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许多赢家，很少的失败者：在气候变化中的非洲山地上的稳定鸟类种群
山区的生物经常暴露于极端气候，并且最容易受到气候变化的影响。对沿着海拔梯度的鸟类的长期研究，对于理解物种动态至关重要，在热带山脉中很少见，这限制了面对气候变化时了解其人口趋势的能力。我们在13年（2011 - 2023年）中建模了地下鸟类物种（n = 18）的局部丰度。Kasigau，肯尼亚，使用沿高度梯度收集的雾网数据。 我们的模型在研究期间显示出相对稳定的鸟类丰度。 但是，我们发现两次不同的人口崩溃影响了2015年和2022年大多数物种，这表明局部动态的变化可能导致山区鸟类种群的大量下降。 大多数物种在研究期间具有稳定的局部丰富性，但是参数引导显示一些趋势的下降趋势，包括一个流行的威胁物种。 我们强调了山区在面对全球环境转变（例如气候变化带来的）方面维持相对稳定的人群中的重要性，以及相对较小的空间变化的鸟类种群的活力。 面对温暖的气候，山区生态系统被视为潜在的生物多样性避难所，但需要进一步的研究来了解较高海拔高度的鸟类种群中短期和长期下降的驱动因素，尤其是在热带非洲。Kasigau，肯尼亚，使用沿高度梯度收集的雾网数据。我们的模型在研究期间显示出相对稳定的鸟类丰度。但是，我们发现两次不同的人口崩溃影响了2015年和2022年大多数物种，这表明局部动态的变化可能导致山区鸟类种群的大量下降。大多数物种在研究期间具有稳定的局部丰富性，但是参数引导显示一些趋势的下降趋势，包括一个流行的威胁物种。我们强调了山区在面对全球环境转变（例如气候变化带来的）方面维持相对稳定的人群中的重要性，以及相对较小的空间变化的鸟类种群的活力。面对温暖的气候，山区生态系统被视为潜在的生物多样性避难所，但需要进一步的研究来了解较高海拔高度的鸟类种群中短期和长期下降的驱动因素，尤其是在热带非洲。
Kalman滤波和期望最大化多阶段光谱unmixing
摘要 - 高光谱成像技术的最新演变和新的新兴应用程序的扩散按下了多个时间高光谱图像的处理。在这项工作中，我们提出了一种新型的频谱拆解（SU）策略，使用出色动机的参数末端记录来说明时间频谱变异性。通过使用状态空间公式来表示多个时空混合过程，我们能够利用贝叶斯过滤机制来估计末端的变异性系数。假设丰度的时间变化在短时间间隔很小，则采用了预期最大化（EM）算法的有效实施来估计丰度和其他模型pa-Rameters。仿真结果表明，所提出的策略优于最先进的多阶段算法。
欧洲城市绿色地区的植物层细菌群落与城市强度有关
摘要植物层拥有一个多样化和特定的细菌群落，从而影响了植物健康和生态系统功能。在这项研究中，我们研究了城市绿色地区的连通性和规模对植物层细菌群落的组成和多样性的影响。herto，我们评估了233个Platanus X Acerifolia和Acer Pseudoplatanus树的植物层细菌群落的多样性和组成，整个欧洲六个城市中的77个城市绿色地区。城市之间的社区组成和多样性显着差异，但仅在树种之间有限的程度。我们可以证明，城市强度与腓骨细菌的社区组成显着相关。尤其是，在50个最丰富的家族中有29个相对丰度与城市强度之间发现了显着相关性：经典的浮圈家族（例如乙酰杆菌科，planctctyctomycetes和beijerinkiaceae）的丰富性随着城市强度而降低（即在更绿色，较低的空气污染和较低温度的地区更丰富，而与人类活动有关的地区（例如肠杆菌科和芽孢杆菌科）随着城市强度的增加而增加。这项研究的结果表明，欧洲城市中的细菌群落与城市强度有关，这种影响是由几种组合应力因素介导的。
将微生物组和基因组数据结合的机会和限制进行复杂性状预测
摘要背景：使用微生物组数据与主机基因组信息结合使用的复杂性状的分析和预测是一个最引起关注的话题。但是，仍然有许多问题要回答：微生物组对复杂性状预测的有用程度如何？微波性可靠的估计值吗？可以回收宿主基因组，微生物组和现象之间的潜在生物学联系吗？方法：在这里，我们通过（i）制定一种新型的模拟策略来解决这些问题，该策略使用真实的微生物组和基因型数据作为输入，以及（ii）使用方差 - 组件方法（贝叶斯复制的核心kernel hilbert space（RKHS）和贝叶斯变量选择方法（Bayes c）（贝叶斯），以量化contiper and centery centery andy型依次的变化。提出的模拟方法可以通过保留数据的分布性能的置换程序模仿微生物组和基因型数据之间的遗传联系。结果：使用奶牛的实际基因型和瘤胃微生物群的丰度，无论某些微生物群的丰度是否受宿主的直接遗传控制，微生物组数据都可以显着提高表型预测的准确性。此改进在逻辑上取决于微生物组随着时间的推移而稳定。总体而言，尽管通常高度高度的微生物群丰度分布，但随机效应线性方法对于方差构成估计似乎是可靠的。贝叶斯C的预测性能高，但对因果效应的数量比RKHS更敏感。贝叶斯的准确性部分取决于影响表型的微生物类群的数量。结论：我们得出的结论是，可以使用方差成分估计值来表征基因组微生物组 - 链接，但我们对识别影响微生物群的病变遗传效应的可能性不太乐观，而这些宿主遗传效应影响了微生物群的丰富度，而基因组 - 微生物组 - 菌群 - 基因组 - 型号可能需要更大的样本量。复制分析的R代码位于https：//github。com/migue lpere zenci so/simub iome中。
对复杂气候风险的预警与综合性Arti ...
