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NOCASE-AGO_1968-65-000-WEB-0.pdf
经总统批准，1918 年 7 月 12 日国会通过的《荣誉勋章》（经 1918 年 3 月 3 日法案、1918 年 7 月 9 日法案和 1919 年 7 月 22 日法案修订），授予在生命危险之上表现出勇敢和英勇的荣誉勋章，由部门或个人以国会的名义授予：Speciakt Four Raymond R. I. T., I. G., 'C11i1ell Statrs Anny, "lio, on '2 }Iay l!, d1ik 5,ervi11g tt.sa步枪手和连队，第 3n1 营，1977 年。在越南共和国区，他亲自在一次战斗巡逻中杀死了敌人。这里早些时候曾发生过伏击。:::;专家 lVN'。它很小，只是从敌方掩体中发出了更激烈的攻击性武器射击。ldier Jc,ape,1 到 th.,. :np of n c1ikࠌ, 到 as 0 ;anlt positio11。 _\nne<1 ,_.ith : 1 , 步枪 :uHl ,c,n,1·,ll .ࠍTe11:1c1es, k: :1:"l Lis eornrade expo:oe,l tlw111ieht•,; :c i1:t,:be tit·e from the lnn1kers a:: t'.1'·ࠎ- c·11:u·g'-'cl 最近的。专家 1Vl'ig ht 冲向掩体，投掷手榴弹，杀死了里面的人。然后，枪手跑向掩体。\·o ,ol(liers)u;.d1 ah:1il oi: ffre :o th,, S('C'J,lll 。\同时他的敌人用手与他搏斗:ࠏ madiine /:Hi:. 专家 lVri ui,c' 负责杀死 l'll<'li'Y rii!c•rn,t,1 ,,-itli a grrwH1e。Tlw t ,1·,, .ࠑ:llch,1· workl'c1 thvil' iYay thr,rn;.d1 lc'm::inin'.!.· b11nkers，敲门 nnt furn·（Jf ti1en1。Tln·ou1 .. d101;t 他们愤怒的 a,,s:rnl,, ࠒppࠓ·i:11ist 1r1·ir;ht aml hi,: emtll',lllP !t:1'1 Leen :tlnio"t cm1ti11u,:1dy expo"l'd to tii,c•rbf:' 狙击轮胎从 tlw trerlirn：作为 t1ic' 敌人 1lrs1w1·,11,,]y songh！ 10 点，他们开始进攻。在防御系统的支持下，士兵们进入树林，迫使狙击手撤退，立即给予攻击，并将敌人从友军部队中驱逐出去，这样他们就可以在没有进一步伤亡的情况下穿过开阔地。当弹药耗尽时，Pxlinuste,1 专家立即返回他的部队协助撤离敌人的部队。这次单人进攻将敌军的一个排从 n 赶出。保持阵地，对抗敌人的大量伤亡，避免更多的冲突。专家们的“外在英雄主义，共同战斗精神”令人难忘。
IM 4.120
附件 A — 交换项目的文化资源流程图 附件 B — 联邦援助项目的文化资源流程图 首字母缩略词 ACHP - 历史保护咨询委员会 APE - 潜在影响区域 CRA - 文化资源评估 CRE - 文化资源评估 FEMA - 联邦紧急事务管理局 FHWA - 联邦公路管理局 HPC - 历史保护委员会 HS - 历史学会 LEB - 位置和环境局 LPA - 地方公共机构 MOA - 协议备忘录 NEPA - 国家环境政策法 NRHP - 国家历史名胜名录 OSA - 州考古学家办公室 SHPO - 州历史保护官 SOI - 内政部长 USACE - 美国陆军工程兵团 定义 考古遗址：人们活动的遗迹。这些可分为历史遗址或史前遗址。历史遗址包括先锋农场、小木屋遗址或密苏里河德索托湾沉没的伯特兰号汽船等遗址。史前遗址通常包括美洲原住民营地、村庄、工具制造地点和墓葬遗址。文化资源：一个通用术语，泛指与人类活动和建筑景观相关的多种资源，无论是相对较近的还是来自遥远的过去。一些文化资源符合《国家历史保护法》第 106 节定义的历史财产；该定义也适用于爱荷华州法典下的历史遗址。地面扰动：在农村横截面的前坡脚外，项目活动将进行挖掘或其他地面扰动（即后坡和原始沟渠底部被视为地面扰动）。对于城市横截面，这将低于路基顶部或低于 1960 年以来完成的路基准备工作，深度为 12 英寸。现有的公用设施沟槽，其中地面之前曾被扰动，包括放置在公用设施沟槽中的任何基层（通常是岩石），不被视为地面扰动。请参阅示例横截面。横截面只是任何可能存在的地面扰动的一个例子，并不涵盖所有潜在情况。历史遗产：任何史前或历史街区、遗址、建筑、结构或物体，包括国家史迹名录 (NRHP) 中或有资格列入其中的史前或历史街区、遗址、建筑、结构或物体，包括与此类街区、遗址、建筑、结构或物体相关的文物、记录和遗迹。历史遗产包括历史谷仓、历史街区、考古遗址和其他遗产。要被视为历史遗产，房屋、谷仓或桥梁必须至少有 50 年的历史。虽然不常见，但有些不到 50 年的历史的遗产被归类为历史遗产。
