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用Illumina甲基化的珠奇普测定法分析的人DNA甲基化的纵向变化和变化及其对法医年龄预测的影响
DNA甲基化是一种关键表观遗传学修饰，在调节基因表达中起着至关重要的作用，并且已知会随着年龄的增长而发生动态变化。本研究研究了使用Illumina Epic850k阵列在两个时间点（相距15年）的64个个体的表观基因组宽的甲基化谱。混合效应模型确定了2821年龄相关的差异甲基化CPG位置（ADMP），中位变化率每年为0.18％，与人类寿命期间的变化10-15％一致。在所有ADMP中观察到了相似年龄的个体之间的基线DNA甲基化水平的显着变化以及在各个个体之间随着时间的变化方向不一致的变化。2821个ADMP的23个先前已纳入法医年龄预测模型。与所有ADMP相比，这些标记随着年龄的增长而显示出更大的DNA甲基化变化，并且个体之间的变化更少。然而，法医ADMP在DNA甲基化变化方向上也显示出个体间的变化。Elovl2中仅CG16867657在被研究的个体中表现出与年龄相关的变化的统一方向，这支持当前的Elovl2中的CpG站点是年龄预测的最佳标记。
对 1000 多种儿科罕见疾病基因组进行动态分析。
创作者的创作者（S）Ana S. A. Cohen，Emily G. Farrow，Ahmed Abdelmoity，Joseph Alaimo，Shivarajan Manickavasavasagam Amudhavalli，John Anderson，Lalit R. Bansal，Lauren E. ，Shreyasee Chakraborty，Warren A. Cheung，Keith A. Coffman，Ashley M. Cooper，Laura A. Cross，Tom Curran，Thuy Tien T. Dang，Mary M. Elfrink，Kendra Engleman，Erin Day Fecske，Erin Day Fecske，Cynthia Fieser，Cynthia Fieser，Keely M. Fitzgerald，Emily Flemgar，Randi N. jenn n. jenn Et Gibson，Jeffrey Goldstein，Elin Grundberg，Kelsee Halpin，Brian S. Harvey，Bryce Heese，Wendy Hein，Suzanne M. Herd，Susan Starling Hughes，Mohammed Ilyas，Jill Jacobson，Janda L. Jenkins，Shao Jiang，Jeffrey J. Johnston，Kathryn Keeler，Jonas Korlach，Jonas Korlach，Jonnifer ，Michael Lypka，Brittany D. McDonald，Neil Miller，Ann Modrcin，Annapoorna Nair，Shelby H. Neal，Christopher M. Oermann，Donna M. Pacicca，Kailash Pawar，Nyshele L. Ol J. Saunders，Caitlin Schwager，Richard M. Schwend，Elizabeth Shaffer，Craig Smail，Sarah E. Soden，Meghan Strenk，Bonnie Sullivan，Brooke Sweeney、Jade B. Tam-Williams、Adam Walter、Holly Welsh、Aaron M. Wenger、Laurel K. Willig、Yun Yan、Scott T. Younger、Dihong Zhou、Tricia N. Zion、Isabelle Thiffault 和 Tomi Pastinen
