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转录组和文本的多模式学习启用与自然语言聊天的交互式单细胞RNA-seq数据探索
此预印本版的版权持有人于2024年12月17日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.12.16.628764 doi：biorxiv Preprint
克罗恩病缓解期儿童发病后早期出现广泛性脑部改变——一项初步研究
克罗恩病 (CD) 是一种胃肠道粘膜的透壁性炎症性疾病，可能影响整个胃肠道，是一种通常在幼儿时期发病的慢性衰弱性疾病。多达 25% 的病例在儿童早期发病，且病程更为严重（Jabandziev 等人，2020a；Kelsen 和 Baldassano，2008；Sỳkora 等人，2018；Van Limbergen 等人，2008）。大约三分之一的 CD 患者会出现肠外表现 (EIM)，主要影响关节、皮肤、口腔、眼睛和凝血系统（Rankin 等人，1979；Repiso 等人，2006），这些表现要么与肠道表现同时发展，要么先于肠道表现出现。也有报道称 CD 还涉及中枢神经系统 (CNS) (Morís, 2014)，伴有神经和精神现象。尽管显然需要及时诊断和管理以防止发病的主要因素 (Wills et al., 2006)，并且多达三分之一的 CD 患者 (Elsehety and Bertorini, 1997) 存在神经精神并发症，但直接调查 CSN 对 CD 的影响的研究并不多。
甲状腺激素到大脑的有缺陷导致星形胶质变化
Allan-Herndon-Dudley综合征（AHDS）是一种罕见的X连锁疾病，会造成严重的神经系统损害，没有有效的治疗。ahDS是由于甲状腺激素转运蛋白MCT8的灭活突变会损害甲状腺激素进入大脑的，从而导致脑甲状腺功能减退症。但是，AHD的病理生理学仍然尚未完全了解，这对于制定治疗策略至关重要。Based on evidence suggesting that thyroid hormone deficit leads to alterations in astroglial cells, including gliosis, in this work, we have evaluated astroglial impairments in MCT8 deficiency by means of magnetic resonance imaging, histological, ultrastructural, and immunohistochemical techniques, and by mining available RNA sequencing outputs.与对照组相比，从磁共振成像中获得的明显扩散系数（ADC）成像值表明，MCT8缺陷型患者（n = 11）的脑细胞牙术结构改变（n = 11）。与来自类似年龄的对照受试者的大脑样本相比，通过针对11岁和30个妊娠期MCT8缺陷受试者的尸检大脑样本中的星形胶质体标志物的免疫组织化学证实了星形胶质细胞的改变。这些发现得到了验证，并在AHD的鼠标模型中进一步探索。我们的发现证实了MCT8缺乏症中大脑皮层的所有星形胶质体种群的变化，影响星形细胞代谢和线粒体细胞呼吸功能。这些障碍在大脑发育早期出现，并在成人阶段一直持续存在，揭示了皮质星形胶质细胞的异常分布，密度，形态，以及转录组的改变，与成人阶段的类似星形胶质细胞衰差表型兼容。我们得出结论，星形胶质细胞是AHDS中潜在的新型治疗靶标，我们建议ADC成像作为监测神经系统障碍进展的工具，以及治疗中MCT8缺乏症的潜在影响。
急性髓样白血病诊断时的肠道微生物组改变与肌肉无力和厌食症有关
肠道微生物群为宿主体内平衡做出了重要贡献，其在治疗急性髓样Leu Kemia（AML）中的作用引起了人们的注意。我们研究了肠道微生物组是否受AML的影响，以及这种变化是否与卡氏症的标志有关。在诊断中收集了30名无抗IC的AML患者的生物样品和临床数据，并在多中心，横断面，前瞻性研究中匹配志愿者（1：1）。使用shot弹枪元基因组学分析了粪便菌群的组成和功能潜力。进行粪便，血液和泌尿代谢组学分析。AML患者表现出肌肉无力，厌食症，肠道功能改变的迹象和血糖疾病。AML和对照组患者的粪便菌群的组成有所不同，口腔细菌增加。细菌功能和粪便代谢组的改变支持肠道菌群中的RE DOX状态的改变，这可能导致AML患者观察到的氧化还原状态的改变。eubac terium eligens在AML患者中降低了3倍，与肌肉强度和瓜氨酸密切相关，这是肠球菌质量和功能的标志。blautia和parabacteroides与厌食IA相关。改变了先前与血糖疾病相关的几种细菌分类群和代谢产物（例如Blautia，prevotella，苯乙酸酯和Hippurate）。这些发现为未来的机械工作铺平了道路，以探索本研究中鉴定的细菌的功能和治疗潜力。我们的工作揭示了在DI Agnosis的AML患者的肠道微生物组中的重要扰动，与肌肉力量，氧化还原状态改变和厌食有关。
综合分析重点介绍了三维基因组与DNA，转移性前列腺癌的RNA和表观基因组改变之间的相互作用