鲍威尔湖管道项目环境影响报告草案
根据第 12898 号行政命令《联邦采取行动解决少数民族和低收入人群的环境正义问题》（59 FR 7629；1994 年 2 月 16 日），环境正义成为全面环境影响研究 (EIS) 中要考虑和评估的约 23 个变量之一。其目的是让联邦政府关注联邦行动对少数民族和低收入人群的环境和人类健康影响，目标是实现所有社区的环境保护。该法规以来自全国各地的学者的工作为基础，其中最著名的是密歇根州安娜堡密歇根大学社会研究所 (ISR)。ISR 和自然资源学院的教授 Bunyan Bryant 研究了城市发展对非洲血统社区的不同影响（Bryant 1990；Bryant 和 Mohar (eds,) 1992）。他的研究数据支持并得出结论：由于各种扰乱地面的城市发展，尤其是与道路和其他基础设施建设相关的发展，居住在城市地区的贫困非洲裔人群和社区遭受了精神和身体健康问题，并对其社会产生了不利影响。这项工作成为制定新的环境正义变量的基础，以便在全国范围内的环境评估和相应的 NEPA 文件 (https://www.youtube.com/watch?v=hbUSzzw- b0Y) 和 (https://www.epa.gov/laws-regulations/summary-executive-order-12898-federal-actions- address-environmental-justice) 中一致应用。从那时起，环境正义变量就被适当地应用于评估美洲原住民的差异影响，包括各种拟议的扰乱地面的项目和相关的联邦事业。一个显著的例子是内华达试验场全场环境影响报告 (SWEIS)（1996 年，第 1 卷，附录 G），其中美国原住民环境正义的范围扩大到包括圣地影响、访问违规以及健康和社会影响。评估圣地影响的时间表导致分析范围扩大到包括研究区域内居住的美国原住民被侵占并被迫在其他地区寻求庇护的最初时期。这些侵占未经正式条约批准，因此源于自 1849 年左右以来美国公民的非正式流动（Sutton 1996）。能源部得出结论，由于其独特的情况和相应的联邦关系和信托责任，SWEIS 中确定的圣地的美国原住民部落不需要拥有当地人口的比例或目前居住在研究区域。这些理解继续在与该地区众多联邦机构相关的环境评估工作中得到承认，包括但不限于能源部和国防部以及美国森林和鱼类及野生动物服务局（美国印第安作家小组 1996、1999、2013、2016；CGTO 文件审查小组 2016；Stoffle 等人 2018）。拟议的 LPP 潜在影响区 (APE) 穿过南派尤特人的圣地。它特别影响圣胡安南派尤特部落、凯巴布派尤特印第安人以及犹他州派尤特印第安部落代表的各个部落。南部的原住民土地
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1-Mon 274 Elena I Zavala评估了7月8日星期一在遗传祖先的法医分析的准确性，以超越种族和血统的人类同伙：迈向基因组学的关系思维。2-MON 812 Alex Diaz-Papkovich的拓扑数据分析与生物库数据中逐个状态之间的连接在7月8日，星期一8月8日，人类同伙之外的种族和祖先聚类：基因组学的关系思维。3-Mon 98在Denisova Cave的Alexandre Gilardet古代DNA筛选，以探索BOS/BOS混合物7月8日星期一探索混合物的进化效果。4-MON 137 NILOOFAR NILOO ALAEI KAKHKI差异降低渗透在邦特混合区域中阐明了7月8日星期一初期的早期遗传屏障的基因，探索了混合物的进化影响。5-MON 156 THOMAS L SCHMIDT GLOBAL，异步在7月8日星期一8月8日星期一在埃德斯埃及埃及蚊子中的多种杀虫剂抗性基因扫描，探索了混合物的进化效应。6-MON 260 Linda Hagberg不同的生殖隔离度量反映了7月8日星期一的物种形成的不同阶段，探索了混合物的进化效应。7-MON 282 DASHIELL J MASSEY将机制与祖先种群中祖先分类的结局区分开来，7月8日星期一探索了混合物的进化效应。8-mon 284妮可·弗利（Nicole Foley）在7月8日星期一在胎盘哺乳动物中复杂物种形成期间的系统基因信号和重组率的共同进化，探讨了混合物的进化效应。9-Mon 447 RamGonzález-Buenfil追踪混合物在墨西哥生物库中选择签名中的影响。7月8日星期一探索混合物的进化影响。10-MON 468 Alaina L Brenner非人类灵长类动物模型，用于人类的渗入和遗传混合物7月8日，星期一，探讨了混合的进化效应。11-MON 754 TSHR基因中的Lauren Hennelly Divergent Ancestry与7月8日星期一在狗驯化期间季节性繁殖的变化有关，探讨了混合物的进化效应。12-MON 779瓦伦蒂娜·布尔斯卡亚·多布津斯基·穆勒（Valentina Burskaia dobzhansky-Muller）不兼容和自适应intodressions促进了贝加尔湖两领域的爆炸性物种，7月8日星期一，探索了混合物的进化影响。