菌株对元基因组数据的知情解释可以使上空气道微生物组的应变保留分析
抽象的shot弹枪元基因组测序有可能提供细菌应变水平的分辨率，这对于解决许多临床问题至关重要。尽管可以使用实现应变水平的生物信息学工具，但需要进行彻底的基准测试，以验证其用于较少研究和低生物质微生物组（如上呼吸道中的生物量微生物）的使用。我们分析了先前发表的数据集，这些数据集是从孟加拉国婴儿（微生物群和健康研究）和来自瑞士囊性纤维化儿童的口咽样品的新型数据集的纵向收集的鼻咽样样品。来自细菌培养物的数据用于对菌株3的参数进行基准测试，这是一种用于应变水平分辨率的生物信息学工具。此外，将菌株3的结果与从Strainge和新得出的全基因组测序数据中得出的Metage Notic组件进行了比较。优化分析参数后，我们比较了菌株3的结果与培养金标准方法，并实现了87％（链球菌肺炎链球菌），80％（莫拉氏菌Cartarrhalis），75％，75％（嗜血杆菌）和57％（57％）（57％的葡萄球菌AUREUSNASNASEFRENN），HERISN NASEFREN NASEFREN NASEFREN N.NASEFREN N.NASEFREN N. ）和46％（金黄色葡萄球菌），用于260个口咽样品。比较50 s的核心基因组的系统发育树。金黄色葡萄球菌分离株，由菌株3产生的相应标记基因树发现，除三个样品外，所有除三个样品外，都有相似的相似性，表明有足够的应变分辨率。总而言之，菌株3的结果与细菌培养物的数据进行比较表明，尽管仔细优化参数以适合低生物量微生物组时，宿主DNA的含量较高，但呼吸微生物组的应变水平跟踪是可行的。
孟德尔随机化和横断面分析
与 DSST 性能名义上相关（p < 0.05）的蛋白质（N = 184）富含脑表达蛋白质，最显著的是海马表达的蛋白质（FDR 校正 p = 0.0154 补充表 4）。更好的 DSST 性能名义上与 90 种蛋白质的较低水平相关。这些蛋白质映射到以下免疫途径“白细胞介素-10 信号传导”、“肾小球肾炎”、“粒细胞趋化性的调节”、“白细胞趋化性的正调节”、“白细胞迁移的正调节”和“炎症”（FDR 校正 p ≤ 0.0337；补充表 5）。
原子模拟，中等尺度的分析和对普通波特兰水泥和地球聚合物糊的热性质的实验验证
普通波特兰水泥（OPC） - 由于其出色的TES能力，良好的机械性能和低成本，因此已广泛用于热量储能（TES）应用。在这项尝试中，这项工作提出了一种升级程序，以对两种由OPC和杂化水泥制成的水合糊的特性进行建模（即一种替代的H污染物粘合剂），后者用于基于Geopolymer的复合材料（GEO）。首先，采用基于能量最小化和分子动力学的原子方法来建模CSH（硅酸盐水合钙）和NASH（铝硅硅酸盐水合物）阶段的热行为和热储存能力，这是基于OPC的Paste和Geo的主要阶段。然后，提出了提出的上缩放优化程序和中尺度的FEM均质化技术，以将基于OPC的糊和GEO的原子主要阶段的TES参数与均质的Meso/Macro量表值联系起来。为此，在OPC和GEO糊剂上的实验程序的结果都被视为校准/验证数值工具的基准。在几个尺度上进行的有希望的模拟和上刻度程序的模拟在均质化的温度依赖性热容量和热扩散率方面证明了与分析混合物的实验数据良好的一致性。2023作者。由Elsevier Ltd.这是CC下的开放式访问文章（http：//creativecommons.org/licenses/4.0/）。
研究文章Linguaphylo：一种可再现的系统发育分析的概率模型规范语言
