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atoplex metabarcoding库准备用户手册
ATOPLEX METABARCODING用户手册为MGI定制产品平台上的测序进行多个PCR扩增提供了指导。荟萃编码通常用于物种分类，丰度分析和各种生物样品的比较研究。The barcodes frequently used for biodiversity assessment include prokaryotic 16S ribosomal DNA (for bacteria and archaea), eukaryotic 18S ribosomal DNA (for diverse eukaryotes such as plants, protists, and fungi), eukaryotic ITS ribosomal DNA (for fungi), mitochondrial COI gene (for a wide range of eukaryotes including animals and生物）和线粒体12S DNA（专门针对鱼）。This user manual is only applicable to the use of the library construction products described in this document: ATOPlex 16S V3V4 rDNA Primer Pool, ATOPlex 18SV4 rDNA Primer Pool, ATOPlex ITS1 rDNA Primer Pool, ATOPlex COI mtDNA Primer Pool, ATOPlex Ac12S mtDNA Primer Pool, ATOPlex MiFish Primer Pool, and ATOPlex DNA Dual Barcode Library Preparation测序套件。
DNA条形码用于物种鉴定和系统发育研究，采用五个遗传标记的cogulans
Withania Coagulans是印度的重要药用植物，从东地中海分散到南亚，但W. coagulans通常会被其他Withania物种误认为。准确地鉴定出具有药物重要的植物物种有助于其在医学中使用，并有助于保护全球受威胁或濒危植物的下降。目前的研究旨在使用五个在ICAR-ANAND的W. Coagulans的样本中使用五个遗传标记（RBCL，MATK，ITS，ITS，PSBA-TRNH和RPOB-TRNCGAR）为W. coagulans创建条形码。研究结果证实，PSBA和RBCL是研究W. ogulans的更好的条形码，即使改变地理位置，它也显示出100％的保护，而基因基因座RPOB，ITS和MATK帮助区分了Solanaceae家族的不同演变。它的GC含量最高，WCNB1的GC含量最高，WCNB2的GC含量为66.9％。与其他遗传标记相比，最大似然RPOB标记给出了最高的概率值（–889.38），其次是RBCL（–967.83）。研究结论将在药物领域使用，以开发基于DNA的W. cogulans植物的鉴定，以指出植物收集时的掺假。这项工作提供了对基于分子的识别和对W. ogulans的身份验证的见解。
定义转染的疟原虫中载体吸收的多样性
恶性疟原虫中耐药性的复发性出现增加了遗传验证耐药性机制并确定新靶标的紧迫性。反向遗传学促进了基因组规模的基因敲除筛网和弓形虫弓形虫的基因组规模的敲除筛选，其中多个向量的合并转染对于增加规模和吞吐量至关重要。这些方法尚未在人类疟疾物种（如恶性疟原虫和诺尔斯氏菌）中实施，部分原因是在这些物种中可以进行合并转染的程度尚待评估。在这里，我们使用下一代测序来定量摄取94个条形码向量的池。载体采集的分布使我们能够估计寄生虫种群所取的条形码和DNA分子的数量。恶性疟原虫转染物的稀释克隆表明，单个克隆具有多达七个偶发性条形码，表明尽管转染效率低下，多个载体的摄入量经常发生。对三个光谱呈现的荧光记者的转染使我们能够评估不同的转染方法，并发现Schizont阶段转染限制了寄生虫接收多个向量的趋势。与恶性疟原虫相比，我们观察到，诺尔斯氏菌的较高转染效率导致文库几乎完全表示。这些发现对如何在可培养的质量物种中缩放反向遗传学具有重要意义。
植物单细胞基因调控网络
图 1 单细胞测序分析的一般工作流程。（a）通过分离原生质体（小绿圈）将组织或器官解离成单个细胞；（b）将原生质体装入封装单个原生质体（小绿圈）的微流体系统中，其中试剂用于标记具有不同条形码（较大的多色圆圈）的转录本，所述条形码可识别转录本来源的细胞，也可以通过此过程添加其他条形码，例如 UMI；（c）然后汇集带条形码的转录本并使用短读技术进行测序；（d）然后处理测序读取以根据文库制备期间添加的条形码序列将每个转录本分配给来源细胞； (e) 所有细胞的转录组都经过降维（例如 tSNE 或 UMAP），其中具有相似转录组谱的细胞将在二维空间中绘制得更紧密，而具有不太相似转录组的细胞将绘制得更远，并且可以通过算法识别具有相似转录组的细胞簇。在此示例中，图上的每个点代表一个细胞，点的颜色代表该细胞被分配到的簇。（f）细胞簇可以根据已知标记基因的丰度或与已建立细胞类型的转录组的整体相似性被表征为已知细胞类型；如果没有已知标记与观察到的转录组谱相匹配，细胞簇也可以被描述为未知的或新的。在此示例中，重建组织中的细胞被着色以反映图 (e) 中识别的假设转录组簇
沙门氏菌血清鼠伤寒沙门氏菌的定量...
抽象的鼠模型通常用于研究肠道病原体肠typhimurium的致病性和传播。在这里，我们量化了s。使用StampR分析管道和高度多样的小鼠中的小鼠中的伤寒人群动力学。typh- imurium barcod的文库，包含约55,000个独特的菌株，可通过枚举s来区分基因组条形码。伤寒创始人群和小鼠传播的解密途径。我们发现，严重的瓶颈只允许口服接种物中的一百万个细胞中的一个人在肠道中建立一个小众。此外，我们观察到整个肠道中病原体种群的分室化，肠段和粪便之间几乎没有条形码。链霉素治疗后这种严重的瓶颈扩大和分室化降低，这表明微生物群在限制病原体的定植和肠内运动中起关键作用。此外，在肠道和局部器官种群之间存在最小的共享，表明向肠外部位传播迅速发生，直到肠道大量病原体扩张。通过静脉注射或腹膜内注射通过接种小鼠来绕过肠道瓶颈，发现沙门氏菌在至少两种不同的途径中在肠外部位建立壁nir后将肠子重新进入肠。一条途径导致多样化的肠道种群。在一起，这些发现加深了我们对沙门氏菌种群动态的理解。另一种重生途径是通过胆汁，病原体通常是克隆的，导致克隆肠种群，并与胆囊病理相关。
YKO 亲本菌株 - ABO
酵母基因组删除项目 (SGDP) 使用五株源自酿酒酵母 S288C 的 Dharmacon 酵母敲除 YKO 亲本菌株，生成了一套几乎完整的酵母开放阅读框 (ORF) 敲除。1 使用基于 PCR 的策略将每个 ORF 替换为 KanMX 盒，该盒包含每个删除的独特标签“条形码”。生成了四个不同的突变体集合：交配类型 MATa 和 MATalpha 的单倍体、非必需基因的纯合二倍体和包含必需和非必需 ORF 的杂合二倍体。存储：