13-MON 953 NIKITA TIKHOMIROV基因组稳定性超过6500万年，促进了7月8日星期一8月8日星期一，在多倍体Potamogeton中促进了种间特异性杂交，探索了混合物的进化效应。14-MON 965 NEMO Valentin Robles探索了7月8日星期一8月8日星期一探索剑尾tail（Xiphophorus）的最新进化，探索了混合物的进化效应。15-MON 979 LAURA ALEJANDRA NAJERA CORTAZAR CORTAZAR CORTAZAR生态基因组结构在Baja California半岛和墨西哥西部的Myotis蝙蝠复合体7月8日星期一7月8日星期一探索了混合物的进化影响。16-MON 1024 Kasper Munch在狒狒中的混合不兼容性的选择表明，Haldane的时间尺度类似于7月8日星期一8月8日星期一，探索了混合物的进化效应。17-MON 1100 Yuridia selene posadasgarcía对复杂性状和疾病的遗传作用在7月8日星期一在墨西哥生物库中的不同大陆祖先的各个段相似，7月8日星期一，探索了混合物的进化影响。18-MON 85亚历山大·斯塔尔（Alexander L Starr）简单，一般测试，用于加速进化和积极选择，7月8日星期一，人类在基因组时代的人类进化。19-MON 112 DAE-SOO KIM KIM多样化的多种模式的可转座元件表达式在恒河猴表现出的组织跨组织表现出来，并可能调节基因组时代的7月8日相邻Gmonday的基因表达。20-Mon 131伊莎贝拉·阿尔维姆（Isabela Alvim）揭示了古代人类蛋白对现代人类的3D基因组相互作用，免疫途径和基因表达的基因组影响。21-Mon 165 Alan Izarraras-Gomez使用局部家谱在7月8日星期一在基因组时代的人类进化进行了适应性效应的分布。22-MON 181 ULISESHERNándezMartíndel露露有害突变的积累：弱的上毒和补偿性有益突变的作用和基因组时代的人类进化。23-MON 245 ANDERS POULSEN CHARMOUH估计基因组时代7月8日星期一的PACBIO HIFI数据中的基因转化道的长度和速率。24-MON 253朱利亚·费拉雷蒂（Giulia Ferraretti）建立了整合的分析管道，以探索现代人类种群在7月8日星期一在基因组时代的人类进化而发展的复杂自适应特征的遗传结构。25-MON 351 Hossameldin loay的选择作用于人类谱系中的编码序列。 7月8日星期一，基因组时代的人类进化。 26-MON 365 LAURA L COLBRAN全球自然选择的全球模式在基因组时代的人类进化。 7月8日星期一，基因组时代的人类进化。25-MON 351 Hossameldin loay的选择作用于人类谱系中的编码序列。7月8日星期一，基因组时代的人类进化。26-MON 365 LAURA L COLBRAN全球自然选择的全球模式在基因组时代的人类进化。7月8日星期一，基因组时代的人类进化。27-MON 407 ELISE KERDONCUFF 50,000年的印度进化历史：7月8日星期一，来自2,700个整个基因组序列的见解，在基因组时代的人类进化。28-MON 441 CHARIKLIIA KARAGEORGIOU AMY1基因重复启动了淀粉酶基因座，用于自适应进化，因为农业在7月8日星期一在基因组时代的人类进化。29-MON 442 MARIKO ISSHIKI遗传适应和人口统计学历史，在稻米驯化时期，在7月8日星期一，基因组时代的人类进化。30-Mon 445 Bridget Chak从觅食到耕作：追踪农业采用对适应和选择的影响，使用全基因组测序7月8日，星期一，基因组时代的人类进化。31-MON 506 NATHAN CRAMER空间基因组量表和人类种系突变景观的决定因素，7月8日，星期一，基因组时代的人类进化。32-MON 532 JIWON LEE在人类基因组中，大量的小说翻译开放式阅读框在基因组时代的人类基因组中中性地进化。33-MON 586 sayaka chiku在人CYP1A2基因中特定SNP是否有种群分化？34-MON 610 JOHANNE ADAM遗传适应亚洲人类对其环境的遗传适应于7月8日，星期一，在基因组时代的人类进化。35-Mon 659 Gabriela Procopio Leite探索了基因组时代的7月8日星期一在人类基因组中的基因家族大小及其相关的假基因的景观。36-Mon 718 Risa L. iwasaki对日本人口的SLC8A1地区最近选择的特征调查了7月8日星期一的基因组时代的人类进化。37-MON 795何塞（Jose）一个城市阿拉贡的基因组历史，斯里兰卡的阿迪瓦西和僧伽罗人种群在基因组时代的人类进化。38-MON 807 UJANI HAZRA揭示了非洲男子在基因组时代的7月8日星期一在非洲男性中雄激素脱发的遗传结构和进化根。