已经认识到了基因组三维结构的变化的影响，但固体癌组织研究受到限制。Here, we performed integrated deep Hi-C sequencing with matched whole-genome sequencing, whole-genome bisulfite sequencing, 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) sequencing and RNA sequencing across a cohort of 80 biopsy samples from patients with metastatic castration-resistant prostate cancer.在基因表达，5-甲基胞嘧啶/5HMC甲基化以及A和B（开放和闭合）染色质区室之间的结构变异与突变率中存在显着差异。肿瘤的一个子集在AR基因座表现出耗尽的区域染色质接触，与肉瘤外圆形DNA（ECDNA）有关，对AR信号抑制剂的反应较差。我们还确定了与甲基化结构，基因表达和预后差异差异相关的拓扑亚型。我们的数据表明，DNA相互作用可能易于结构变体形成，以复发性TMPRSS2 - ERG融合为例。这种全面的综合测序工作代表了独特的临床肿瘤资源。
CIBRA识别具有对肿瘤生物学影响的基因组改变
1个生物信息学科，计算机科学系，荷兰弗里杰大学阿姆斯特丹，阿姆斯特丹，荷兰2转化胃肠道肿瘤学小组，荷兰荷兰癌症研究所病理学系，荷兰荷兰3 AI技术小组，荷兰3 AI技术小组，信息和计算机科学系，荷兰3 AI技术。作者。荷兰癌症研究所病理学系的转化胃肠道肿瘤学小组，荷兰Plesmanlaan 121，1066CX，荷兰。电话：（31）20 512 9111;电子邮件：r.fijneman@nki.nl（R.J.A.F）;荷兰海德堡大学8，3584c utrecht的乌得勒支大学生物学系计算与信息科学系。 电话：（31）641240127;电子邮件：s.abeln@uu.nl（S.A.）电话：（31）20 512 9111;电子邮件：r.fijneman@nki.nl（R.J.A.F）;荷兰海德堡大学8，3584c utrecht的乌得勒支大学生物学系计算与信息科学系。电话：（31）641240127;电子邮件：s.abeln@uu.nl（S.A.）
用于合成听觉脑干反应的计算模型，以评估衰老和自闭症动物模型的神经元改变
此预印本版的版权持有人于2024年8月7日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.04.606499 doi：biorxiv Preprint
来自健康受试者的生成全脑动力学模型预测单个患者水平的中风的功能改变
计算全脑模型基于局部模型，区域间功能相互作用以及指定区域间连接强度的结构连接组来描述每个大脑区域的静息活动。损害了构成这些模型的骨干的健康构成构成连接组，并在区域间功能相互作用中产生巨大变化。这些相互作用通常是通过将两个大脑区域之间的活动的时间序列相关联，该过程称为静止功能连接。我们表明，添加有关患者病变产生的结构断开信息的信息，以前是先前对来自大量健康受试者的结构和功能数据进行培训的全脑模型，可以预测患者的静止功能连接性，并直接适合该模型的数据，直接适合患者的数据（Pearson Earleration = 0.37 = 0.37 = 0.37;均一差异= 0.005）。此外，模型动力学再现了基于功能连通性的措施，这些措施通常是中风患者中的MAL和特异性分离这些异常的措施。因此，尽管全脑模型通常涉及大量自由参数，但结果表明，即使固定了这些参数，该模型也会从与训练模型的人群截然不同的人群中重现。除了验证模型外，这些结果还表明，该模型可以机械地捕获解剖结构与人脑的功能活性之间的关系。
肠道菌组的改变和对肝脏疾病的影响
慢性肝病及其并发症是全球重大的健康负担。真菌群落（Mycobiome）的变化是肠道微生物组的组成部分，与肝病的发展相结合并有助于。真菌营养不良可以诱导肠道屏障功能障碍，并允许真菌产物转移到引起疾病进展的肝脏。本评论探讨了了解不同肝病的肠道菌组特征的组成和功能多样性方面的最新进展。它深入研究了肠道真菌与肝病之间的致病联系。我们强调真菌易位的重要性，特别关注真菌衍生的代谢物和真菌诱导的免疫细胞，这是肝病的关键因素。此外，我们回顾了肝内的真菌组对肝脏疾病进展的潜在影响。
乙酰化在肥胖引起的心脏代谢改变
肥胖是一个日益增长的公共卫生问题，其流行率在过去的五十年中已经增加了两倍。已经表明，肥胖与心脏能量代谢的改变有关，这反过来又在心力衰竭发育中起着重要作用。在肥胖期间，心脏高度依赖于脂肪酸氧化作为其主要能源（ATP），而葡萄糖氧化的贡献显着降低。这种代谢不足与降低心脏效率和收缩功能障碍有关。尽管众所周知，肥胖期间心脏能量代谢的改变与心力衰竭发育的风险有关，但控制这些代谢变化的分子机制尚不完全了解。最近，已证明代谢酶的翻译后蛋白质修饰在肥胖症中观察到的心脏能量代谢变化中起着至关重要的作用。了解这些新型机制对于开发新的治疗选择以治疗或预防肥胖个体的心脏代谢改变和功能障碍很重要。本综述讨论了肥胖期间翻译后的乙酰化变化及其在肥胖期间介导心脏能量代谢扰动及其治疗潜力中的作用。