），基因组位置和相关基因的共识功能进行了共识。许多标记都位于未翻译的区域（主要是3'UTR），以及苏格兰和斑驳的松树基因的编码序列。对于八个标记，其序列已知的序列在任何一个物种中都无法识别基因。这些标记中的七个位于当前基因组组件中没有基因的塔达疟原虫支架区域（v.1.0）。将来可以使用结果来改善人群遗传研究的标记，自适应特征的研究和sylvestris的QTL映射以及其他松树物种。关键词：EST-SSR，Pinus Sylvestris，Marker-Gene关联，标记基因组位置，功能注释。
2016 年从 tOPV 转换为 bOPV 的评估
Admin1 一级行政管理（一个国家中最大的下级行政单位） AFP 急性弛缓性麻痹 bOPV 双价口服脊髓灰质炎疫苗 bnOPV 双价新型口服脊髓灰质炎疫苗 CDC 美国疾病控制与预防中心 cVDPVs 传播的疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 cVDPV1 传播的疫苗衍生 1 型脊髓灰质炎病毒 cVDPV2 传播的疫苗衍生 2 型脊髓灰质炎病毒 ES 环境监测 fIPV 分剂量灭活脊髓灰质炎疫苗 GPEI 全球根除脊髓灰质炎计划 Ini-a-ve ID 皮内注射 IPV 灭活脊髓灰质炎疫苗 IPV1 IPV 首剂 IVB 世卫组织免疫、疫苗和生物制品司 NIDs 国家免疫天数 Nt 核苷 nOPV 新型口服脊髓灰质炎疫苗 nOPV2 新型口服脊髓灰质炎疫苗 2 型 mOPV2 单价口服脊髓灰质炎疫苗 2 型 OPV 口服脊髓灰质炎疫苗 OPV2 口服脊髓灰质炎疫苗 2 型 RI 常规免疫 SIA 补充免疫活动 SOP 标准操作程序 SNID 亚国家免疫天数 tOPV 三价口服脊髓灰质炎疫苗 tnOPV 三价新型口服脊髓灰质炎疫苗 WHO 世界卫生组织 WPV 野生脊髓灰质炎病毒 WPV1 野生脊髓灰质炎病毒 1 型 UTR 非翻译区 VAPP 疫苗相关脊髓灰质炎 VP1 病毒蛋白 1