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社论：对细胞内细菌的先天免疫力
人类免疫系统与细胞内细菌之间的战斗是一种复杂而有趣的生存和破坏舞蹈。先天免疫力，是人体针对入侵微生物的第一条防御线，在这种冲突中起着关键作用。本社论探讨了对抗细胞内细菌的先天免疫的机制和策略，强调了免疫系统在维持人类健康中的关键作用。先天免疫是对传染剂的非特定，快速和有效的反应。它依赖于对微生物（称为病原体相关的分子模式（PAMP）的保守分子模式的识别（1）。这种认可触发了一系列旨在消除威胁的免疫反应。先天性免疫对细胞内细菌的关键策略之一是检测和消除感染细胞的能力。此过程涉及通过模式识别受体（PRR）在吞噬细胞（例如巨噬细胞和树突状细胞（Sankar和Mishra））表面检测PAMP。PRR识别细菌成分并启动信号级联，从而导致细胞因子和其他免疫介质产生。这些细胞因子然后募集并激活其他免疫细胞以消除受感染的细胞。另一个重要的策略是抗菌肽（Duarte-Mata和Salinas-Carmona）靶向和破坏细胞内细菌。这些由各种免疫细胞产生的肽具有破坏细胞膜或干扰必需细胞过程的能力。一些抗菌肽甚至充当信号分子以协调免疫反应（Duarte-Mata和Salinas-Carmona）。凋亡是一种最近发现的机制，其先天免疫与细胞内细菌作斗争。此过程的特征是感染宿主细胞的裂解和细胞内含量的释放，这使免疫系统警告感染的存在（2）。凋亡是通过caspase-1激活引发的，响应于PAMP或与损伤相关的分子模式（DAMP）。caspase-1激活导致加油蛋白D的寡聚化，该dasdermin d在细胞膜中形成毛孔，从而导致细胞裂解。细胞内细菌或其成分通过这些毛孔触发
在...
结肠腺癌（COAD）是第三常见的癌症，是全球癌症死亡的第二大主要原因，这已成为全球公共卫生挑战（1）。随着癌症检测技术的发展，早期诊断的率有所提高，但是COAD的诊断迅速转移到年轻，更高级的阶段（2）。 开发从息肉到腺癌的COAD需要十多年的时间，这一长期进展为干预提供了防止其发展为高级阶段的机会（3）。 近年来，高通量测序技术和生物信息学的快速发展促进了COAD的探索（4，5）。 因此，从生物信息学分析的肿瘤分子靶标的角度了解COAD的发病机理对于治疗和预防COAD具有很大的意义。 细胞外基质（ECM）是由各种蛋白质组成的复杂结构，该结构通过调节细胞间串扰来调节生物学功能（6-8）。 ECM是肿瘤微环境（TME）的重要组成部分，其异常表达促进了肿瘤的形成，进展和转移（9，10）。 临床病理学分析证实，ECM在肿瘤患者中的过度沉积与预后不良有关（11，12）。 最近，高通量测序分析表明，与ECM相关的基因在肿瘤进展过程中异常表达（13，14）。 ECM的积累诱导缺氧和代谢应激，进而激活肿瘤中的抗凋亡和药物抗性途径（15）。随着癌症检测技术的发展，早期诊断的率有所提高，但是COAD的诊断迅速转移到年轻，更高级的阶段（2）。开发从息肉到腺癌的COAD需要十多年的时间，这一长期进展为干预提供了防止其发展为高级阶段的机会（3）。近年来，高通量测序技术和生物信息学的快速发展促进了COAD的探索（4，5）。因此，从生物信息学分析的肿瘤分子靶标的角度了解COAD的发病机理对于治疗和预防COAD具有很大的意义。细胞外基质（ECM）是由各种蛋白质组成的复杂结构，该结构通过调节细胞间串扰来调节生物学功能（6-8）。ECM是肿瘤微环境（TME）的重要组成部分，其异常表达促进了肿瘤的形成，进展和转移（9，10）。临床病理学分析证实，ECM在肿瘤患者中的过度沉积与预后不良有关（11，12）。最近，高通量测序分析表明，与ECM相关的基因在肿瘤进展过程中异常表达（13，14）。ECM的积累诱导缺氧和代谢应激，进而激活肿瘤中的抗凋亡和药物抗性途径（15）。