111图2：Isala观察性研究中的性交和伙伴关系对阴道微生物组的影响（n = 3,043 112名参与者，其中439名最近发生了性交）。面板从左到右：（a）对β多样性的影响（即样品之间的多样性113），（b）对α多样性的影响（即样品中的多样性），以及（c）对特定细菌的相对丰度114的影响。每个细胞中的数量是指差分丰度方法的数量，对给定的分类单元显示115个显着效果。分类单元效应大小来自Maaslin2。（d）阴道样品和内衣样品之间ASV 116的Genedoe差异丰度，以及在阴道和内衣样品中分别在阴道和内衣样品中分别进行性交（比较第1、3、4、5和7天，第2天和第6天）。单元格中的数量表示统计方法118（Maaslin2，limma和CLR转换丰度上的线性回归）的数量，标称P值为119显着（p <0.05）。所示的效果大小来自Maaslin2。（E）在7天内阴道样品中潜在的120个驱动型分类群的中心对比比率转化（CLR）。peptoniphilus ASV1，葡萄球菌ASV1和链球菌ASV4（分别为右，左和121个中间面板）。122
追踪中国黄河中从地球到水到生命的金属
王教授及其团队分析了从黄河及其支流沿岸 57 个地点收集的水、颗粒物和沉积物样本中的金属含量。他们还从样本中提取了微生物 DNA 和鱼组织。他们的目标是评估整个河流、沉积物和当地生物（研究人员称之为该地区的“地球-河流-生命综合体”）中金属丰度的变化情况。该论文发表在《水资源研究》杂志上。
提高统计 - 重建 - 构造 -
摘要。过去气候的定量重建是19评估气候模型如何重现气候变化的重要资源。一种广泛使用的统计20方法，用于从化石生物组合进行此类重建的方法加权21平均部分最小二乘回归（WA-PLS）。然而，已知的22个WA-PLS产生重建的趋势是压缩到用于校准的气候范围的中心的重建，可能会偏向重建的过去气候。我们通过假设：（a）相对于所考虑的气候变量，每个分类单元的理论丰度为25个单峰； （b）观察到的分类单元丰度26遵循多项式分布，其中样品的总丰度在气候上是27个不明智的； （c）在给定站点和时间的气候价值的估计使得28个观察结果最有可能，即它最大化对数可能性函数。此气候29估计值是通过将其气候公差的30反平方平方的加权分类单元丰度近似。我们通过考虑训练数据集中气候变量的频率31（FX）进一步改善方法。与WA-PLS相比，具有FX校正的TWA-PLS大大减少了压缩偏置，并基于广泛的现代花粉数据集改善了33个重建的模型性能。34
plos One
水质参数会影响致病细菌的丰度。属的气管，弧菌，克雷伯氏菌和分枝杆菌是在废水中鉴定出的代表性途径菌群之一。然而，缺乏有关水质与这些细菌丰度之间相关性的信息，以及它们在现有的废水处理设施（WTF）中的降低率。因此，本研究旨在确定WTF中这些细菌基团的丰度和降低率。从日本和泰国的9个WTF收集了68个样本（34个进水和34个未侵害，处理过的废水样品）。16S rRNA基因扩增子测序分析表明，在所有影响的废水和经过处理的废水样品中，存在气瘤菌，弧菌和分枝杆菌。定量实时聚合酶链反应（QPCR）用于量化气动作，弧菌，克雷伯氏菌肺炎物种复合物（KPSC）和分枝杆菌的丰度。进水废水中空气负体，弧菌，kPSC和分枝杆菌的几何平均值为1.2×10 4 - 2.4×10 5，1.0×10 5 - 4.5×10 6，3.6，3.6×3.6×3.6×10 2 - 4.3.3×10 4，以及6.9×10 4，以及6.9×10 3 - 5.5×10 4 4×10 4 4×10 4×4×10 4 4×10 4 4.分别为0.77–2.57，1.00–3.06，1.35–3.11和-0.67–1.57。本研究提供Spearman's rank correlation coefficients indicated significant positive or nega- tive correlations between the abundances of the potentially pathogenic bacterial groups and Escherichia coli as well as water quality parameters, namely, chemical/biochemical oxygen demand, total nitrogen, nitrate-nitrogen, nitrite-nitrogen, ammonium-nitrogen, suspended solids, volatile悬浮固体和氧化还原潜力。
每日皮肤接触改变健康的完整婴儿的微生物群的发展
摘要肠道微生物群对于人体发育和功能至关重要。它在早期生活中的发展受到各种环境因素的影响。在这项随机对照试验中，在健康的完整婴儿中，肠道微生物是二次结局量度，以五个星期的每日皮肤接触（SSC）的影响五个星期。具体而言，我们研究了对微生物群中对α/β多样性，波动率，微生物群的成熟以及细菌和肠道轴相关的功能丰度的影响，并在第一年评估了三次。怀孕的荷兰妇女（n = 116）被随机分配给SSC或惯常的群体。SSC小组参与者从出生到五个星期大的每日SSC进行了一小时。粪便样品，并测序了V4区域。我们观察到微生物群组成，细菌丰度和预测两组之间的功能路径的显着差异。SSC组在婴儿早期期间表现出较低的微生物群挥发性。微生物群的成熟度较慢，我们的结果表明，母乳喂养持续时间可能部分介导了这种关系。我们的发现提供了产后SSC可能影响微生物群发育的证据。复制对于验证和概括这些结果是必要的。未来的研究应包括直接应力测量结果，并将微生物群采样扩展到第一年，以研究应力，作为一种机制和研究SSC对长期微生物群成熟轨迹的影响。