使用工程合成的 P 型 PPR 编辑因子在植物细胞器中进行从头 RNA 碱基编辑 Sébastien Mathieu 1†、Elena Lesch 2,3†、Shahinez Garcia 1、Stéfanie Graindorge、Mareike Schallenberg- Rüdinger 2 和 Kamel Hammani 1 * 1 植物分子生物学研究所,法国国家科学研究中心 (CNRS),斯特拉斯堡大学,12 rue du Général Zimmer,67084 斯特拉斯堡,法国 2 细胞和分子植物学研究所,分子进化系,波恩大学,波恩,德国 3 当前地址:植物生物学和生物技术研究所,绿色生物技术系,明斯特大学,明斯特,德国 † 这些作者贡献相同 * 通讯作者。电话:+33 367155281;传真:+33 367155300;电子邮件:khammani@unistra.fr。摘要 在植物线粒体和叶绿体中,胞苷到尿苷的 RNA 编辑在调节基因表达中起着至关重要的作用。虽然天然 PLS 型 PPR 蛋白专门用于此过程,但合成 PPR 蛋白为靶向 RNA 编辑提供了巨大潜力。在本研究中,我们通过将合成的 P 型 PPR 向导与苔藓线粒体编辑因子 PPR56 的 DYW 胞苷脱氨酶结构域融合,设计了嵌合编辑因子。这些设计的 PPR 编辑器 (dPPRe) 在大肠杆菌以及本氏烟叶绿体和线粒体中引发高效、精确的从头 RNA 编辑。对最有效的 dPPRe 进行的叶绿体转录组范围分析表明,脱靶效应最小,仅有三个非目标 C 位点因与预期目标序列相似而被编辑。这项研究介绍了一种用于植物细胞器中 RNA 碱基编辑的新颖而精确的方法,为适用于植物和其他生物体的基因调控新方法铺平了道路。
Mark R. Abbott,俄勒冈州立大学地球、海洋与大气科学学院院长兼教授,科瓦利斯市 Dan E. Arvizu,国家可再生能源实验室 (NREL) 主任兼首席执行官,科罗拉多州戈尔登市 Bonnie L. Bassler,* 霍华德休斯医学研究所研究员、普林斯顿大学 Squibb 分子生物学教授,新泽西州 Camilla P. Benbow,范德堡大学皮博迪学院教育与人类发展学院 Patricia and Rodes Hart 院长,田纳西州 John T. Bruer,詹姆斯 S. 麦克唐纳基金会主席,密苏里州圣路易斯市 France A. Córdova,普渡大学校长,印第安纳州西拉斐特市 Kelvin K. Droegemeier,研究副校长、气象学摄政教授、Weathernews 名誉主席和 Roger and Sherry Teiger 校长教授,俄克拉荷马大学 Norman Patricia D. Galloway,Pegasus Global Holdings, Inc. 首席执行官,华盛顿州克莱埃勒姆 José-Marie Griffiths,布莱恩特大学学术事务副总裁兼大学教授,罗德岛州史密斯菲尔德 Louis J. Lanzerotti,* 新泽西理工学院物理系太阳地球研究中心物理学杰出研究教授,纽瓦克 Alan I. Leshner,美国科学促进会首席执行官兼《科学》执行出版人,华盛顿特区 W. Carl Lineberger,欧盟科罗拉多大学博尔德分校化学和生物化学杰出教授兼 JILA 研究员 G.P.“Bud” Peterson,亚特兰大佐治亚理工学院校长 Douglas D. Randall,密苏里大学哥伦比亚分校跨学科植物研究组教授、托马斯·杰斐逊研究员兼名誉主任 Arthur K. Reilly,思科系统公司战略技术政策高级主管,已退休,新泽西州海洋市 Anneila I. Sargent,帕萨迪纳加州理工学院 Benjamin M. Rosen 天文学教授兼学生事务副校长 Diane L. Souvaine,马萨诸塞州梅德福塔夫茨大学计算机科学与数学教授 Arnold F. Stancell,亚特兰大佐治亚理工学院化学与生物分子工程学院名誉教授兼 Turner 领导主席 Claude M. Steele,加利福尼亚州斯坦福大学教育学院院长 Thomas N. Taylor,生态与进化生物学系 Roy A. Roberts 杰出教授,自然历史博物馆古植物学馆长堪萨斯大学生物多样性研究中心,劳伦斯·理查德·F·汤普森,南加州大学洛杉矶分校心理学和生物科学凯克教授,伊利诺伊州芝加哥大学校长罗伯特·J·齐默