此外，ECM的高密度阻碍了免疫细胞的内化，这会影响肿瘤免疫疗法的作用（16-18）。因此，基于与ECM相关基因的预后模型将为预测COAD患者的复发提供基础。瘦素是瘦素基因（LEP）的糖蛋白产物。流行病学研究支持LEP与COAD风险增加有关（19）。研究表明，COAD组织中LEP mRNA的表达水平上调，这与COAD患者的预后不良有关（20，21）。周围神经形成复杂的肿瘤微环境，由多种细胞类型和因子组成，包括神经生长因子（NGF）。NGF在几种实体瘤的生长，侵袭和转移中起重要作用。Lei等。 发现，胰腺癌细胞分泌的NGF诱导了Schwann细胞的自噬，这反过来参与了胰腺肿瘤的增殖和转移（22）。 Hayakawa等。 表明，NGF的过表达显着加速了胃肿瘤的生长和侵袭（23）。 procollagen C-耐肽酶增强剂2（PCOLCE2）是一种ECM糖蛋白，可作为功能性胶原蛋白C蛋白酶增强剂（24）。 PCOLCE2参与EMT，并在促进Coad转移中起关键作用（25）。 他等人。 证明PCOLCE2是一种基于生物信息学分析的COAD患者临床预后的特征基因（26）。 我们验证了LEP，NGF和PCOLCE2在肿瘤组织中使用COAD临床高度表达Lei等。发现，胰腺癌细胞分泌的NGF诱导了Schwann细胞的自噬，这反过来参与了胰腺肿瘤的增殖和转移（22）。Hayakawa等。 表明，NGF的过表达显着加速了胃肿瘤的生长和侵袭（23）。 procollagen C-耐肽酶增强剂2（PCOLCE2）是一种ECM糖蛋白，可作为功能性胶原蛋白C蛋白酶增强剂（24）。 PCOLCE2参与EMT，并在促进Coad转移中起关键作用（25）。 他等人。 证明PCOLCE2是一种基于生物信息学分析的COAD患者临床预后的特征基因（26）。 我们验证了LEP，NGF和PCOLCE2在肿瘤组织中使用COAD临床高度表达Hayakawa等。表明，NGF的过表达显着加速了胃肿瘤的生长和侵袭（23）。procollagen C-耐肽酶增强剂2（PCOLCE2）是一种ECM糖蛋白，可作为功能性胶原蛋白C蛋白酶增强剂（24）。PCOLCE2参与EMT，并在促进Coad转移中起关键作用（25）。他等人。证明PCOLCE2是一种基于生物信息学分析的COAD患者临床预后的特征基因（26）。我们验证了LEP，NGF和PCOLCE2在肿瘤组织中使用COAD临床在这项研究中，我们鉴定了与WGCNA和Lasso-Cox回归相关的三个与ECM相关的基因（LEP，NGF和PCOLCE2）。
ProbeInterface：细胞外电生理学中探针处理的统一框架
使用穿透式细胞外多通道电极阵列（通常称为神经探针）记录神经元活动是探测神经元活动最广泛的方法之一。尽管有大量可用的细胞外探针设计，但尖峰分类软件要求的电极通道顺序和相对几何形状的映射这一耗时过程总是留给最终用户。因此，这个手动过程容易出现错误映射，进而导致不良的尖峰分类误差和效率低下。在这里，我们介绍了 ProbeInterface，这是一个开源项目，旨在通过消除在尖峰分类之前手动进行探针映射的步骤来统一神经探针元数据描述，以分析细胞外神经记录。ProbeInterface 首先是一个 Python API，使用户能够以任何所需的复杂度级别创建和可视化探针和探针组。其次，ProbeInterface 有助于以可重现的方式生成任何特定数据采集设置的全面接线描述，这通常涉及使用记录探头、探头、适配器和采集系统。第三，我们与探头制造商合作编译了一个可用探头的开放库，可以使用我们的 Python API 在运行时下载。最后，使用 ProbeInterface，我们定义了一种用于探头处理的文件格式，其中包含 FAIR 探头描述的所有必要信息，并且与神经科学中的其他开放标准兼容且互补。
肝脏衍生的细胞外囊泡：...
