XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systembarcoding
使用...对混合样本进行 DNA 元条形码编码 - Aguirre Lab
牛津纳米孔 Flongle 简介：本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序：牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪，越来越受欢迎。它相对便宜（起价 1000 美元），小巧便携，可生成长读长（1000 个碱基对），并实时测序，这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸（A、C、T、G）在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷，因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle：纳米孔流动槽有两种类型，常规流动槽适用于大型项目（成本约为 1,000 美元），Flongle 2 流动槽适用于小型实验（每个流动槽成本约为 90 美元）。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高，但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元！因此，必须将样本汇集在一起进行测序，也就是说，将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本，需要用条形码标记样本，以便识别它们。DNA 宏条形码：DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因（传统上是线粒体 COI 基因）进行测序，然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体，以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码，并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码：在我们的实验室中，我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5（昆虫）方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因（也可以使用其他基因，如 12S 和 16S 6 ），在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何
综合分类学之旅揭示马来西亚水域海洋鱼类多样性、新记录和隐蔽物种
本研究采用 DNA 条形码和形态学鉴定相结合的综合方法，阐明了马来西亚半岛 (PM) 专属经济区 (EEZ) 海洋鱼类的物种多样性。我们的重点是南海 PM 东海岸进行的底栖调查。我们重新评估了 16 个目和 41 个科的 93 个假定物种（92 个条形码形态种）的 475 个标本的多样性，其中包括两个 IUCN 易危物种。总共有两个物种 - Saurida isarankurai 和 Oxyurichthys auchenolepis - 作为新记录呈现，三个物种 - Nemipterus balinensoides、Gymnothorax reevesii 和 Synodus hoshinonis - 作为马来西亚水域的第一批基于标本的记录。细胞色素 c 氧化酶亚基 I ( COI ) 序列分析划定了 95 个一致的分子操作分类单位 ( MOTU )，超过了形态多样性。有趣的是，条形码分析显示，在一种形态上已鉴定的鱼类物种内存在几种 MOTU，种内和种间的遗传分歧均超过 2%，这表明物种群内存在相当大的种内遗传分歧，或者我们的数据集内存在形态上隐蔽的物种。这些发现凸显了物种划界的复杂性和遗传方法的价值。我们的研究为了解马来西亚半岛东海岸的海洋鱼类多样性提供了宝贵的见解，并通过 DNA 条形码增进了我们对生态系统的遗传多样性、分布和保护需求的理解。通过将 DNA 条形码与形态学相结合，我们为未来制定马来西亚海洋生物多样性保护和管理战略的研究提供了一个全面的框架。本研究生成的遗传条形码数据库的扩展将促进未来的分子分类学研究。
硅藻 DNA 条形码的鉴定
硅藻序列的总体多样性比使用显微镜通过物理特征识别的硅藻物种的多样性高出约三分之一。这可能是因为每种物理类型都有多个条形码序列，例如隐藏的多样性或物种内的差异。元条形码非常敏感（Keck 等人，2017 年），甚至可以比使用显微镜的传统方法更好地发现稀有生物。池塘测深仪样本中有十一 (11) 种硅藻非常丰富。对于这些硅藻，条形码序列的确定性很高（表 1），但样本的整体多样性很高，很难将低丰度硅藻物种与其条形码清楚地匹配。
引用了原始发表的论文（记录的版本）：Moraes Zenker，M.，Portella，T.，Pessoa，F。等（2024）。物种的低覆盖范围
蚊子（Culicidae）代表全球主要的媒介昆虫，它们还居住在世界上许多陆地和水生栖息地。DNA条形码和元法编码现在广泛用于涉及蚊子的研究和常规实践中。但是，这些方法依赖于由代表分类学凭证标本的条形码序列组成的数据库中可用的信息。在这项研究中，我们评估了主要在线数据库中蚊子的公共数据的可用性，专门针对Culicidae：COI及其2的两个最广泛使用的DNA条形码标记。此外，我们对影响物种覆盖范围的可能因素（即在线数据库中覆盖的物种的百分比）对不同国家的COI以及COI的DNA条形码间隙的出现进行检验。我们的发现显示了存储库公开可用的数据差异，Bold + GenBank的COI的分类学或物种覆盖率为28.4–30.11％，而GenBank的ITS覆盖率为12.32％。非洲，澳大利亚和东方的生物地理区域的覆盖范围最低，而近乎度，果皮和大洋洲的覆盖范围最高。新热带区域具有中间覆盖范围。通常，蚊子多样性和较高数量的医学重要物种的覆盖率较低。此外，较高数量的特有物种的国家往往具有更高的覆盖范围。我们希望这项研究可以帮助指导蚊子的区域物种清单，并为所有蚊子物种的DNA条形码提供公开可用的参考文献库。尽管我们的DNA条形码间隙分析表明，需要在数据库中可用的一半蚊子中修改物种边界，但必须收集其他数据以确认这些结果并允许解释DNA条形码间隙的发生。
什么是生物多样性基因组学？ 1.
