自然界分布稀疏的树突属是最大的兰花科之一。DNA条形码可能是快速,准确鉴定树突物种的最佳选择。本研究的目的是使用DNA条形码技术来描述树突物种。在这里,我们使用了dendrobium sp的标本。从Makawanpur的Brindaban植物园(540 m ASL)收集为测试对象。我们从标本中放大并测序了三个叶绿体基因座,RBCL(Rorose-1,5-双磷酸羧化酶),MATK(成熟酶K)和PSBA-TRNH(基因间间隔)。我们从NCBI中检索了十二个质体序列,代表了六种树枝状物种(D. Candidum,D。Crepidatum,D。Chrysanthum,D。Denneanum,D。Fimbriatum和D. Moschatum)在尼泊尔报道。同样,还检索了一个质子质体的质体胶质体,以用作组外。从每个登录中提取RBCL,MATK和PSBA-TRNH的各个对齐序列。使用Mega X的最大似然方法进行进化分析。结果表明,与用单个基因座序列生成的序列相比,与所有三个基因座(RBCL,MATK和PSBA-TRNH)的组合序列产生的进化树更好。但是,需要其他标记才能提高准确性。
This Study •There are unconfirmed speculations that rays are being used to replace chapínin turnovers.•Detect the presence of Nurse Shark, as protected from fishing, possession, and sale , in shark fillets and shark processed products•A recent study found that nurse sharks were sold to local fish markets (Franqui-Rivera, 2020)•Demonstrates seafood fraud as the prohibited take and sale of a protected species
在国家边界中引入侵入性害虫已成为作物生产的主要关注点。因此,国家植物保护组织是加强其监测策略的挑战,这些策略受到检查设备的重量和规模以及中断物种的税收 - 原子扩展的阻碍。此外,由于缺乏适当的植物保护措施,研究人员很难按时解决一些阻碍农民生产力和盈利能力的害虫。Farmers对合成农药和生物防治剂的依赖导致了重大的经济和环境影响。DNA条形码是一项新型技术,具有改善综合害虫管理制造的潜力,该技术取决于正确识别害虫和有益生物的能力。这是由于某些自然特征(例如物候学或农药易感性)通过IPM策略来避免有害生物的植物。具体而言,有效地应用了脱氧核糖核酸(DNA)序列信息,以鉴定某些微生物。这项技术,即DNA条形码,允许使用简短的标准化基因序列鉴定昆虫物种。DNA条形码基本上是基于可重复且可访问的技术,该技术允许物种歧视的机械化或自动化。这项技术桥接了分类生物安全差距,并符合国际植物保护公约的诊断标准,以进行昆虫识别。因此,本综述将DNA条形码作为虫害鉴定的技术及其潜在的作物保护应用。
Batyypolypus和Muusoctopus的分类学长期以来一直被原始的差异和难以区分形态学分类而困惑。我们的目的是将DNA条形码与物种划界技术和成熟雄性的形态学鉴定结合在一起,以鉴定北部亚特兰氏菌中存在的沐浴型和muusoctopus物种,并提供有关物种分布的其他信息。From 298 specimens collected during biannual Deepwater Timeseries cruises and other aligned surveys undertaken by Marine Scotland onboard MRV Scotia between 2005–19, we identified Bathypolypus arcticus, B. ergasticus, B. bairdii, B. sponsalis, B. pugniger, Muusoctopus normani and M. johnsonianus as well as an unidentified我们得出的结论可能是一种新物种。我们显示了DNA条形码在识别难以区分的物种(例如深海章鱼)方面的实用性。像我们这样的研究对于对此类群体的分类法的清晰度至关重要,并确定其中物种的真实多样性和分布。
摘要:在全球生物多样性面临的威胁不断升级的情况下,DNA 条形码是评估和监测物种多样性的重要方法。我探索了 DNA 条形码作为一种强大而可靠的生物多样性评估工具的潜力。首先全面回顾现有文献,深入研究 DNA 条形码的理论基础、方法和应用。广泛研究了各种 DNA 区域(如 COI 基因)作为通用条形码的适用性。此外,在 DNA 条形码的背景下评估了不同 DNA 测序技术和生物信息学工具的优势和局限性。为了评估 DNA 条形码的有效性,对包括陆地、淡水和海洋栖息地在内的各种生态系统进行了采样。从收集的样本中提取的 DNA 经过目标条形码区域的扩增和测序。将获得的 DNA 序列与参考数据库进行比较,可以对采样的生物进行识别和分类。研究结果表明,即使在形态鉴定具有挑战性的情况下,DNA 条形码也能准确识别物种。此外,它还揭示了隐蔽和濒危物种,有助于保护工作。我还通过分析遗传数据来研究遗传多样性模式和不同分类群之间的进化关系。这项研究有助于加深对 DNA 条形码及其在生物多样性评估中的适用性的了解。这种方法的优势(例如速度、准确性和成本效益)以及有待改进的领域被强调。通过解开遗传密码,DNA 条形码增强了我们对生物多样性的了解,支持保护计划并为生态系统的可持续管理提供基于证据的决策。
