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通过基因组功能注释促进水产养殖业的鱼类繁殖
a Xelect Ltd，Horizon House，苏格兰圣安德鲁斯 KY16 9LB，英国 b 综合遗传学中心，动物与水产养殖科学系，生物科学学院，挪威生命科学大学，挪威 Ås c 巴黎-萨克雷大学，国家农业研究所 (INRAE)，法国 Jouy-en-Josas d 比较生物医学和食品科学系，意大利帕多瓦大学 e 欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，Wellcome 基因组园区，欣克斯顿，剑桥，剑桥郡 CB10 1SD，英国 f INRAE，LPGP，鱼类生理学和基因组学，雷恩 F-35000，法国 g 海洋生物、生物技术和水产养殖研究所 (IMBBC)，希腊海洋研究中心 (HCMR)，伊拉克利翁，希腊 h 圣地亚哥德孔波斯特拉大学动物学、遗传学和体质人类学系，西班牙卢戈i 英国爱丁堡大学罗斯林研究所和皇家（迪克）兽医学院
中国太湖周边不同水产养殖模式各阶段抗生素和抗生素耐药基因的出现情况
中国是世界上最大的水产品生产国和出口国，同时也涉及水产养殖中大量使用抗生素（刘等，2017；李等，2021）。2017年，中国消耗了全球57.9%的抗生素，生产了全球51.2%的水产养殖产量（Schar等，2020）。淡水养殖是中国主要的水产养殖方式，主要在池塘进行，养殖面积和产量一直位居第一。由于对水源的需求量大，淡水养殖场通常分布在湖泊周围或河流沿岸，池塘数量众多（中华人民共和国农业农村部，2023）。例如，位于长江中下游的浙江省，太湖周边有大量鱼塘，占全省淡水鱼产量的 30%（浙江省统计局，2023）。最近，一些研究揭示了太湖周边水产养殖水体中抗生素的分布模式（Song 等，2016、2017），以及耐药基因主要在太湖中的分布模式（Chen 等，2019；Stange 等，2019）。然而，关于耐药基因和抗生素的污染特征，以及它们与不同水产养殖方式和养殖阶段的水质和微生物多样性的相关性的数据有限。
新的 PCR 方法可确保水产饲料中昆虫成分的真实性
随着人们对食品安全、海鲜欺诈和非法、未报告和无管制 (IUU) 捕捞的担忧日益增加，提高海鲜的可追溯性和透明度已成为海鲜行业的首要任务。这引发了验证昆虫原料真实性的努力。CIIMAR 的新方法通过确认原料来自合法来源，确保了透明度和质量，并促进了可持续性。
利用环境 DNA 了解美国新墨西哥州苦湖国家野生动物保护区内四种濒危水生物种的分布情况
摘要：环境 DNA (eDNA) 有可能在稀有和濒危水生物种调查中发挥重要作用。eDNA 采样是一种非侵入性技术，对于难以调查的小型隐蔽物种，它可能是一种比传统技术更可行、更有效且更便宜的替代方法。我们使用 eDNA 调查了美国新墨西哥州查韦斯县苦湖国家野生动物保护区的 5 种濒危春季特有物种。2018 年 7 月对泉水中的 40 个水样进行了评估，以确定其中是否存在 Gambusia nobilis、Gammarus desperatus、Juturnia kosteri、Pyrgulopsis roswellensis 和 Assiminea pecos 的残留 DNA。我们在 50% 的地点检测到了 G. nobilis 的 eDNA，在 42.5% 的地点检测到了 J. kosteri 的 eDNA，在 27.5% 的地点检测到了 P. roswellensis 的 eDNA，在 20% 的地点检测到了 G. desperatus 的 eDNA，但在任何地点均未检测到 A. pecos eDNA。我们还研究了影响这些濒危物种占用模式的栖息地条件，并制定了栖息地参数阈值，以指导保护决策。盐度和溶解氧影响 G. desperatus 、 P. roswellensis 和 J. kosteri 的样本占用率，但只有溶解氧影响 G. nobilis 的样本占用率。结果强调了使用 eDNA 监测 5 种春季特有物种中的 4 种的有效性，并深入了解了每种物种的栖息地偏好，这将有助于推动保护活动。关键词：濒危物种·eDNA·占用·湿地·软体动物·鱼类
针对水生病原体的 THz 检测优化 PCF 架构：增强水质监测
