XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systema549
STK11的实验“功能丢失”注释...
丝氨酸苏氨酸激酶11（STK11）中功能（LOF）突变的丧失发生在15％的肺腺癌中，并且已被证明在临床上以及临床前模型中促进了对免疫检查点阻断的抗性。尽管STK11在人类癌症中通常被灭活，对治疗结果的影响很大，但是从功能上表征了从肿瘤样品中鉴定出的STK11突变。TNG260是Corest的一种抑制剂，目前正在研究与Pembrolizumab结合使用STK11-突变癌（NCT05887492）。患者有资格参加TNG260期1/2期试验，如果他们的肿瘤含有有害的STK11突变。为了开始对未经注销的变体进行分类，从STK11文献或肿瘤测序数据的公共存储库中鉴定出超过2,000个不同的突变，例如AACR Project Genie和Clinvar。在可能的情况下，从文献或诸如Polyphen-2之类的预测工具中捕获了功能丧失注释。但是，许多STK11变体，尤其是错义突变，从未在功能上表征。我们开发了一种功能筛选方法，使用肺腺癌细胞系A549表征STK11改变。A549细胞包含通过Q37处的截短突变纯合损失STK11，并且在这些细胞中重新表达了野生型STK11的表达，严重损害了它们在体外和体内的生长。我们创建了一个STK11变体cDNA的库，每个cdnas包含一个唯一的条形码。在屏幕末端，使用每个突变cDNA的独特条形码通过NGS对变体进行了定量，并将其与良好的对照对照进行了比较。该文库在A549中表达，并在体外或体内保持细胞，以允许对STK11功能丧失变体进行积极选择，并且耗尽了像野生型STK11的变体。这些数据被组装成生成TNG260Muntfinder.com-第一个策划具有功能注释的STK11变体的网站。
希腊生物化学和...学会青年科学家日
包括细胞增殖、细胞周期调控和 DNA 损伤反应，并且与多种癌症类型的癌症干细胞维持和化学耐药性有关。通过代谢环磷酰胺及其类似物（例如马磷酰胺；MF）等药物，ALDH3A1 导致肿瘤耐药性，突出表明它是化学增敏疗法的靶点。在目前的研究中，我们研究了一种新型 ALDH3A1 相互作用十二肽 (P1) 对 ALDH3A1 活性的抑制作用，表明 P1 显着降低了重组人蛋白和表达 ALDH3A1 的 A549 肺腺癌细胞中的酶功能。我们还与已建立的 ALDH3A1 抑制剂 CB29 一起评估了 P1 对 A549 对 MF 化学敏感性的影响。P1 和 CB29 都显着增强了 MF 化学敏感性。细胞活力和凋亡测定证实 P1 增加了 MF 诱导的细胞死亡。为了在分子水平上解释 P1 效应，用悬滴蒸汽扩散法制备了 ALDH3A1/P1 复合物晶体。在欧洲同步加速器站点收集了高分辨率 X 射线衍射数据，数据分析揭示了肽在结合底物口袋附近的确切结合位置，从而解释了观察到的抑制作用。生物信息学预测表明 P1 可能与其他 ALDH 家族成员相互作用，正在进行的实验重点是确认其选择性。这些发现表明 P1 具有作为化学增敏剂的良好潜力，并且是进一步研究 ALDH3A1 在癌症生物学中的作用的宝贵工具。
针对 EGFR 和 PD-L1 的双受体特异性纳米粒子可在癌症治疗中增强多西他赛的递送
含有两种不同靶向剂的双受体靶向 (DRT) 纳米粒子可能比没有额外功能的单配体靶向纳米粒子系统表现出更高的细胞选择性、细胞摄取和对癌细胞的细胞毒性。本研究的目的是制备 DRT 聚（乳酸-乙醇酸）（PLGA）纳米粒子，用于将多西紫杉醇 (DTX) 靶向递送至 EGFR 和 PD-L1 受体阳性癌细胞，例如人多形性胶质母细胞瘤 (U87-MG) 和人类非小细胞肺癌 (A549) 细胞系。将抗 EGFR 和抗 PD-L1 抗体修饰在负载 DTX 的 PLGA 纳米粒子上，通过单乳液溶剂蒸发法制备 DRT-DTX-PLGA。还评估了 DRT-DTX-PLGA 的物理化学表征，例如粒度、zeta 电位、形态和体外 DTX 释放。 DRT-DTX-PLGA 的平均粒径为 124.2 ± 1.1 nm，具有球形和光滑的形态。在细胞摄取研究中，U87-MG 和 A549 细胞内吞的 DRT-DTX-PLGA 为单配体靶向纳米粒子。从体外细胞毒性和细胞凋亡研究中，我们报告说，与单配体靶向纳米粒子相比，DRT-DTX-PLGA 表现出高细胞毒性并增强细胞凋亡。DRT-DTX-PLGA 的双受体介导的内吞显示出高结合亲和力效应，导致细胞内 DTX 浓度高，并表现出高细胞毒性。因此，DRT 纳米粒子通过提供比单配体靶向纳米粒子更高的选择性来改善癌症治疗。
