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基于培养的和桑格测序方法，以发现新热带体育馆中叶子膜内生菌的多样性
基于培养和桑格的疗效的方法，以发现新热带体育馆内植物的多样性，巴拿马大学，自然科学学院，精确和技术学院，微生物学和寄生虫学系，巴拿马。 div>bethancourtita61@gmail.com https://orcid.org/0009-0006-6060-0640 Ariadna Bethancout，巴拿马大学，自然科学，精确和技术学院，精确和技术，微生物学和Parasitology，Panama。 div>ariadna.bethancourt@up.ac.pa https://orcid.org/0009-0009-6488-3264 lilisbethRodríguez-巴拿马大学，botany Spent，Botany Sletments，Panama，Panama Botany Sleotity，Panama，Panama。 div>lili_0990@outlook.es https://orcid.org/0000-0000-0002-4307-5956豪尔赫·门迪塔（Jorge Mendieta），巴拿马大学，自然科学学院，精确与技术学院，杂技，巴拿马植物学系。 div> mendi_ja@yahoo.es https://orcid.org/0009-0003-6576-5004 Armando A. Durant Archiboldlili_0990@outlook.es https://orcid.org/0000-0000-0002-4307-5956豪尔赫·门迪塔（Jorge Mendieta），巴拿马大学，自然科学学院，精确与技术学院，杂技，巴拿马植物学系。 div>mendi_ja@yahoo.es https://orcid.org/0009-0003-6576-5004 Armando A. Durant Archibold
开发激光微解剖耦合的定量shot弹型脂质组方法，以发现空间异质性
摘要：脂质代谢障碍与多种疾病有关，例如2型糖尿病或恶性肿瘤。在过去的二十年中，基于高性能质谱的脂质组学已成为各种生物学领域的宝贵工具。然而，宏观组织匀浆的评估通常未发现微米级异质性引起的差异。因此，在这项工作中，我们开发了一种新型的激光显微解剖耦合shot弹枪脂质组平台，该平台结合了定量和宽范围的脂体分析和合理的空间分辨率。多步态方法涉及从组织样品中制备连续的冷冻切片，天然和染色图像的交叉引用，激光对感兴趣区域的激光显微解剖，原位脂质提取以及定量的shot弹枪脂肪态学。我们使用了小鼠肝脏和肾脏以及2D细胞培养模型来验证新工作的效率，可重复性和定量线性线性。我们确定，可剖面样品区域的极限对应于大约十个细胞，同时保持良好的脂质群覆盖范围。我们在小鼠海马示例中证明了该方法在识别组织异质性方面的性能。通过提供脂质代谢的拓扑映射，新型平台可能有助于发现包括肿瘤在内的复杂样品中的区域特异性脂质组改变。
通过脂质信号传导揭示细胞组织和组织结构原理的基因组工程资源
摘要磷酸肌醇（PI）是真核生物和基因中细胞组织的关键调节剂，其中调谐PI信号传导与人体疾病机制有关。在培养细胞中的生化分析和研究已经鉴定出大量可以介导PI信号传导的蛋白质。然而，这种蛋白质在调节体内细胞过程和后生动物发育中的作用尚待理解。在这里，我们描述了一组基于CRISPR的基因组工程工具，这些工具允许在后生动物开发过程中以空间和时间控制来操纵这些蛋白质中的每种蛋白质。我们证明了这些试剂在果蝇眼中分别耗尽了一组103种蛋白质，并确定了控制眼睛发育的几个新分子。我们的工作证明了该资源在正常发育和人类疾病生物学过程中揭示组织稳态的分子基础的力量。
研究人员揭示量子信息理论与粒子和凝聚态物理学之间的联系
在物理学中，对称性为理论的性质提供了重要线索。例如，如果同时用 S 极替换磁场中的 N 极，用 N 极替换 S 极，即使磁场的方向已反转，物体所受的力和磁场中储存的能量仍保持不变。这是因为描述磁场的方程式相对于交换 N 极和 S 极的操作是对称的。
将药物和靶向蛋白成像结合在一起，发现与癌症治疗相关的分子变化
质谱成像（MSI）是在不同的给药途径后在组织中定位和定量组织中的定位和定量的。通常，同时检测到药物和其他小分子代谢物。但是，缺乏将药物治疗与蛋白质变化相关的方法。使用新型光电质量标签（PC-MTS）的MALDI-IHC方法允许对完整蛋白的靶向成像进行靶向成像，并且可以在相同的组织截面和与其他MSI实验的相同仪器上进行。1其他成像方式（例如荧光）也可以与MALDI-IHC结合使用。在这里，使用大鼠肝肿瘤，我们在同一组织中介绍了药物和靶向蛋白质成像的整合。我们还在3个不同的MSI平台上比较了这些结果。
蛋白质结构的深层生成模型发现了跨连续折叠空间的远距离关系