39-MON 815 Inez derkx在7月8日星期一8月8日星期一，基因组时代的人类进化。40-MON 821 XINRU ZHANG动态速率和猿型端粒至核基因组中核苷酸取代的模式：性别染色体在7月8日星期一在基因组时代的人类进化的实质性作用。41-MON 938 MICHAEL E GOLDBERG在Short Tandem中的中断动力学的动态动力学在7月8日星期一重复了基因组时代的人类进化。42-Mon 962 Yaen Chen比较尼安德特人的渗入地图，揭示了算法，人群和假设之间的实质异质性，并在基因组时代的7月8日星期一的人类进化。43-Mon 1006 Marybeth Baumgartner建模基因调节机制，促进了人类大脑皮层在基因组时代的人类进化。44-MON 1046 ANA VICTORIA LEON APODACA调查了纯合性和人类身高变化之间的关系，超过35，000年，超过35，000年，在7月8日星期一8月8日，基因组时代的人类进化。45-MON 1065 ALOUETTE ZHANG通过连锁不平衡统计DZ探索选择性扫描：模拟和经验研究7月8日，星期一，基因组时代的人类进化。7月8日星期一开放研讨会46-MON 1082 Rodelmar Ocampo精细的遗传结构和自然选择巴基斯坦族裔群体内和整个基因组时代的人类进化。47-MON 1090 BREANNA TAKACS研究了早期神经发育在人脑进化中的作用，在7月8日星期一，人类在基因组时代的人类进化。48-MON 1131 YAOXI HE多基因适应导致7月8日星期一在基因组时代的人类进化中，藏族人的生殖适应性更高。49-MON 174 TARAS K OLEKSYK 300个来自乌克兰和罗马尼亚边界的人的全基因组，7月8日，星期一，人类遗传变异性在pangenomic时代。50-Mon 757 Carolina de Lima Adam Tandem Tales：7月8日，星期一，猿类基因组中的串联重复序列比较分析人类遗传变异性。51-MON 443 EMILY E. PUCKETT空间和时间分析确定了7月8日星期一棕色和美国黑熊之间的两个浸润事件，而不仅仅是Ne-More：SMC从生态学到系统发育的新应用。52-Mon 50 Kaylee E Christensen Dissecting an ancient stress resistance trait syndrome in the compost yeast Kluyveromyces marxianus Monday 8 July Open Symposium 53-Mon 51 Kazuhiro Satomura Molecular phylogenetic tree of a group of species with distant genetic distance using Orthopteran insects Monday 8 July Open Symposium 54-Mon 53 Shuya ZHANG 7月8日星期一，南美安第斯山脉的玉米进化考古学学家开放了55-Mon 79 Jordan Douglas，当时分支和进化紧密地耦合于7月8日星期一8月8日星期一开放56-MON 80 STEPHAN BAEHR CRISPR，即使在GRNA的情况下也是诱变的。7月8日星期一开放座谈会57-MON 109基督教Quintero琼脂霉菌种类中环氧化物生物合成基因的进化历史，7月8日，星期一，7月8日，星期一，开放58-MON 126狂热基因和等位基因的特定表达式在非洲弱电气差异的特定表达中，在7月8日在7月8日的电动信号差异59-59-59-MON of discrete phenotypic plasticity in a gene regulatory network model Monday 8 July Open Symposium 60-Mon 134 Bing Su Single-nucleus multi-omics analyses reveal cellular and molecular innovations in the anterior cingulate cortex during human evolution Monday 8 July Open Symposium 61-Mon 136 Jonathan Fenn Patterns of miRNA presence and absence in mammals have implications for placental phenotypes Monday 8 July Open研讨会62-MON 140 NADIA AUBIN-HORTH创建和使用开放的教育资源教授生物学，以改善7月8日，星期一8月8日，星期一，开放研讨会63-MON 144 IKURI ALVAREZ-MAYA开发生物信息知识的开发，以分析整个基因组测序数据的分析Mycobacter Imberistium MyCobacter tuberiss 14 7月4日8月4日7月8日。 