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C12 碳链在生物学中的重要性...
作者 R Platel · 2021 · 被引用 25 次 — 评估了这些化合物的体外抗真菌作用、植物防御诱导作用（过氧化物酶和过氧化氢酶活性）以及保护作用...
Zymobiomics DNA/RNA Miniprep Kit
产品说明Zymobiomics™DNA/RNA MiniPREP试剂盒设计用于从多种样品输入中纯化DNA和RNA（例如粪便，土壤，植物，水和生物膜），可用于微生物组或元基因组分析。Zymobiomics™创新裂解系统消除了与不同生物的不平等裂解效率相关的偏见（例如，革兰氏阴性/阳性细菌，真菌，原生动物和藻类）。提供的DNA/RNA Shield™在环境温度下保留核酸，提供了样品的无偏分子快照。该过程使用Zymo-Spin™色谱柱技术，可导致高质量的DNA和总RNA（包括小/microRNA 17-200 nt），该技术不含PCR抑制剂（例如多酚，腐殖质和富毒酸），可以用于RT-PCR，阵列，测序等。
小麦酵母菌效应分子阵列抑制植物免疫反应
图 1 Zymospetoria tritici 的各种效应物持续抑制 flg22 诱导的活性氧 (ROS) 爆发。候选效应物在本氏烟中用农杆菌瞬时表达。每片叶子的一半表达阴性对照 (sHF)，另一半表达效应物。渗入后 72 小时，用 flg22 处理叶子每一侧的叶盘。通过将表达效应物的叶盘的总发光度与阴性对照 (sHF) 进行比较，测量每次 ROS 爆发测定中所有叶盘的平均总相对发光 (RLU)。单独的实验进行了五次，每个图中有五个数据点表示。对于 Zt_2_242，有一个不符合要求的数据点。为了确认这是一个异常值，又进行了三次重复（即总共八个数据点）。与 sHF 对照相比，五种效应物被鉴定为 flg22 诱导的 ROS 爆发的显著抑制剂（Wilcoxon 检验：* p < 0.05，** p < 0.01）。
Zymo-Seq™ SPLAT DNA 文库试剂盒
产品描述 Zymo-Seq™ SPLAT DNA 文库试剂盒是一种多功能解决方案，可用于从各种样本类型中制备 DNA 文库。通过应用独特的单链文库制备方法——夹板连接接头标记 (SPLAT) 1 ，可以轻松地从基因组 DNA、无细胞 DNA 甚至 FFPE 衍生的 DNA 中制备 DNA 文库。此外，SPLAT 技术允许将接头直接连接到每个 DNA 片段的天然末端，同时消除了末端修复的需要并确保保留所有原始核苷酸。此功能可通过揭示整个 DNA 片段中的更多 SNP、INDEL 和变体来提高测序性能。 Zymo-Seq™ SPLAT DNA 文库试剂盒只需两个简单步骤即可轻松生成 10 ng 至 500 ng 预片段化 DNA 输入文库：(a) 同时将单链 DNA 与独特的夹板接头连接，以及 (b) 使用独特的双索引通过 PCR 扩增文库。通过采用高效且用户友好的简单工作流程，Zymo-Seq™ SPLAT DNA 文库试剂盒可在短短 3 小时内生成可用于 DNA 测序的高质量文库。
2024-弹药 - 瓦斯特瓦特 - 塞 - nextseq-zymo-poster.pdf
废水监视已成为公共卫生流行病学中的关键工具。特别是由19009年大流行的催化，现代文化独立的测序方法由于能够提供全面的观点而变得必不可少。在这项研究中，我们提出了一种创新的，综合的方法，用于同时病原体检测，抗菌耐药性（AMR）监测以及废水系统中的功能分析。通过利用Zymo Research提供的先进样品制备技术并利用PACBIO ONO SO-READ-READ测序，我们的目标是提高我们对废水环境中微生物动力学的理解。
Zymobiomics®微生物社区DNA标准II（...