系统发育模型已经变得越来越复杂，系统发育数据集在规模和丰富度方面都扩大了。但是，当前的推理工具缺乏模型指定语言，可以简单地描述完整的系统发育分析，同时独立于实施细节。我们引入了一种新的轻巧和简洁的模型规范语言“ lphy”，该语言被设计为人类和机器可读性。图形用户界面伴随“ lphy”，允许用户构建模型，模拟数据并创建描述模型的自然语言叙述。这些叙述可以作为手稿方法部分的基础。此外，我们提出了一个命令行界面，用于将LPHY指定模型转换为与BEAST2软件平台兼容的分析规范文件（XML格式）。总的来说，这些工具旨在增强植物研究中描述的清晰度和概率模型的报告，最终促进结果的可重复性。
实时分析和连接主义建模
在不到100毫秒的时间里，人类可以准确地解释从未经历过的物体和场景的图像，这些对象和场景从未经历过或被广泛降级或从新颖的方向看待。最近的研究与理论（Biederman，1987a，b，c）表明，这一成就可能基于一个将复杂的视觉实体分解为简单组件的过程，通常在匹配的凹陷区域。当任意加入形状时，几乎总是会产生这种凹陷（Hoffman＆Richards，1985）。所得组件激活了一组凸的凸面或单一基于边缘的体积元素（称为geons）的最接近拟合成员，它们在视点和视觉噪声的变化下是不变的，并允许对象表示具有相同的不变性。GEON仅需要分类边缘特性（例如，直弯与弯曲；并行与非平行；顶点类型），而不是精确的度量规范（例如，边缘的曲率度或长度）。人类以足够的速度或准确性来制定后一种判断，以作为实时人类物体识别的控制过程。
Nataliya Yakymets、Julho Y. Munoz、Agnes Lanusse。基于模型的安全分析的Sophia框架。 IMDR-第 19 届风险管理与操作安全大会，2014 年 10 月，法国第戎。 “cea-01810452”
1. 目标关键系统必须满足认证标准的高水平要求。后者主张将流程组织成危害分析[1][2]和初步风险分析[3]等主要步骤，并建议使用经典方法，如故障模式和影响分析 (FMEA)[4]、故障树分析 (FTA)[5]或事件树等。然而，这些方法为安全工程师所熟知，但实施起来却十分麻烦，并且越来越不能适应系统复杂性的增长以及相关行业激烈的竞争所带来的时间限制。有必要使用合适的工具来支持分析活动，最重要的是更接近设计过程。在这种背景下，利用模型驱动工程（IDM 或 MBSE）领域的进步，通过与系统建模环境的精细耦合来实施合作安全评估策略 1（安全评估或 SA）可能会非常有趣。我们提出了 Sophia，这是一个专用于安全分析的建模和分析环境，与 Papyrus 系统建模工具紧密结合。它允许利用 SysML [7] 提供的不同建模方面，并集成互补功能来进行本文其余部分描述的 FTA 和 FMEA 分析。
软件开发的需求获取和分析：一种模型驱动的方法。
首先我要感谢我的论文指导老师 Yves Le Traon。Yves 首先给了我人力支持，这是迄今为止最重要的。他还为我打开了博士学位的大门。我记得我在法国电信实习期间我们在布列塔尼公路上的第一次讨论。每周在雷恩和拉尼翁之间消磨四个小时，但涵盖的话题却如此之多。在神学、历史学和哲学之间，走过的路是最丰富的。希望在卢森堡，你终于可以喘口气，享受你的大家庭了。我还要感谢我在法国电信的团队领导 Bertrand Nicolas。Bertrand 教会了我很多关于跨国公司运作以及更广泛的政治机构的知识。我感谢法国电信和 Irisa 的同事，感谢他们提供的宝贵帮助以及我度过的美好时光。很难列出详尽的列表。我想到了 Maryvonne，我在 Lannion 的办公室同事，Jacques 和他爆炸性的幽默，Marianno 的建议，Grégoire 和 Sébastien 的帮助。我还想到了 Sakku、Chi dung 和 Yves-Marie。感谢雷恩的整个 Triskell 团队，当然还有 Jean-Marc 对我的欢迎。