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概述和Hysupp Python软件包
摘要 - 光谱像素通常是由于高光谱传感器的空间分辨率低，双散射和材料中材料中的亲密混合物的空间分辨率，因此材料的纯光谱（称为Endmerbers）的混合物。Unbiming估计像素内末端成员的分数丰度。根据末日的先验知识，线性混合可以分为三个主要组：受监督，半监督和无监督（盲人）线性脱节。图像处理和机器学习方面的进步很大程度上影响了Untriging。本文概述了高级和常规的乱码方法。此外，我们在三类的高级技术和常规技术之间进行了批评比较。我们比较了三个模拟和一个真实数据集上未混合技术的性能。实验结果揭示了针对不同的混合场景的不同混合类别的优势。此外，我们提供了一个基于python的开源软件包，请访问https://github.com/behnoodrasti/hysupp，以复制重新恢复。
调查迅速变化的欧洲北极地区的上层生物多样性和胶状浮游生物社区：EDNA METABARCODING调查
fi g u r e 2上升后生阿尔法和β多样性模式。（a）在每个深度区域和采样位置，海洋后生动物门的相对读取丰度。（b）香农多样性指数（H'）和（c）在所有四个深站组合的每个深度区域的SRS的物种丰富度标准化的Motus数据。Tukey的HSD成对比较与Tukey调整后的P值进行了比较。*表示<0.05的显着差异，****表示显着差异<0.001。（d）基于jaccard距离的Motus社区结构（K = 2）的非线性多维标度。颜色表示海洋区，点形表示站点，地块上显示的应力值。深度区域被定义为上皮（0-99 m），下层（100-200 m），中质质量（201-1000 m）和浴类质（> 1000 m）。
第二颗航天器大气监测技术演示仪部署进展报告
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covid- ...
制定控制政策，以减轻侵入性植物对可持续发展目标（SDG）框架内土著生物多样性的影响是这项工作的主要目标。使用报道的入侵物种Lantana Camara的生态动力学，我们开发了一个最小的三种网络模型，每个节点都遵循广义的Lotka-Volterra（GLV）动态方程。采用Lie代数和网络控制理论，我们建立了模型的可访问性和可访问性标准。通过非线性优化编程，我们得出了可持续的政策，以控制Lantana Camara的丰富性。我们还使用香农熵作为评估这些最佳政策的可持续性的指标。使用该技术测量的灵敏度的分析表明，控制策略在严重取决于Lantana Camara和控制厂的内在生长速率之比。因此，我们获得了一种模块化算法决策支持机制，用于设计控制Lantana Camara丰度的控制政策。
使用系统免疫学方法桥接免疫型和肠型
揭示了疾病和健康的全身效应，需要一种整体方法，该方法主要围绕着良好的，可直接确定的分子关系，例如蛋白质合成级联和表观遗传机制。在涉及394个个体的这项研究中，我们发现，使用临床数据，肠道微生物丰度，血液免疫细胞谱，血液转录组和血液T细胞受体数据，通常不会结合人类生物学功能的分支直接联系。与当前的范式相反，我们证明了免疫型和肠型是正交的，可能在维持体内平衡方面起着独特的作用，只能通过血液转录组桥接。我们还鉴定了两个不同的炎症特征：第一个由干扰素信号传导和另一个以非病毒，NF-KB和IL-6标记为特征的。最后，我们提供了引人注目的数据，显示了具有健康的免疫型和转录型模式的Ruminococcaceae和Christensenellaceae细菌的密切关联，从而强调了它们在免疫健康中的潜在作用。
跨动物微生物组的宿主遗传决定因素
动物在其胃酸睾丸区内具有多种微生物群落。系统发育关系，饮食，肠道形态，宿主生理学和生态学都影响动物进化枝内和之间的微生物组组成。新兴的证据指出了宿主遗传学，同时在确定物种内的肠道微生物组成方面也发挥了作用。在这里，我们讨论了各种动物物种微生物组遗传力的最新进展。候选基因和基于发现的研究 - 小鼠，果蝇，Caenorhabditis秀丽隐杆线虫，牛，猪，家禽和狒狒揭示了可遗传的微生物类型的趋势，以及与塑造微生物组相关的宿主基因和途径。可遗传的肠道微生物在宿主物种中往往受到系统发育的限制。免疫和生长相关基因中的宿主遗传变异驱动肠内这些可遗传的细菌的丰富性。迄今为止，只有一小片生命之树的后生分支，这是一个有机会散发出寄宿机制的机制，这是一个领域。