我们对折叠空间的看法隐含地基于许多影响我们分析，解释和理解生物系统的假设 - 从蛋白质结构比较和分类到功能预测和进化分析。例如，是否有最佳的粒度来查看蛋白质结构相似性（例如建筑，拓扑或其他层面）？如果是这样，它的问题类型有何不同？同样，折叠空间的离散/连续二分法在结构生物信息学中至关重要，但仍未解决。折叠空间bin“类似”折叠的离散视图分为不同的非重叠组；不幸的是，这样的融合本固有地错过了许多遥远的关系。虽然诸如CATH，SCOP和ECOD之类的层次系统代表了蛋白质分类的主要步骤，但在蛋白质分类中，一种可扩展，客观和概念灵活的方法，较少对假设和启发式方法的依赖较少，但可以实现对折叠空间的更加系统和细微的探索，尤其是在进化中涉及进化的关系。以蛋白质结构的最新“乌尔堡”模型为基础，我们开发了一种新的方法来消除蛋白质相互关系。该框架称为“ Deepurfold”，植根于通过变分贝叶斯推断的深层生成建模，我们发现它对于跨蛋白质宇宙的比较分析很有用。批判性的深层利用其深层生成模型的学习嵌入，该模型占据了高维的潜在空间，并且可以根据给定的蛋白质进行蒸馏，以合并的表示，该表示的融合，结合序列，结构，生物物理和系统源。值得注意的是，deepurfold是结构指导的，
蛋白质结构的深层生成模型发现了跨连续折叠空间的远距离关系
我们对折叠空间的看法隐含地取决于许多假设，这些假设影响了我们分析，解释和理解蛋白质结构，功能和进化的方式。例如，查看蛋白质结构的相似性（例如，建筑，拓扑或其他层面）是否有最佳的粒度？同样，折叠空间的离散/连续二分法是中心的，但仍未解决。折叠空间bin“类似”折叠的离散视图分为不同的非重叠组；不可思议，这种融合会错过远程关系。虽然像CATH这样的层次结构系统是必不可少的资源，但较少的启发式和概念上的弹性方法可以实现对折叠空间的更细微的探索。建立在蛋白质结构的“尤其”模型的基础上，在这里，我们提出了一个深层生成建模框架，称为“ deepurfold”，用于分析蛋白质关系。deepurfold的学到的嵌入占据了高维的潜在空间，可以从给定蛋白质上蒸馏而成，以合并的代表统一序列，结构和生物物理特性。这种方法是结构指导的，而不是纯粹基于结构的，而DeepUrfold则学习了代表，从某种意义上说，这些代表“定义”超家族。用CATH部署Deepurfold揭示了逃避现有方法的进化性相关关系，并提出了一种新的，主要是连续的折叠空间视图，这种视图超出了简单的几何相似性，朝着综合序列序列↔结构↔函数↔功能↔函数↔函数↔。
当梦想变成噩梦：教育科技初创公司案例研究揭示生成式人工智能的阴暗面
生成式人工智能的兴起引发了一波创新浪潮，并为组织向客户提供新颖服务创造了机会。尽管人们非常关注如何利用人工智能的潜力，但对其意外后果的研究却非常有限。本研究旨在调查在教育技术 (EdTech) 初创公司中实施生成式人工智能技术（如 ChatGPT）的意外结果。通过采用定性案例研究方法，我们研究了一家特定的法国 EdTech 初创公司将 ChatGPT 纳入其流程和活动的经验。我们的实证分析揭示了三个意外后果：数字敏捷性的受损、技术压力和流程再造（重新设计）。基于这些发现并采用人工智能双元性的独特视角，我们提出了一个全面的框架，解释了这三个主题的相互作用如何影响初创公司的社交、技术和认知层面。
绘制 KMT2D 肿瘤抑制基因的计算机遗传网络图，以揭示新的功能关联和癌细胞脆弱性
1 加拿大不列颠哥伦比亚大学基因组科学与技术研究生项目 2 加拿大不列颠哥伦比亚大学迈克尔史密斯实验室 3 加拿大迈克尔史密斯基因组科学中心 加拿大不列颠哥伦比亚癌症研究所 4 加拿大哈利法克斯达尔豪斯大学医学系 5 加拿大不列颠哥伦比亚大学温哥华沿岸卫生研究所医学系呼吸医学分部空气污染暴露实验室 6 加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华不列颠哥伦比亚癌症中心肿瘤医学系 7 加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华不列颠哥伦比亚胰腺中心 8 加拿大不列颠哥伦比亚大学医学遗传学系
蛋白质组学揭示 EPHA2 是获得性西妥昔单抗耐药结直肠癌细胞系的潜在新型治疗靶点
摘要背景在转移性结直肠癌 (mCRC) 中，对抗 EGFR 靶向单克隆抗体（如西妥昔单抗 (CET)）的获得性耐药性通常是由激活 RAS 基因 KRAS 或 NRAS 的改变引起的。迄今为止，还没有出现有效的后续治疗方案来治疗这种耐药情况下的 mCRC。方法为了发现二线靶向治疗的潜在靶点，我们使用质谱蛋白质组学来阐明在已建立的获得性 KRAS 相关 CET 耐药细胞模型中的激酶组重编程。结果这种 CET 耐药性通过激酶组的显著变化来反映，其中大多数变化在每个细胞系中都是独特的。有趣的是，所有研究的耐药细胞系都显示出 Ephrin A 型受体 2 (EPHA2) 的上调，这是一种众所周知的进展特征驱动因素。预期的耐药细胞系表现出迁移增加（p < 0.01），而通过使用 RNA 干扰 (RNAi)（p < 0.001）、ephrin-A1 刺激（p < 0.001）、达沙替尼（p < 0.01）或抗 EPHA2 抗体治疗（p < 0.001）靶向 EPHA2 信号轴可显着降低迁移率，从而确定它是获得性 CET 耐药的 mCRC 中的可操作靶点。结论这些结果突出了 EPHA2 及其在具有 KRAS 基因突变的获得性 CET 耐药的 mCRC 中的作用，并支持将其用作未来精准医疗疗法开发的潜在可操作靶点。