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基因丢失和顺式调控新陈代谢塑造了有尖酵母 Hanseniaspora uvarum 中的核心组蛋白基因进化
尽管核心组蛋白基因的蛋白质序列保守，但它们表现出显著的顺式调控机制多样性。然而，这种调控周转的动态和意义尚不清楚。在这里，我们描述了芽殖酵母中 4 亿年来核心组蛋白基因调控的进化史。我们发现，由反式调控因子 Spt10 介导的典型核心组蛋白调控模式很古老，可能出现于 3.2 亿至 3.8 亿年前，并且在大多数现存物种中都是固定的。出乎意料的是，我们发现 Hanseniaspora 属在其快速进化的谱系中出现了一种新的核心组蛋白调控模式，这与其旁系同源核心组蛋白基因的 1 个拷贝丢失同时发生。我们表明，通过组蛋白控制区中的顺式调控变化，祖先的 Spt10 组蛋白调控模式被衍生的 Mcm1 组蛋白调控模式所取代，并且这种重新布线事件发生时反式调控因子 Mcm1 本身没有变化。最后，我们研究了转基因 Hanseniaspora uvarum 的细胞周期和组蛋白合成的生长动力学。我们发现 H. uvarum 分裂迅速，大多数细胞在 60 分钟内完成一个细胞周期。有趣的是，我们观察到 H. uvarum 中组蛋白和 DNA 合成之间的调控耦合丢失了。我们的结果表明，核心组蛋白基因调控在芽殖酵母中早已固定，但在 Hanseniaspora 快速进化谱系中却发生了很大分化。
用3M-052-ALUM佐剂制定的酵母表达基于RBD的SARS-COV-2疫苗可促进非人类灵长类动物的保护效果
建议引用推荐引用Pino，Maria；阿比德，塔尔哈； Ribiiiro，Susan Pereira；昨天，Venkata Viswandh；弗洛伊德，凯瑟琳；史密斯，贾斯汀C。 Latif，穆罕默德·比拉尔（Muhammad Bilal）；加布里埃拉的Pacheco-Sanchez；死亡，Debashis；王，雪莉； Gumber，Sanjeev； Crejczyk，香农；科恩，乔伊斯； Stammen，Rachelle L。； Jean，Sherrie M。；伍德，詹妮弗·S。 Connor-Stroud，小鹿；波尔特，杰罗恩； Chen，Wen Hsiang； Wei，Junfei； Zhan，bin; Lee，Jungson；刘，朱恩； Strich，Ulrich；内田的申维； Easley，踢； Weiskoupf，Daniella； Alassandro的Sette，“酵母表达基于RBD的SARS-COV-2疫苗用3M-052-ALUM佐剂制定，促进了非人类灵长类动物的保护效果”（2021）。研究生学院教师出版物。26。
酵母中DNA双链断裂周围的染色质景观及其对DNA修复途径选择的影响
摘要：DNA双链断裂（DSB）是有害的DNA病变，如果无法正确修复，这会对基因组稳定性产生灾难性后果。dsb可以通过非同源末端连接（NHEJ）或同源重组（HR）来修复。这两种途径之间的选择取决于哪种蛋白质结合到DSB末端以及如何调节其作用。nhej启动了KU复合物与DNA末端的结合，而HR是由5'触发的DNA链的核解度降解引发的，这需要几种DNA核酸酶/解旋酶并产生单链DNA悬垂。dsb修复发生在精确组织的染色质环境中，其中DNA围绕组蛋白八聚体形成核小体。核 - 躯体对DNA末端加工和修复机械施加了障碍。修改DSB周围的染色质组织可以通过去除整个核小体的去除，这要么通过染色质重塑因子的作用，或者是通过染色质重塑因子的作用，或者通过染色体后的转换修改来允许进行正确的DSB修复，从而可以增加染色质的功能，从而增加修复enzymes对DNA的可及性。在这里，我们回顾了酵母酿酒酵母中DSB周围发生的翻译后修饰及其在DSB修复中的作用，并特别注意DSB修复途径选择。
非模型酵母东方伊萨酵母 SD108 的基因组规模代谢重建及其在有机酸生产中的应用