stelliferinae是Sciaenidae的第三大特定亚科,有51种公认的物种排列在五个属中。从形态学和分子数据中得出的系统发育支持该亚科的单性别,尽管对该群体的属间关系或物种多样性尚无一般共识。我们使用了细胞色素氧化酶C亚基I(COI)基因的条形码区域来验证基于自动条形码间隙发现(ABGD),广义混合Yule Yule ColeScence(GMYC)和Bayesian Poisson Tree Process(BPTP)方法的基于自动条形码间隙发现(ABGD)的界定物种的界定。在一般中,这些不同方法的结果是一致的,划定了30-32个分子操作分类单元(MOTUS),其中大多数与有效物种相吻合。标志性的Menezesi和Stellifer Gomezi的标本归因于一种物种,这与该属的最新评论不同意。证据还表明,odon-toscion xanthops和corvula宏观属于单个MOTU。相比之下,证据还表明在牙肠牙本质和Bairdiella Chrysoura中都存在明显的谱系。这种结果与神秘物种的存在兼容,这是由遗传差异和单倍型谱系支持的。因此,本研究的结果表明,标志性的存在中未描述的多样性,这加剧了对这种亚科中鱼类的大量分类学复习的需求。
冬虫夏草属是一属昆虫病原真菌,由于其多样化的生态作用和有希望的生物医学应用,近年来受到越来越多的关注。然而,冬虫夏草属的物种多样性仍然未知,尤其是在马来西亚半岛。这项研究使用 SSU 和 tef 的 DNA 条形码技术来鉴定 Hutan Simpan Labis(西 Endau-Rompin)中存在的感染蚂蚁的冬虫夏草属的种类。此外,本研究还旨在记录所选冬虫夏草属的有性和无性形态。初步的 SSU 和 tef DNA 结果和形态学表明,Hutan Simpan Labis 中的样本最有可能是 O. cf. unilateralis。这项研究生成了第一个 SSU 和 tef DNA 序列,并报告了 Hutan Simpan Labis 中冬虫夏草属的真菌形态。
1遗迹研究所和海洋科学,托里亚拉大学,鲁斯德拉塔纳博士,托里亚拉601,马达加斯加; jamal.mahafin@ihsm.mg 2 Marbec,UniversityÉmontpellier,IRD,CNRS,Ifremer,34090,法国蒙彼利埃; Jean-dominique.durand@ird.fr 3水生环境中的顾问组织,法国Ravine des Cabris 97432; pierre.valade@ocea.re(p.v.); adeline.collet@ocea.re(A.C。)4 ISEM,CNRS,蒙彼利埃大学,IRD,EPHE,34000,法国蒙彼利埃; frederique.cequeira@umontpellier.fr 5 Entropy,IRD,联盟大学,CNRS,New-Calé大学,IFREMER,IFREMER,C/O HALIEUTIC INSTITUTE和MARINE SCIENCES和MARINE SCIENCES,TOLIARA,TOLIARA,RUE,RAUE RABESANDRATANAS,TOLIARA 601,MADAGAGASCARCARASTARA,MADAGAGASCARANGARA; dominique.ponton@ird.fr *通信:henitsoa.jaonalison@gmail.com;这样的。: +261-342-775-130
图 1. a. 带有 poly-A 读数的动态条形码示意图。b. 实验装置的示意图。c. 基于突变特征的条形码比例,结合两个系统的数据:对具有完整 PAM 基序的原型间隔物进行编辑(活性);不存在 PAM 基序(非活性);和未切割的 gRNA(原始)。d. 不同 gRNA 中原始条形码随时间的比例。e. 考虑不同 gRNA 之间的错配、间隙和间隙延伸,条形码随时间的变化。f. 具有 21 bp 间隔物(左)或 26 bp 间隔物(右)的 gRNA 的原始条形码随时间的比例。箱线图按不同时间点的平均间隔物长度着色(Cas9 系统)。g. 原始核苷酸随时间变化的百分比,将间隔物相对于 PAM 序列对齐(Cas9 系统)。h。考虑到按 Cas9 版本分类的所有不同 gRNA,C>T 突变随时间变化的百分比。对于所有箱线图,箱线表示四分位距 (IQR),每个箱线内的水平线表示中位数。
(100%) OK C2 C3 D1 黑鲳鱼片 Parastromateus niger Parastromateus niger (100%) OK D2 D3 E1 日本红鲂鱼片 Nemipterus japonicus Nemipterus japonicus (99.8%) OK E2