Gabriela Castellanos-Morales基于转录组参考的SNP呼吁在没有参考基因组进行入侵基因组学研究的情况下替代SNP注释。7月8日，星期一，开放研讨会76-MON 346 HYE RI PARK遗传遗传的影响对Macaca fascicularis的从头突变模式的影响。7月8日，星期一开放研讨会65-MON 163 MOMIM AHMED线粒体举报人：在7月8日星期一在Sponge Symbiosis中揭示一个隐藏的第三个伴侣，7月8日，星期一，在7月8日星期一开放了66-MON 190 NICO BREMER，NICO BREMER的可能性是在序言中出现独特基因的可能性，以至于序言是7七月的序言（周六），这是七月份的基因，这是一个七月份的基因（周六）。 228 HelenaSocorroHernández-Rosales A. ludens（双翅目：Tephritidae）的初步遗传分化，这是由于其最近的地理和主机扩展，导致7月8日星期一的商业攻击，7月8日星期一开放式座谈会68-MON 68-MON 235 EUKIYAZAKI DINOTOM研讨会69-MON 247 JUAN C OPAZO的进化和新型TRPV1剪接变体的功能表征起源于7月8日，星期一8月8日，星期一，catarhine Primates的祖先开放了70-Mon 270-Mon 270-Mon 277 Elsa Herminia QuezadaRodríguezQuezadaRodríguez在Gene condemention newers interiast in gene newers interiast in gene newerts interiastion 5 Thaliana餐厅日7月8日开放研讨会71-MON 307 MISHA GUPTA探索实验室酵母中的健身景观，7月8日星期一8月8日，星期一，开放研讨会72-MON 309 FABIA URSULA BATTISTUZI BATTISTUZI低复杂性区域跨越生命之树：多样性或正义噪音的来源？开放研讨会65-MON 163 MOMIM AHMED线粒体举报人：在7月8日星期一在Sponge Symbiosis中揭示一个隐藏的第三个伴侣，7月8日，星期一，在7月8日星期一开放了66-MON 190 NICO BREMER，NICO BREMER的可能性是在序言中出现独特基因的可能性，以至于序言是7七月的序言（周六），这是七月份的基因，这是一个七月份的基因（周六）。 228 HelenaSocorroHernández-Rosales A. ludens（双翅目：Tephritidae）的初步遗传分化，这是由于其最近的地理和主机扩展，导致7月8日星期一的商业攻击，7月8日星期一开放式座谈会68-MON 68-MON 235 EUKIYAZAKI DINOTOM研讨会69-MON 247 JUAN C OPAZO的进化和新型TRPV1剪接变体的功能表征起源于7月8日，星期一8月8日，星期一，catarhine Primates的祖先开放了70-Mon 270-Mon 270-Mon 277 Elsa Herminia QuezadaRodríguezQuezadaRodríguez在Gene condemention newers interiast in gene newers interiast in gene newerts interiastion 5 Thaliana餐厅日7月8日开放研讨会71-MON 307 MISHA GUPTA探索实验室酵母中的健身景观，7月8日星期一8月8日，星期一，开放研讨会72-MON 309 FABIA URSULA BATTISTUZI BATTISTUZI低复杂性区域跨越生命之树：多样性或正义噪音的来源？Monday 8 July Open Symposium 73-Mon 317 José Norberto García Miranda Challenging the Gram-Positive/Gram-Negative Dichotomy: Discovery of Gram-Negative Monoderm Bacteria Monday 8 July Open Symposium 74-Mon 326 Hyeongwoo Choi Adaptive Genomic Signatures and Evolutionary Mechanisms in Anguillid Eels Monday 8 July Open Symposium 75-MON 340 PAIGE J. MARONI潜水更深入：揭开“稀有”深海两亲动物Alicella Gigantea的分布。
什么是元基因组学中的binning