许多平台化学品可以由微生物从可再生生物质中生产，其中有机酸占很大一部分。然而，对由此产生的低 pH 生长条件的不耐受仍然是微生物工业化生产有机酸的挑战。Issatchenkia orientalis SD108 是一种很有前途的工业化生产宿主，因为它可以耐受低至 pH 2.0 的酸性条件。为了系统地评估这种非模型酵母的代谢能力，我们为 I. orientalis SD108 开发了一个基因组规模的代谢模型，涵盖 850 个基因、1826 个反应和 1702 种代谢物。为了改进模型的定量预测，通过实验确定并实施了生物体特定的大分子组成和 ATP 维持要求。我们检查了它的网络拓扑结构，包括必需基因和通量耦合分析，并与酿酒酵母的 Yeast 8.3 模型进行了比较。我们探索了碳底物的利用，并检查了生物体生产工业相关琥珀酸的潜力，利用 OptKnock 框架来识别将目标化学物质的生产与生物质生产结合起来的基因敲除。基因组规模代谢模型 iIsor 850 是一个数据支持的精选模型，可以为过度生产的基因干预提供信息。
将细胞融合与 CRISPR-Cas9 编辑相结合，在酵母中克隆较大的 DNA 片段或完整的细菌基因组
图 1：CReasPy-Fusion 方法的实验流程示意图。步骤 1（借用 CReasPy-Cloning 策略，左栏）：用两个质粒转化酵母，从而表达 Cas9 核酸酶和 gRNA。步骤 2（借用 Fusion Cloning 策略，右栏）：在线性重组模板（由酵母元件 CEN-HIS3 组成，带有或不带有 ARS，两侧是与目标基因座两侧相同的两个重组臂和一个抗生素抗性标记）存在下，将预装 pCas9 和 pgRNA 的酵母细胞与支原体细胞接触。步骤 3：进入酵母细胞后，目标基因组被 Cas9 切割，随后由酵母同源重组系统使用提供的线性 DNA 片段作为模板进行修复。因此，细菌基因组现在包括插入到精确位置的酵母元素，并由酵母作为着丝粒质粒携带。
将细胞融合与 CRISPR-Cas9 编辑相结合，在酵母中克隆较大的 DNA 片段或完整的细菌基因组
图 1：CReasPy-Fusion 方法的实验流程示意图。步骤 1（借用 CReasPy-Cloning 策略，左栏）：用两个质粒转化酵母，从而表达 Cas9 核酸酶和 gRNA。步骤 2（借用 Fusion Cloning 策略，右栏）：在线性重组模板（由酵母元件 CEN-HIS3 组成，带有或不带有 ARS，两侧是与目标基因座两侧相同的两个重组臂和一个抗生素抗性标记）存在下，将预装 pCas9 和 pgRNA 的酵母细胞与支原体细胞接触。步骤 3：进入酵母细胞后，目标基因组被 Cas9 切割，随后由酵母同源重组系统使用提供的线性 DNA 片段作为模板进行修复。因此，细菌基因组现在包括插入到精确位置的酵母元素，并由酵母作为着丝粒质粒携带。
实现高生产率，高转化率和高收率的酵母发酵的策略
[3]。微藻生物量中碳水化合物的发酵是生产生物燃料的替代途径，尤其是因为某些微藻物种的淀粉，葡萄糖和/或纤维素在干重的基础上超过50％，没有木质素含量[4,5]。已经开发出各种方法将藻类生物量碳水化合物水解成可发酵的化合物[2,6,7]。尽管碳水化合物占干重的40％或更高的微藻生物量，但藻类水解物通常含有低糖浓度。例如，使用H 2 SO 4对小球藻生物量的水解产生了15 g/L的可发酵糖[8]。因此，对糖浓度相对较低的水解物必须有效，以实现高产量，糖转化率和生产力。具有游离细胞的传统发酵在可以实现的糖转换的体积生产率和程度上受到限制。批处理发酵的糖转化率很高，但体积生产力较低，尤其是当考虑排水，清洁和填充生物参与者的时间时。饲料批次发酵可以提高生产率，但仅适用于具有高糖浓度的原料，而生物质水解物并非总是可能的。最后，与游离细胞的连续培养的体积产生性受到生物催化剂的特异性生长速率的限制，尤其是对于糖浓度较低的水解产物。当使用游离细胞时，连续培养中的糖含量也很低。由于细胞保留在反应堆内，与生长速率的解耦操作相比，固定的细胞技术具有比使用自由细胞的固定型生产率明显更高的体积生产率[9,10]。细胞固定还可以促进其他策略，以提高糖至产品转化的产量（碳转化效率）以及下游加工的成本较低[11]。不合理的酵母细胞。
酵母杀伤毒素K2的信号序列赋予生产者的自我保护，并允许转换为模块化毒素 - 抗毒素系统
