硅藻序列的总体多样性比使用显微镜通过物理特征识别的硅藻物种的多样性高出约三分之一。这可能是因为每种物理类型都有多个条形码序列,例如隐藏的多样性或物种内的差异。元条形码非常敏感(Keck 等人,2017 年),甚至可以比使用显微镜的传统方法更好地发现稀有生物。池塘测深仪样本中有十一 (11) 种硅藻非常丰富。对于这些硅藻,条形码序列的确定性很高(表 1),但样本的整体多样性很高,很难将低丰度硅藻物种与其条形码清楚地匹配。
针对政策关注的生物和组织(BOPCO)的条形码设施(BOPCO)提供了一个专业知识论坛,以促进比利时和欧洲识别政策关注的生物学样本。Bopco由比利时科学政策办公室(BELSPO)资助。被引入欧洲的非本地物种,无论是偶然的还是故意的,都可能引起政策关注,因为其中一些可以在新的领土上迅速繁殖和散布,建立可行的人群,甚至是胜过本地物种。由于它们的存在,自然和托管的生态系统可能会受到破坏,庄稼和牲畜影响,并且可能引入媒介传播的疾病或寄生虫,从而影响人类健康和社会经济活动。引起这种不良反应的非本地物种称为侵入性外星物种(IAS)。为了保护本地生物多样性和生态系统,并减轻对人类健康和社会经济活动的潜在影响,欧盟第1143/2014/2014号欧洲议会和理事会解决了IAS问题。IAS法规规定了在所有成员国中采取的一系列措施。定期更新工会关注的侵入性外星物种清单。但是,要实施拟议的动作,遇到可疑的生物材料时需要进行准确的物种识别方法。因为基于形态的物种鉴定并不总是可能的(例如结果将结果显示为使用公开可用的DNA序列数据和从各种来源汇总的信息编制的情况表(一个)。[1]。隐秘的物种,痕量物质,早期生命阶段),本工作的目的是调查和评估DNA序列数据的有用性,以识别欧盟调节中包含的每一个IAS。每个事实表都由两个主要部分组成:(i)对特定IAS的简短介绍,并提供有关其分类法和当前发生/分布在欧洲的信息,(ii)对公开可用的DNA序列的有用性进行调查,以确定该IAS的实用性,以确定DNA barcods在EUU列表中列出的分类级别。有关应用方法背后的推理以及有关材料和方法的详细信息的更多信息,请参见下文和Smitz等。有关Bopco的更多信息,请访问https://bopco.be或通过bopco@naturalsciences.be与我们联系。有关http://ec.europa.eu/environment/nature/invasivealien/index_en.htm的欧盟法规的更多信息。
1北苏门答腊大学,20155年印度尼西亚北部苏门答腊大学卓越中心2生物学学院,苏迪尔曼大学,北部PURWOKERTO,BANYUMAS 53122,印度尼西亚中部Java 6 Revering and Development 6 Revering and Development自然遗产和生物多样性,Hasanuddin University,Hasanuddin University,Makassar 90245,Indonesia 7 70245,Indonesia 7海洋和ALLIED SCICIENCE菲律宾8 Iriomote Station,热带生物圈研究中心,Ryukyus University,Thatemony,okinawa,907-1541,日本
在大多数系统基因组研究中的分类单元采样通常基于已知的分类单元和/或形态学,因此忽略了未描述的多样性和/或神秘的谱系。turridae家族是Hyperdever conoidea中的一组有毒的蜗牛,其中包括许多未描述和隐秘的物种。因此,“传统的”分类单元抽样可能构成强烈采样或过采样的强烈风险。为了最大程度地减少潜在偏见,我们建立了一种强大的抽样策略,从物种划界到系统基因组学。使用了3,000多个COX-1“条形码”序列提出201个主要物种假设,其中近一半与可能对科学的新物种相对应,包括几种隐性物种。一棵110-Taxa外显捕捕剂树,包括COX-1数据集发现的多样性的物种代表,使用了多达4,178个基因座。我们的结果表明,Gemmula属的多态被分为多达10个单独的谱系,如果仅基于所述物种,则不会检测到一半的一半。我们的结果强烈表明,必须使用盲,探索性和密集的条形码采样来避免在系统基因研究中采样偏见。
1 Gladstone数据科学与生物技术研究所,美国加利福尼亚州旧金山2号,美国2个神经生物学系,杜克大学医学中心,美国北卡罗来纳州杜克大学医学中心,美国3号遗传学系,哈佛医学院,马萨诸塞州波士顿,美国4 Wyss Institute fiologaligy Institute fiologaligy启发工程,哈佛大学,波斯顿,沃尔斯顿,美国5.美国6美国加利福尼亚大学加利福尼亚大学加利福尼亚大学加利福尼亚大学生物工程和治疗科学系
摘要 摘要 自 20 世纪 80 年代以来,条形码已成为供应链管理 (SCM) 的支柱。最近,政府和企业部门的组织越来越重视进一步简化 SCM 以节省成本。这导致许多领先的组织要求其供应商实施射频识别 (RFID) 技术。许多组织不确定哪种技术(条形码或 RFID)能为他们带来最佳回报。本论文将帮助利益相关者了解 SCM 应用中每种技术的优缺点。此外,该研究将探讨电子产品代码 (EPC) 等 RFID 全球标准的重要性,并深入了解条形码和 RFID 的共存。该研究将采用全面的文档审查以及对每种技术用户的多次采访。
唯一识别单个细胞的分子条形码技术受到条形码测量限制的阻碍。通过测序读取不会保留组织中细胞的空间组织,而成像方法保留了空间结构,但对条形码序列不太敏感。在这里,我们介绍了一种基于图像读取短(20bp)DNA条形码的系统。在这个称为Zombie的系统中,噬菌体RNA聚合酶在固定细胞中转录工程条形码。随后通过荧光原位杂交检测所得RNA。使用竞争匹配和错配探针,Zombie可以准确区分条形码中的单核苷酸差异。该方法允许原位读取密集的组合条形码库和由CRISPR碱基编辑器产生的单碱基突变,而无需在活细胞中表达条形码。Zombie可在多种环境中发挥作用,包括细胞培养、鸡胚和成年小鼠脑组织。通过成像灵敏地读取紧凑和多样化的DNA条形码的能力将促进广泛的条形码和基因组记录策略。