你有没有想过是什么让每个生物都独一无二？想象一下 DNA 是一本巨大的书，里面写满了每种生物的说明书。基因组学是研究生物体 DNA 的学科。有时，你只需要看一眼就能知道你在读哪本书。这有点像 DNA 条形码，一小段 DNA 就能告诉我们物种。但如果你想了解整个故事，你就必须读完每一页。这就是参考基因组的作用所在。它们是 DNA“书”的完整版本，因此科学家可以了解生物如何生长和生存的一切。
PLOS ONE - ARCA – Fiocruz
白蛉亚科 (Phlebotominae) 是由对公共卫生至关重要的昆虫组成的。使用分子分类学等互补工具对于种间划界和/或发现隐秘物种是必不可少的。在此，我们评估了 DNA 条形码工具在巴西亚马逊西南部识别不同物种方面的应用。为此，我们在巴西阿克里州巴西利亚市 BR-317 高速公路沿线的森林碎片中收集了白蛉。使用细胞色素 c 氧化酶亚基 I ( COI ) 基因片段对样本进行 DNA 条形码编码。分析序列以生成 K2P 成对遗传距离和邻接树。还使用自动条形码间隙发现 (ABGD) 方法将白蛉条形码聚类为分子操作分类单元 (MOTU)。共生成了 59 个 COI 序列，包含 22 个名义物种和 10 个属。其中，11 个物种之前未曾测序过，因此对科学来说是新的 COI 序列。种内遗传距离在 0 到 4.9% 之间，Pintomyia serrana 表现出最高的遗传距离值，此外还被划分为三个 MOTU。至于与最近邻居的距离，所有物种相对于最大种内距离都表现出更高的值，此外在邻里连接分析中形成了得到良好支持的聚类。DNA 条形码方法可用于对巴西阿克里州的沙蝇进行分子鉴定，并且可有效检测五个物种的隐蔽多样性，这可在未来的研究中使用综合方法予以证实。我们还为 Trichophoromyia auraensis、Nyssomyia shawi 和 Psychodopygus paraensis 生成了新的 COI 条形码，它们可能在巴西亚马逊地区利什曼原虫的传播中发挥作用。
造血型造口岩的分子筛选（...
摘要：血液中（Apicomplexa：Adeleorina）是最常见和广泛的爬行动物血寄生虫。haemogregarina stepanowi是从爬行动物，欧洲池塘乌龟emys Orbicularis中描述的第一个血液，初步评估表明，它在欧洲大部分地区，中东和北非的不同池塘乌龟物种中广泛广泛。然而，最近的分子评估表明，北非和伊比利亚半岛存在多种遗传上不同的形式，并且可能与宿主产生负面影响有关的广泛的混合感染。Here, we screened two native species, E. orbicularis and Mauremys rivulata , and the introduced Trachemys scripta from Serbia and North Macedonia for haemogregarines by amplifying and sequencing part of the 18S rRNA gene of these parasites, and used a standard DNA barcoding approach to identify leeches, the final host, attached to pond turtles.我们的结果再次证明了在分析的池塘乌龟物种中发生相当多的寄生虫的发生，并且Scripta可能被局部造血的寄生虫感染，而不是在其天然范围内发现的。水ches被鉴定为Placobdella Costata，这是北欧血统的一部分。池塘海龟中的混合感染再次是常见的。当前的血液分类法不反映遗传多样性，并且需要充分的分类学重新评估。
（截至 2025 年 1 月 28 日）第 1 页，共 2 页 城市...
(a) 快速评估从开始到结束的预计时间框架是什么？ (b) 快速评估应在现场进行还是可以在实验室分析样本？与目前通常需要几天时间才能产生结果的方法相比，快速评估方案应减少所需时间。申请人可以根据其提案的方法，自由提出现场评估或收集样本的实验室分析。 T9.2 参考征集主题的技术可交付成果“为本地物种开发一个 eDNA 条形码库，该库通过特定地点的实地采样进行验证，用于生物多样性保护和管理，并提高 GenBank 和 BOLDSystems 等全球 DNA 序列库中物种身份的准确性”（2025 年 1 月 28 日）–
美国对五家主要设备制造商的禁令
进入 BuildingReports ® 的 SecurityScan ®，这是领先的移动检查应用程序和基于 Web 的报告解决方案，适用于安全、火灾报警、消防喷淋、灭火、生命安全和 HVAC 资产。使用指向和扫描条形码流程，技术人员可以按类型为给定设施创建所有相应系统资产的详细数据库。在每次预定的检查或服务访问期间，技术人员记录每个设备的状态，记录任何关键信息，并在完成后将数据上传到安全云，全球任何授权利益相关者都可以按需访问。此外，Bu ildingReports 积极管理召回数据库，以帮助服务公司和设施及时了解可能影响其设施的召回情况等等。
2020 年全球生物分类倡议：分步指南......
地球上大多数多细胞物种的数量都在减少，许多物种正面临灭绝的危险。为了阻止生物多样性的侵蚀，我们需要更好地管理与自然生态系统的互动。向绿色未来的过渡需要一个全球生物监测系统，以追踪所有物种数量和分布的变化。这种需求无法通过形态学研究支持的生物多样性调查来满足，但可以通过 DNA 条形码来实现。借助 DNA 测序技术的进步和专业信息学平台的发展，DNA 条形码在过去 20 年中获得了巨大的力量，反映了通过分析基因组的短片段可以完成标本识别和物种发现的事实。