缩写h：人R：啮齿动物（鼠标或大鼠）DUC：差异离心，包括UC SST：血清饥饿UC-DEP：uc n/f：uc n/f：未发现（不可公开或未公开）AFM：AFM：AFM：ATOMIC MICROSC PACY BCA：BICICINCINCINCINCINCINIC DILLID：MOSSICAI LING SOCKINCINIC DLLEC：AFM：AFMICPOPY BCA：动态式：纳米颗粒跟踪分析TEM：透射电子显微镜QRT-PCR：定量实时聚合酶链反应
细胞囊泡介导的胰岛和糖尿病的胰岛间的互块
糖尿病（DM）是一种全身代谢疾病，具有高死亡率和发病率。细胞外囊泡（EV）已成为一种新型的信号分子，生物标志物和治疗剂。EVs-mediated intercellular and interorgan crosstalk of pancreatic islets plays a crucial role in the regulation of insulin secretion of b -cells and insulin action in peripheral insulin target tissues, maintaining glucose homeostasis under physiological conditions, and it ' s also involved in pathological changes including autoimmune response, insulin resistance and b -cell failure associated with DM.此外，EV可以作为生物标志物和治疗剂，分别反映了胰岛的状态并提高功能和生存能力。在这篇综述中，我们提供了电动汽车的概述，讨论了在生理和糖尿病条件下的EVS介导的胰岛的细胞间和跨组织串扰，并总结了电动汽车在DM诊断和处理中的新兴应用。对胰岛介导的EVS介导的胰岛间和实体间交流的更好理解将扩大和丰富我们对生理稳态维持以及DM的开发，诊断和治疗的了解。
癌症免疫和免疫疗法中的细胞外陷阱
中性粒细胞和巨噬细胞是已知的主要细胞类型（ET），由DNA和组蛋白组成（主要是其瓜氨酸形式），并由不同的蛋白质（1）进一步装饰。当中性粒细胞经历一种称为Netosis的特殊细胞死亡时，它们会施放中性粒细胞外陷阱（NETS），其中包括蛋白质，例如中性粒细胞弹性酶（NE）和脊髓过氧化物酶（MPO）（2）。类似地，巨噬细胞因梅特病而死亡，铸造巨噬细胞外陷阱（MetS），与网络相比，仅表现出较小的差异，例如较短的染色质片段和更快的形成（3，4）。其他细胞类型（例如嗜酸性粒细胞和淋巴细胞）也可以铸造ET，尽管它们的意义不足。网和大都会是在感染的背景下首先发现的，因为它们能够捕获细菌并限制其传播（1），但它们也参与了许多炎症和自身免疫性疾病以及癌症（5）。两篇评论论文研究了肿瘤细胞与网络之间的串扰。Zhao和Jin回顾了网络在不同肿瘤模型和人类患者中促进肿瘤进展中的作用。网络相关的HMGB1或NE可以分别与TLR9或TLR4结合。这会触发肿瘤细胞增强其增殖，增加线粒体生物发生，并促进细胞因子（例如IL-6和IL-8）的释放，而IL-6和IL-8则依次将中性粒细胞产生更多的网。慢性炎症会增加网络的形成，由于蛋白酶的存在，例如MMP-9或蛋白酶3（PR3），它会重塑细胞外基质（ECM）。网也影响对治疗的抵抗力。降解的ECM蛋白（特定于层粘连蛋白）促进了肿瘤细胞的出口。化学疗法或放疗后，死亡的肿瘤细胞释放了增加净形成的潮湿。染色质的网格可保护肿瘤细胞免受NK细胞或CD8+ T细胞细胞毒性的影响，这可能是通过网络相关的PD-L1。
揭示有益的肠道细菌和健康饮食的作用
肠道菌群与其宿主共同发展，深刻塑造了免疫系统的发育和功能。这种共同进化导致了动态关系，其中微生物代谢产物和分子信号影响免疫成熟，耐受性和防御机制，突出了其在维持宿主健康方面的重要作用。最近，细菌外囊泡（BEV），细菌产生的膜纳米颗粒已成为肠平衡和有效的免疫调节剂的重要参与者。这些囊泡反映了细菌膜的特征，并含有核酸，蛋白质，脂质和代谢物。他们可以调节免疫过程，并参与神经系统和代谢性疾病，因为它们在肠道中局部分布和系统地分布，从而影响两个级别的免疫反应。本综述提供了BEV的特征和功能性概述，详细介绍了营养如何影响这些囊泡的产生和功能，抗生素如何破坏或改变其组成以及这些因素如何集体影响免疫力和疾病的发展。It also highlights the potential of BEVs in the development of precision nutritional strategies through dietary modulation, such as incorporating prebiotic fi bers to enhance bene fi cial BEV production, reducing intake of processed foods that may promote harmful BEVs, and tailoring probiotic interventions to in fl uence speci fi c microbial communities and their vesicular outputs.