图1。N末端区域在K2免疫力中的重要性。 a）16个删除构建体的概述，每个删除构建体缺少K2 ORF内的区域（14-27密码子）（不绘制为刻度）。 将切除的段替换为编码Pro-Ala-Gly的框架内SBFI限制性位点，并将其放置在PRS423型载体上的GAL1半乳糖诱导启动子后面。 酵母转化后，在诱导含有1％半乳糖的培养基中培养了三种转化体，然后转移到补充10 A.U.的新鲜诱导培养基中。 K2毒素。 b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。 条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。 单个重复值显示为点。 wt：野生型K2，控制：空矢量。 c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。 请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。N末端区域在K2免疫力中的重要性。a）16个删除构建体的概述，每个删除构建体缺少K2 ORF内的区域（14-27密码子）（不绘制为刻度）。将切除的段替换为编码Pro-Ala-Gly的框架内SBFI限制性位点，并将其放置在PRS423型载体上的GAL1半乳糖诱导启动子后面。酵母转化后，在诱导含有1％半乳糖的培养基中培养了三种转化体，然后转移到补充10 A.U.的新鲜诱导培养基中。K2毒素。 b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。 条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。 单个重复值显示为点。 wt：野生型K2，控制：空矢量。 c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。 请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。K2毒素。b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。单个重复值显示为点。wt：野生型K2，控制：空矢量。c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。
过程参数，保护剂和载体材料对片剂的流动性床颗粒过程中酵母细胞存活的影响
摘要：生命微生物的给药是特别感兴趣的，就益生菌的微生物提供了对患者的健康益处的益生菌微生物。有效剂型需要保留微生物活力，直到给药为止。可以通过干燥来提高存储稳定性，并且由于其易于给药和良好的患者依从性，片剂是一种特别有吸引力的最终固体剂型。在这项研究中，研究了通过流体床喷雾剂干燥酿酒酵母的酿酒酵母，因为益生菌的糖果疗法是多种多样的。流化的床颗粒可以比一方面的冻干更快地干燥，另一方面比喷雾干燥更高，这是两种主要使用的微生物生命干燥的技术。酵母细胞悬浮液喷涂到普通片剂赋形剂的载体颗粒上，即磷酸二氨基二硫酸二酸酯（DCP），乳糖（LAC）和微晶纤维素（MCC）。测试了不同的保护剂，例如单，二糖和多糖，但也测试了脱脂奶粉和一只醛醇；从其他干燥技术中知道，它们本身或化学相似的分子可以稳定生物结构，例如细胞膜，从而提高脱水过程中的生存。随着海藻糖和脱脂奶粉的合并使用，生存率是使用保护添加剂的300倍。除了这些配方方面，还考虑了过程参数（例如入口温度和喷雾速率）的影响。颗粒产物的粒度分布，水分含量和酵母细胞的生存能力进行了表征。已经表明，微生物的热应力尤其重要，例如，可以通过降低入口温度或增加喷雾速率来减少。但是，诸如细胞浓度之类的制剂参数也影响了生存。结果用于指定在流体化床颗粒过程中微生物存活的影响因素，并得出它们的联系。颗粒，并评估了微生物的存活，并将其与达到的片剂拉伸强度联系起来。使用LAC实现了整个考虑过程链中微生物的最高生存率。
多中心评估生物防病毒关节感染面板，用于检测滑液样品中细菌，酵母和AMR基因
摘要BioMérieux生物防病毒关节感染（JI）面板是一种在体外诊断测试中，用于同时且快速（〜1 H）检测39个潜在病原体，直接从滑膜流体（SF）样品中直接从滑膜流体（SF）样品中。三十一种或微生物组以及几个AMR基因。这项研究是为了评估生物病毒JI面板的调节清除率，提供了对1,544个前瞻性收集的剩余SF样品的多中心评估，与生物体或聚合酶链反应（PCR）和AMR基因的生物体或聚合酶链反应（PCR）相比，具有性能（SOC）培养的数据。生物通道JI面板的灵敏度均为90.9％或更高，除六种生物外，所有AMR基因的灵敏度为100％。生物通道JI面板的特异性为98.5％或更高，用于检测所有生物体，而所有AMR基因的检测百分比（NPA）为95.7％或更高。BioFire JI面板对SOC培养物进行了改进，其较短的时间可以使生物体和AMR基因具有出色的敏感性/PPA和特定的ITY/NPA，并且预计在各种临床情况下都可以及时且可操作的诊断信息，以供联合感染。