感谢 Didier、François 和 Cyril 的帮助；诺埃尔、弗兰克和罗伯特负责爵士即兴演奏； Reda、Julien、Jean-Marie 和 Gilles 带来了欢笑（感谢 Gilles 的心理支持）。我还想到了奥利维尔、弗雷迪、罗曼和布莱斯。我要特别感谢我的导师 Benoît，他长期训练我撰写科学文章。还要感谢 Philippe de l’Ensieta 对形式方法的解释。感谢我的母亲安妮、我的父亲克里斯蒂安以及我的岳父杰拉德和帕斯卡尔。没有他们的教育，我很难写出这篇手稿。作为一名法语老师，克里斯蒂安完全重读并修改了这份手稿；如果有拼写错误，不用说我要负责（尽管！;-)。感谢我的家人在我无法与他们在一起时的理解。论文是一项耗时的活动，充满了不可预见的事件，其中组织更加重要，因为它不是我的首要品质（这是轻描淡写的......）。法国大游所以必不可少，我的行李箱已经准备好了。感谢我的老朋友们的节日支持。博士生的焦虑并不容易理解。感谢您的轻松沟通。我特别感谢 Marion 的耐心。抱歉，由于时间不够，我们无法分享所有内容。需求工程领域本身就特别具有教育意义。我花了一段时间才理解这部分信息科学的基础。我首先对该领域的关注点（目标、策略、社交互动等）感到惊讶，这些关注点与与软件实现严格相关的领域（设计、测试等）相去甚远。后来我明白，软件只是系统可以采用的多种形式之一。它也与一群人的组织有关，更广泛地说与社会工程有关。这些知识现在在很多领域对我都很有用。最后，我意识到我有机会从事这项工作。撰写论文是一项艰巨的考验。这项长期工作历时四年，培养了耐心和决心。他学会了搜索、分类和比较信息，这是当今的一项重要资产。它迫使人们同时用两种语言阅读、写作和思考，这是一种奇妙的体验。发现这个世界教会了我很多关于自己的知识，并让我能够完善我未来的项目。
维护活动。在公司中使用调查和人体工程学分析。
维护活动对于操作员的安全和装置的安全至关重要。然而，在工伤事故或职业病统计中，仍难以确定维护人口。对这一领域的这些活动和组织发展的分析很少。此外，本研究旨在确定这些员工的职业暴露情况，并加深对这些活动和相关风险的了解。对 SUMER 2003 年调查的分析显示，与生产同事相比，维护人员在职业上更频繁地受到各种限制。另一方面，这些人员似乎拥有更大的自主权，但其成本可能很高，因为其执行工作的手段常常被认为是不够的。此外，还对一家公共交通分包公司进行了分析，该公司本身也外包了干预措施。它们显示了参与维护活动的复杂公司网络，以及内部技术人员活动的严重分散性和高度不确定性，可能导致错误或遗漏。他们还强调了这些运营商对实现外部干预的贡献以及每个运营商活动之间的相互依赖关系。此外，外包还提出了与不同人员执行的实际工作活动的相互依赖性相关的风险问题，只要它们有助于相同的干预。在此基础上，提出了预防方案。关键词：维护 – 安全 – 工作组织 维护活动对于操作员安全和装置安全至关重要。描述维护人口的特征或在职业事故或疾病统计中准确识别它仍然很困难。对这些活动及其组织变化进行的现场分析很少。因此，本研究的目的是确定这些员工的职业暴露情况并了解真正的维护活动和相关风险。SUMER 2003 调查显示，维护人员比生产同事更频繁地受到各种限制。在此基础上提出了预防途径。相比之下，维护人员似乎拥有更大的自主权，但这可能在心理上造成代价高昂，因为随之而来的是经常被认为不足以完成其工作的手段。在第二阶段，在一家公共交通公司进行了现场分析，该公司既是维护干预的分包商，也是外包商。这些分析强调了参与维护活动的外部公司网络非常复杂。他们还表明，内部技术人员的活动存在高度分散性和高度不确定性，这很可能是错误或遗漏的来源。他们最终表明，内部技术人员有助于执行外包干预措施，以及外部和内部人员活动之间的相互依存关系。因此，维护外包提出了一个问题，即内部和外部人员或不同公司的参与者在参与同一项干预时所进行的实际工作活动相互依赖所带来的风险。关键词：维护 – 安全 – 工作组织