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病毒传染性
摘要 逆转录病毒蛋白是作为多聚蛋白前体合成的，经过蛋白水解裂解产生成熟的病毒蛋白。利用蛋白酶基因的定点突变检查了人类免疫缺陷病毒 (HIV) 蛋白酶在病毒复制周期中的作用。HIV 蛋白酶基因产物在大肠杆菌中表达，并观察到体外将 HIV gag p55 裂解为 gag p24 和 gag p17。用天冬酰胺残基替换该蛋白质的天冬氨酸残基 25 (Asp-25) 不会影响蛋白质的表达，但它会消除可检测到的体外对 HIV gag p55 的蛋白水解活性。构建了一种突变 HIV 原病毒，其蛋白酶基因内含有 Asn-25 突变。转染了 Asn-25 突变原病毒 DNA 的 SW480 人结肠癌细胞产生的病毒体含有 gag p55 但不含有 gag p24，而转染了野生型 DNA 的细胞产生的病毒体同时含有 gag p55 和 gag p24。突变病毒体无法感染 MT-4 淋巴细胞。相反，这些细胞对野生型病毒体的感染高度敏感。这些结果表明 HIV 蛋白酶是一种必需的病毒酶，因此是抗 HIV 药物的一个有吸引力的靶标。
病毒趋向性测试
HIV 向性检测 HIV 向性检测可通过表型或基因型方法进行。使用表型分析进行向性检测是一种基于细胞的分析，可功能性地确定向性，可使用增强灵敏度的 Trofile® 分析 (ESTA；Monogram Biosciences，南旧金山，加利福尼亚州)。这种表型分析使用假型病毒库，该病毒库使用源自患者血浆的包膜序列来感染经改造以表达 CCR5 或 CXCR4 HIV-2 辅助受体的细胞系。基因型向性检测基于对 HIV 糖蛋白 120 基因的第三变量 (V3) 环进行测序；这是因为 V3 环与 HIV 辅助受体相互作用，并且 V3 中的变体与 HIV 向性的可测量变化相关。使用生物信息学算法（例如 geno2pheno）从序列数据中得出向性分配。在美国，Quest Diagnostics（新泽西州麦迪逊）提供唯一可商用的基因型 HIV 辅助受体趋向性检测，该检测使用三重群体测序，如果仅检测到 CCR5 趋向性病毒，则反射性地进行超深度测序。Quest Diagnostics 还提供原病毒 DNA 趋向性测试（Trofile® DNA），该测试通过三重群体测序对已整合到受感染 T 淋巴细胞宿主基因组中的 HIV-1 DNA 的趋向性进行测序，而无需使用超深度测序。
病毒RNA的功能
病毒 RNA 分子含有多层调控信息。这包括一级序列以外的特征，例如 RNA 结构和 RNA 修饰，包括 N6-甲基腺苷 (m 6 A)。许多近期研究已确定病毒 RNA 中 m 6 A 的存在和位置，并发现这种修饰在病毒感染过程中具有多种调控作用。然而，迄今为止，病毒 m 6 A 映射策略存在局限性，阻碍了对 m 6 A 对单个病毒 RNA 分子功能的全面了解。虽然已在许多病毒的大量 RNA 上分析了 m 6 A 位点，但迄今为止描述的病毒 RNA 的 m 6 A 图谱呈现了受感染细胞中病毒 RNA 分子中 m 6 A 的综合图像。因此，对于大多数病毒而言，尚不清楚在整个感染过程中是否存在独特的病毒 m6A 谱，也不清楚它们是否调节特定的病毒生命周期阶段。在这里，我们描述了定义 m6A 在病毒 RNA 分子中的功能的几个挑战，并为未来的研究提供了一个框架，以帮助理解 m6A 如何调节病毒感染。
病毒脱落和 COVID-19
此过程产生的新病毒颗粒可继续感染其他细胞，随着每一轮复制，个体中的病毒数量呈指数级增长。个体免疫系统识别正在发生的事情并控制此过程所需的时间越长，产生的病毒颗粒数量就越多，病毒和免疫系统之间的斗争就越激烈。受感染的个体会以疾病症状的形式识别出这场战斗 — — 发烧、疲劳、鼻塞、呕吐、腹泻等。症状会根据病毒类型和感染的细胞类型而有所不同。就导致 COVID-19 的病毒 SARS-CoV-2 而言，早期感染的主要部位是呼吸系统，特别是鼻腔和喉咙内壁的细胞。