表征和评估铜纳米颗粒的细胞毒性，抗氧化剂和抗人类肺癌特性，沿PI3K/AKT/MTOR信号途径在PI3K/AKT/MTOR信号途径之后通过茴香提取物进行绿色合成
这项工作确立了用茴香提取物制造的铜纳米果（Cunps）的细胞毒性，抗氧化剂和抗癌作用，尤其是在非小细胞肺癌（NSCLC）上。cunps以两种NSCLC细胞系A549和H1650以剂量依赖性方式引起细胞毒性。在100μg/mL时，CUNPS在A549细胞中降低到70％，H1650细胞中的65％。显示出细胞毒性作用（p <0。05）。乳酸脱氢酶（LDH）相应地在细胞中以很高的比例存在，在测试时证明。及其细胞毒性特性，Cunps表现出较高的抗氧化活性。当纳米颗粒的浓度高（100μg/ml）时，浓缩氧（ROS）的比率降低了多达50％，这反过来又表明抗氧化活性。有很多证据表明Cunps具有抗癌潜力。分子对PI3K/AKT/MTOR途径的影响已经表明，这是对癌症存活至关重要的途径之一。Western印迹分析和QRT-PCR结果表明，在CUNP暴露时，该途径中蛋白质会广泛降解。有趣的是，以100μg/ml的磷酸化下降了高达75％的PI3K，AKT和MTOR（P <0。001）。总之，这些发现说明了CUNPS治疗作用背后的机制，从而使它们成为NSCLC治疗的良好靶标。Cunps具有细胞毒性和抗氧化能力，以及肺癌途径的重大改变，因此可以将其视为抗癌候选者。
在CBP突变体癌症中发现和表征具有有效抗肿瘤活性的P300选择性降解器
（a）通过A549细胞中的p300或CBP测量的降解的选择性。化合物1：ABSDC 50 = 3.2nm，dmax = 90％;化合物2：ABSDC 50 = 1.2nm，DMAX = 87％。（b）孵育6H后通过蛋白质印迹的剂量反应显示H1299细胞中P300的选择性。（c）全局蛋白质组学说明了H1299细胞的选择性。（d）p300的降解取决于UPS系统，这是通过对Neddylation抑制剂（MLN-4924，1μM），Creblon（CC-220，1μM）或蛋白酶体（MG-132，1μm）进行预处理所证明的。（E）通过Hibit测定法测量的p300降解的动力学。
原创研究基因编辑和RNA结合蛋白IGF2BP2/IMP2的小分子抑制剂展现出作为抗癌药物靶点的潜力
背景：RNA 结合蛋白 IGF2BP2/IMP2/VICKZ2/p62 是一种癌胚蛋白，在几种癌症实体中过表达。利用 IMP2 敲除的结肠直肠癌细胞，我们可以展示 IMP2 在几种癌症特征中的重要作用。本研究旨在从功能上表征肺癌（A549、LLC1）和肝细胞癌（HepG2、Huh7）细胞系中的 IMP2，以评估其作为这些癌症实体的潜在靶点的作用。方法：通过 CRISPR/Cas9 及其变体方法主要编辑产生 IMP2 敲除；通过下一代测序验证两种单向导 RNA（sgRNA）的编辑效率。我们研究了 IMP2 敲除对细胞增殖、菌落形成和迁移的影响，并采用了 IMP2 的小分子抑制剂。结果：尽管多次尝试，但无法在 A549 和 Huh7 细胞中产生 IMP2 双等位基因敲除。两种 sgRNA 均表现出良好的编辑效率。然而，编辑后的细胞失去了增殖能力。使用 CRISPR/Cas9 在 LLC1 细胞中生成 IMP2 双等位基因敲除的尝试取得了成功。IMP2 的单等位基因敲除细胞系显示 2D 细胞增殖减少和迁移减少。在 3D 培养中，观察到形态从紧凑的球体变为松散的聚集体，并且 IMP2 敲除的集落形成能力明显降低，这种效果与先前发现的 IMP2 抑制剂化合物相似，也显示出对集落形成的抑制作用。结论：我们的体外靶标验证支持 IMP2 对几种癌症实体中的肿瘤细胞增殖、迁移和集落形成至关重要。
完整的单元工程解决方案
图1。用Truecut Cas9蛋白V2和相应的TrueGuide SGRNA对多个基因靶标的基因组编辑进行。使用优化的转染方案和脂肪切开胺CRISPRMAX转染试剂在两种细胞系中实现：A549，人类肺癌细胞系；和人类乳腺癌细胞系MDA-MB231。这些图还比较了使用其他供应商的产品和推荐协议比较相同的实验。使用Invitrogen产品，与其他供应商的产品和协议相比，低效基因座（PRKCG和CMPK1）的裂解效率得到提高，并显示出较高的效率，最高两倍。