宏基因组学是对直接从土壤，水和肠道含量等环境样品中提取的遗传物质的研究，而无需隔离单个生物。该领域使用宏基因组学框来根据相似性将DNA序列分为组。目标是将这些序列分配给其相应的微生物或分类群，从而更深入地了解样本中的微生物多样性和功能。计算方法（例如序列相似性，组成和其他特征）用于分组。宏基因组学的方法包括：基于序列组成的binning，它分析了不同基因组中的不同模式；基于覆盖范围的binning，它使用测序深度将分组读取为垃圾箱；混合式分子，结合了两种方法以提高准确性；基于聚类的封装，可用于高基因组多样性数据集；和基于机器学习的封装，需要带注释的参考基因组进行培训。每种方法都有其优势和局限性，其选择取决于特定的元基因组数据集和研究问题。宏基因组学箱很复杂。2017年，本教程将涵盖元基因组式融合工具，以及咖啡发酵生态系统和metabat 2算法metabat的数据生成MAGS，可以轻松地与下游分析和工具集成，例如分类学注释和功能预测。已经对六个样本进行了测序，生成了6个用于咖啡发酵系统的原始数据集。2。宏基因组套件是分析复杂的微生物群落的关键步骤，但面临着几个挑战，包括水平基因转移污染危险嵌合序列和Maxbin Metabat mycc mycc mycc groopm groopm metawrap anvi'o semibin of de nove bin bin bin bin bin bin bin bin bin bin bin的物种计算工具中的物种计算工具中的应变变化，例如已显示出高度准确的有效扩展和用户友好的基准研究发现，Metabat 2在准确性和计算效率方面都优于其他替代方案，以提供有关宏基因组学软件的更多信息，请参见Sczyrba等。使用Illumina MiSeq全基因组测序进行了六次颞枪i弹枪元基因组研究，以全面分析咖啡微生物组的结构和功能。我们基于这些现实世界数据为本教程创建了模拟数据集。我们将介绍本教程中的以下主题：准备分析历史记录和数据，将metabat 2运行到bin元基因组测序数据。要运行binning，我们首先需要将数据纳入Galaxy，任何分析都应具有自己独特的历史记录。让我们通过单击历史记录面板的顶部创建一个新的历史记录并重命名它。要将序列读取数据上传到星系中，您可以直接从计算机导入它，也可以使用这些链接从Zenodo或数据库中获取它：等等。首先，创建一个名为GTN的文件夹 - 带有主题名称和教程名称的子文件夹的材料。选择所需的文件要从顶部附近的下拉菜单中导入。3。通过在弹出窗口中选择“选择历史记录”，选择要导入数据（或创建新数据）的历史记录。通过重命名示例名称的读取对创建配对集合，然后按照以下步骤：检查所有要包含的数据集，并通过单击“数据集对构建列表”来构建数据集对列表。将未配对的前进和反向读取文本更改为每对的常见选择器。单击“配对这些数据集”以进行有效的前进和反向对。输入一个集合名称，然后单击“创建列表”以构建集合。binning有几个挑战，包括高复杂性，碎片序列，不均匀的覆盖率，不完整或部分基因组，水平基因转移，嵌合序列，应变变异和开放图像1：binning。在本教程中，我们将通过Galaxy使用Metabat 2（Kang等，2019）来学习如何键入元基因组。metabat是“基于丰度和四核苷酸频率的元基因组binning的工具”，该工具将shot弹枪元基因组序列组装到微生物群落中。它使用基因组丰度和四核苷酸频率的经验概率距离来达到98％的精度，并在应变水平下以281个接近完全独特的基因组为准。我们将使用上传的汇编FastA文件作为Metabat的输入，为简单起见保留默认参数。设置为“否”。在输出选项中，“垃圾箱的最小尺寸作为输出”设置为200000。对于ERR2231567样品，有6个箱子，将167个序列分类为第二箱。手：1。4。该工具将在Galaxy版本1.2.9+Galaxy0中使用这些参数：“包含重叠群的Fasta文件”汇编FASTA文件； “考虑融合的良好重叠群的百分比”设置为95； “ binning边缘的最低分数”为60； “每个节点的最大边数”为200； “构建TNF图的TNF概率截止”为0；和“关闭丢失还是小重叠的额外的押金？”The output files generated by MetaBAT 2 include (some are optional and not produced unless required): - Final set of genome bins in FASTA format (.fa) - Summary file with info on each genome bin, including length, completeness, contamination, and taxonomy classification (.txt) - File with mapping results showing contig assignment to a genome bin (.bam) - File containing abundance estimation of each genome bin （.txt） - 每个基因组bin（.txt）的覆盖曲线的文件 - 每个基因组bin的核苷酸组成（.txt） - 文件具有每个基因组bin（.faa）的预测基因序列（.faa）的基因序列，可以进一步分析和用于下游应用，例如功能性注释，相比的植物组合和化学分析，并可以用于下游应用。去复制是识别基因组列表中“相同”的基因组集的过程，并从每个冗余集中删除除“最佳”基因组之外的所有基因组。