C-JUN的磷酸化状态和DNA结合活性取决于结合位点的细胞内浓度 第8卷31980核酸研究 受体结合的尿激酶与I型纤溶酶原激活剂抑制剂的可及性 胰岛素调节有丝分裂原激活的蛋白激酶激酶（MEK），有丝分裂原激活的蛋白激酶和酪蛋白激酶在细胞核中：Possibl gi-protein A大鼠大脑皮层中的亚基 协调人造血细胞中HOX基因的调节 在体内抑制tonb盒的tonb盒共识pentapeptide 中的甲基定向修复框架突变 CALF的DNA依赖性RNA聚合酶的合成...
基因选择性转录因子通过与其靶基因调节区域内的特定DNA元件结合（1）。但是，并非完全定义此DNA结合的序列要求。几个参数，例如蛋白质 - 蛋白质相互作用与相邻结合的因素，DNA结构的影响（弯曲等）。），重要的是，结合位点与认知因子的比率确定给定转录因子是否可以有效地与相应的结合位点相互作用。体外和大概也在体内也是如此，对于确定转录因子是否会与其最佳识别序列的变体结合，因此，它的基因调节。在这些考虑因素中提示，我们询问是否存在一种蜂窝机制，该机制是否存在在转录因子活动和可用目标位点的繁琐之间保持平衡。对AP-1家族成员的特征良好转录因子C-Jun进行了实验（2-4）。包含AP-1结合位点的启动子是C-Jun调节的目标。C-Jun的活性受到多种机制的紧密控制，并且对蛋白质的异常调节会导致恶性转化和致癌作用（5）。在这项研究中，我们描述了一种机制，该机制通过改变其磷酸化态的DNA结合活性，取决于细胞中存在的C-Jun结合位点的浓度。这种机制可以用来设置和微调C-Jun与其结合位点的比率。有趣的是，与这种现象有关的磷酸化位点与以前据报道经历信号依赖性去磷酸化相同。
霍洛伊矿石纳米管的载体能力，用于靶向神经红蛋白基因mRNA的反义PNA的细胞内递送
通过多米尼科·蒙特萨诺（Domenico Montesano）49，80131 Naples，意大利B 891，BB生物学，化学和药物科学和技术系（RUISCEF） -Cnr, Ugo La Malfa 153, Palermo 90146, Italy D University of Granada, Department of Pharmacy and Pharmaceutical Technology, Faculty of Pharmacy, 18071 Granada, Spain and Andalusian Institute of Earth Sciences, Csic-Ugr, 18100 Armilla, Granada, Spain Fo Laboratory for Molecular Photonics, Department of Chemistry, University of Miami, 1301 Memorial Drive，Coral Gables 33146-0431，佛罗里达州佛罗里达州G，美国分子医学和医学生物技术部，通过塞尔吉奥·潘西尼（Sergio Pansini）5，80131 naples，意大利h意大利化学科学系，Viale Andrea Doria 6，95125 CATANIA，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，通过多米尼科·蒙特萨诺（Domenico Montesano）49，80131 Naples，意大利B 891，BB生物学，化学和药物科学和技术系（RUISCEF） -Cnr, Ugo La Malfa 153, Palermo 90146, Italy D University of Granada, Department of Pharmacy and Pharmaceutical Technology, Faculty of Pharmacy, 18071 Granada, Spain and Andalusian Institute of Earth Sciences, Csic-Ugr, 18100 Armilla, Granada, Spain Fo Laboratory for Molecular Photonics, Department of Chemistry, University of Miami, 1301 Memorial Drive，Coral Gables 