产品描述Zymobiomics®微生物群落DNA标准II（对数分布）是八个细菌和两种真菌菌株的基因组DNA的混合物。微生物标准是准确表征的，并且包含可忽略的杂质（<0.01％）。它是通过从十种微生物菌株的纯培养物中提取的汇总DNA构建的。在合并之前对每个纯培养物的DNA进行了量化。混合后，使用基于NGS的测序确认微生物组成（图1）。该微生物标准可用于评估微生物工作流程的性能，也可以用作常规QC目的的阳性对照。DNA样品混合以创建对数分布的丰度（表1），这使用户可以轻松评估微生物学工作流的检测极限。1 µL标准（11 ng DNA）可用于评估标准中包含的金黄色葡萄球菌的丰度，该检测极限为0.000089％，相对丰度为0.000089％，或相当于3个细胞的DNA量。如果需要，标准也可以与人类基因组DNA相混合，例如人类HCT116 DKO DNA（＃D5014-1），以模仿人类微生物组样本。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。从下面的链接中获得了这些菌株的16S＆18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）。如果您需要帮助分析从此标准2生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip关于微生物组标准需求的背景：微生物组成概要配置文件在下一代测序中启动了由Microbobiomics和Metegenomics研究的常规测序，并成为了MetageNomics的常规研究。众所周知，这些分析技术在工作流程的每个步骤中都会遭受偏差和错误，包括DNA提取，图书馆制备，测序和生物信息学分析。要评估不同微生物学工作流的性能，该领域迫切需要可靠的参考材料，例如具有定义成分的模拟微生物社区。1个基因组DNA；该DNA标准不是独立于Zymobiomics®微生物社区标准II（＃D6310）的直接衍生物和制造。2我们可以使用内部管道来帮助评估该标准的测序数据中的偏差程度。
Zymobiomics®微生物社区DNA标准
产品描述Zymobiomics®微生物群落DNA标准是从八个细菌和两种真菌菌株的纯培养物中分离出的基因组DNA的混合物。在混合1之前将来自每个纯培养的基因组DNA分离和定量。含有基因组的GC含量2覆盖范围从15％到85％。微生物标准是准确表征的，并包含可忽略的杂质（<0.01％）。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。该产品是评估与图书馆准备，测序和生物信息学分析相关的偏见和错误的理想选择。它非常用作基准微生物学或元基因组学分析的性能或作为LAB间研究的质量控制工具的微生物标准。此标准也是帮助用户构建和优化工作流程的理想选择，例如评估PCR嵌合体速率（图1），并在16S rRNA基因靶向测序中删除假阳性（图2），并评估shot弹枪元基因组测序的测序覆盖范围中的GC偏置（图3）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株3的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。
Zymobiomics™RNA Miniprep套件
产品描述Zymobiomics™RNA MiniPrep套件设计用于从各种样品输入（例如，粪便，土壤，植物，水，水和生物膜）中纯化RNA，可用于微生物组或元基因组分析。Zymobiomics™创新裂解系统消除了与不同生物体（例如，革兰氏阴性/阳性细菌，真菌，原生动物和藻类）的不平等裂解效率相关的偏差。提供的DNA/RNA Shield™在环境温度下保留核酸，提供了样品的无偏分子快照。该过程使用Zymo-Spin™色谱柱技术，可导致高质量的总RNA（包括小/microRNAS 17-200 nt），没有PCR抑制剂（例如，多酚，腐殖醇，腐殖质酸和Fulvic Acids），可以用于RT-PCR，阵列，测序等，等等。
ZymoPURE™ II 质粒大量制备试剂盒
2. 加入 150 ml ZymoPURE ™ P2（蓝色），立即轻轻颠倒试管 6 次混匀。不要涡旋！室温下放置 3-5 分钟 3。当溶液呈清澈、紫色且粘稠时，表示细胞完全裂解。 3. 加入 150 ml ZymoPURE ™ P3（黄色），轻轻颠倒试管但彻底混匀。不要涡旋！样品完全变黄后再颠倒试管 5 次。中和完成时，样品将变黄，并形成淡黄色沉淀。 4. 将 ZymoPURE ™ Giga Filter 放在 33 mm 或 45 mm 颈玻璃瓶上，并将裂解物装入 ZymoPURE ™ Giga Filter 中。确保 ZymoPURE ™ Giga Filter 牢固地放在玻璃瓶顶部，等待 10 分钟让沉淀浮到顶部。 5. 将 ZymoPURE ™ Giga 过滤器连接到真空源并打开真空 4 直到回收约 375 ml 澄清的裂解物。保存澄清的裂解物！从千兆过滤器中回收约 375 ml 的裂解物对于下一步至关重要。如果澄清的裂解物体积低于约 375 ml，请参阅附录第 10 页有关调整步骤 6 中使用的 ZymoPURE™ 结合缓冲液体积的信息。
Zymobiomics®微生物社区标准
产品描述Zymobiomics®微生物社区标准是一个模拟微生物群落，由八个细菌和两种真菌菌株组成。它包括三种易于溶解的革兰氏阴性细菌（例如大肠杆菌），五种很难透明的革兰氏阳性细菌（例如单核细胞增生李斯特菌）和两种难以散热的酵母（例如Neoformans的加密环球）（表1）。这些菌株中的七个是已知的人类病原体，并已用DNA/RNA Shield™（R1100-50）完全灭活。包含的基因组的GC含量1覆盖范围从15％到85％。该标准是通过汇总十种微生物菌株的纯培养物来构建的。在合并之前对每个纯培养物的细胞和DNA含量进行了定量。根据预定的组成混合培养物（表1）。微生物标准是准确表征的，并保证包含<0.01％的杂质。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。从一开始就用作定义的输入，该标准可用于指导整个工作流程的构建和优化，或作为LAB研究间研究的质量控制工具。使用该标准进行基准测试，我们发现该领域中当前使用的大多数引用的DNA提取方法，包括人类微生物组项目粪便DNA提取方案，都是巨大的偏见（图1）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株2的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。1 GC内容可能会导致基于PCR的库中shot弹枪测序工作流程中测序覆盖范围的偏差。2标准内的几种菌株被从ZRC190633开始的类似菌株取代。此更新不会影响标准的物种组成。请参阅附录C以检查您的产品是否来自较旧的批次，并在需要时找到正确使用的参考数据库。