顾问 Frank Harry W. Brown,集成电路业务部,加利福尼亚州圣克拉拉 » Frank J. Calvillo,格里利存储部。科罗拉多州格里利* Harry Chou,微波系统部,加利福尼亚州圣霍萨 Derek I Dang,系统支持部,加利福尼亚州山景城» Rajesh Desai,商业系统部,加利福尼亚州库比蒂诺 • Kevin G. Ewert,集成系统部,加利福尼亚州桑尼维尔 • Bernhard Fischer,伯布林根医疗部,德国伯布林根» Douglas Gennetten,格里利硬拷贝部,科罗拉多州格里利» Gary Gordon,惠普实验室,加利福尼亚州帕洛阿尔托» Matt J. Marline,系统技术部,加利福尼亚州罗斯维尔 • Bryan Hoog,Lake Stevens 仪器部,华盛顿州埃弗雷特» Grace Judy,格勒诺布尔网络部,加利福尼亚州库比蒂诺» Roger L. Jungerman,• 技术部,圣霍萨。加利福尼亚州 • Paula H. Kanarek,喷墨组件部门,科瓦利斯。俄勒冈州 • Thomas F Kraemer,科罗拉多斯普林斯部门。科罗拉多州科罗拉多斯普林斯» Ruby B. Lee,网络系统集团。加利福尼亚州库比蒂诺 • Bill Lloyd,日本惠普实验室,日本川崎» Alfred VXI Waldbronn 分析部门。德国瓦尔德布龙» Michael P. Moore,科罗拉多州洛夫兰 VXI 系统部门» Shelley I. Moore,加利福尼亚州圣地亚哥打印机部门,William Software 部门» Dona L. Merrill,全球客户支持部门。加利福尼亚州山景城* William M. Mowson,开放系统软件部,马萨诸塞州奥索里尼 » Steven J. Narciso,VXI 系统部,科罗拉多州洛夫兰 » Garry Orsolini,软件技术部,罗斯维尔。加利福尼亚州 • Raj Oza,外设技术部,山景城。加利福尼亚州 » Han Tian Phua,亚洲外设部,新加坡 » Ken Poulton,惠普实验室,加利福尼亚州帕洛阿尔托 系统 Fort Riebesell,博布林根仪器部,博布林根。德国» Marc Sabaiella,软件工程系统部,科罗拉多州柯林斯堡 • Michael B. Bristol,集成电路业务部,俄勒冈州科瓦利斯» Philip Stenton,惠普布里斯托尔实验室,英国布里斯托尔» Beng-Hang Tay,新加坡网络运营部,新加坡» Stephen R. Undy,系统技术部,科罗拉多州柯林斯堡 • Richard B.Wells,磁盘内存部,爱达荷州博伊西 • Jim Wiilits,部门。和系统管理部,科罗拉多州柯林斯堡 » Koichi Yanagawa。神户仪器部。日本神户 » Dennis C. York,科瓦利斯分部。科瓦利斯。俄勒冈州» Barbara Zimmer,企业工程部,加利福尼亚州帕洛阿尔托
顾问 Frank Harry W. Brown,集成电路业务部,加利福尼亚州圣克拉拉* Frank J. Calvillo,Greeiey 存储部,科罗拉多州格里利» Harry Chou,微波系统部,加利福尼亚州圣罗莎» Derek I Dang,系统支持部,加利福尼亚州山景城* Rajesh Desai,商业系统部,加利福尼亚州库比蒂诺» Douglas Gennetten,Greeley 硬拷贝部,科罗拉多州格里利* Gary Gordon,惠普实验室。加利福尼亚州帕洛阿尔托» Jim Grady,沃尔瑟姆部,马萨诸塞州沃尔瑟姆» Matt J. Marline,系统技术部,加利福尼亚州霍斯维尔* Rryan Hoog,Lake Stevens 仪器部,保拉埃弗雷特• Roger L. Jungerman,微波技术部,加利福尼亚州圣罗莎• Paula H. Kanarek,喷墨元件部。Corvaliis。