在重要概念中讨论了相似性阈值以及如何确定最佳基因组。基因组去复制的常见用途是元基因组数据的单个组装，尤其是当从多个样本中组装简短读数时（“共同组装”）。这可能会导致由于组合类似菌株而导致碎片组件。执行共同组装以捕获低丰度微生物。另一种选择是分别组装每个样品，然后去重新复制箱以创建最终的基因组集。metabat 2不会明确执行放松，而是通过利用读取覆盖范围，样品差异覆盖范围和序列组成来提高构架准确性。DREP等工具的设计用于宏基因组学中的复制，旨在保留一组代表性的基因组，以改善下游分析。评估：DREP评估集群中每个基因组的质量，考虑到完整性，污染和应变异质性等因素。基因组选择：在每个群集中，DREP根据用户定义的标准选择代表性基因组。该代表性基因组被认为是群集的“翻译”版本。放松输出：输出包括有关消除基因组的信息，包括身份，完整性和污染。用户可以选择基因组相似性的阈值，以控制删除水平。使用您喜欢的汇编程序分别组装每个样本。bin每个组件分别使用您喜欢的Binner。bin使用您喜欢的Binner共同组装。5。将所有组件中的垃圾箱拉在一起，然后在它们上运行DREP。6。在解复的基因组列表上执行下游分析。检查质量：1。一旦完成，必须检查其质量。2。可以使用CheckM（Parks等，2015）评估binning结果，这是一种用于元基因组学框的软件工具。3。2。检查通过将基因组仓与通用单拷贝标记基因进行比较，评估了基因组仓的完整性和污染。宏基因组学：1。宏基因组学将DNA碎片从混合群落分离为单个垃圾箱，每个垃圾箱代表一个独特的基因组。checkm估计每个基因组箱的完整性（存在的通用单拷贝标记基因集的总数）和污染（在一个以上bin中发现的标记基因的百分比）。关键功能：1。基因组完整性的估计：CheckM使用通用单拷贝标记基因来估计回收基因组的比例。2。基因组污染的估计：CHECKM估计多个箱中存在的标记基因的百分比，表明来自多种生物的潜在DNA。3。识别潜在的杂料：CheckM基于基因组的标记基因分布来识别杂种。4。结果的可视化：CheckM生成图和表，以可视化基因组垃圾箱的完整性，污染和质量指标，从而使解释更加容易。checkm也可以根据与不同分类学组相关的特定标记基因（例如sineage_wf：评估使用谱系特异性标记集对基因组垃圾箱的完整性和污染）进行分类分类的基因组分类。checkm lineage_wf工作流使用标记基因和分类信息的参考数据库来对不同分类学水平的基因组垃圾箱进行分类。来源：-Turaev，D。，＆Rattei，T。（2016）。（2014）。使用metabat 2的元基因组重叠群构造教程强调了选择最合适的binning工具的重要性。不同的方法具有不同的优势和局限性，具体取决于所分析的数据类型。通过比较多种封装技术，研究人员可以提高基因组融合的精度和准确性。可用于元基因组数据，包括基于参考的，基于聚类的混合方法和机器学习。每种方法都有其优点和缺点，从而根据研究问题和数据特征使选择过程至关重要。比较多种封装方法的结果有助于确定特定研究的最准确和最可靠的方法。在完整性，污染和应变异质性方面评估所得垃圾箱的质量至关重要。另外，比较已识别基因组的组成和功能谱可以提供有价值的见解。通过仔细选择和比较binning方法，研究人员可以提高基因组箱的质量和可靠性。这最终导致对微生物群落在各种环境中的功能和生态作用有了更好的了解。微生物群落系统生物学的高清晰度：宏基因组学以基因组为中心和应变分辨。- Quince，C.，Walker，A。W.，Simpson，J。T.，Loman，N。J.，＆Segata，N。（2017）。shot弹枪宏基因组学，从采样到分析。-Wang，J。和Jia，H。（2016）。元基因组范围的关联研究：微生物组细化。-Kingma，D。P.和Welling，M。（2014年）。自动编码变分贝叶斯。-Nielsen，H。B.等。鉴定和组装基因组和复杂元基因组样品中的遗传因素，而无需使用参考基因组。-Teeling，H.，Meyerdierks，A.，Bauer，M.，Amann，R。，＆Glöckner，F。O.（2004）。将四核苷酸频率应用于基因组片段的分配。-Alneberg，J。等。（2014）。通过覆盖范围和组成的结合元基因组重叠群。-Albertsen，M。等。（2013）。通过多个元基因组的差异覆盖层获得的稀有，未培养细菌的基因组序列。-Kang，D.D.，Froula，J.，Egan，R。，＆Wang，Z。（2015）。metabat，一种有效的工具，用于准确地重建来自复杂微生物群落的单个基因组。simmons b a和singer s w提出了一种新算法，称为Maxbin 2.0，用于2016年生物信息学期刊中多个元基因组数据集的binning基因组。此外，Kang等人开发了Metabat 2，一种自适应binning算法，该算法于2019年在Peerj发表。PlazaOñate等人引入了MSPMiner，这是一种从shot弹枪元基因组数据重建微生物泛元组的工具，如2019年的生物信息学报道。