抽象的背景Fidanacogene elaparvovec是一种基于腺相关的病毒基因基因,表达高活动性因子IX(FIX)变体FIX-R338L,是对血友病的开发B。正在进行的试验中的数据表明,固定活动在不同的OS和CS分析之间有所不同。的材料和方法可以更好地了解临床样品中的固定R338L活性,使用标准方案,试剂和仪器进行了一项国际多站点领域的研究,并在中央实验室和18个本地实验室中对1/2A阶段研究的单个参与者样本进行了研究。的结果与野生型固定控制不同,基于OS硅胶的测定与OS椭圆酸和基于CS分析,FIX-R338L活性更高。在最低活性水平上,固定活性的变化更大。血浆中激活的固定(FIXA)可能会导致更高的OS分析活性或增加的凝血酶生成,从而高估了固定活性。但是,在参与者样本中未检测到FIXA,表明它没有促进OS分析差异。由于基因治疗的个体可能会接受外源替代固定产品,因此将替换产物刺激到患者血浆样品中,以靶向治疗浓度。外源固定是内源性固定R338L的添加剂,没有固定R338L的干扰。结论这些结果表明,可以通过临床实验室中的OS和CS分析来测量FIX-R338L活性,并在测量测量
grasp65是一种由高尔基体相关的外围蛋白,该蛋白由Gorasp1基因编码,并且在体外堆叠了高尔基体蓄水系统所需。也已经提出了Grasp65在细胞分裂调节中的关键作用。然而,小鼠中Grasp65的耗竭对高尔基体结构的影响很小,迄今为止,该基因尚未与任何人类表型相关。在这里,我们报告了GORASP1(C.1170_1171DEL; P.ASP390GLUFS*18)的第一个人类致病变异的识别,该患者将神经发育障碍与神经增强性,Neuromuscu-神经肌肉,神经肌肉和骨骼异常相结合。功能分析表明,这种变体导致完全缺乏GRASP65。高尔基体的结构没有显示出碎片化,但是检测到诸如低溶性等异常的糖基异常。有丝分析分析表明,与极性染色体的突起酶和中期过量过多,表明细胞周期会延迟。在RPE细胞中概括了这些表型,其中CRISPR/CAS9引入了类似的突变。这些结果表明,人类中的grasp65丢失引起与糖基化和有丝分裂进程中缺陷相关的新型高尔基体病。
图3:这无疑是本文中最重要的信息之一。i认识到糖基化总体上受到影响,但在这个水平上,通过质谱来深入分析患者细胞的N-糖基化状态至关重要,以了解这种缺陷,戈尔吉帕蒂和糖基化之间的联系。作者使用WGA确认其糖基化缺陷。我会建议他们重复SNA和MAA的实验,这些实验是更具体的凝集蛋白。作者检测到apociii糖基化缺陷,而在转铁蛋白中无。在O-Glycans上发生的溶苷位在Alpha 2,3中,而对于N-Glycans,这主要是Alpha 2,6。缺陷可能只会影响α2,3溶性。使用两个凝集素SNA和MAA的使用应回答这个问题,但这就是为什么通过质谱法中患者细胞的N-糖基化状态很重要。这也可以在本文第二部分中使用的RPE突变细胞中完成。
全基因组关联研究的扩展目录(GWAS)提供了各种物种的生物学知识,但是识别这些关联背后的因果变异仍然是一个重大挑战。实验验证既是劳动密集型又昂贵的验证,强调了需要准确,可扩展的计算方法来预测整个基因组遗传变异的影响。受到自然语言处理的最新进展的启发,对广泛的蛋白质序列数据库的无监督预训练已被证明是成功地提取与蛋白质有关的复杂信息的成功。这些模型展示了他们使用零拍方法在编码区域学习变异效应的能力。扩展了这一想法,我们在这里介绍了G Innomic P重新训练的N ETWORK(GPN),该模型旨在通过对基因组DNA的无监督预训练来学习全基因组变体效应。我们的模型还成功地学习了基因结构和DNA基序,而无需进行任何关注。为了证明其效用,我们在阿拉巴里亚山脉的不规则参考基因组中训练GPN,在铜管阶内进行了七个相关物种,并测试了其通过利用1001 Genomes genomes Project and Gensensed Datebase和G.Wasbase的拟南芥中遗传变异的功能影响的能力。没有,GPN的表现优于基于流行的保护评分,例如门类和PHASTCON。我们对拟南芥的预测可以可视化为UCSC基因组浏览器(https://genome.ucsc.edu/s/gbenegas/gbenegas/gpn-arabidopsis)中的序列徽标。我们提供代码(https://github.com/songlab-cal/gpn),以训练GPN的任何给定物种,仅使用其DNA序列,从而实现了整个基因组变异效应的零摄影预测。
Cannie 4,Nisha A.Glotra 1,Chary Cappeletto 6,Christian Medo 7,Ardan M. Saguner 8,Firat Duru 8,Robyn J. Hylind Cadri-Tourigny 11,Maddalena 12,Elena Biagini Giulio Count 17,Claudio Tondo 18:19,Momina Yazdani 20,21,James S. Ingres 24,Flavia Ader 25,26,Giovanni Perette 27,马修·泰勒(Matthew Taylor)7,路易莎(Luisa Master 7) 2.35‡2.35‡。您Riele 3.35‡,Perry Elliott 4,Hugh Calkins 1,Katherine C. Wu 1和Cynthia A. James1¶您Riele 3.35‡,Perry Elliott 4,Hugh Calkins 1,Katherine C. Wu 1和Cynthia A. James1¶