33146-0431，佛罗里达州佛罗里达州G，美国分子医学和医学生物技术部，通过塞尔吉奥·潘西尼（Sergio Pansini）5，80131 naples，意大利h意大利化学科学系，Viale Andrea Doria 6，95125 CATANIA，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，通过多米尼科·蒙特萨诺（Domenico Montesano）49，80131 Naples，意大利B 891，BB生物学，化学和药物科学和技术系（RUISCEF） -Cnr, Ugo La Malfa 153, Palermo 90146, Italy D University of Granada, Department of Pharmacy and Pharmaceutical Technology, Faculty of Pharmacy, 18071 Granada, Spain and Andalusian Institute of Earth Sciences, Csic-Ugr, 18100 Armilla, Granada, Spain Fo Laboratory for Molecular Photonics, Department of Chemistry, University of Miami, 1301 Memorial Drive，Coral Gables 33146-0431，佛罗里达州佛罗里达州G，美国分子医学和医学生物技术部，通过塞尔吉奥·潘西尼（Sergio Pansini）5，80131 naples，意大利h意大利化学科学系，Viale Andrea Doria 6，95125 CATANIA，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，通过多米尼科·蒙特萨诺（Domenico Montesano）49，80131 Naples，意大利B 891，BB生物学，化学和药物科学和技术系（RUISCEF） -Cnr, Ugo La Malfa 153, Palermo 90146, Italy D University of Granada, Department of Pharmacy and Pharmaceutical Technology, Faculty of Pharmacy, 18071 Granada, Spain and Andalusian Institute of Earth Sciences, Csic-Ugr, 18100 Armilla, Granada, Spain Fo Laboratory for Molecular Photonics, Department of Chemistry, University of Miami, 1301 Memorial Drive，Coral Gables 33146-0431，佛罗里达州佛罗里达州G，美国分子医学和医学生物技术部，通过塞尔吉奥·潘西尼（Sergio Pansini）5，80131 naples，意大利h意大利化学科学系，Viale Andrea Doria 6，95125 CATANIA，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，通过多米尼科·蒙特萨诺（Domenico Montesano）49，80131 Naples，意大利B 891，BB生物学，化学和药物科学和技术系（RUISCEF） -Cnr, Ugo La Malfa 153, Palermo 90146, Italy D University of Granada, Department of Pharmacy and Pharmaceutical Technology, Faculty of Pharmacy, 18071 Granada, Spain and Andalusian Institute of Earth Sciences, Csic-Ugr, 18100 Armilla, Granada, Spain Fo Laboratory for Molecular Photonics, Department of Chemistry, University of Miami, 1301 Memorial Drive，Coral Gables 33146-0431，佛罗里达州佛罗里达州G，美国分子医学和医学生物技术部，通过塞尔吉奥·潘西尼（Sergio Pansini）5，80131 naples，意大利h意大利化学科学系，Viale Andrea Doria 6，95125 CATANIA，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，意大利，