水生细菌对人体健康构成严重危害，因此需要一种精确的检测方法来识别它们。一种考虑到水生细菌危害的光子晶体光纤传感器已被提出，并且其在 THz 范围内的光学特性已被定量评估。PCF 传感器的设计和检查是在使用“有限元法”(FEM) 方法的程序 Comsol Multiphysics 中计算的。在 3.2 THz 工作频率下，所提出的传感器在所有测试情况下的表现都优于其他传感器，对霍乱弧菌的灵敏度高达 96.78%，对大肠杆菌的灵敏度高达 97.54%，对炭疽芽孢杆菌的灵敏度高达 97.40%。它还具有非常低的 CL，对于霍乱弧菌为 2.095 × 10 −13 dB/cm，对于大肠杆菌为 4.411 × 10 −11 dB/cm，对于炭疽芽孢杆菌为 1.355 × 10 −11 dB/ cm。现有架构有可能高效且可扩展地生产传感器，为商业应用打开大门。创新在于优化结构参数，以提高光纤对细菌存在的敏感性，从而改善太赫兹波和细菌细胞之间的相互作用。它针对细菌大分子吸收峰来提高灵敏度。局部场增强可能来自优化，它将 THz 振动集中在细菌相互作用更多的地方。通过改善散射，结构改变可以帮助通过细菌特征性的散射模式识别细菌。这些改进提高了传感器对痕量细菌的检测。这些因素结合起来可提高传感器对水生细菌的检测能力。在水环境中，这将带来更精确、更高效的检测，有助于实时监测细菌污染。这些发展可能会对公共卫生和水质控制产生重大影响。
今天你需要知道的一些事情，爱丁堡筹款日记 - 送许愿树很好，珍妮·麦克林的健身专栏#4，爱丁堡记者降临节日历 - 婴儿、儿童和家庭礼物创意 - Blockart，爱丁堡记者降临节日历 - KnotStressed Therapies 的呵护套餐，今天你需要知道的五件事，2011 年 12 月 7 日因弗雷斯邻里伙伴关系会议，圣诞色彩 - 斯托克布里奇开放工作室，玛格丽特女王大学与烹饪学校合作，标准人寿参与爱丁堡担保，爱丁堡记者降临节日历 - 适合每个人的礼物 - Cuckoo's Bakery，市议会要求重新考虑旅游税，暴徒因打破公共汽车窗户被罚款 850 英镑，Gusto 帮助生病的孩子，新鲜空气中的圣诞颂歌，Traverse 的春季，关于服务私有化的公开会议2011 年 12 月 13 日，Canonmills 树木可能仍需拯救，Zazou Narrowboat Cafe – 今年 12 月的圣诞工艺品和讲故事活动，橄榄球 – 爱丁堡橄榄球队对阵 Aironi RaboDirect PRO12 2011 年 12 月 2 日，爱丁堡记者降临节日历 – 送给她的礼物创意 – Susanne 的瘦身美容诊所，熊猫在爱丁堡动物园安顿下来，爱丁堡记者降临节日历 – 送给父母的礼物创意 – Totseat，爱丁堡记者降临节日历 – 送给 Traquair House 每个人的礼物创意，The Machine Room – Camino de Soda 评论，今年 12 月森林里的霜冻
“想要通过在我们的标签上写下对亲人的话或愿望来庆祝圣诞节（一位女士希望遇到一位善良英俊的男士，当然许多人希望在 2012 年身体健康、幸福快乐，但您可以许下任何愿望），我们会将它们贴到圣安德鲁广场花园的三棵树上。在接下来的两周内，我们将这三棵树命名为信仰、希望和慈善！我们在 Craigie's Farm 商店和 Zest 沙龙内也有许愿树，所以请前往他们那里并在他们的树上贴上标签。也许您的企业、学校、大学可能会考虑使用我们的一些标签并邀请员工参与 - 请与我们联系，我们将很乐意为您提供一些标签和一个收集箱。我们的志愿者将在花园里（天气允许的情况下）大部分午餐时间和 12 月 10 日星期六开始的周末全天待在花园里。
水产养殖中的Biofloc技术：全面评论
摘要：BioFloc技术（BFT）是一种可持续的水产养殖方法，可促进有效的营养回收利用，最大程度地减少环境影响并提高生产力。这种方法涉及培养微生物群落，这些微生物群落将有机废物转化为生物群落，这些群体可以作为鱼类和虾等栽培物种的营养来源。本综述提供了对BioFloc技术的深入研究，涵盖其原理，应用，优势和挑战，以及其在可持续水产养殖中的有希望的作用。通过分析最近的研究，我们评估了BFT系统对各种水生物种的生存能力及其在降低饲料成本和水污染方面的潜力。
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
脑损伤后的消化系统疾病的研究进度
水产养殖中的蓝色食物对于弥合蛋白质差距以在未来养活人群中至关重要。但是，要使水产养殖的生产具有可持续性，生产必须在行星范围内，而可持续原材料的采购是可持续生产中的关键驱动力。本文探讨了源自aquafeeds中微生物的单细胞蛋白（SCP）的作用。讨论了三个主要方面：可持续性，发酵技术的可扩展性和效果。此外，通过彩虹鳟鱼（Oncorhynchus Mykiss）的全面概念验证试验，本文证明了SCP在不影响生长和健康的情况下取代传统饲料成分方面的效率。该试验的发现表现出高蛋白质的消化率和平衡的氨基酸方面，以及通过氧化爆发反应测量的健康受益。迄今为止，SCP的商业采用受到了高生产成本的阻碍，并且需要大量投资来扩展发酵技术。但是，随着大型行业参与者公开致力于可持续性目标，可持续性格局正在发生变化，并意识到需要对未来的长期和投资思维。总而言之，SCP成为可持续水上航空的有前途的途径，为行星边界内的蛋白质供应挑战提供了解决方案。此外，就环境福利而言，SCP在土地使用，碳排放，生物多样性影响和用水方面显示出明显的优势。最终，将SCP成功整合到Aquafeeds中可能会为该行业的可持续发展目标做出重要贡献，并在确保未来的原材料蛋白质供应方面发挥着重要作用。