俄勒冈州 • Thomas Ruby Kraemer,科罗拉多斯普林斯分部,科罗拉多州科罗拉多斯普林斯» Ruby B. Lee,网络系统集团,加利福尼亚州库比蒂诺* Bill Lloyd,日本惠普实验室,日本川崎 • Alfred Maute,Waldbmnn 分析部门,德国瓦尔德布隆* Michael P. Moore,VXI 系统部门,科罗拉多州洛夫兰 • Shelley I. Moore,客户 Diego 打印机部门,加利福尼亚州圣地亚哥 Dona L. Morriil,全球客户支持部门,加利福尼亚州山景城* William M. Mowson,开放系统软件部门,马萨诸塞州切姆斯福德* Steven J. Narciso,VXI 系统部门。科罗拉多州洛夫兰* Garry Orsolini,软件技术部门。新加坡罗斯维尔* Raj Oza,软件技术部门,山景城。加利福尼亚州 • Han Tian Phua,亚洲外设部门,新加坡 * Ken Poulton,惠普实验室。部门,Alto。加利福尼亚州 GünterRiebesell,Boblingen 仪器部门。Boblingen。德国* Marc Sabatella,软件工程系统部门,Fon Collins。Philip Michael B. Saunders,集成电路业务部门,Corvaliis。俄勒冈州* Philip Stenton,惠普实验室布里斯托尔,英国布里斯托尔» Beng-Hang Tay,系统网络运营,新加坡 • Stephen R. Undy。系统技术部门,Fon Collins,科罗拉多州 * Richard B.Wells,磁盘内存部门。爱达荷州博伊西 • 科罗拉多州仪器网络和系统管理部,科罗拉多州柯林斯堡 • Koichi Yanagawa。神户仪器部,神户。日本 * Dennis C. York,科瓦利斯分部,俄勒冈州科瓦利斯 • Barbara Zimmer,企业工程部,加利福尼亚州帕洛阿尔托
Advisory Circuit J. Brittenham,磁盘内存部门,博伊西。爱达荷州 • William W. Brawn,集成电路业务部门。加利福尼亚州圣克拉拉 • Frank J. Calyillo,加利福尼亚州存储部门,格里利。科罗拉多州 • Harry Chou,微波技术部门。圣罗莎。加利福尼亚州 • Derek T, Dang,系统支持部门。Mountain Integrated 加利福尼亚州 • Rajesh Desai,商业系统部门,库比蒂诺。加利福尼亚州 • Kevin G. Ewert,集成系统部门。桑尼维尔。加利福尼亚州 • Bernhard 部门。鲍勃林根医疗部,德国鲍勃林根* Douglas Gennetten。格里利硬拷贝部。科罗拉多州格里利 • Gary Gordon,HP 实验室。帕洛分部。仪器 • Matt J Marline,系统技术部。F/oseville。加利福尼亚州 • Bryan Hoog,Lake Stevens 仪器部,华盛顿州埃弗雷特 • Grace Judy,格勒诺布尔网络部,加利福尼亚州库比蒂诺 • Roger L. Jungerman,微波技术部,圣罗莎。加利福尼亚州 • Paula H. Kanarek,InkJet Components Networked,俄勒冈州科瓦利斯 • Thomas F. Kraemer,科罗拉多斯普林斯分部。科罗拉多州科罗拉多斯普林斯 • Ruby B Lee,网络系统集团,加利福尼亚州库比蒂诺 Moore,Lloyd,日本惠普实验室,日本川崎。Alfred Maute,Waldbronn 分析部门。沃尔德布隆。德国 • Michael P. Moore,Wl 系统部门。全球科罗拉多州 • Shelley I. Moore,圣地亚哥打印机部门。圣地亚哥。罗斯维尔。加利福尼亚州 • Raj Oza。加利福尼亚州 • Dona L Morrill,全球客户支持部门。加利福尼亚州山景城 • William M. Mowson,开放系统软件部门,切姆斯福德。马萨诸塞州 • Steven J. Narciso,VXI 系统部门,洛夫兰。科罗拉多州 « Garry Raj 软件技术部门。