Cannie 4,Nisha A.Glotra 1,Chary Cappeletto 6,Christian Medo 7,Ardan M. Saguner 8,Firat Duru 8,Robyn J. Hylind Cadri-Tourigny 11,Maddalena 12,Elena Biagini Giulio Count 17,Claudio Tondo 18:19,Momina Yazdani 20,21,James S. Ingres 24,Flavia Ader 25,26,Giovanni Perette 27,马修·泰勒(Matthew Taylor)7,路易莎(Luisa Master 7) 2.35‡2.35‡。您Riele 3.35‡,Perry Elliott 4,Hugh Calkins 1,Katherine C. Wu 1和Cynthia A. James1¶您Riele 3.35‡,Perry Elliott 4,Hugh Calkins 1,Katherine C. Wu 1和Cynthia A. James1¶
grasp65是一种由高尔基体相关的外围蛋白,该蛋白由Gorasp1基因编码,并且在体外堆叠了高尔基体蓄水系统所需。也已经提出了Grasp65在细胞分裂调节中的关键作用。然而,小鼠中Grasp65的耗竭对高尔基体结构的影响很小,迄今为止,该基因尚未与任何人类表型相关。在这里,我们报告了GORASP1(C.1170_1171DEL; P.ASP390GLUFS*18)的第一个人类致病变异的识别,该患者将神经发育障碍与神经增强性,Neuromuscu-神经肌肉,神经肌肉和骨骼异常相结合。功能分析表明,这种变体导致完全缺乏GRASP65。高尔基体的结构没有显示出碎片化,但是检测到诸如低溶性等异常的糖基异常。有丝分析分析表明,与极性染色体的突起酶和中期过量过多,表明细胞周期会延迟。在RPE细胞中概括了这些表型,其中CRISPR/CAS9引入了类似的突变。这些结果表明,人类中的grasp65丢失引起与糖基化和有丝分裂进程中缺陷相关的新型高尔基体病。
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可(未经同行评审认证)是作者/资助者,他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 2 月 5 日发布。;https://doi.org/10.1101/2025.02.04.636165 doi:bioRxiv 预印本
Elijah S. Lawrence 1†,Wanjun Gu 1†,Ryan J. Bohlender 2,Cecilia Anza-Ramirez 3,Amy M. Cole 4,James J. Yu 1,Hao Hu 2,Erica C. Heinrich 1.5,Katie A. O'Brien 1.6,Katie A. O'Brien 1.6,Carlos A. vasquez 7,Quinh kny tickhhy tickhha t. I 1.9,TAO长9.10,James E. Hall 1,Stephen A. Moya 1,Marco A. Bauk 1,Jennifer J. Reeves 1,Mitchell C. Kong 1.11,Rany M. Salem 12,Gustavo Vizcardo-Galindo 3,Jose-Luis-Luis Macar Lupu 3,Romulo Figuero fox groude 3. Ikko Salomaa 14,Aki S. Havulinna 14.15,Andrew J. Murray 6,Atul Malhotra 1,Frank L. Powel 1,Mohit Jain 0,Alexis C. Komor 7,Gianpiero L.Cavalleri 4,Chad D.
Cannie 4,Nisha A. Glotra 1,Chary Cappeletto 6,Christian Medo 7,Ardan M. Saguner 8,Firat Duru 8,Robyn J. Hylind Cadri-Tourigny 11,Maddalena 12,Maddalena 12,Elena Biagini Giulio Count 17,Claudio Tondo 18:19 25,26,Giovanni Perette 27,Matthew Taylor 7,Luisa Master 7,Arthur Wilde 33.34:2.35‡2.35‡。Perry Elliot 4,Perry Elliot 4,Hugh Calkins 1,Katherine C. Wu 1和Cynthia A. James1¶