Other studies like those of Lin and Liao, Chatterji et al, Parks et al, Pasolli et al, Almeida et al, Brooks et al, Sczyrba et al, Qin et al, Bowers et al, Sieber et al, Cleary et al, Huttenhower et al, Saeed et al, and Pride et al have also contributed to the development of metagenomics tools and approaches for genome recovery.这些发现表明，宏基因组分析和计算方法的最新进展使研究人员能够从环境样本中恢复几乎完整的基因组。本文讨论了有关宏基因组学的各种研究，这是对特定环境中多种生物的遗传物质的研究。研究集中于人类肠道微生物组及其在不同人群和年龄之间的组成。引用了几篇论文，其中包括Chen等人的论文。（2020），他开发了一种从宏基因组获得准确而完整的基因组的方法。Daubin等人的另一篇论文。（2003）探讨了细菌基因组中侧向转移基因的来源。本文还提到了有关人肠道微生物组的研究，包括Schloissnig等人的工作。（2013），他绘制了人类肠道微生物组的基因组变异景观。Yatsunenko等。 （2012）研究了在不同年龄和地理位置的人类肠道微生物组。 此外，本文参考了有关微生物从母亲传播到婴儿的研究，包括Asnicar等人的工作。 （2017）和Ferretti等。 （2018）。 本文还涉及宏基因组学分析中使用的机器学习和深度学习技术，例如变化自动编码器和无监督的聚类方法。 最后，本文提到了用于分析元基因组数据的软件工具，包括Li（2013）的BWA-MEM和Paszke等人的Pytorch。 （2019）。 以下是生物信息学和基因组学领域的各种研究文章的摘要。Yatsunenko等。（2012）研究了在不同年龄和地理位置的人类肠道微生物组。此外，本文参考了有关微生物从母亲传播到婴儿的研究，包括Asnicar等人的工作。（2017）和Ferretti等。（2018）。本文还涉及宏基因组学分析中使用的机器学习和深度学习技术，例如变化自动编码器和无监督的聚类方法。最后，本文提到了用于分析元基因组数据的软件工具，包括Li（2013）的BWA-MEM和Paszke等人的Pytorch。（2019）。以下是生物信息学和基因组学领域的各种研究文章的摘要。释义旨在保留原始文章的主要思想和发现，同时以更简洁和易于访问的方式介绍它们。1。**聚类**：一种用于将相似数据点分组在一起的算法，应用于基于Web的数据。2。** art **：用于下一代测序的模拟器可以模仿现实世界数据。3。** metaspades **：一种可以从混合微生物群落中重建基因组的宏基因组组装子。4。** minimap2 **：一种以高精度和速度对齐核苷酸序列的工具。5。** blat **：用于比较基因组序列的爆炸样比对工具。6。** Circos **：用于比较基因组学的可视化工具，用于显示多个基因组之间的关系。7。**高通量ANI分析**：使用平均核苷酸同一性（ANI）指标估算原核基因组之间距离的方法。8。** checkm **：一种评估微生物基因组完整性和污染的工具。9。** BLAST+**：具有改进功能和用户界面的BLAST算法的更新版本。10。** mash **：使用Minhash估算基因组或元基因组距离的工具。11。**浪子**：原核基因组的基因识别和翻译起始位点识别工具。12。** InterPro 2019 **：蛋白质序列注释的InterPro数据库的更新，具有改进的覆盖范围和访问功能。13。14。15。16。**控制虚假发现率**：一种用于管理生物信息学研究中多种假设检验的统计方法。** checkv **：一种用于评估元基因组组装的病毒基因组质量的工具。**使用深度学习从宏基因组数据中识别病毒**：使用机器学习从混合微生物群落中检测病毒的研究。**标准化的细菌分类法**：基于基因组系统发育的细菌进行分类的新框架，该细菌修改了生命之树。17。** gtdb-tk **：一种用于与基因组分类学数据库（GTDB）分类的工具包。18。** iq-Tree **：使用快速有效算法估算最大可能的系统发育的工具。这些摘要概述了生物信息学和基因组学领域的各种研究文章，突出显示了与序列比对，组装，注释和系统发育有关的工具，方法和研究。最新的多个序列对齐软件的进步显着提高了D. M. Mafft版本7，Modelfinder，Astral-III，UFBOOT2，Life V4和APE 5.0等工具的性能和可用性。这些工具通过引入新颖特征，例如快速模型选择，多项式时间种树重建，超快的自举近似和交互式可视化来提高系统发育估计值的准确性。这些软件包的整合已简化了构建进化树的过程，使研究人员可以更轻松地探索复杂的系统发育关系。
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