软件技术部门。加利福尼亚州山景城 • Han Tian Phua。亚洲外设部门。新加坡 • Ken Poulton。HP 实验室。加利福尼亚州帕洛阿尔托' Günter Riebesell,博布林根仪器部门,德国博布林根 Marc Sabatella,软件电路系统部门,科罗拉多州柯林斯堡 • Michael B,桑德斯。集成电路业务部,俄勒冈州科瓦利斯 «Philip Stenton,惠普实验室柯林斯。布里斯托尔。英国 • Beng-Hang Tay。新加坡网络运营部,新加坡 • Stephen R. Undy,系统技术部。柯林斯堡。科罗拉多州 • Jim Willits,约克和系统管理部,柯林斯堡。科罗拉多州 • Koichi Yanagawa,神户仪器部,日本 « Dennis C. York,科瓦利斯分部。科瓦利斯。俄勒冈州 • Barbara Zimmer,企业工程部,加利福尼亚州帕洛阿尔托
顾问 Frank Harry W. Brown,集成电路业务部,加利福尼亚州圣克拉拉* Frank J. Calvillo,Greeiey 存储部,科罗拉多州格里利» Harry Chou,微波系统部,加利福尼亚州圣罗莎» Derek I Dang,系统支持部,加利福尼亚州山景城* Rajesh Desai,商业系统部,加利福尼亚州库比蒂诺» Douglas Gennetten,Greeley 硬拷贝部,科罗拉多州格里利* Gary Gordon,惠普实验室。加利福尼亚州帕洛阿尔托» Jim Grady,沃尔瑟姆部,马萨诸塞州沃尔瑟姆» Matt J. Marline,系统技术部,加利福尼亚州霍斯维尔* Rryan Hoog,Lake Stevens 仪器部,保拉埃弗雷特• Roger L. Jungerman,微波技术部,加利福尼亚州圣罗莎• Paula H. Kanarek,喷墨元件部。Corvaliis。俄勒冈州 • Thomas Ruby Kraemer,科罗拉多斯普林斯分部,科罗拉多州科罗拉多斯普林斯» Ruby B. Lee,网络系统集团,加利福尼亚州库比蒂诺* Bill Lloyd,日本惠普实验室,日本川崎 • Alfred Maute,Waldbmnn 分析部门,德国瓦尔德布隆* Michael P. Moore,VXI 系统部门,科罗拉多州洛夫兰 • Shelley I. Moore,客户 Diego 打印机部门,加利福尼亚州圣地亚哥 Dona L. Morriil,全球客户支持部门,加利福尼亚州山景城* William M. Mowson,开放系统软件部门,马萨诸塞州切姆斯福德* Steven J. Narciso,VXI 系统部门。科罗拉多州洛夫兰* Garry Orsolini,软件技术部门。新加坡罗斯维尔* Raj Oza,软件技术部门,山景城。加利福尼亚州 • Han Tian Phua,亚洲外设部门,新加坡 * Ken Poulton,惠普实验室。部门,Alto。加利福尼亚州 GünterRiebesell,Boblingen 仪器部门。Boblingen。德国* Marc Sabatella,软件工程系统部门,Fon Collins。Philip Michael B. Saunders,集成电路业务部门,Corvaliis。俄勒冈州* Philip Stenton,惠普实验室布里斯托尔,英国布里斯托尔» Beng-Hang Tay,系统网络运营,新加坡 • Stephen R. Undy。系统技术部门,Fon Collins,科罗拉多州 * Richard B.Wells,磁盘内存部门。爱达荷州博伊西 • 科罗拉多州仪器网络和系统管理部,科罗拉多州柯林斯堡 • Koichi Yanagawa。神户仪器部,神户。日本 * Dennis C. York,科瓦利斯分部,俄勒冈州科瓦利斯 • Barbara Zimmer,企业工程部,加利福尼亚州帕洛阿尔托