Earthsciences-地球科学系
地质记录中的软组织保存相对较少，除了故意干预停止腐烂过程（例如防止或冷冻）之外，整个器官的存活尤为不寻常。在没有任何其他软组织的情况下，自发保存大脑（即大脑在其他骨骼中的遗体中的生存）一直被认为是一种“一种一种类型的”现象。由DPHIL学生Alexandra Morton-Hayward领导的一项新研究质疑先前认为的观点，即考古记录中的大脑保存极为罕见。该团队编制了一个新的保存完好的人大脑的档案，其中包括4,000多个标本，这强调了神经组织实际上持续的持续比传统上的持续性更大，这在防止衰减的条件下辅助了。这个全球档案馆借鉴了十多种语言的原始材料，代表了迄今为止对考古学文献的最大，最完整的研究，超过了先前编制的大脑数量的20倍。
肺癌患者肠道中的念珠菌扩张与生态特征相关，该症状支持不良生物条件下的生长
人类肠道中的念珠菌物种过度生长被认为是侵入性念珠菌病的先决条件，但是我们对促进或限制这种过度生长的肠道细菌的理解仍然受到限制。通过从75名男性和女性癌症患者的粪便中整合横截面的真菌病和shot弹枪元基因组学数据，但没有全身性念珠菌病，高念珠菌样品中的细菌群落显示出比低念珠菌样本中的较高的代谢功能，但具有更高的贡献多样性。我们开发的机器学习模型仅使用细菌分类单元或功能相对丰度来预测外部验证队列中的念珠菌属和物种水平，而AUC为78.6 - 81.1％。我们提出了一种基于产生乳酸细菌的增加的肠道念珠菌过度生长的机制，该机制与调节短链脂肪酸和氧气水平的细菌的降低相吻合。在这些条件下，念珠菌将乳酸作为营养源的能力可能使念珠菌能够在肠道中占据其他真菌。
用于真菌中多基因途径多重和预校准表达的多顺反子系统
合成生物学需要高效的系统来支持多个基因的良好协调共表达。在这里，我们发现了一个 9 bp 核苷酸序列，它能够在酵母和丝状真菌中实现高效的多顺反子基因表达。将多顺反子表达与多路复用、无标记、基于 CRISPR/Cas9 的基因组编辑相结合，我们开发了一种称为 HACKing（通过将基因破解到基因组中实现高效和可访问的系统）的策略，用于组装多基因途径。HACKing 允许通过将每种酶的翻译与在所需发酵条件下具有预定丰度的宿主蛋白质的翻译联系起来来预先校准每种酶的表达水平。我们通过快速构建高效的酿酒酵母细胞工厂来验证 HACKing，这些细胞工厂表达 13 种生物合成基因，并产生模型内源性（1,090.41 ± 80.92 mg L − 1 角鲨烯）或异源性（1.04 ± 0.02 mg L − 1 mogrol）萜类化合物产品。因此，HACKing 满足了合成生物学对真菌途径工程的可预测性、简单性、可扩展性和速度的需求，以获得有价值的代谢物。
使用机器学习的乳腺癌预测
16S rRNA基因的V1-V2区域有效地分化了Rickettsia Africae和Rickettsia Aeschlimannii与其他立克物种，以及Coxiella insosymbionts与Coxiella burnetii。相反，这些物种的V3-V4区域序列无法明确区分。coxiella内共生体在AM中最常见。Gemma和Rh。pulchellus，而弗朗西斯拉内共生体则占主导地位；两者都主要定位在唾液腺中。高丰富的Coxiella内共生体和假单胞菌与两者中的Rickettsia病原体的缺失或低丰度有关。Gemma和Rh。pulchellus，提示这些微生物之间的竞争相互作用。此外，除了唾液腺外，proteus mirabilis是人类泌尿道的机会性病原体，主要是在透明质的壁虱中，除唾液腺外，唾液腺中最丰富。此外，我们在所有tick组织中检测到了杆菌，假单胞菌和corynebacterium属，这支持了这些细菌可能在骆驼血和壁虱之间循环的假设。唾液和血淋巴通常比唾液腺和中肠含有更多的细胞外细菌。