原创 β-榄香烯通过wnt/β-catenin通路抑制非小细胞肺癌上皮间质转化
摘要：目的：肺癌是全球癌症相关死亡的首要原因，在各类肺癌中，非小细胞肺癌（NSCLC）的发病率最高。肿瘤微环境中的上皮间质转化（EMT）在NSCLC的侵袭和肿瘤转移中起着重要作用，Wnt/β-catenin通路已被证实参与NSCLC的EMT。本研究探讨了β-榄香烯在两种不同类型的NSCLC细胞中的表达及其对增殖、凋亡、侵袭和EMT的相关作用。方法：本研究以A549和H1299细胞为研究对象，采用MTT实验检测细胞增殖，用Annexin V/PI检测试剂盒检测细胞凋亡，通过Transwell实验检测细胞侵袭能力，用Western印迹法检测Wnt/β-catenin通路靶基因表达和相关EMT蛋白。结果：我们发现β-榄香烯以浓度依赖性的方式下调A549和H1299细胞的增殖能力并诱导细胞凋亡。我们发现用β-榄香烯预处理细胞24小时可降低细胞的侵袭能力。我们还发现β-榄香烯上调EMT相关蛋白E-钙粘蛋白的水平并下调波形蛋白、β-catenin和N-钙粘蛋白的水平。LiCl引发Wnt/β-catenin信号传导可逆转β-榄香烯对NSCLC细胞侵袭和EMT相关转录因子表达的影响。此外，LiCl还可逆转β-榄香烯对NSCLC细胞增殖和凋亡过程的影响。结论：我们的研究结果首次显示β-榄香烯通过Wnt/β-catenin通路抑制NSCLC细胞的EMT及侵袭，提示β-榄香烯可能具有预防NSCLC转移的作用。
研究论文 LncRNA XIST 充当 MicroRNA-520 海绵，通过 CeRNA 网络介导 BAX 来调节 NSCLC 细胞中的顺铂耐药性
背景：近年来，LncRNA作为竞争性内源性RNA（ceRNA）的一员，在肺癌耐药中发挥着重要作用。本研究旨在利用全面的ceRNA网络识别顺铂耐药肺癌细胞的潜在生物标志物。方法：GSE6410（GPL-201）分析了A549 NSCLC细胞中顺铂耐药基因表达变化。GSE43249（GPL-14613）包括源自顺铂耐药A549肺细胞的非编码RNA表达谱。在线分析工具GEO2R分析了差异表达的mRNA和miRNA（DEmRNA和DEmiRNA）。为了探索差异表达mRNA的功能富集意义，我们使用了GO（基因本体）和KEGG（京都基因和基因组百科全书）通路分析。通过 miRDB、Targetscan、Starbase 和 miRWalk 寻找靶向 miRNA，采用 Kaplan-Meier 曲线法对靶向 RNA 的临床生存率进行分析（ P<0.05），Starbase 数据库预测了潜在的 lncRNA 介导的靶向 miRNA。最后利用 cytoscape3.7.2 构建了 lncRNA、miRNA、mRNA 的新型 ceRNA 网络。结果：118 个差异表达的 mRNA 构成了介导的 ceRNA 网络的基础。DAVID 和 Kaplan-Meier 筛选出凋亡调节因子 BAX，维恩图显示 8 个 miRNA 共同调控 BAX。Starbase 预测 lncRNA XIST 介导的 miRNA。最后，lncRNA XIST 可能是调节肺癌细胞顺铂耐药性的有用生物标志物，进一步探讨了 BAX 可能影响肿瘤浸润免疫细胞。结论：LncRNA XIST在BAX调控顺铂耐药过程中与miRNA 520竞争性结合，参与p53信号通路引起细胞凋亡。
使用 24 孔板脂质体转染技术对含有 RNP 的永生化细胞系进行 CRISPR 编辑
本方案描述了如何将由纯化的 Cas9 核酸酶与化学修饰的合成单向导 RNA (sgRNA) 组成的核糖核蛋白 (RNP) 复合物递送至标准永生化细胞系（粘附或悬浮）。尽管针对 HEK293（人胚胎肾 293 细胞）进行了优化，但本方案可能适用于许多其他细胞系（例如 A549、U2OS、HeLa、CHO、MCF-7）。RNP 递送是使用 Lipofectamine™ CRISPRMAX™ 转染试剂完成的。化学修饰的 sgRNA 旨在抵抗核酸外切酶的降解并防止可能导致细胞死亡的先天性细胞内免疫级联。本方案可用于转染 EditCo 的多向导基因敲除试剂盒。