关于 EB 的诊断和分类。 J Am Acad Dermatol. 2008;58:931---50。 6. Oliveira ZN、Périgo AM、Fukumori LM 和Aoki V. 遗传性大疱性表皮松解症的免疫学映射。胸罩皮肤科。 2010;85:856---61。 7. Has C, He Y.研究技术变得简单:大疱性表皮松解症的免疫荧光抗原图谱。 J Invest Dermatol。 2016;136:e65---71。 8. Takeichi T、Liu L、Fong K、Ozoemena L、McMillan JR、Salam A 等人。全外显子组测序提高了诊断性大疱性表皮松解症实验室的突变检测能力。 Br J 皮肤病学。 2015;172:94---100。 9. Tenedini E、Artuso L、Bernardis I、Artusi V、Percesepe A、De Rosa L 等。基于扩增子的下一代测序:大疱性表皮松解症分子诊断的有效方法。 Br J 皮肤病学。 2015;173:731---8。 10. Has C、Küsel J、Reimer A、Hoffmann J、Schauer F、Zimmer A 等。靶向二代测序在大疱性表皮松解症诊断中的地位。 Acta Derm Venereol。 2018;98:437---40。 11. Vahidnezhad H、Youssefian L、Saeidian AH、Touati A、Sotoudeh S、Abiri M 等人。多基因下一代测序面板可识别患有未知亚型大疱性表皮松解症的患者的致病变异:具有预后意义的亚分类。 J Invest Dermatol。 2017;137:2649---52。 12. Lucky AW、Dagaonkar N、Lammers K、Husami A、Kissell D 和 Zhang K. 一种用于诊断大疱性表皮松解症的综合下一代测序检测方法。小儿皮肤病学。 2018;35:188---97。 13. Mariath LM、Santin JT、Frantz JA、Doriqui MJR、Kiszewski AE、Schuler-Faccini L. 巴西大疱性表皮松解症的遗传基础概述:发现新的和复发的致病变异。临床遗传学。 2019;96:189---98。 14.Yiasemides E、Walton J、Marr P、Villanueva EV、Murrell DF。透射电子显微镜与免疫荧光成像在大疱性表皮松解症诊断中的对比研究。 Am J Dermatopathol。 2006;28:387---94。 15. Saunderson RB、Vekic DA、Mallitt K、Mahon C、Robertson SJ、Wargon O. 一项回顾性队列研究,评估与免疫荧光和
Mark R. Abbott,俄勒冈州立大学地球、海洋与大气科学学院院长兼教授,科瓦利斯 Dan E. Arvizu,国家可再生能源实验室 (NREL) 主任兼首席执行官,科罗拉多州戈尔登 Bonnie L. Bassler,* 霍华德·休斯医学研究所研究员、普林斯顿大学 Squibb 分子生物学教授,新泽西州 Camilla P. Benbow,范德堡大学皮博迪学院教育与人类发展学院 Patricia and Rodes Hart 院长,田纳西州 John T. Bruer,詹姆斯·S·麦克唐纳基金会主席,密苏里州圣路易斯 France A. Córdova,普渡大学校长,印第安纳州西拉斐特 Kelvin K. Droegemeier,研究副校长、气象学摄政教授、俄克拉荷马大学 Norman Patricia D. Galloway 校长,Pegasus Global Holdings, Inc. 首席执行官,华盛顿州克利埃勒姆 José-Marie Griffiths ,布莱恩特大学学术事务副总裁兼大学教授,罗德岛州史密斯菲尔德 Louis J. Lanzerotti ,* 新泽西理工学院物理系太阳地球研究中心物理学杰出研究教授,纽瓦克 Alan I. Leshner ,美国科学促进会首席执行官兼《Science》执行出版人,华盛顿特区 W. Carl Lineberger ,科罗拉多大学博尔德分校 EU Condon 化学和生物化学杰出教授兼 JILA 研究员 GP “Bud” Peterson ,佐治亚理工学院校长,亚特兰大 Douglas D. Randall ,密苏里大学哥伦比亚分校跨学科植物组教授、托马斯·杰斐逊研究员兼名誉主任 Arthur K. Reilly ,思科系统公司战略技术政策退休高级总监,新泽西州欧申 Anneila I. Sargent,加州理工学院帕萨迪纳分校 Benjamin M. Rosen 天文学教授兼学生事务副校长 Diane L. Souvaine,塔夫茨大学计算机科学与数学教授,马萨诸塞州梅德福 Arnold F. Stancell,佐治亚理工学院亚特兰大化学与生物分子工程学院名誉教授兼 Turner 领导主席 Claude M. Steele,斯坦福大学教育学院院长,加利福尼亚州 Thomas N. Taylor,堪萨斯大学劳伦斯分校生态与进化生物学系 Roy A. Roberts 杰出教授、自然历史博物馆与生物多样性研究中心古植物学馆长 Richard F. Thompson,南加州大学洛杉矶分校心理学与生物科学 Keck 教授 Robert J. Zimmer,芝加哥大学伊利诺伊州校长
这项工作得到了骨治疗SA(目前是BioseNic SA)的支持,该研究参与了研究和分析的各个阶段,并涵盖了与开发和发表本文相关的成本。与修订的开发有关的成本由伊拉斯士医院涵盖。在研究期间,其中一位作者(MJ)证明了个人付款或收益,收到了Medacta International的10,000美元至100,000美元。在研究期间,一位或多个作者(MJ)的机构已从骨治疗学付款。在研究期间,一位作者(TT)证明了个人付款或有益的收据,其金额低于骨治疗剂,Amgen,Amgen,Arrow,Biogen,Biogen,Chugai,Grunenthal,Grunenthal,Jansen,Jansen,LCA,LCA,Lilly,Lilly,MSD,Norordic,Novartis,Novartis,sanoas,thuas,Sanoas,thuas,thu.thus and thu。在研究期内,更多的院子机构(kpg)已从骨治疗学,Zimmer Inc,Waldemar Link GmbH和Co KG和Aesculap AG中获得。一位作者(KPG)证明了个人付款或收益,即在Thestudyperiod期间,Inanamountofusd10,000,000,000,000,000,000,000 fromaesculapagandreimbursementfromzimmerbiommerbiommmerbiomet(教育事件)。在研究期间,一个或多个作者(OG和WS)是骨治疗的雇员。在研究期间,其中一位作者(BVB)证明了个人付款或收益,从骨疗法和诺瓦迪普获得了10,000至100,000美元的金额。该研究在http://www.clinicaltrials.gov(NCT01529008)上进行了注册。所有ICMJE对作者,临床骨科和相关研究®编辑和董事会成员的利益形式的冲突都与该出版物有关,并且可以根据要求查看。这项研究的伦理批准是从比利时布鲁塞尔的Cub-ulb Erasme获得的(BE01)。德国库尔恩大学(DE02); Chu Saint-Etienne - Comit´e Dey Protection des venses Sud-est 1,法国(FR01); NRES委员会伦敦 - 英国西伦敦和GTAC(UK01);和中心委员Mensgebonden Onderzoek,荷兰(NL01)。这项研究的伦理批准是从比利时布鲁塞尔的Cub-ulb Erasme获得的(BE01)。德国库尔恩大学(DE02); Chu Saint-Etienne - Comit´e Dey Protection des venses Sud-est 1,法国(FR01); NRES委员会伦敦 - 英国西伦敦和GTAC(UK01);和中心委员Mensgebonden Onderzoek,荷兰(NL01)。10在布鲁塞尔比利时:布鲁塞尔的楚圣皮埃尔;默克斯姆(Merksem)很少。南希Chu Amense-他的南部医院Amense; AnnastiftTift,汉诺威; Urzburg;格雷夫斯瓦尔德(Greifswald)的正骨; GmbH是Waldkrankenhaus。大型医院。